Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Membres

Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).

Évolution de l'architecture et de l'expression du génome

Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.

Phylogénomique

Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.

Enseignement et vulgarisation

Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).

Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !

Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.

Publications

Affichage des publications 31 à 60 sur 1098 au total

Small ruminants versus endogenous retroviruses: an evolutive showdown still in progress in the domestic goat genome

Marie Verneret, Caroline Leroux, Vincent Navratil, Thomas Faraut, Jocelyn Turpin, Emmanuelle Lerat

International congress on transposable elements .

Poster

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A genome-wide study of ruminants reveals two endogenous retrovirus families still active in goats

Marie Verneret, Caroline Leroux, Thomas Faraut, Vincent Navratil, Emmanuelle Lerat, Jocelyn Turpin

DOI: 10.1101/2024.06.21.600049

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Look4LTRs: a Long terminal repeat retrotransposon detection tool capable of cross species studies and discovering recently nested repeats

Anthony B. Garza, Emmanuelle Lerat, Hani Z. Girgis

Mobile DNA . 15 ( 1 ) : 8

DOI: 10.1186/s13100-024-00317-w

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Diversité et diversification des Pectobacteriaceae, une famille de bactéries phytopathogènes d’importance mondiale

Céline Brochier, Nicole Hugouvieux-Cotte-Pattat, Jean-Pierre Flandrois, Sylvie Reverchon, Jérôme Briolay

Cahiers Scientifiques de la Fondation Pierre Vérots . ( 10 ) : 19-29

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ISMB/ECCB 2023 organization benefited from the strengths of the French bioinformatics community

Anna-Sophie Fiston-Lavier, Sandra Dérozier, Guy Perrière, Marie-France Sagot

Bioinformatics Advances . 4 ( 1 ) : vbae040

DOI: 10.1093/bioadv/vbae040

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Bradyrhizobium hardenbergiae sp. nov., isolated from Hardenbergia violacea in Australia, represents a novel basal lineage of the B. elkanii supergroup

Bénédicte Lafay, Elina Coquery, Phil M. Oger

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A Wright–Fisher graph model and the impact of directional selection on genetic variation

Ingemar Kaj, Carina Mugal, Rebekka Müller-Widmann

Theoretical Population Biology . 159 : 13-24

DOI: 10.1016/j.tpb.2024.07.004

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Investigating demic versus cultural diffusion and sex bias in the spread of Austronesian languages in Vietnam

Dinh Huong Thao, Tran Huu Dinh, Shigeki Mitsunaga, La Duc Duy, Nguyen Thanh Phuong, Nguyen Phuong Anh...

PLoS ONE . 19 ( 6 ) : e0304964

DOI: 10.1371/journal.pone.0304964

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Complete mitochondrial genomes of patients from Thailand with cardiovascular diseases

Wipada Woravatin, Rattanasak Wongkomonched, Wichittra Tassaneeyakul, Mark Stoneking, Pattarapong Makarawate, Wibhu Kutanan

PLoS ONE . 19 ( 7 ) : e0307036

DOI: 10.1371/journal.pone.0307036

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GTDrift: a resource for exploring the interplay between genetic drift, genomic and transcriptomic characteristics in eukaryotes

Florian Bénitière, Laurent Duret, Anamaria Necsulea

NAR Genomics and Bioinformatics . 6 ( 2 ) : lqae064

DOI: 10.1093/nargab/lqae064

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Regulatory and evolutionary impact of DNA methylation in two songbird species and their naturally occurring F1 hybrids

Jesper Boman, Anna Qvarnström, Carina Mugal

BMC Biology . 22 ( 1 ) : 124

DOI: 10.1186/s12915-024-01920-2

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High prevalence of PRDM9-independent recombination hotspots in placental mammals

Julien Joseph, Djivan Prentout, Alexandre Laverré, Théo Tricou, Laurent Duret

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 121 ( 23 ) : e2401973121

DOI: 10.1073/pnas.2401973121

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LncRNA analyses reveal increased levels of non-coding centromeric transcripts in hepatocellular carcinoma

Anamaria Necsulea, Philippe Veber, Tuyana Boldanova, Charlotte K Y Ng, Stefan Wieland, Markus H Heim

DOI: 10.1101/2021.03.03.433778

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Persistent homology reveals strong phylogenetic signal in 3D protein structures

Léa Bou Dagher, Dominique Madern, Philippe Malbos, Céline Brochier-Armanet

PNAS Nexus . 3 ( 4 ) : 158

DOI: 10.1093/pnasnexus/pgae158

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The genetic legacy of the expansion of Bantu-speaking peoples in Africa

Cesar A Fortes-Lima, Concetta Burgarella, Rickard Hammarén, Anders Eriksson, Mário Vicente, Cecile Jolly...

