Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
Stagiaire
UCBL
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
Doctorante
UCBL
Enseignant-chercheur CPJ
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Doctorant
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
Directeur de recherche
CNRS
Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
Chercheur invité
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 181 à 210 sur 1098 au total
A Sample-to-Report Solution for Taxonomic Identification of Cultured Bacteria in the Clinical Setting Based on Nanopore Sequencing
Journal of Clinical Microbiology . 58 ( 6 ) : 1128
DOI: 10.1128/JCM.00060-20
Article dans une revue
voir la publicationEvidence for Dosage Compensation in Coccinia grandis, a Plant with a Highly Heteromorphic XY System
Genes . 11 ( 7 ) : 787
Article dans une revue
voir la publicationY chromosome makes fruit flies die younger
Peer Community In Evolutionary Biology . : 100105
Autre publication
voir la publicationPopulation genomics supports clonal reproduction and multiple independent gains and losses of parasitic abilities in the most devastating nematode pest
Evolutionary Applications . 13 : 442-457
DOI: 10.1111/eva.12881
Article dans une revue
voir la publicationFrom conservation to structure, studies of magnetosome associated cation diffusion facilitators (CDF) proteins in Proteobacteria
PLoS ONE . 15 ( 4 ) : e0231839
Article dans une revue
voir la publicationIsotopic systematics point to wild origin of mummified birds in Ancient Egypt
Scientific Reports . 10 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationThe Gauls experienced the Roman Warm Period: Oxygen isotope study of the Gallic site of Thézy-Glimont, Picardie, France
Journal of Archaeological Science: Reports . 34 : 102595
Article dans une revue
voir la publicationMetapopulation ecology links antibiotic resistance, consumption, and patient transfers in a network of hospital wards
eLife . 9
DOI: 10.7554/eLife.54795
Article dans une revue
voir la publicationDickeya poaceiphila sp. nov., a plant-pathogenic bacterium isolated from sugar cane (Saccharum officinarum)
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 70 ( 8 ) : 4508-4514
Article dans une revue
voir la publicationδ18O and δ13C of diagenetic land snail shells from the Pliocene (Zanclean) of Lanzarote, Canary Archipelago: Do they still record some climatic parameters?
Journal of African Earth Sciences . 162 : 103702
Article dans une revue
voir la publicationFitting diversification models on undated or partially dated trees
Peer Community In Evolutionary Biology . : 100088
Autre publication
voir la publicationPhylogenomics and Genome Annotation
Phylogenetics in the Genomic Era . : 4.1:1--4.1:26
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationStudying genetic antagonisms as drivers of genome evolution
Peer Community In Evolutionary Biology .
Article dans une revue
voir la publicationSyndrome de Klinefelter, rôle du chromosome Y dans l’espérance de vie humaine ?
36ème Congrès de la Société Française d'Endocrinologie (SFE Marseille 2020) . 81 ( 4 ) : 194
Acte de congrès
voir la publicationMindfulness-Based Programs Improve Psychological Flexibility, Mental Health, Well-Being, and Time Management in Academics
European Journal of Investigation in Health, Psychology and Education . 10 ( 4 ) : 1035-1050
Article dans une revue
voir la publicationBedrock radioactivity influences the rate and spectrum of mutation
eLife . 9 : e56830
DOI: 10.7554/eLife.56830
Article dans une revue
voir la publicationKey role of chromosomal mobile genetic elements transferring by conjugation in the dissemination of antimicrobial resistance in Streptococcus suis
8th symposium on Antimicrobial Resistance in Animal and Environment .
Acte de congrès
voir la publicationThe ICE/IME Finder approach and its application to ICE/IME annotation in Streptococcus.
8th symposium on Antimicrobial Resistance in Animal and Environment .
Acte de congrès
voir la publicationThe ICE/IME Finder approach and its application to ICE/IME annotation in Streptococcus
4th International Workshop on Streptococcus suis .
Poster
voir la publicationNaturally radioactive environments influence the rate and spectrum of mutation
Annual conference of the Society for Molecular Biology and Evolution .
Poster
voir la publicationDevelopment of a dual RNA-seq strategy to unravel the molecular bases of host-symbiont interactions
Journée scientifique de la FR BioEnviS .
Poster
voir la publicationKey role of chromosomal mobile genetic elements transferred by conjugation in the dissemination of antimicrobial resistance in S. suis
4th International Workshop on Streptococcus suis .
Acte de congrès
voir la publicationDevelopment of a dual RNA-seq strategy to unravel the molecular bases of host-symbiont interactions
Auvergne Rhône-Alpes Regional Workshop on Microbiome .
Poster
voir la publicationArchaic mitochondrial DNA inserts in modern day nuclear genomes
BMC Genomics . 20 ( 1 ) : 1017
Article dans une revue
voir la publicationContrasting Paternal and Maternal Genetic Histories of Thai and Lao Populations
Molecular Biology and Evolution . 36 : 1490 - 1506
Article dans une revue
voir la publicationSharing of heteroplasmies between human liver lobes varies across the mtDNA genome
Scientific Reports . 9 : 11219
Article dans une revue
voir la publicationThe Current Genomic Landscape of Western South America: Andes, Amazonia, and Pacific Coast
Molecular Biology and Evolution . 36 ( 12 ) : 2698 - 2713
Article dans une revue
voir la publicationWGS-based telomere length analysis in Dutch family trios implicates stronger maternal inheritance and a role for RRM1 gene
Scientific Reports . 9 : 18758
Article dans une revue
voir la publicationMultiple Deeply Divergent Denisovan Ancestries in Papuans
Cell .
Article dans une revue
voir la publicationEvidence of Austronesian Genetic Lineages in East Africa and South Arabia: Complex Dispersal from Madagascar and Southeast Asia
Genome Biology and Evolution . 11 ( 3 ) : 748-758
DOI: 10.1093/gbe/evz028
Article dans une revue
voir la publication