Equipe Baobab
Membres
Doctorante
INRIA
Doctorant
UCBL
Doctorant
UCBL
Ingénieur de recherche
INRIA
Tél : 04 72 44 81 42
Stagiaire
UCBL
Maître de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 15 52
Stagiaire
UCBL
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 15 52
Technicienne
INRIA
Tél : 04 72 44 81 54
Professeur des universités
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Directrice de recherche
INRIA
Tél : 33 04 72 44 82 38
Doctorante
UCBL
Baobab est une équipe de recherche française du Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive, et en même temps représente le noyau d'une équipe de recherche européenne Inria appelée Erable. Outre les membres de Baobab, Erable compte ainsi des membres dans trois institutions en Italie (Université Sapienza et Université Luiss de Rome, et Université de Pise) et deux institutions aux Pays-Bas (CWI et Université Libre d'Amsterdam).
Baobab a deux grands ensembles d'objectifs de recherche qui couvrent actuellement quatre axes:
- Objectifs :
- Le premier est lié aux domaines d'expertise originaux de l'équipe, à savoir la modélisation combinatoire et statistique et les algorithmes, bien que plus récemment l'équipe ait également été rejointe par des membres issus de la biologie, y compris expérimentale.
- Le deuxième ensemble d'objectifs concerne son principal intérêt en Sciences de la Vie qui est de mieux comprendre les interactions entre les systèmes vivants et leur environnement. Cela inclut les interactions étroites et souvent persistantes entre deux systèmes vivants (symbiose), les interactions entre les systèmes vivants et les virus, et les interactions entre les systèmes vivants et les composés chimiques.
- Axes :
- la (pan)génomique et la transcriptomique en général,
- le métabolisme et la régulation (post)transcriptionnelle,
- la (co)evolution,
- la santé, en général, des systèmes vivants et de l'environnement.
Un objectif à plus long terme de l'équipe est de devenir capable dans certains cas de suggérer les moyens de contrôler ou de rétablir l'équilibre dans une communauté en interaction en agissant sur son environnement ou sur ses joueurs, comment ils jouent et qui joue.
Deux étapes majeures sont constamment impliquées dans la recherche effectuée par l'équipe: une première de modélisation (c'est-à-dire de traduction) d'un problème des Sciences de la Vie en un problème mathématique, et une seconde d'analyse et de conception d'algorithmes. Les algorithmes développés sont ensuite appliqués aux questions d'intérêt en Sciences de la Vie à partir de données issues de la littérature ou de collaborateurs. Plus récemment, grâce au recrutement de jeunes chercheuses et chercheurs (doctorants et post-doctorants) en biologie, l'équipe a pu commencer à faire des expérimentations et produire des données ou valider par elle-même certains des résultats obtenus.
D'un point de vue méthodologique, la principale caractéristique de l'équipe est de considérer qu'une fois qu'un modèle est sélectionné, les algorithmes pour explorer ce modèle doivent, dans la mesure du possible, être exacts dans la réponse apportée et exhaustifs lorsqu'il en existe plusieurs pour une interprétation plus précise des résultats. Plus récemment, l'équipe s'est intéressée à l'exploration de l'interface entre les algorithmes exacts d'une part et les algorithmes probabilistes ou statistiques d'autre part, tels qu'utilisés dans les approches d'apprentissage automatique. Plus particulièrement, l'équipe s'intéresse à l'étude d'un domaine de recherche appelé « apprentissage automatique interpretable » qui s'est développé plus récemment et à ses relations potentielles avec des approches combinatoires exactes.
En plus d'être au cœur d'une équipe européenne, Baobab possède un certain nombre d'autres collaborations au niveau international.
L’équipe Baobab est également fortement impliquée dans l'enseignement à l'Université de Lyon et à l'Insa-Lyon, ainsi que dans d'autres institutions de recherche en Europe, directement ou à travers les membres d'Erable qui ne sont pas en France.
Pour plus d'informations, vous pouvez également visiter le site de l'équipe Inria Erable ici : http://team.inria.fr/erable/fr/.
