Recherches en cours
La reproduction des plantes pérennes : comprendre ses mécanismes et ses conséquences à l'échelle des communautés
La reproduction des plantes pérennes est souvent caractérisée par des fructifications hautement fluctuantes dans le temps et synchronisées à l’échelle de la population (masting). Nos suivis interannuels menés sur les chênes tempérés (Quercus spp), combinés à des travaux de modélisation, visent à mieux comprendre les causes proximales et évolutives du masting et à proposer des scenarii sur le devenir de la régénération des chênaies dans le contexte du changement climatique (Programme ANR ‘FOREPRO’). Le masting a d’importants effets en cascade (dynamiques et assemblage des espèces de plantes pérennes, de consommateurs de graines -insectes, oiseaux, mammifères-, jusqu’à l’épidémiologie de certaines maladies humaines). La modélisation explicite du masting nous permettra alors d’évaluer certaines des conséquences écosystémiques du changement climatique dans les forêts de régions tempérées. Ce programme, piloté par notre équipe, se développe en collaboration avec deux autres équipes du département d’écologie évolutive (Ecoépidémiologie Evolutionniste, Biodémographie Evolutive), trois Universités (Montpellier-CNRS-, Bordeaux-INRAE-, Paris-Saclay) et l’Office National des Forêts.
Membres de l’équipe impliqués : MC Bel-Venner, E Fleurot, L Keurinck, J Lobry, S Venner
La propagation des gènes d’antibiorésistance chez les bactéries
L’antibiorésistance est reconnue comme l'une des plus grandes menaces actuelles pour la santé humaine, et les éléments génétiques mobiles (MGEs) qui circulent dans les populations et communautés bactériennes en sont les principaux véhicules. Pour comprendre la dynamique et la diversité des MGEs dans les pangénomes bactériens et l’émergence des gènes d’antibiorésistance, nous proposons de dépasser le cadre de la génomique conventionnelle en considérant les pangénomes comme des communautés écologiques complexes. Dans le programme Ab-One, nous mobilisons les concepts et outils développés en écologie des communautés en nous appuyant sur une approche intégrative (suivis de populations/communautés bactériennes évoluant dans des environnements contrastés -approches One-Health-, analyses pangénomiques, expérimentation en microbiologie moléculaire et cellulaire, modélisation mathématique). Ce programme est actuellement centré sur la dynamique des MGEs chez Acinetobacter baumannii, un micro-organisme antibiorésistant classé prioritaire par l'OMS. D’autres approches plus généralistes illustreront la pertinence de ce nouveau cadre conceptuel pour comprendre la dynamique et diversité des MGEs dans les pangénomes bactériens. Ce programme, co-piloté par notre équipe et une équipe du CIRI (Horigene) implique la participation de 9 organismes (6 lyonnais -LBBE, CIRI, MMSB, HCL, LEM, VetAgro Sup-, Institut Pasteur (Paris), LMGM (Toulouse), Robert Koch Institut (Allemagne)).
Membres de l’équipe impliqués S Dray, R Tuffet, S Venner
Liste de publications :
https://scholar.google.fr/citations?user=0KckCcAAAAAJ&hl=fr&oi=sra
Publications
Affichage des publications 1 à 30 sur 43 au total
Oak masting drivers vary between populations depending on their climatic environments
Current Biology - CB . 33 ( 6 ) : 1117-1124.e4
Article dans une revue
voir la publicationThe CV is dead, long live the CV !
Methods in Ecology and Evolution .
