Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
Stagiaire
UCBL
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
Doctorante
UCBL
Enseignant-chercheur CPJ
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Doctorant
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
Directeur de recherche
CNRS
Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
Stagiaire
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
Chercheur invité
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 91 à 120 sur 1098 au total
Intracellular Salmonella Paratyphi A is motile and differs in the expression of flagella-chemotaxis, SPI-1 and carbon utilization pathways in comparison to intracellular S. Typhimurium
PLoS Pathogens . 18 ( 4 ) : 35 p.
Article dans une revue
voir la publicationModelling the spatiotemporal spread of beneficial alleles using ancient genomes
Pré-publication
voir la publicationInterpreting mismatches between linguistic and genetic patterns among speakers of Tanimuka (Eastern Tukanoan) and Yukuna (Arawakan)
Interface Focus . 13
Article dans une revue
voir la publicationEthical challenges in genetic research among Philippine Indigenous Peoples: Insights from fieldwork in Zamboanga and the Sulu Archipelago
Frontiers in Genetics . 13 : 901515
Article dans une revue
voir la publicationThe transmission of human mitochondrial DNA in four‐generation pedigrees
Human Mutation . 43 : 1259-1267
DOI: 10.1002/humu.24390
Article dans une revue
voir la publicationThe social lives of isolates (and small language families): the case of the Northwest Amazon
Interface Focus . 13 ( 1 ) : 20220054
Article dans une revue
voir la publicationAssessing Human Genome-wide Variation in the Massim Region of Papua New Guinea and Implications for the Kula Trading Tradition
Molecular Biology and Evolution . 39
Article dans une revue
voir la publicationAncient genomes from the last three millennia support multiple human dispersals into Wallacea
Nature Ecology & Evolution . 6 : 1024 - 1034
Article dans une revue
voir la publicationA Nearly Neutral Model of Molecular Signatures of Natural Selection after Change in Population Size
Genome Biology and Evolution . 14 ( 5 )
DOI: 10.1093/gbe/evac058
Article dans une revue
voir la publicationHydrogen isotope measurements of bone and dental tissues from archaeological human and animal samples and their use as climatic and diet proxies
Journal of Archaeological Science . 147 : 105676
Article dans une revue
voir la publicationClimate conditions and dietary practices during the Second Iron Age studied through the multi-isotope analysis of bones and teeth from individuals of Thézy-Glimont, Picardie, France
Archaeological and Anthropological Sciences . 14 ( 4 ) : 61
Article dans une revue
voir la publicationModeling the spatiotemporal spread of beneficial alleles using ancient genomes
eLife . 11
DOI: 10.7554/eLife.73767
Article dans une revue
voir la publicationCodiversification of gut microbiota with humans
Science . 377 ( 6612 ) : 1328-1332
Article dans une revue
voir la publicationProtein conformational space at the edge of allostery: turning a nonallosteric malate dehydrogenase into an “allosterized” enzyme using evolution-guided punctual mutations
Molecular Biology and Evolution . 39 ( 9 ) : msac186
Article dans une revue
voir la publicationGOntact: using chromatin contacts to infer Gene Ontology enrichments for cis -regulatory elements
Pré-publication
voir la publicationAn Improved Codon Modeling Approach for Accurate Estimation of the Mutation Bias
Molecular Biology and Evolution . 39
Article dans une revue
voir la publicationRecent Bioinformatic Progress to Identify Epigenetic Changes Associated to Transposable Elements
Frontiers in Genetics . 13
Article dans une revue
voir la publicationLabile sex expression in angiosperm species with sex chromosomes
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 377 ( 1850 )
Article dans une revue
voir la publicationA divide-and-conquer phylogenomic approach based on character supermatrices resolves early steps in the evolution of the Archaea
BMC Ecology and Evolution . 22 ( 1 ) : 1-12
Article dans une revue
voir la publicationSex‐related differences in aging rate are associated with sex chromosome system in amphibians
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 76 ( 2 ) : 346-356
DOI: 10.1111/evo.14410
Article dans une revue
voir la publicationSex chromosomes, sex ratios and sex gaps in longevity in plants
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 377 ( 1850 )
Article dans une revue
voir la publicationLong-range promoter–enhancer contacts are conserved during evolution and contribute to gene expression robustness
Genome Research . 32 ( 2 ) : 280-296
Article dans une revue
voir la publicationA derived ZW chromosome system in Amborella trichopoda, representing the sister lineage to all other extant flowering plants
New Phytologist . 233 : 1636-1642
DOI: 10.1111/nph.17662
Article dans une revue
voir la publicationExploring correlations in genetic and cultural variation across language families in northeast Asia
Science Advances . 7 ( 34 )
Article dans une revue
voir la publicationVariation of microRNA expression in the human placenta driven by population identity and sex of the newborn
BMC Genomics . 22 : 286
Article dans une revue
voir la publicationReconstructing the Human Genetic History of Mainland Southeast Asia: Insights from Genome-Wide Data from Thailand and Laos
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 8 ) : 3459 - 3477
Article dans une revue
voir la publicationGenomic insights into population history and biological adaptation in Oceania
Nature . 592 ( 7855 ) : 583-589
Article dans une revue
voir la publicationThe genomic prehistory of peoples speaking Khoisan languages
Human Molecular Genetics . 30 ( 2 ) : R49-R55
DOI: 10.1093/hmg/ddaa221
Article dans une revue
voir la publicationPositive selection plays a major role in shaping signatures of differentiation across the genomic landscape of two independent Ficedula flycatcher species pairs
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 75 ( 9 ) : 2179-2196
DOI: 10.1111/evo.14234
Article dans une revue
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