Equipe Ecologie Quantitative et Evolutive des Communautés
Membres
Doctorante
UCBL
Professeure des universités
VetAgro-Sup
Tél : 33 04 72 43 27 56
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 27 57
Doctorant
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Post-doc
CNRS
Doctorante
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Professeur des universités
UCBL
Tél : 33 04 72 43 27 56
Professeur des universités
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 27 56
Attaché temporaire à l'enseignement et à la recherche
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 02
Maître de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 02
Nos activités de recherche, centrées sur les interactions interspécifiques (écologie des communautés) visent à mieux comprendre les processus écologiques et évolutifs structurant les assemblages d’espèces et la biodiversité à différentes échelles temporelles et spatiales. Notre équipe aborde ces questions majeures à l’aide de modèles biologiques contrastés (communautés de grands mammifères africains, d’insectes, microbiote, plantes) sous 3 angles complémentaires :
- Nos travaux sont fortement ancrés dans le cadre conceptuel de la biologie évolutive en étudiant (i) la diversité des réponses adaptatives mises en œuvre par les organismes face aux pressions sélectives de leur environnement, (ii) leurs conséquences sur la démographie des populations et à terme (iii) la dynamique et la composition des communautés d’espèces.
- Notre recherche est étroitement liée à des questions sociétales de conservation et de gestion de la biodiversité en intégrant à la fois le fonctionnement des systèmes socio-écologiques et le contexte du changement climatique. Nous menons des études expérimentales, gérons et assurons le suivi à long terme de plusieurs réseaux d’observation de communautés.
- La problématique méthodologique occupe également une place centrale dans notre équipe, avec le développement de nouveaux outils de traitement statistique et de modélisation de données écologiques. Cette activité conduit à l’élaboration de méthodes et logiciels que nous développons et distribuons librement.
Les programmes de recherche de l’équipe:
Le fonctionnement des communautés des savanes africaines
Le programme de recherches interdisciplinaires à long terme mené dans la Zone Atelier Hwange, au Zimbabwe, s’intéresse au fonctionnement des communautés animales et végétales au sein du parc national de Hwange et aux interactions entre cette aire protégée et les humains vivant à sa périphérie. Les recherches s’articulent autour de trois axes : (1) Dynamique de la population d’éléphants et effets de celle-ci et de sa gestion sur le fonctionnement du socio-écosystème ; (2) Interactions au sein et entre niveaux trophiques et réponses de ces interactions aux actions de gestion (e.g. chasse sportive, gestion de l’eau) et aux changements climatiques ; (3) Ecologie humaine et mécanismes de coexistence humains-faune sauvage pour une conservation intégrée et un fonctionnement durable du socio-écosystème. Ces recherches sont complétées par des travaux plus récents dans le parc de Hluhluwe-iMfolozi et la réserve de Madikwe, en Afrique du Sud, qui portent sur le rôle des conditions environnementales sur le succès de chasse des grands carnivores africains. Nous travaillons en collaboration étroite avec l’IRL (International Research Lab) Rehabs.
Membres de l’équipe impliqués : Alice Bernard, Laura Lacomme, Aïssa Morin, Lisa Nicvert, Elie Pedarros, Yolan Richard, Marion Valeix*
La reproduction des plantes pérennes : comprendre ses mécanismes et ses conséquences à l'échelle des communautés
La reproduction des plantes pérennes est souvent caractérisée par des fructifications hautement fluctuantes dans le temps et synchronisées à l’échelle de la population (masting). Nos suivis interannuels menés sur les chênes tempérés (Quercus spp), combinés à des travaux de modélisation, visent à mieux comprendre les causes proximales et évolutives du masting et à proposer des scenarii sur le devenir de la régénération des chênaies dans le contexte du changement climatique (Programme ANR ‘FOREPRO’). Le masting a d’importants effets en cascade (dynamiques et assemblage des espèces de plantes pérennes, de consommateurs de graines -insectes, oiseaux, mammifères-, jusqu’à l’épidémiologie de certaines maladies humaines). La modélisation explicite du masting nous permettra alors d’évaluer certaines des conséquences écosystémiques du changement climatique dans les forêts de régions tempérées. Ce programme, piloté par notre équipe, se développe en collaboration avec deux autres équipes du département d’écologie évolutive (Ecoépidémiologie Evolutionniste, Biodémographie Evolutive), trois Universités (Montpellier-CNRS-, Bordeaux-INRAE-, Paris-Saclay) et l’Office National des Forêts.
