Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
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Doctorante
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
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Doctorante
autre
Tél : 04 72 44 81 42
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Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
Enseignant-chercheur CPJ
UCBL
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
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Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
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Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
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Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
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Chercheur invité
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 931 à 960 sur 965 au total
[Interpretative reading and quality control of an antibiotic sensitivity test using an expert system. Application to the API ATB system and Enterobacteriaceae].
Pathologie Biologie . 37 ( 5 Pt 2 ) : 624-8
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voir la publication[Bacteriostatic and bactericidal antibiotics: differences in subinhibitory concentration effects on the growth of Escherichia coli].
Pathologie Biologie . 37 ( 5 ) : 335-40
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voir la publicationMathematical modelling of growth of Escherichia coli at subinhibitory levels of chloramphenicol or tetracyclines
Research in Microbiology . 140 ( 3 ) : 243-254
Article dans une revue
voir la publicationRPA190 the gene coding for the largest subunit of yeast RNA polymerase A
Journal of Biological Chemistry . 263 ( 6 ) : 2830-2839
Article dans une revue
voir la publicationMathematical modelling of bacterial growth at subinhibitory levels of aminoglycosides
Annales de l'Institut Pasteur / Microbiologie . 139 ( 5 ) : 613-629
Article dans une revue
voir la publication[An expert system as an aid to the validation of results of the antibiogram. Feasibility study based on the example of Staphylococcus aureus].
Pathologie Biologie . 36 ( 5 ) : 381-5
Article dans une revue
voir la publication[Demonstration of an inoculum effect on the estimation of the minimal inhibitory concentration of LY 146032].
Pathologie Biologie . 36 ( 5 ) : 377-80
Article dans une revue
voir la publication[A mathematical study of the mortality curve of Escherichia coli exposed to aminoglycosides].
Pathologie Biologie . 36 ( 5 ) : 446-51
Article dans une revue
voir la publicationStudy of staphylococcus aureus teichoic acid immunodominant site by help of synthetic haptens
Zentralblatt fur Bakteriologie, Mikrobiologie, und Hygiene. Series A, Medical microbiology, infectious diseases, virology, parasitology . 267 ( 3 ) : 414-424
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voir la publicationCorynebacterium JK: surgical infections in non-immunosuppressed patients
Intensive Care Medicine . 15 ( 1 )
DOI: 10.1007/bf00255631
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voir la publication[Use of an expert system as a tool to carry out urinary cyto-bacteriologic tests].
Annales de Biologie Clinique . 46 ( 8 ) : 669-72
Article dans une revue
voir la publicationEarly stages of in vitro killing curve of LY146032 and vancomycin for Staphylococcus aureus.
Antimicrobial Agents and Chemotherapy . 32 ( 4 ) : 454-457
DOI: 10.1128/AAC.32.4.454
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voir la publicationInterfacing similarity search software with the sequence retrieval system ACNUC
Bioinformatics . 3 ( 3 ) : 239-241
Article dans une revue
voir la publicationCodon contexts in enterobacterial and coliphage genes
Molecular Biology and Evolution . 4 : 426-444
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voir la publication[Effect of subinhibitory concentrations of antibiotics on the growth level of bacteria].
Pathologie Biologie . 35 ( 5 ) : 483-93
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voir la publicationBacterial growth measurement using an automated system: Mathematical modelling and analysis of growth kinetics
Annales de l'Institut Pasteur / Microbiologie . 137 ( 1 ) : 133-143
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voir la publication[Evaluation of the Rapid-ATB system for testing the sensitivity of staphylococci to antibiotics. Comparison with the agar dilution reference method].
Pathologie Biologie . 34 ( 5 Pt 2 ) : 600-3
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voir la publicationGelatin and collagen binding to Staphylococcus aureus strains.
Ann Inst Pasteur Microbiol . 136A : 241-245
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voir la publicationNon-parametric statistics for nucleic acid sequence study
Biochimie . 67 ( 5 ) : 449-453
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voir la publicationSystem analysis and nucleic acid sequence banks
Biochimie . 67 ( 5 ) : 433-436
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voir la publicationEvolution of the primate beta-globin gene region. High rate of variation in CpG dinucleotides and in short repeated sequences between man and chimpanzee
Journal of Molecular Biology . 182 ( 1 ) : 21-29
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voir la publicationACNUC--a portable retrieval system for nucleic acid sequence databases: logical and physical designs and usage
Bioinformatics . 1 : 167-172
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voir la publicationMolecular evolution of viruses as seen by nucleic acid sequence study
Bulletin de l'Institut Pasteur . 83 : 95-148
Article dans une revue
voir la publicationPrédiction des structures secondaires dans les acides nucléiques: aspects algorithmiques et physiques
Biochimie . 67 ( 5 ) : 523-531
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voir la publicationEvolution of the primate β-globin gene region
Journal of Molecular Biology . 182 ( 1 ) : 21-29
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voir la publicationAn energy model that predicts the correct folding of both the tRNA and the 5S RNA molecules
Nucleic Acids Research . 12 ( 1 ) : 31-44
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voir la publicationACNUC: a nucleic acid sequence data base and analysis system
Nucleic Acids Research . 12 ( 1 ) : 121-127
Article dans une revue
voir la publication[Nonparametric approach to the determination of critical diameters. Comparison with conventional methods].
Pathologie Biologie . 32 ( 5 Pt 2 ) : 488-91
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voir la publicationCodon usage in bacteria: correlation with gene expressivity
Nucleic Acids Research . 10 ( 22 ) : 7055-7074
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voir la publicationCodon catalog usage is a genome strategy modulated for gene expressivity
Nucleic Acids Research . 9 : R43-R74
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voir la publication