GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 571 à 600 sur 1407 au total
Sex uncovered: the evolutionary biology of reproductive systems
Journal of Evolutionary Biology . 27 : 1287-91
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voir la publicationAmortized Õ(|V|) -Delay Algorithm for Listing Chordless Cycles in Undirected Graphs
22th Annual European Symposium on Algorithms . 8737 : 418-429
Acte de congrès
voir la publicationSpecific Activation of an I-Like Element in Drosophila Interspecific Hybrids
Genome Biology and Evolution . 6 : 1806 - 1817
DOI: 10.1093/gbe/evu141
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voir la publicationGC-Biased Gene Conversion in Yeast Is Specifically Associated with Crossovers: Molecular Mechanisms and Evolutionary Significance
Molecular Biology and Evolution . 30 : 1409--19
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voir la publicationXACT, a long noncoding transcript coating the active X chromosome in human pluripotent cells
Nature Genetics . 45 : 239--41
DOI: 10.1038/ng.2530
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voir la publicationThe origin, evolution, and functional impact of short insertion-deletion variants identified in 179 human genomes
Genome Research . 23 : 749--61
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voir la publicationPCR survey of 50 introns in animals: Cross-amplification of homologous EPIC loci in eight non-bilaterian, protostome and deuterostome phyla
Marine Genomics . 12 : 1-8
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voir la publicationThe short-term impact of wetland restoration on the genetic diversity of a predominantly clonal plant species
Aquatic Botany . 110 : 16-23
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voir la publicationAncient Substructure in Early mtDNA Lineages of Southern Africa
American Journal of Human Genetics . 92 ( 2 ) : 285-292
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voir la publicationGenome-wide analysis in chicken reveals that local levels of genetic diversity are mainly governed by the rate of recombination
BMC Genomics . 14 ( 1 ) : 86
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voir la publicationTwisted Signatures of GC-Biased Gene Conversion Embedded in an Evolutionary Stable Karyotype
Molecular Biology and Evolution . 30 ( 7 ) : 1700-1712
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voir la publicationElementary Flux Modes Analysis of Functional Domain Networks Allows a Better Metabolic Pathway Interpretation
PLoS ONE . 8 ( 10 )
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voir la publicationAnalysis of metabolic networks using elementary flux modes
Advances in systems and synthetic biology . : 165--170
Acte de congrès
voir la publicationHuman Genetic Data Reveal Contrasting Demographic Patterns between Sedentary and Nomadic Populations That Predate the Emergence of Farming
Molecular Biology and Evolution . 30 ( 12 ) : 2629 - 2644
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voir la publicationAncestry runs deeper than blood: The evolutionary history of ABO points to cryptic variation of functional importance
BioEssays . : n/a-n/a
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voir la publicationMultiple Instances of Ancient Balancing Selection Shared Between Humans and Chimpanzees
Science . 339 ( 6127 ) : 1578-1582
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voir la publicationPositive selection of protective variants for type 2 diabetes from the Neolithic onward: a case study in Central Asia
European Journal of Human Genetics . 21 ( 10 ) : 1146-1151
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voir la publicationThe complex binding of PRDM9
Genome Biology . 14 ( 4 ) : 112
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voir la publicationIs RAD-seq suitable for phylogenetic inference? An in silico assessment and optimization
Ecology and Evolution . 3 ( 4 ) : 846-852
DOI: 10.1002/ece3.512
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voir la publicationOn the genetic architecture of cytoplasmic incompatibility: inference from phenotypic data
The American Naturalist . 182 ( 1 ) : 15-24
DOI: 10.1086/670612
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voir la publicationA polynomial delay algorithm for the enumeration of bubbles with length constraints in directed graphs and its application to the detection of alternative splicing in RNA-seq data
Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) .
Acte de congrès
voir la publicationTelling Stories Fast
12th International Symposium Experimental Algorithms (SEA) . 7933 : 200-211
Acte de congrès
voir la publicationPredicting the proteins of Angomonas deanei, Strigomonas culicis and their respective endosymbionts reveals new aspects of the trypanosomatidae family
PLoS ONE . 8 ( 4 ) : e60209
Article dans une revue
voir la publicationGénomes, protéomes et transcriptomes à foison
Pour la science . 433 : 38--39
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voir la publicationThe molecular signal for the adaptation to cold temperature during early life on Earth
Biology Letters . 9 ( 5 ) : 20130608
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voir la publicationMycobacterium bourgelatii sp. nov., a rapidly growing, non-chromogenic species isolated from the lymph nodes of cattle.
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 63 ( Pt 12 ) : 4669-74
Article dans une revue
voir la publicationCandida albicans and non- Candida albicans fungemia in an institutional hospital during a decade
Medical Mycology . 51 ( 1 ) : 33-37
Article dans une revue
voir la publicationDiminution of 2,3,5-triphenyltetrazolium chloride toxicity on Listeria monocytogenes growth by iron source addition to the culture medium
Food Microbiology . 38 : 1--5
Article dans une revue
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