Equipe Baobab
Membres
Post-doc
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorante
INRIA
Doctorant
UCBL
Stagiaire
UCBL
Ingénieur de recherche
INRIA
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 15 52
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 15 52
Professeur des universités
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Technicienne
INRIA
Tél : 04 26 23 44 60
Directrice de recherche
INRIA
Tél : 33 04 72 44 82 38
Doctorante
UCBL
Baobab est une équipe de recherche française du Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive, et en même temps représente le noyau d'une équipe de recherche européenne Inria appelée Erable. Outre les membres de Baobab, Erable compte ainsi des membres dans trois institutions en Italie (Université Sapienza et Université Luiss de Rome, et Université de Pise) et deux institutions aux Pays-Bas (CWI et Université Libre d'Amsterdam).
Baobab a deux grands ensembles d'objectifs de recherche qui couvrent actuellement quatre axes:
- Objectifs :
- Le premier est lié aux domaines d'expertise originaux de l'équipe, à savoir la modélisation combinatoire et statistique et les algorithmes, bien que plus récemment l'équipe ait également été rejointe par des membres issus de la biologie, y compris expérimentale.
- Le deuxième ensemble d'objectifs concerne son principal intérêt en Sciences de la Vie qui est de mieux comprendre les interactions entre les systèmes vivants et leur environnement. Cela inclut les interactions étroites et souvent persistantes entre deux systèmes vivants (symbiose), les interactions entre les systèmes vivants et les virus, et les interactions entre les systèmes vivants et les composés chimiques.
- Axes :
- la (pan)génomique et la transcriptomique en général,
- le métabolisme et la régulation (post)transcriptionnelle,
- la (co)evolution,
- la santé, en général, des systèmes vivants et de l'environnement.
Un objectif à plus long terme de l'équipe est de devenir capable dans certains cas de suggérer les moyens de contrôler ou de rétablir l'équilibre dans une communauté en interaction en agissant sur son environnement ou sur ses joueurs, comment ils jouent et qui joue.
Deux étapes majeures sont constamment impliquées dans la recherche effectuée par l'équipe: une première de modélisation (c'est-à-dire de traduction) d'un problème des Sciences de la Vie en un problème mathématique, et une seconde d'analyse et de conception d'algorithmes. Les algorithmes développés sont ensuite appliqués aux questions d'intérêt en Sciences de la Vie à partir de données issues de la littérature ou de collaborateurs. Plus récemment, grâce au recrutement de jeunes chercheuses et chercheurs (doctorants et post-doctorants) en biologie, l'équipe a pu commencer à faire des expérimentations et produire des données ou valider par elle-même certains des résultats obtenus.
D'un point de vue méthodologique, la principale caractéristique de l'équipe est de considérer qu'une fois qu'un modèle est sélectionné, les algorithmes pour explorer ce modèle doivent, dans la mesure du possible, être exacts dans la réponse apportée et exhaustifs lorsqu'il en existe plusieurs pour une interprétation plus précise des résultats. Plus récemment, l'équipe s'est intéressée à l'exploration de l'interface entre les algorithmes exacts d'une part et les algorithmes probabilistes ou statistiques d'autre part, tels qu'utilisés dans les approches d'apprentissage automatique. Plus particulièrement, l'équipe s'intéresse à l'étude d'un domaine de recherche appelé « apprentissage automatique interpretable » qui s'est développé plus récemment et à ses relations potentielles avec des approches combinatoires exactes.
En plus d'être au cœur d'une équipe européenne, Baobab possède un certain nombre d'autres collaborations au niveau international.
L’équipe Baobab est également fortement impliquée dans l'enseignement à l'Université de Lyon et à l'Insa-Lyon, ainsi que dans d'autres institutions de recherche en Europe, directement ou à travers les membres d'Erable qui ne sont pas en France.
Pour plus d'informations, vous pouvez également visiter le site de l'équipe Inria Erable ici : http://team.inria.fr/erable/fr/.
Publications
Affichage des publications 1 à 30 sur 289 au total
Cophylogeny Reconstruction Allowing for Multiple Associations Through Approximate Bayesian Computation
Systematic Biology . : syad058
Article dans une revue
voir la publicationHybrid modelling to Solve Optimal Concentrations of Metabolites and Enzymes in Constraint-based modelling
BIOSTEC 2023 .
Acte de congrès
voir la publicationPolynomial Delay Algorithm for Minimal Chordal Completions
49th International Colloquium on Automata, Languages, and Programming (ICALP) .
Acte de congrès
voir la publicationMutations in the non-coding RNU4ATAC gene affect the homeostasis and function of the Integrator complex
Nucleic Acids Research .
