GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 541 à 570 sur 1403 au total
Hijacking of Host Cellular Functions by an Intracellular Parasite, the Microsporidian Anncaliia algerae
PLoS ONE . 9 ( 6 ) : e100791
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voir la publicationMicrosporidian Genomes Harbor a Diverse Array of Transposable Elements that Demonstrate an Ancestry of Horizontal Exchange with Metazoans.
Genome Biology and Evolution . 6 ( 9 ) : 2289-300
DOI: 10.1093/gbe/evu178
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voir la publicationStandard Sister Clade Comparison Fails when Testing Derived Character States
Systematic Biology . 63 ( 4 ) : 601-609
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voir la publicationExploiting the architecture and the features of the microsporidian genomes to investigate diversity and impact of these parasites on ecosystems
Heredity . : 25182222
DOI: 10.1038/hdy.2014.78
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voir la publicationAn angiosperm-wide analysis of the gynodioecy-dioecy pathway.
Annals of Botany . 114 : 539-548
DOI: 10.1093/aob/mcu134
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voir la publicationComparative population genomics in animals uncovers the determinants of genetic diversity
Nature . 515 ( 7526 ) : 261-263
DOI: 10.1038/nature13685
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voir la publicationPhylogenomic test of the hypotheses for the evolutionary origin of eukaryotes
Molecular Biology and Evolution . 31 ( 4 ) : 832-45
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voir la publicationFungal evolutionary genomics provides insight into the mechanisms of adaptive divergence in eukaryotes
Molecular Ecology . 23 ( 4 ) : 753-773
DOI: 10.1111/mec.12631
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voir la publicationNavigating in a Sea of Repeats in RNA-seq without Drowning
WABI 2014 - 14th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics . 8701 : 82-96
Acte de congrès
voir la publicationEfficiently listing bounded length st-paths
Twenty-Fifth International Workshop on Combinatorial Algorithms (IWOCA 2014) . : in press
Acte de congrès
voir la publicationRime: Repeat identification
Discrete Applied Mathematics . 163 ( 3 ) : 275–286
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voir la publicationTelling metabolic stories to explore metabolomics data: a case study on the yeast response to cadmium exposure
Bioinformatics . 30 ( 1 ) : 61-70
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voir la publicationOptimization of the reactional medium and a food impact study for a colorimetric in situ Salmonella spp. detection method
International Journal of Food Microbiology . 181 : 48-52
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voir la publicationEnhanced tetrazolium violet reduction of Salmonella spp. by magnesium addition to the culture media
Food Microbiology . 42 : 132-135
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voir la publicationRibosomal proteins: Toward a next generation standard for prokaryotic systematics?
Molecular Phylogenetics and Evolution . 75 : 103 - 117
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voir la publicationAnaerobic oxidation of long-chain n-alkanes by the hyperthermophilic sulfate-reducing archaeon, Archaeoglobus fulgidus.
The International Society of Microbiologial Ecology Journal . : 18
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voir la publicationHalomonas olivaria sp. nov., a moderately halophilic bacterium isolated from olive-processing effluents
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 64 ( Pt 1 ) : 46 - 54
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voir la publicationGlobal phylogenomic analysis disentangles the complex evolutionary history of DNA replication in archaea.
Genome Biology and Evolution . 6 ( 1 ) : 192-212
DOI: 10.1093/gbe/evu004
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voir la publicationEvidence for Widespread Positive and Negative Selection in Coding and Conserved Noncoding Regions of Capsella grandiflora
PLoS Genetics . 10 ( 9 )
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voir la publication“One code to find them all”: a perl tool to conveniently parse RepeatMasker output files
Mobile DNA . 5 : 13
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voir la publicationDioecy is associated with higher diversification rates in flowering plants
Journal of Evolutionary Biology . 27 : 1478-1490
DOI: 10.1111/jeb.12385
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voir la publicationReductive genome evolution at both ends of bacterial population size spectrum
Nature Reviews Microbiology . 12 ( 12 ) : 841-850
DOI: 10.1038/nrmicro3331
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voir la publicationIdentification and Analysis of Transposable Elements in Genomic Sequences
Genome analysis, current procedures and applications . 978-1-908230-29-4
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationA Haploid System of Sex Determination in the Brown Alga Ectocarpus sp.
Current Biology . 24 ( 17 ) : 1945-1957
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voir la publicationSex uncovered: the evolutionary biology of reproductive systems
Journal of Evolutionary Biology . 27 : 1287-91
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voir la publicationAmortized Õ(|V|) -Delay Algorithm for Listing Chordless Cycles in Undirected Graphs
22th Annual European Symposium on Algorithms . 8737 : 418-429
Acte de congrès
voir la publicationSpecific Activation of an I-Like Element in Drosophila Interspecific Hybrids
Genome Biology and Evolution . 6 : 1806 - 1817
DOI: 10.1093/gbe/evu141
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voir la publicationGC-Biased Gene Conversion in Yeast Is Specifically Associated with Crossovers: Molecular Mechanisms and Evolutionary Significance
Molecular Biology and Evolution . 30 : 1409--19
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voir la publicationXACT, a long noncoding transcript coating the active X chromosome in human pluripotent cells
Nature Genetics . 45 : 239--41
DOI: 10.1038/ng.2530
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