Membres de l’équipe impliqués : Marie-Claude Bel-Venner*, Emilie Fleurot, Léa Keurinck, Jean Lobry, Samuel Venner
La propagation des gènes d’antibiorésistance chez les bactéries
L’antibiorésistance est reconnue comme l'une des plus grandes menaces actuelles pour la santé humaine, et les éléments génétiques mobiles (MGEs) qui circulent dans les populations et communautés bactériennes en sont les principaux véhicules. Pour comprendre la dynamique et la diversité des MGEs dans les pangénomes bactériens et l’émergence des gènes d’antibiorésistance, nous proposons de dépasser le cadre de la génomique conventionnelle en considérant les pangénomes comme des communautés écologiques complexes. Dans le programme Ab-One, nous mobilisons les concepts et outils développés en écologie des communautés en nous appuyant sur une approche intégrative (suivis de populations/communautés bactériennes évoluant dans des environnements contrastés -approches One-Health-, analyses pangénomiques, expérimentation en microbiologie moléculaire et cellulaire, modélisation mathématique). Ce programme est actuellement centré sur la dynamique des MGEs chez Acinetobacter baumannii, un micro-organisme antibiorésistant classé prioritaire par l'OMS. D’autres approches plus généralistes illustreront la pertinence de ce nouveau cadre conceptuel pour comprendre la dynamique et diversité des MGEs dans les pangénomes bactériens. Ce programme, co-piloté par notre équipe et une équipe du CIRI (Horigene) implique la participation de 9 organismes (6 lyonnais -LBBE, CIRI, MMSB, HCL, LEM, VetAgro Sup-, Institut Pasteur (Paris), LMGM (Toulouse), Robert Koch Institut (Allemagne)).
Membres de l’équipe impliqués : Stéphane Dray, Rémi Tuffet, Samuel Venner*
L’analyse statistique de données écologiques
L’étude de la structure et de la dynamique des assemblages d’espèces et la compréhension des processus qui en sont à l’origine nécessite la collecte de données dont la nature se complexifie avec les développements technologiques pour leur acquisition (e.g. GPS, loggers, imagerie satellite, données moléculaires). Les méthodes d'analyse de ces données offrent de nouvelles perspectives sur les processus écologiques à l'œuvre dans les communautés. Les méthodes d’analyse multivariée permettent ainsi d’analyser les structures spatiales, en intégrant des informations sur les espèces (traits fonctionnels, morphologie, phylogénie), la variation spatio-temporelle des relations espèces-environnement ou sur la diversité de la perception de la relation hommes-aires protégées. Nous modélisons aussi des données multi-’omiques’ de type dose-réponse au sein des communautés afin de mieux comprendre les chemins des effets adverses (Adverse Outcome Pathway) et mieux en apprécier les risques pour l’environnement. Ces innovations méthodologiques sont mises à la disposition de la communauté scientifique à travers le développement, la distribution et la maintenance de logiciels (librairies pour le langage R : ade4 , adegraphics , adephylo , ade4TkGUI , nlstools , fitdistrplus , DRomics , seqinr ).
Membres de l’équipe impliqués : Marie Laure Delignette-Muller, Stéphane Dray*, Jean Lobry, Jean Thioulouse.
Publications
Affichage des publications 331 à 360 sur 572 au total
Evaluating variability and uncertainty separately in microbial quantitative risk assessment using two R packages
International Journal of Food Microbiology . 142 : 330-340
Article dans une revue
voir la publicationBiogéographie Microbienne: mythe ou réalité ?
Ecologie 2010 . : n.p.
Acte de congrès
voir la publicationOnline Reproducible Research: An Application to Multivariate Analysis of Bacterial DNA Fingerprint Data
The R Journal . 2 ( 1 ) : 44-52
Article dans une revue
voir la publicationDevelopment of partial life-cycle experiments to assess the effects of endocrine disruptors on the freshwater gastropod Lymnaea stagnalis; a case-study with vinclozolin.
Ecotoxicology . 19 ( 7 ) : 1312-1321
Article dans une revue
voir la publicationContinental-scale patterns of cecropia of phenology: evidence from herbarium specimen
Impacts of Global Change on Tropical Ecosystems - cross-cutting the Abiotic, Biotic and Human Spheres .