Nature . 625 ( 7995 ) : 540–547

DOI: 10.1038/s41586-023-06770-6

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PRDM9 drives the location and rapid evolution of recombination hotspots in salmonids

Marie Raynaud, Paola Sanna, Julien Joseph, Julie A. J. Clément, Yukiko Imai, Jean-Jacques Lareyre...

DOI: 10.1101/2024.03.06.583651

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The role of recombination dynamics in shaping signatures of direct and indirect selection across the Ficedula flycatcher genome

Madeline Chase, Maurine Vilcot, Carina Mugal

Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 291 ( 2015 ) : 20232382

DOI: 10.1098/rspb.2023.2382

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Evidence that genetic drift not adaptation drives fast‐Z and large‐Z effects in Ficedula flycatchers

Madeline Chase, Maurine Vilcot, Carina Mugal

Molecular Ecology . : e17262

DOI: 10.1111/mec.17262

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Description of a new genus of the Pectobacteriaceae family isolated from water in coastal brackish wetlands of the French Camargue region, Prodigiosinella gen. nov., including the new species Prodigiosinella aquatilis sp. nov

Nicole Hugouvieux-Cotte-Pattat, Jean-Pierre Flandrois, Jérôme Briolay, Sylvie Reverchon, Céline Brochier-Armanet

Systematic and Applied Microbiology . 47 ( 2-3 ) : 126497

DOI: 10.1016/j.syapm.2024.126497

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MicroAnnot: A Dedicated Workflow for Accurate Microsporidian Genome Annotation

Jérémy Tournayre, Valérie Polonais, Ivan Wawrzyniak, Reginald Florian Akossi, Nicolas Parisot, Emmanuelle Lerat...

International Journal of Molecular Sciences . 25 ( 2 ) : 880

DOI: 10.3390/ijms25020880

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Random genetic drift sets an upper limit on mRNA splicing accuracy in metazoans

Florian Bénitière, Anamaria Necsulea, Laurent Duret

eLife . 13 : RP93629

DOI: 10.7554/eLife.93629.3

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Imbalanced speciation pulses sustain the radiation of mammals

Ignacio Quintero, Nicolas Lartillot, Hélène Morlon

Science . 384 ( 6699 ) : 1007-1012

DOI: 10.1126/science.adj2793

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Transposable element expression with variation in sex chromosome number: insights into a toxic Y effect on human longevity

Jordan Teoli, Miriam Merenciano, Marie Fablet, Anamaria Necsulea, Daniel Siqueira-De-Oliveira, Alessandro Brandulas-Cammarata...

Peer Community In Genomics .

DOI: 10.1101/2023.08.03.550779

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MacSyFinder v2: Improved modelling and search engine to identify molecular systems in genomes

Bertrand Néron, Rémi Denise, Charles Coluzzi, Marie Touchon, Eduardo P.C. Rocha, Sophie Abby

Peer Community Journal . 3 : e28

DOI: 10.24072/pcjournal.250

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Chance Favors the Prepared Genomes: Horizontal Transfer Shapes the Emergence of Antibiotic Resistance Mutations in Core Genes

Charles Coluzzi, Martin Guillemet, Fanny Mazzamurro, Marie Touchon, Maxime Godfroid, Guillaume Achaz...

Molecular Biology and Evolution . 40 ( 10 ) : msad217

DOI: 10.1093/molbev/msad217

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The evolution of GC-biased gene conversion by means of natural selection

Nicolas Lartillot, Julien Joseph, Augustin Clessin

ETEE'2023: Empiricism & Theory in Ecology and Evolution .

Acte de congrès

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Geographic origin and social status of the Gallic warriors from Ribemont‐sur‐Ancre (France) studied through isotope systematics of bone remains

Thibault Clauzel, Pascale Richardin, Jannick Ricard, Gilles Prilaux, Jeremy E. Martin, Romain Amiot...

International Journal of Osteoarchaeology . 33 ( 1 ) : 39-50

DOI: 10.1002/oa.3172

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Experimental analysis of diverse actin-like proteins from various magnetotactic bacteria by functional expression in Magnetospirillum gryphiswaldense

Ram Prasad Awal, Frank D Müller, Daniel Pfeiffer, Caroline L Monteil, Guy Perrière, Christopher T Lefèvre...

mBio . 14 ( 5 )

DOI: 10.1128/mbio.01649-23

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