Equipe Ecologie Quantitative et Evolutive des Communautés
Membres
Doctorante
UCBL
Stagiaire
UCBL
Professeure des universités
VetAgro-Sup
Tél : 33 04 72 43 27 56
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 27 57
Doctorant
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Post-doc
CNRS
Stagiaire
UCBL
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Professeur des universités
UCBL
Tél : 33 04 72 43 27 56
Professeur des universités
UCBL
Stagiaire
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 27 56
Attaché temporaire à l'enseignement et à la recherche
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 02
Maître de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 02
Nos activités de recherche, centrées sur les interactions interspécifiques (écologie des communautés) visent à mieux comprendre les processus écologiques et évolutifs structurant les assemblages d’espèces et la biodiversité à différentes échelles temporelles et spatiales. Notre équipe aborde ces questions majeures à l’aide de modèles biologiques contrastés (communautés de grands mammifères africains, d’insectes, microbiote, plantes) sous 3 angles complémentaires :
- Nos travaux sont fortement ancrés dans le cadre conceptuel de la biologie évolutive en étudiant (i) la diversité des réponses adaptatives mises en œuvre par les organismes face aux pressions sélectives de leur environnement, (ii) leurs conséquences sur la démographie des populations et à terme (iii) la dynamique et la composition des communautés d’espèces.
- Notre recherche est étroitement liée à des questions sociétales de conservation et de gestion de la biodiversité en intégrant à la fois le fonctionnement des systèmes socio-écologiques et le contexte du changement climatique. Nous menons des études expérimentales, gérons et assurons le suivi à long terme de plusieurs réseaux d’observation de communautés.
- La problématique méthodologique occupe également une place centrale dans notre équipe, avec le développement de nouveaux outils de traitement statistique et de modélisation de données écologiques. Cette activité conduit à l’élaboration de méthodes et logiciels que nous développons et distribuons librement.
Les programmes de recherche de l’équipe:
Le fonctionnement des communautés des savanes africaines
Le programme de recherches interdisciplinaires à long terme mené dans la Zone Atelier Hwange, au Zimbabwe, s’intéresse au fonctionnement des communautés animales et végétales au sein du parc national de Hwange et aux interactions entre cette aire protégée et les humains vivant à sa périphérie. Les recherches s’articulent autour de trois axes : (1) Dynamique de la population d’éléphants et effets de celle-ci et de sa gestion sur le fonctionnement du socio-écosystème ; (2) Interactions au sein et entre niveaux trophiques et réponses de ces interactions aux actions de gestion (e.g. chasse sportive, gestion de l’eau) et aux changements climatiques ; (3) Ecologie humaine et mécanismes de coexistence humains-faune sauvage pour une conservation intégrée et un fonctionnement durable du socio-écosystème. Ces recherches sont complétées par des travaux plus récents dans le parc de Hluhluwe-iMfolozi et la réserve de Madikwe, en Afrique du Sud, qui portent sur le rôle des conditions environnementales sur le succès de chasse des grands carnivores africains. Nous travaillons en collaboration étroite avec l’IRL (International Research Lab) Rehabs.
Membres de l’équipe impliqués : Alice Bernard, Laura Lacomme, Aïssa Morin, Lisa Nicvert, Elie Pedarros, Yolan Richard, Marion Valeix*
La reproduction des plantes pérennes : comprendre ses mécanismes et ses conséquences à l'échelle des communautés
La reproduction des plantes pérennes est souvent caractérisée par des fructifications hautement fluctuantes dans le temps et synchronisées à l’échelle de la population (masting). Nos suivis interannuels menés sur les chênes tempérés (Quercus spp), combinés à des travaux de modélisation, visent à mieux comprendre les causes proximales et évolutives du masting et à proposer des scenarii sur le devenir de la régénération des chênaies dans le contexte du changement climatique (Programme ANR ‘FOREPRO’). Le masting a d’importants effets en cascade (dynamiques et assemblage des espèces de plantes pérennes, de consommateurs de graines -insectes, oiseaux, mammifères-, jusqu’à l’épidémiologie de certaines maladies humaines). La modélisation explicite du masting nous permettra alors d’évaluer certaines des conséquences écosystémiques du changement climatique dans les forêts de régions tempérées. Ce programme, piloté par notre équipe, se développe en collaboration avec deux autres équipes du département d’écologie évolutive (Ecoépidémiologie Evolutionniste, Biodémographie Evolutive), trois Universités (Montpellier-CNRS-, Bordeaux-INRAE-, Paris-Saclay) et l’Office National des Forêts.
