GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 481 à 510 sur 1402 au total
Molecular and functional evolution of the fungal diterpene synthase genes
BMC Microbiology . 15 ( 1 ) : 221
Article dans une revue
voir la publicationleBIBIQBPP: a set of databases and a webtool for automatic phylogenetic analysis of prokaryotic sequences
BMC Bioinformatics . 16 ( 1 ) : 251
Article dans une revue
voir la publicationA Toolbox for Nonlinear Regression in R: The Package nistools
Journal of Statistical Software . 66 : 1-21
Article dans une revue
voir la publicationEvolution of Helicobacter: Acquisition by Gastric Species of Two Histidine-Rich Proteins Essential for Colonization
PLoS Pathogens . 11 ( 12 ) : e1005312
Article dans une revue
voir la publicationExploration of Frankia genomes to identify genetic determinants involved in sporogenesis: Towards promising tracks to understand in plant sporuration
18th International Meeting on Frankia and Actinorhizal plants .
Poster
voir la publicationEvolution and Design Governing Signal Precision and Amplification in a Bacterial Chemosensory Pathway
PLoS Genetics . 11 ( 8 ) : e1005460
Article dans une revue
voir la publicationTaxonomy and Phylogeny of Prokaryotes
Environmental Microbiology: Fundamentals and Applications . 978-94-017-9118-2 : 145-190
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationDraft genome sequence of Mesotoga strain PhosAC3, a mesophilic member of the bacterial order Thermotogales, isolated from a digestor treating phosphogypsum in Tunisia
Standards in Genomic Sciences . 10
Article dans une revue
voir la publicationGenome-wide survey of two-component signal transduction systems in the plant growth-promoting bacterium Azospirillum
BMC Genomics . 16 : 833
Article dans une revue
voir la publicationExtending the conserved phylogenetic core of \textitarchaea disentangles the evolution of the third domain of life
Molecular Biology and Evolution . 32 : 1242-54
Article dans une revue
voir la publicationConstitutive arsenite oxidase expression detected in arsenic-hypertolerant Pseudomonas xanthomarina S11
Research in Microbiology . 166 : 205-14
Article dans une revue
voir la publicationDegeneration of the Nonrecombining Regions in the Mating-Type Chromosomes of the Anther-Smut Fungi
Molecular Biology and Evolution . 32 ( 4 ) : 928-943
Article dans une revue
voir la publicationChaos of Rearrangements in the Mating-Type Chromosomes of the Anther-Smut Fungus Microbotryum lychnidis-dioicae
Genetics . 200 ( 4 ) : 1275-1284
Article dans une revue
voir la publicationSex and parasites: genomic and transcriptomic analysis of Microbotryum lychnidis-dioicae, the biotrophic and plant-castrating anther smut fungus
BMC Genomics . 16 ( 461 ) : np
Article dans une revue
voir la publicationAn evolutionary link between capsular biogenesis and surface motility in bacteria
Nature Reviews Microbiology . 13 ( 5 ) : 318--326
DOI: 10.1038/nrmicro3431
Article dans une revue
voir la publicationThe two-domain tree of life is linked to a new root for the Archaea
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 112 : 6670-6675
Article dans une revue
voir la publicationThe Prediction and Validation of Small CDSs Expand the Gene Repertoire of the Smallest Known Eukaryotic Genomes
PLoS ONE . 10 ( 9 ) : 1-12
Article dans une revue
voir la publicationProbabilistic models of eukaryotic evolution: time for integration
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 370 ( 1678 ) : 20140338
Article dans une revue
voir la publicationGenomic data do not support comb jellies as the sister group to all other animals
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 112 ( 50 ) : 15402-15407
Article dans une revue
voir la publicationToward more accurate ancestral protein genotype-phenotype reconstructions with the use of species tree-aware gene trees
Molecular Biology and Evolution . 32 : 13-22
Article dans une revue
voir la publicationOccurrence of a non deleterious gene conversion event in the BRCA1 gene
Genes, Chromosomes & Cancer . 54 : 646-52
DOI: 10.1002/gcc.22278
Article dans une revue
voir la publicationPrévalence et diversité des éléments intégratifs conjugatifs et mobilisables chez les streptocoques
: 70
Human genetic data reveal contrasting demographic patterns between sedentary and nomadic populations that predate the emergence of farming
European Journal of Human Genetics . 22 ( 10 ) : 1201-1207
Article dans une revue
voir la publicationEstimation of the RNU2 macrosatellite mutation rate by BRCA1 mutation tracing
Nucleic Acids Research . 42 ( 14 ) : 9121-30
DOI: 10.1093/nar/gku639
Article dans une revue
voir la publicationTracing Pastoralist Migrations to Southern Africa with Lactase Persistence Alleles
Current Biology . 24 ( 8 ) : 875-879
Article dans une revue
voir la publicationAncient west Eurasian ancestry in southern and eastern Africa
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 111 ( 7 ) : 2632-2637
Article dans une revue
voir la publicationUnraveling the complex maternal history of southern African Khoisan populations
American Journal of Physical Anthropology . 153 ( 3 ) : 435-448
DOI: 10.1002/ajpa.22441
Article dans une revue
voir la publicationNew insights into the history of the C-14010 lactase persistence variant in Eastern and Southern Africa
American Journal of Physical Anthropology . 156 ( 4 ) : 661-664
DOI: 10.1002/ajpa.22675
Article dans une revue
voir la publicationMigration and Interaction in a Contact Zone: mtDNA Variation among Bantu-Speakers in Southern Africa
PLoS ONE . 9 ( 6 ) : e99117
Article dans une revue
voir la publicationA high‐density linkage map enables a second‐generation collared flycatcher genome assembly and reveals the patterns of avian recombination rate variation and chromosomal evolution
Molecular Ecology . 23 ( 16 ) : 4035-4058
DOI: 10.1111/mec.12810
Article dans une revue
voir la publication