Article dans une revue
voir la publicationInterbacterial Transfer of Carbapenem Resistance and Large Antibiotic Resistance Islands by Natural Transformation in Pathogenic Acinetobacter
mBio . 13 ( 1 ) : e02631-21
Article dans une revue
voir la publicationCounter‐gradient variation of reproductive effort in a widely distributed temperate oak Quercus petraea
Functional Ecology . : 1-11
Article dans une revue
voir la publicationWithin-host genetic micro-diversity of Mycobacterium tuberculosis and the link with tuberculosis disease features
Pré-publication
voir la publicationRifampicin exposure reveals within-host Mycobacterium tuberculosis diversity in patients with delayed culture conversion
PLoS Pathogens . 17 ( 6 ) : e1009643
Article dans une revue
voir la publicationScarless Removal of Large Resistance Island AbaR Results in Antibiotic Susceptibility and Increased Natural Transformability in Acinetobacter baumannii
Antimicrobial Agents and Chemotherapy . 64 ( 10 ) : e00951-20
DOI: 10.1128/AAC.00951-20
Article dans une revue
voir la publicationResource manipulation through experimental defoliation has legacy effects on allocation to reproductive and vegetative organs in Quercus ilex
Annals of Botany . 126 ( 7 ) : 1165-1179
DOI: 10.1093/aob/mcaa137
Article dans une revue
voir la publicationBacterial Transformation Buffers Environmental Fluctuations through the Reversible Integration of Mobile Genetic Elements
mBio . 11 ( 2 ) : e02443-19
Article dans une revue
voir la publicationHow does increasing mast seeding frequency affect population dynamics of seed consumers? Wild boar as a case study
Ecological Applications . : 1-11
DOI: 10.1002/eap.2134
Article dans une revue
voir la publicationScarless Removal of Large Resistance Island AbaR Results in Antibiotic Susceptibility and Increased Natural Transformability in Acinetobacter baumannii
Antimicrobial Agents and Chemotherapy . 64 ( 10 )
DOI: 10.1128/AAC.00951-20
Article dans une revue
voir la publicationFlower phenology as a disruptor of the fruiting dynamics in temperate oak species
New Phytologist . 225 ( 3 ) : 1181-1192
DOI: 10.1111/nph.16224
Article dans une revue
voir la publicationPollen limitation as a main driver of fruiting dynamics in oak populations
Ecology Letters . 22 ( 1 ) : 98-107
DOI: 10.1111/ele.13171
Article dans une revue
voir la publicationThe ground plot counting method: A valid and reliable assessment tool for quantifying seed production in temperate oak forests?
Forest Ecology and Management . 430 : 143-149
Article dans une revue
voir la publicationThe ground plot counting method: A valid and reliable assessment tool for quantifying seed production in temperate oak forests?
Forest Ecology and Management . 430 : 143-149
Article dans une revue
voir la publicationIncreasing Spring temperature favors oak seed production in temperate areas
EGU General Assembly 2017 . 19 : np
Poster
voir la publicationEcological networks to unravel the routes to horizontal transposon transfers
PLoS Biology . 15 ( 2 ) : np
Article dans une revue
voir la publicationIncreasing spring temperatures favor oak seed production in temperate areas
Scientific Reports . 7 ( 1 ) : 1-8
Article dans une revue
voir la publicationFruiting Strategies of Perennial Plants: A Resource Budget Model to Couple Mast Seeding to Pollination Efficiency and Resource Allocation Strategies
The American Naturalist . 188 ( 1 ) : 66-75
DOI: 10.1086/686684
Article dans une revue
voir la publicationRevisiting the link between breeding effort and oxidative balance through field evaluation of two sympatric sibling insect species
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 69 ( 3 ) : 815–822
DOI: 10.1111/evo.12586
Article dans une revue
voir la publicationDetermining the instar of a weevil larva (Coleoptera: Curculionidae) using a parsimonious method
European Journal of Entomology . 111 ( 4 ) : 567-573
Article dans une revue
voir la publicationFrom Income to Capital Breeding: When Diversified Strategies Sustain Species Coexistence
PLoS ONE . 8 ( 9 ) : e76086
Article dans une revue
voir la publicationEcologie prédictive & changement planétaire
Prospective de l'Institut écologie & environnement du CNRS . hors s\'{e}rie : 9-44
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationEndosymbiont diversity among sibling weevil species competing for the same resource
BMC Evolutionary Biology . 13 : 28
Article dans une revue
voir la publicationPutative endosymbiont-mediated coexistence of weevil sibling species competing with each other
7. International Symbiosis Society (ISS) Congress "The earth’s vast symbiosphere" .
Poster
voir la publicationContrasted breeding strategies in four sympatric sibling insect species: when a proovigenic and capital breeder copes with a stochastic environment
Functional Ecology . 26 ( 1 ) : 198-206
Article dans une revue
voir la publicationA handbook for uncovering the complete energetic budget in insects: the van Handel's method (1985) revisited
Physiological Entomology . 37 ( 3 ) : 295-302
Article dans une revue
voir la publicationIdentification at the larval stage of four Curculio species coexisting on oak trees using PCR-RFLP
Entomologia Experimentalis et Applicata . 138 : 77-82
Article dans une revue
voir la publicationCoexistence of Insect Species competing for a pulsed resource: toward a unified theory of biodiversity in fluctuating environments
PLoS ONE . 6 ( 3 ) : e18039
Article dans une revue
voir la publicationMake Love Not War: When Should Less Competitive Males Choose Low-Quality but Defendable Females?
The American Naturalist . 175(6) : 650-661
Article dans une revue
voir la publication