Membres de l’équipe impliqués : Marie-Claude Bel-Venner*, Emilie Fleurot, Léa Keurinck, Jean Lobry, Samuel Venner
La propagation des gènes d’antibiorésistance chez les bactéries
L’antibiorésistance est reconnue comme l'une des plus grandes menaces actuelles pour la santé humaine, et les éléments génétiques mobiles (MGEs) qui circulent dans les populations et communautés bactériennes en sont les principaux véhicules. Pour comprendre la dynamique et la diversité des MGEs dans les pangénomes bactériens et l’émergence des gènes d’antibiorésistance, nous proposons de dépasser le cadre de la génomique conventionnelle en considérant les pangénomes comme des communautés écologiques complexes. Dans le programme Ab-One, nous mobilisons les concepts et outils développés en écologie des communautés en nous appuyant sur une approche intégrative (suivis de populations/communautés bactériennes évoluant dans des environnements contrastés -approches One-Health-, analyses pangénomiques, expérimentation en microbiologie moléculaire et cellulaire, modélisation mathématique). Ce programme est actuellement centré sur la dynamique des MGEs chez Acinetobacter baumannii, un micro-organisme antibiorésistant classé prioritaire par l'OMS. D’autres approches plus généralistes illustreront la pertinence de ce nouveau cadre conceptuel pour comprendre la dynamique et diversité des MGEs dans les pangénomes bactériens. Ce programme, co-piloté par notre équipe et une équipe du CIRI (Horigene) implique la participation de 9 organismes (6 lyonnais -LBBE, CIRI, MMSB, HCL, LEM, VetAgro Sup-, Institut Pasteur (Paris), LMGM (Toulouse), Robert Koch Institut (Allemagne)).
Membres de l’équipe impliqués : Stéphane Dray, Rémi Tuffet, Samuel Venner*
L’analyse statistique de données écologiques
L’étude de la structure et de la dynamique des assemblages d’espèces et la compréhension des processus qui en sont à l’origine nécessite la collecte de données dont la nature se complexifie avec les développements technologiques pour leur acquisition (e.g. GPS, loggers, imagerie satellite, données moléculaires). Les méthodes d'analyse de ces données offrent de nouvelles perspectives sur les processus écologiques à l'œuvre dans les communautés. Les méthodes d’analyse multivariée permettent ainsi d’analyser les structures spatiales, en intégrant des informations sur les espèces (traits fonctionnels, morphologie, phylogénie), la variation spatio-temporelle des relations espèces-environnement ou sur la diversité de la perception de la relation hommes-aires protégées. Nous modélisons aussi des données multi-’omiques’ de type dose-réponse au sein des communautés afin de mieux comprendre les chemins des effets adverses (Adverse Outcome Pathway) et mieux en apprécier les risques pour l’environnement. Ces innovations méthodologiques sont mises à la disposition de la communauté scientifique à travers le développement, la distribution et la maintenance de logiciels (librairies pour le langage R : ade4 , adegraphics , adephylo , ade4TkGUI , nlstools , fitdistrplus , DRomics , seqinr ).
Membres de l’équipe impliqués : Marie Laure Delignette-Muller, Stéphane Dray*, Jean Lobry, Jean Thioulouse.
Publications
Affichage des publications 391 à 420 sur 652 au total
A New Perspective on the Dunnett Procedure: Filling the Gap Between Noec/Loec and Ecx Concepts
Environmental Toxicology and Chemistry . 30 : 2888-2891
DOI: 10.1002/etc.686
Article dans une revue
voir la publicationAn accept-and-reject algorithm to determine performance objectives that comply with a food safety objective
7th International Conference on Predictive Modelling of Food Quality and Safety .
Acte de congrès
voir la publicationA new perspective about Moran's Coefficient: Spatial autocorrelation as a linear regression problem
Geographical Analysis . 43 : 127-141
Article dans une revue
voir la publicationRevisiting Guerry's data: introducing spatial constraints in multivariate analysis.
Annals of Applied Statistics . 5 ( 4 ) : 2278-2299
DOI: 10.1214/10-AOAS356
Article dans une revue
voir la publicationBiogeographical patterns of soil molecular microbial biomass
Ecology of soil microorganisms : microbes as important drivers of soil processes . : 1 p.
Acte de congrès
voir la publicationDiversity Geographic Distribution and Habitat-Specific Variations of Microbiota in Natural Populations of the Chicken Mite Dermanyssus gallinae
Journal of Medical Entomology . 48 : 788-796
Article dans une revue
voir la publicationInsertion Sequences as Highly Resolutive Genomic Markers for Sequence Type 1 Legionella pneumophila Paris
Journal of Clinical Microbiology . 49 ( 1 ) : 315-324
DOI: 10.1128/JCM.01261-10
Article dans une revue
voir la publicationSoil fungal communities ecology: a biogeographical approach
Ecology of soil Microorganisms Conference . : 1 p.