DOI: 10.1093/nar/gkac1182
Article dans une revue
voir la publicationGeometric programming to Solve Optimal Concentrations of Metabolites and Enzymes in Constraint-based modelling
International Conference on System Biology .
Acte de congrès
voir la publicationSpecial Issue on “Frontiers in Connecting Steady-State and Dynamic Approaches for Modelling Cell Metabolic Behavior”
Processes . 10 ( 8 ) : 1612
DOI: 10.3390/pr10081612
Article dans une revue
voir la publicationHybrid metabolic modeling to identify new control strategies of living organisms
Hybrid models and methods in systems medicine .
Acte de congrès
voir la publicationMod ́elisation m ́etabolique pour identifier de nouvelles strat ́egies de contrˆole des organismes vivants
Meetochondrie .
Acte de congrès
voir la publicationBrumiR: A toolkit for de novo discovery of microRNAs from sRNA-seq data
GigaScience . 11
Article dans une revue
voir la publicationEfficiently sparse listing of classes of optimal cophylogeny reconciliations
Algorithms for Molecular Biology . 17 ( 1 ) : 1-16
Article dans une revue
voir la publicationTotoro: Identifying Active Reactions During the Transient State for Metabolic Perturbations
Frontiers in Genetics . 13 : 1-12
Article dans une revue
voir la publicationCALDERA: Finding all significant de Bruijn subgraphs for bacterial GWAS
Bioinformatics .
Article dans une revue
voir la publicationAnswer set programming to compute constraint elementary flux modes
Computational Methods in System Biology .
Acte de congrès
voir la publicationAnswer set programming to compute constraint elementary flux modes.
Metabolic Pathway Analysis .
Acte de congrès
voir la publicationFine-tuning mitochondrial activity in Yarrowia lipolytica for citrate overproduction
Scientific Reports . 11 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationCombining Kinetic and Constraint-Based Modelling to Better Understand Metabolism Dynamics
Processes . 9 ( 10 ) : 1701
DOI: 10.3390/pr9101701
Article dans une revue
voir la publicationA General Framework for Enumerating Equivalence Classes of Solutions
ESA 2021 - 29th Annual European Symposium on Algorithms . : 1-14
Acte de congrès
voir la publicationDichloroacetate and Pyruvate Metabolism: Pyruvate Dehydrogenase Kinases as Targets Worth Investigating for Effective Therapy of Toxoplasmosis
MSphere . 6 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationA family of tree-based generators for bubbles in directed graphs
Journal of Graph Algorithms and Applications . 25 ( 1 ) : 549-562
DOI: 10.7155/jgaa.00572
Article dans une revue
voir la publicationA comprehensive evaluation of binning methods to recover human gut microbial species from a non-redundant reference gene catalog
NAR Genomics and Bioinformatics . 3 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationMaking Sense of a Cophylogeny Output: Efficient Listing of Representative Reconciliations
WABI 2021 - 21st International Workshop on Algorithms in Bioinformatics . : 1-18
Acte de congrès
voir la publicationCancer and Alzheimer’s disease: intracellular pH scales the metabolic disorders
Biogerontology . 21 ( 6 ) : 683-694
Article dans une revue
voir la publicationThermodynamic Approaches in Flux Analysis
Metabolic Flux Analysis in Eukaryotic Cells . : 359-367
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationEfficient hybrid de novo assembly of human genomes with WENGAN
Nature Biotechnology . 39 : 422–430
Article dans une revue
voir la publicationMOMO - multi-objective metabolic mixed integer optimization: application to yeast strain engineering
BMC Bioinformatics . 21 ( 1 ) : 1-13
Article dans une revue
voir la publicationA Family of Tree-Based Generators for Bubbles in Directed Graphs
IWOCA 2020 - 31st International Workshop on Combinatorial Algorithms . 12126 : 17-29
Acte de congrès
voir la publicationMOOMIN – Mathematical explOration of ’Omics data on a MetabolIc Network
Bioinformatics . 36 ( 2 ) : 514-523
Article dans une revue
voir la publicationMycoplasma hyopneumoniae J elicits an antioxidant response and decreases the expression of ciliary genes in infected swine epithelial cells
Scientific Reports . 10 ( 13707 )
Article dans une revue
voir la publicationInfluenza virus infection induces widespread alterations of host cell splicing
NAR Genomics and Bioinformatics . 2 ( 4 )
Article dans une revue
voir la publicationCapybara: equivalence ClAss enumeration of coPhylogenY event-BAsed ReconciliAtions
Bioinformatics . 36 ( 14 ) : 4197-4199
Article dans une revue
voir la publication