Poster
voir la publicationA phylogenomic analysis of bacterial helix-turn-helix transcription factors
FEMS Microbiology Reviews . 33 ( 2 ) : 411-429
Article dans une revue
voir la publicationDistribution et déterminisme de la diversité des communautés de champignons telluriques à l'échelle de trois régions françaises
4ème colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne : le livre des résumés . : 91
Acte de congrès
voir la publicationControlled ectomycorrhization of an exotic legume tree species Acacia holosericea affects the structure of root nodule bacteria community and their symbiotic effectiveness on Faidherbia albida a native Sahelian Acacia
Soil Biology and Biochemistry . 41(6) : 1245-1252
Article dans une revue
voir la publicationBiogeographical patterns of soil bacterial communities
Environmental Microbiology Reports . 1 ( 4 ) : 251 - 255
Article dans une revue
voir la publicationMonitoring the Development of Nurse Plant Species to Improve the Performances of Reforestation Programs in Mediterranean Areas
incollection . -- : 443-450
Article dans une revue
voir la publicationAphylogenomic analysis of bacterial helix^turn^helix transcription factors
FEMS Microbiology Reviews . 33 : 411-429
Article dans une revue
voir la publicationDEBtox theory and matrix population models as helpful tools in understanding the interaction between toxic cyanobacteria and zooplankton
Journal of Theoretical Biology . 258 : 380-388
Article dans une revue
voir la publicationPatterns biogéographiques de la diversité bactérienne des sols à l'échelle du territoire national
Congrès AFEM (Association Francophone pour l'Ecologie Microbienne . : n.p.
Acte de congrès
voir la publicationMicrobial-biogeography at the scale of France by the use of molecular tools applied to the French soil quality monitoring network (RMQS)
BAGECO10 .
Acte de congrès
voir la publicationPrédiction des propriétés du sol à l’échelle nationale à partir des données du RMQS : Exemple des Éléments Trace Métalliques
10. Journées d'Etude des Sols .
Acte de congrès
voir la publicationDiversité des communautés microbiennes telluriques à l'échelle du territoire national
Journées d'Etude des Sols . : 151-152
Acte de congrès
voir la publicationECOMIC-RMQS : biogéographie microbienne à l’échelle de la France. Etat d’avancement et premiers résultats
Étude et Gestion des Sols . 16 ( 3-4 ) : 219-231
Article dans une revue
voir la publicationEcophysiological attributes of adult overwintering in insects: insights from a field study of the nut weevil, Curculio nucum
Physiological Entomology . 34 : 61-70
Article dans une revue
voir la publicationLes Harttiini (Siluriformes, Loricariidae) des Guyanes : phylogénie et évolution des formes ou variation sur un même thème
4. Rencontres de l'Ichtyologie en France .
Acte de congrès
voir la publicationDynamics of transposable elements:towards a community ecology of the genome
Trends in Genetics . 25(7) : 317-323
Article dans une revue
voir la publicationSpatially heterogeneous stochasticity and the adaptive diversification of dormancy
Journal of Evolutionary Biology . 22 : 2094-2103
Article dans une revue
voir la publicationDEBtox theory and matrix population models as helpful tools in understanding the interaction between toxic cyanobacteria and zooplankton
Journal of Theoretical Biology . 258 ( 3 ) : 380
Article dans une revue
voir la publicationReBaStaBa: handling Bayesian networks with R
The R User Conference 2009 .
Acte de congrès
voir la publicationFitting parametric distributions using R : the fitdistrplus package
The 5th R useR conference Agrocampus Ouest . : 47
Acte de congrès
voir la publicationQuantitative Risk Assessment of Listeria monocytogenes in French cold-smoked Salmon: II. Risk Characterization
Risk Analysis . 29 ( 6 ) : 806-819
Article dans une revue
voir la publicationFate of acid-resistant and non-acid resistant Shiga toxin-producing Escherichia coli strains in experimentally contaminated French fermented raw meat sausages
International Journal of Food Microbiology . 129(3) : 264-270
Article dans une revue
voir la publicationFinding essential scales of spatial variation in ecological data: a multivariate approach
Ecography . 32(1) : 161-168
Article dans une revue
voir la publicationThe concept of animals trajectories from a data analysis perspective
Ecological Informatics . 4 ( 1 ) : 34-41
Article dans une revue
voir la publicationResponding to spatial and temporal variations in predation risk: space use of a game species in a changing landsape of fear
Canadian Journal of Zoology . 87 : 1129-1137
DOI: 10.1139/Z09-101
Article dans une revue
voir la publicationEcomic - RMQs : Cartographie de la diversité microbienne des sols à l'échelle de la France
4ème Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM) . : 1 p.
Acte de congrès
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