Publications
Affichage des publications 1 à 30 sur 308 au total
Enumeration of minimal transversals of hypergraphs of bounded VC-dimension
Pré-publication
voir la publicationComplexity and algorithms for Swap median and relation to other consensus problems
Pré-publication
voir la publicationEfficient enumeration of maximal split subgraphs and induced sub-cographs and related classes
Discrete Applied Mathematics . 345 : 34-51
Article dans une revue
voir la publicationMetabolic modelling links Warburg effect to collagen formation, angiogenesis and inflammation in the tumoral stroma
PLoS ONE . 19 ( 12 ) : e0313962
Article dans une revue
voir la publicationModelling energy metabolism dysregulations in neuromuscular diseases: A case study of calpainopathy
Heliyon . 10 ( 24 ) : e40918
Article dans une revue
voir la publicationIdentification and quantification of transposable element transcripts using Long-Read RNA-seq in Drosophila germline tissues
Pré-publication
voir la publicationComputing Thermodynamically Consistent Elementary Flux Modes with Answer Set Programming
CMSB 2024 - 22nd International Conference Computational Methods in Systems Biology . LNCS-14971 : 80-88
Acte de congrès
voir la publicationISMB/ECCB 2023 organization benefited from the strengths of the French bioinformatics community
Bioinformatics Advances . 4 ( 1 ) : vbae040
Article dans une revue
voir la publicationLogic programming-based Minimal Cut Sets reveal consortium-level therapeutic targets for chronic wound infections
npj Systems Biology and Applications . 10 ( 1 ) : 34
Article dans une revue
voir la publicationIdentification and quantification of transposable element transcripts using Long-Read RNA-seq in Drosophila germline tissues
Peer Community Journal . 4 ( e89 )
Article dans une revue
voir la publicationDe novo analysis of splicing from RNA-seq data: models, algorithms and applications
Minimal Cut Sets of a Consortium Model of P. aeruginosa and S. aureus Reveal New Cross-Feeding Interactions
Metabolic Pathway Analysis 2023 .
Acte de congrès
voir la publicationA General Framework for Enumerating Equivalence Classes of Solutions
Algorithmica . 85 ( 10 ) : 3003-3023
Article dans une revue
voir la publicationCophylogeny Reconstruction Allowing for Multiple Associations Through Approximate Bayesian Computation
Systematic Biology . : syad058
Article dans une revue
voir la publicationHybrid modelling to Solve Optimal Concentrations of Metabolites and Enzymes in Constraint-based modelling
BIOSTEC 2023 .
Acte de congrès
voir la publicationThe assembly of the rice weevil Sitophilus oryzae is dominated by transposable elements and shades light on the evolution of endosymbiosis in a major crop pest.
Arthropod Genomics Symposium 2022 .
Acte de congrès
voir la publicationPolynomial Delay Algorithm for Minimal Chordal Completions
49th International Colloquium on Automata, Languages, and Programming (ICALP) .
Acte de congrès
voir la publicationMutations in the non-coding RNU4ATAC gene affect the homeostasis and function of the Integrator complex
Nucleic Acids Research .
DOI: 10.1093/nar/gkac1182
Article dans une revue
voir la publicationGeometric programming to Solve Optimal Concentrations of Metabolites and Enzymes in Constraint-based modelling
International Conference on System Biology .
Acte de congrès
voir la publicationSpecial Issue on “Frontiers in Connecting Steady-State and Dynamic Approaches for Modelling Cell Metabolic Behavior”
Processes . 10 ( 8 ) : 1612
DOI: 10.3390/pr10081612
Article dans une revue
voir la publicationHybrid metabolic modeling to identify new control strategies of living organisms
Hybrid models and methods in systems medicine .
Acte de congrès
voir la publicationMod ́elisation m ́etabolique pour identifier de nouvelles strat ́egies de contrˆole des organismes vivants
Meetochondrie .
Acte de congrès
voir la publicationBrumiR: A toolkit for de novo discovery of microRNAs from sRNA-seq data
GigaScience . 11
Article dans une revue
voir la publicationEfficiently sparse listing of classes of optimal cophylogeny reconciliations
Algorithms for Molecular Biology . 17 ( 1 ) : 1-16
Article dans une revue
voir la publicationTotoro: Identifying Active Reactions During the Transient State for Metabolic Perturbations
Frontiers in Genetics . 13 : 1-12
Article dans une revue
voir la publicationCALDERA: Finding all significant de Bruijn subgraphs for bacterial GWAS
Bioinformatics .
Article dans une revue
voir la publicationAnswer set programming to compute constraint elementary flux modes
Computational Methods in System Biology .
Acte de congrès
voir la publicationAnswer set programming to compute constraint elementary flux modes
Metabolic Pathway Analysis .
Acte de congrès
voir la publicationFine-tuning mitochondrial activity in Yarrowia lipolytica for citrate overproduction
Scientific Reports . 11 ( 1 ) : 878
Article dans une revue
voir la publicationCombining Kinetic and Constraint-Based Modelling to Better Understand Metabolism Dynamics
Processes . 9 ( 10 ) : 1701
DOI: 10.3390/pr9101701
Article dans une revue
voir la publication