Acte de congrès
voir la publicationContribution à l'étude des communautés d'adventices des culture du secteur phytogéographique oranais (Nord-ouest algérien) : aspects botanique, agronomique et phyto-écologique
AFPP - 21e Conférence du COLUMA - Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes . : 1-10
Acte de congrès
voir la publicationCreationist conceptions of primary and secondary school teachers in nineteen countries
Contemporary Science Education Research: International Perspectives . 9786053640318 : 447-452
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationBiogeographical patterns of soil microbial communities at the scale of French metropolitan territory
13. International Symposium on Microbial Ecology ISME 13 . : 1 p.
Acte de congrès
voir la publicationBiogeography of soil microbial communities: a review and a description of the ongoing french national initiative
Agronomy for Sustainable Development . 30 ( 2 ) : 359-365
DOI: 10.1051/agro/2009033
Article dans une revue
voir la publicationMake Love Not War: When Should Less Competitive Males Choose Low-Quality but Defendable Females?
The American Naturalist . 175(6) : 650-661
Article dans une revue
voir la publicationAnalyse de la distribution des titres observés pour déterminer un seuil de positivité d’un test ELISA
Réunion annuelle du groupe « Tiques et Maladies Transmises » du « Réseau Ecologie Interactions Durable » (REID) . : 10 slides
Acte de congrès
voir la publicationadephylo: new tools for investigating the phylogenetic signal in biological traits
Bioinformatics . 26 ( 15 ) : 1907-1909
Article dans une revue
voir la publicationThe exploratory analysis of autocorrelation in animal-movement studies
Ecological Research . 25 ( 3 ) : 673-681
Article dans une revue
voir la publicationEvaluating variability and uncertainty separately in microbial quantitative risk assessment using two R packages
International Journal of Food Microbiology . 142 : 330-340
Article dans une revue
voir la publicationBiogéographie Microbienne: mythe ou réalité ?
Ecologie 2010 . : n.p.
Acte de congrès
voir la publicationOnline Reproducible Research: An Application to Multivariate Analysis of Bacterial DNA Fingerprint Data
The R Journal . 2 ( 1 ) : 44-52
Article dans une revue
voir la publicationDevelopment of partial life-cycle experiments to assess the effects of endocrine disruptors on the freshwater gastropod Lymnaea stagnalis; a case-study with vinclozolin.
Ecotoxicology . 19 ( 7 ) : 1312-1321
Article dans une revue
voir la publicationTeachers' conceptions of nature and environment in 16 countries
Journal of Environmental Psychology . 29 ( 4 ) : 407-413
Article dans une revue
voir la publicationDistance-based eigenvector maps (DBEM) to analyse metapopulation structure with irregular sampling
Ecological Modelling . 220 ( 20 ) : 2683-2689
Article dans une revue
voir la publicationStudying ecological communities from a neutral standpoint: a review of models' structure and parameter estimation
Ecological Modelling . 220 ( 20 ) : 2603-2610
Article dans une revue
voir la publicationContinental-scale patterns of cecropia of phenology: evidence from herbarium specimen
Impacts of Global Change on Tropical Ecosystems - cross-cutting the Abiotic, Biotic and Human Spheres .
Poster
voir la publicationA phylogenomic analysis of bacterial helix-turn-helix transcription factors
FEMS Microbiology Reviews . 33 ( 2 ) : 411-429
Article dans une revue
voir la publicationDistribution et déterminisme de la diversité des communautés de champignons telluriques à l'échelle de trois régions françaises
4ème colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne : le livre des résumés . : 91
Acte de congrès
voir la publicationControlled ectomycorrhization of an exotic legume tree species Acacia holosericea affects the structure of root nodule bacteria community and their symbiotic effectiveness on Faidherbia albida a native Sahelian Acacia
Soil Biology and Biochemistry . 41(6) : 1245-1252
Article dans une revue
voir la publicationBiogeographical patterns of soil bacterial communities
Environmental Microbiology Reports . 1 ( 4 ) : 251 - 255
Article dans une revue
voir la publicationMonitoring the Development of Nurse Plant Species to Improve the Performances of Reforestation Programs in Mediterranean Areas
incollection . -- : 443-450
Article dans une revue
voir la publicationAphylogenomic analysis of bacterial helix^turn^helix transcription factors
FEMS Microbiology Reviews . 33 : 411-429
Article dans une revue
voir la publication