Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
Stagiaire
UCBL
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
Doctorante
UCBL
Enseignant-chercheur CPJ
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Doctorant
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
Directeur de recherche
CNRS
Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
Chercheur invité
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 241 à 270 sur 1095 au total
The Comoros Show the Earliest Austronesian Gene Flow into the Swahili Corridor
American Journal of Human Genetics . 102 ( 1 ) : 58-68
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voir la publicationCultural Innovations Influence Patterns of Genetic Diversity in Northwestern Amazonia
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 11 ) : 2719-2735
Article dans une revue
voir la publicationBiased Inference of Selection Due to GC-Biased Gene Conversion and the Rate of Protein Evolution in Flycatchers When Accounting for It
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 10 ) : 2475-2486
Article dans une revue
voir la publicationSex‐biased gene expression, sexual antagonism and levels of genetic diversity in the collared flycatcher ( Ficedula albicollis ) genome
Molecular Ecology . 27 ( 18 ) : 3572-3581
DOI: 10.1111/mec.14789
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voir la publicationPositive selection on human gamete-recognition genes
PeerJ . 6 : e4259
DOI: 10.7717/peerj.4259
Article dans une revue
voir la publicationClose inbreeding and low genetic diversity in Inner Asian human populations despite geographical exogamy
Scientific Reports . 8 : 9397
Article dans une revue
voir la publicationA novel subfamily of bacterial AAT-fold basic amino acid decarboxylases and functional characterization of its first representative: Pseudomonas aeruginosa LdcA
Genome Biology and Evolution . 10 ( 11 ) : 3058-3075
DOI: 10.1093/gbe/evy228
Article dans une revue
voir la publicationProgress and Prospects in Gender Visibility at SMBE Annual Meetings
Genome Biology and Evolution . 10 ( 3 ) : 901-908
DOI: 10.1093/gbe/evy056
Article dans une revue
voir la publicationUnbiased Estimate of Synonymous and Nonsynonymous Substitution Rates with Nonstationary Base Composition
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 3 ) : 734-742
Article dans une revue
voir la publicationLoss-of-Function Mutations in UNC45A Cause a Syndrome Associating Cholestasis, Diarrhea, Impaired Hearing, and Bone Fragility
American Journal of Human Genetics . 102 ( 3 ) : 364 - 374
Article dans une revue
voir la publicationPASTA repeats of the protein kinase StkP interconnect cell constriction and separation of Streptococcus pneumoniae
Nature Microbiology . 3 ( 2 ) : 197-209
Article dans une revue
voir la publicationObligate sugar oxidation in Mesotoga spp., phylum Thermotogae , in the presence of either elemental sulfur or hydrogenotrophic sulfate-reducers as electron acceptor
Environmental Microbiology . 20 ( 1 ) : 281-292
Article dans une revue
voir la publicationConditional Approximate Bayesian Computation: A New Approach for Across-Site Dependency in High-Dimensional Mutation–Selection Models
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 11 ) : 2819-2834
Article dans une revue
voir la publicationPopulation specific dynamics and selection patterns of transposable element insertions in European natural populations
Molecular Ecology . : 1-17
DOI: 10.1111/mec.14963
Article dans une revue
voir la publicationLife History Traits Impact the Nuclear Rate of Substitution but Not the Mitochondrial Rate in Isopods
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 12 ) : 2900-2912
Article dans une revue
voir la publicationPRDM9 Methyltransferase Activity Is Essential for Meiotic DNA Double-Strand Break Formation at Its Binding Sites
Molecular Cell . 69 ( 5 ) : 853 - 865.e6
Article dans une revue
voir la publicationCodon Usage Bias in Animals: Disentangling the Effects of Natural Selection, Effective Population Size, and GC-Biased Gene Conversion
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 5 ) : 1092 - 1103
Article dans une revue
voir la publicationGenomic study of a novel magnetotactic Alphaproteobacteria uncovers the multiple ancestry of magnetotaxis
Environmental Microbiology .
Article dans une revue
voir la publicationExtreme halophilic archaea derive from two distinct methanogen Class II lineages
Molecular Phylogenetics and Evolution . 127 : 46-54
Article dans une revue
voir la publicationHighly Reduced Genome of the New Species Mycobacterium uberis, the Causative Agent of Nodular Thelitis and Tuberculoid Scrotitis in Livestock and a Close Relative of the Leprosy Bacilli
MSphere . 3 ( 5 ) : e00405-18
Article dans une revue
voir la publicationChanging patterns of human migrations shaped the global population structure of Mycobacterium tuberculosis in France
Scientific Reports . 8 ( 1 ) : 5855
Article dans une revue
voir la publicationTsunami sedimentary deposits of Crete records climate during the ‘Minoan Warming Period’ (≈3350 yr BP)
The Holocene .
Article dans une revue
voir la publicationMultiple convergent supergene evolution events in mating-type chromosomes
Nature Communications . 9 ( 1 ) : 2000
Article dans une revue
voir la publicationThe sunflower genome provides insights into Asterid evolution and relationships between paleoploidization and the genetic architecture of a major breeding trait
Second Joint Congress on Evolutionary Biology .
Acte de congrès
voir la publicationThe Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses
Nature Genetics . 50 ( 6 ) : 772-777
Article dans une revue
voir la publicationSex gap in aging and longevity: can sex chromosomes play a role?
Biology of Sex Differences . 9 ( 1 ) : 1-14
Article dans une revue
voir la publicationAmphioxus functional genomics and the origins of vertebrate gene regulation
Nature . 564 ( 7734 ) : 64-70
Article dans une revue
voir la publicationA Survey and a Positive Psychology Intervention on French PhD Student Well-being
International Journal of Doctoral Studies . 13 : 109-138
DOI: 10.28945/3948
Article dans une revue
voir la publicationGenomic imprinting mediates dosage compensation in a young plant XY system
Nature Plants . 4 ( 9 ) : 677-680
Article dans une revue
voir la publicationIntegrative Mobilizable Element (IMEs): a reservoir of antibiotic resistance genes in the zoonotic pathogen Streptococcus suis
GDR 3546 - Les elements mobiles du mécanisme aux populations, une approche intégrative .
Acte de congrès
voir la publication