Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
Stagiaire
UCBL
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
Doctorante
UCBL
Enseignant-chercheur CPJ
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Doctorant
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
Directeur de recherche
CNRS
Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
Chercheur invité
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 121 à 150 sur 1098 au total
The Effects of GC-Biased Gene Conversion on Patterns of Genetic Diversity among and across Butterfly Genomes
Genome Biology and Evolution . 13 ( 5 )
DOI: 10.1093/gbe/evab064
Article dans une revue
voir la publicationLes isotopes de l'hydrogène contenus dans les tissus osseux et dentaires de populations archéologiques et leurs usages comme proxys paléoclimatiques et paléoalimentaires
27e édition de la Réunion des Sciences de la Terre .
Acte de congrès
voir la publicationThe human gut microbiome and health inequities
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 118 ( 25 ) : e2017947118
Article dans une revue
voir la publicationNo evidence for female kin association, indications for extragroup paternity, and sex‐biased dispersal patterns in wild western gorillas
Ecology and Evolution . 11 ( 12 ) : 7634-7646
DOI: 10.1002/ece3.7596
Article dans une revue
voir la publicationElevated rates of horizontal gene transfer in the industrialized human microbiome
Cell . 184 ( 8 ) : 2053-2067.e18
Article dans une revue
voir la publicationChanges in the Human Gut Microbiota Associated With Colonization by Blastocystis sp. and Entamoeba spp. in Non-Industrialized Populations
Frontiers in Cellular and Infection Microbiology . 11 : 533528
Article dans une revue
voir la publicationThe Molecular Determinants of Thermoadaptation: Methanococcales as a Case Study
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 5 ) : 1761–1776
Article dans une revue
voir la publicationDILS: Demographic inferences with linked selection by using ABC
Molecular Ecology Resources .
Article dans une revue
voir la publicationMassive colonization of protein-coding exons by selfish genetic elements in Paramecium germline genomes
PLoS Biology . 19 ( 7 ) : e3001309
Article dans une revue
voir la publicationSeaview Version 5: A Multiplatform Software for Multiple Sequence Alignment, Molecular Phylogenetic Analyses, and Tree Reconciliation
Multiple Sequence Alignment . 2231 : 241-260
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationResurrection of Ancestral Malate Dehydrogenases Reveals the Evolutionary History of Halobacterial Proteins : Deciphering Gene Trajectories and Changes in Biochemical Properties
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 9 ) : 3754-3774
Article dans une revue
voir la publicationStructural and functional analysis of the Francisella lysine decarboxylase as a key actor in oxidative stress resistance
Scientific Reports . 11 ( 1 ) : 972
Article dans une revue
voir la publicationNatural Selection beyond Life? A Workshop Report
Life . 11 ( 10 ) : 1051
DOI: 10.3390/life11101051
Article dans une revue
voir la publicationQuantifying the impact of changes in effective population size and expression level on the rate of coding sequence evolution
Theoretical Population Biology . 142 : 57-66
Article dans une revue
voir la publicationInferring Long-Term Effective Population Size with Mutation–Selection Models
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 10 ) : 4573-4587
Article dans une revue
voir la publicationLong-Lived Species of Bivalves Exhibit Low MT-DNA Substitution Rates
Frontiers in Molecular Biosciences . 8
Article dans une revue
voir la publicationThe Transposable Element Environment of Human Genes Differs According to Their Duplication Status and Essentiality
Genome Biology and Evolution . 13 ( 5 )
DOI: 10.1093/gbe/evab062
Article dans une revue
voir la publicationA Comprehensive Evolutionary Scenario of Cell Division and Associated Processes in the Firmicutes
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 6 ) : 2396-2412
Article dans une revue
voir la publicationPlant genera Cannabis and Humulus share the same pair of well-differentiated sex chromosomes
New Phytologist . 231 ( 4 ) : 1599-1611
DOI: 10.1111/nph.17456
Article dans une revue
voir la publicationComplete genome of Bradyrhizobium sp. strain BDV5419, representative of Australian genospecies L
Microbiology Resource Announcements . 10 ( 8 ) : e00042-21
DOI: 10.1128/MRA.00042-21
Article dans une revue
voir la publicationComplete Genome Sequence of Bradyrhizobium sp. Strain BDV5040, Representative of Widespread Genospecies B in Australia
Microbiology Resource Announcements . 10 ( 3 ) : e01326-20
DOI: 10.1128/MRA.01326-20
Article dans une revue
voir la publicationReconstruction of body mass evolution in the Cetartiodactyla and mammals using phylogenomic data.
Peer Community Journal . 1 : e42
Article dans une revue
voir la publicationTransposable element activity in the transcriptomic analysis of mouse pancreatic tumors
Pré-publication
voir la publicationA new tool to cross and analyze TE and gene annotations
Peer Community In Genomics . : 100010
Autre publication
voir la publicationA Bayesian Mutation–Selection Framework for Detecting Site-Specific Adaptive Evolution in Protein-Coding Genes
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 3 ) : 1199-1208
Article dans une revue
voir la publicationUniversal probabilistic programming offers a powerful approach to statistical phylogenetics
Communications Biology . 4 ( 1 ) : 244
Article dans une revue
voir la publicationReconstructing the History of Variation in Effective Population Size along Phylogenies
Genome Biology and Evolution . 13 ( 8 )
DOI: 10.1093/gbe/evab150
Article dans une revue
voir la publicationClimatic change and diet of the pre-Hispanic population of Gran Canaria (Canary Archipelago, Spain) during the Medieval Warm Period and Little Ice Age
Journal of Archaeological Science . 128 : 105336
Article dans une revue
voir la publicationEpigenetics drive the evolution of sex chromosomes in animals and plants
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 376 ( 1826 ) : 20200124
Article dans une revue
voir la publication