GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 601 à 630 sur 1407 au total
Mesotoga infera sp. nov., a mesophilic member of the order Thermotogales, isolated from an underground gas storage aquifer.
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 63 ( Pt 8 ) : 3003-8
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voir la publicationMetagenomics of Kamchatkan hot spring filaments reveal two new major (hyper)thermophilic lineages related to Thaumarchaeota
Research in Microbiology . 164 : 425--38
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voir la publicationUtilization of Machine-Learning Methodologies in Order to Understand Complex Evolutionary and Functional Links among Bacterial Genomes
IFCS2013 Book of abstracts . : p. 203
Acte de congrès
voir la publicationTracing the origin of megaplasmids and secondary chromosomes in bacterial genomes
SBME . : A049 363
Acte de congrès
voir la publicationVisualization and analysis of an interconnected network of genomic elements
AdO'13: Apprentissage et données Omiques - Atelier de la conférence d'apprentissage Francophone CAp'13 - PFIA 2013 8ème Plate-Forme Intelligence Artificielle . : AdO-13_paper_6
Acte de congrès
voir la publicationLateral Gene Transfer from the Dead.
Systematic Biology . 62 ( 3 ) : 386-397
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voir la publicationReconstructing the Phylogenetic History of Long-Term Effective Population Size and Life-History Traits Using Patterns of Amino Acid Replacement in Mitochondrial Genomes of Mammals and Birds
Genome Biology and Evolution . 5 ( 7 ) : 1273 - 1290
DOI: 10.1093/gbe/evt083
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voir la publicationTranscriptome Characterisation of the Ant Formica exsecta with New Insights into the Evolution of Desaturase Genes in Social Hymenoptera
PLoS ONE . 8 ( 7 ) : e68200
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voir la publicationGenome-scale coestimation of species and gene trees.
Genome Research . 23 ( 2 ) : 323-330
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voir la publication« ArthropodaCyc » : une collection de bases de données enrichies à l’aide de CycADS pour étudier et comparer le métabolisme des arthropodes.
17. Colloque de Biologie de l’Insecte - CBI-2013 .
Poster
voir la publicationNickel import in bacteria, structural study of extracytoplasmic nickel-binding proteins
16. International Conference on Biological Inorganic Chemistry (ICBIC) . 19 : 1
Acte de congrès
voir la publicationProcédé de fabrication de Gaz Naturel de Synthèse par couplage d'une méthanation avec une électrolyse de vapeur d'eau à haute température
XIVeme congrès SFGP . 104 : 2012214
Acte de congrès
voir la publicationXACT, a long non-coding transcript coating the active X chromosome in human pluripotent cells
Epigenetics and Chromatin: Interactions and processes . 6 ( Suppl 1 ) : O33
Acte de congrès
voir la publicationNew developments in KisSplice: Combining local and global transcriptome assemblers to decipher splicing in RNA-seq data
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) .
Acte de congrès
voir la publicationEndosymbiosis in trypanosomatids: the genomic cooperation between bacterium and host in the synthesis of essential amino acids is heavily influenced by multiple horizontal gene transfers
BMC Evolutionary Biology . 13 ( 1 ) : 190
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voir la publicationBiosynthesis of vitamins and cofactors in bacterium-harbouring trypanosomatids depends on the symbiotic association as revealed by genomic analyses
PLoS ONE . 8 ( 11 ) : e79786
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voir la publicationBio++ : Efficient Extensible Libraries and Tools for Computational Molecular Evolution
Molecular Biology and Evolution . 30 ( 8 ) : 1745 - 1750
Article dans une revue
voir la publicationExperimental assessment of the accuracy of genomic selection in sugarcane
TAG Theoretical and Applied Genetics . 126 ( 10 ) : 2575-2586
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voir la publicationEgyptian mummies record increasing aridity in the Nile valley from 5500 to 1500yr before present
Earth and Planetary Science Letters . 375 : 92-100
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voir la publicationPhylogenies of Central Element Proteins Reveal the Dynamic Evolutionary History of the Mammalian Synaptonemal Complex: Ancient and Recent Components
GENETICS . 195 : 781--793
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voir la publicationLUCA, ancêtre de tous les êtres vivants
Les Dossiers de la Recherche . 2 : 29--31
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voir la publicationAn atlas of over 90,000 conserved noncoding sequences provides insight into crucifer regulatory regions
Nature Genetics . 45 ( 8 ) : 891 - 898
DOI: 10.1038/ng.2684
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voir la publicationClassification of bacterial replicons based on the Genetic Information Transmission Systems
11th RECOMB - Comparative Genomics 2013 .
Acte de congrès
voir la publicationPatterns of molecular evolution in dioecious and non-dioecious Silene
Journal of Evolutionary Biology . 26 : 335--46
DOI: 10.1111/jeb.12052
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voir la publicationLife in an arsenic-containing gold mine: genome and physiology of the autotrophic arsenite-oxidizing bacterium rhizobium sp. NT-26.
Genome Biology and Evolution . 5 ( 5 ) : 934-53
DOI: 10.1093/gbe/evt061
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voir la publicationPhylogenetic Patterns of GC-Biased Gene Conversion in Placental Mammals and the Evolutionary Dynamics of Recombination Landscapes
Molecular Biology and Evolution . 30 ( 3 ) : 489-502
Article dans une revue
voir la publicationAn Experimentally Tested Scenario for the Structural Evolution of Eukaryotic Cys2His2 Zinc Fingers from Eubacterial Ros Homologs
Molecular Biology and Evolution . 30 ( 7 ) : 1504 - 1513
Article dans une revue
voir la publicationA Branch-Heterogeneous Model of Protein Evolution for Efficient Inference of Ancestral Sequences
Systematic Biology . 62 ( 4 ) : 523-538
Article dans une revue
voir la publicationThe evolution of X chromosome inactivation in mammals: the demise of Ohno's hypothesis?
Cellular and Molecular Life Sciences . 71 : 1383--1394
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voir la publicationShort and long-term genome stability analysis of prokaryotic genomes
BMC Genomics . 14 ( 1 ) : 309
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