Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Membres

Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).

Évolution de l'architecture et de l'expression du génome

Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.

Phylogénomique

Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.

Enseignement et vulgarisation

Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).

Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !

Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.

Publications

Affichage des publications 691 à 720 sur 1098 au total

In search of polymorphic Alu insertions with restricted geographic distributions

R. Cordaux, D. Srikanta, J. R. Lee, M. Stoneking, M.A. Batzer

Genomics . 90 : 154-158

DOI: 10.1016/j.ygeno.2007.03.010

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Mating patterns amongst Siberian reindeer herders: Inferences from mtDNA and Y-chromosomal analyses

Brigitte Pakendorf, Innokentij Novgorodov, Vladimir Osakovskij, Mark Stoneking

American Journal of Physical Anthropology . 133 ( 3 ) : 1013-1027

DOI: 10.1002/ajpa.20590

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Unexpected observations after mapping LongSAGE tags to the human genome

C. Keime, M. Sémon, Dominique Mouchiroud, L. Duret, Olivier Gandrillon

BMC Bioinformatics . 8 : 1-11

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Identification of Mycobacterium using the EF-Tu encoding (tuf) gene and the tmRNA encoding (ssrA) gene

S. Mignard, J.-P. Flandrois

Journal of Medical Microbiology . 56 ( 8 ) : 1033-1041

DOI: 10.1099/jmm.0.47105-0

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In vitro detection of the enzymatic activity of folate-dependent tRNA(U54 C5)methyltransferase

J. Urbonavicius, Céline Brochier-Armanet, S. Skouloubris, H. Myllykallio, H. Grosjean

Methods in Enzymology . 25 : 103-19

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In vitro detection of the enzymatic activity of folate-dependent tRNA (Uracil-54,-C5)-methyltransferase: evolutionary implications.

Jaunius Urbonavicius, Céline Brochier-Armanet, Stéphane Skouloubris, Hannu Myllykallio, Henri Grosjean

Methods in Enzymology . 425 : 103-19

DOI: 10.1016/S0076-6879(07)25004-9

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Comparative RNomics and modomics in mollicutes: prediction of gene function and evolutionary implications

V. de Crécy-Lagard, C. Marck, Céline Brochier-Armanet, H. Grosjean

IUBMB Life . 59 : 634-58

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A General Comparison of Relaxed Molecular Clock Models

Thomas Lepage, David Bryant, Herve Philippe, Nicolas Lartillot

Molecular Biology and Evolution . 24 ( 12 ) : 2669-2680

DOI: 10.1093/molbev/msm193

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Exploring Fast Computational Strategies for Probabilistic Phylogenetic analysis

Nicolas Rodrigue, Herve Philippe, Nicolas Lartillot

Systematic Biology . 56 : 711-726

DOI: 10.1080/10635150701611258

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A New Method for Assessing the Effect of Replication on DNA Base Composition Asymmetry

A. Necşulea, J.R. Lobry

Molecular Biology and Evolution . 24 : 2169-2179

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Influence of the transposable element neighborhood on human gene expression in normal and tumor tissues

E. Lerat, M. Sémon

Gene . 396 : 303-311

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Horizontal Gene Transfer Regulation in Bacteria as a ‘‘Spandrel'' of DNA Repair Mechanisms

Saliou Fall, Anne Mercier, Franck Bertolla, Alexandra Calteau, Laurent Gueguen, Guy Perrière...

PLoS ONE . 2 ( 10 ) : e1055-e1066

DOI: 10.1371/journal.pone.0001055

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MareyMap: an R-based tool with graphical interface for estimating recombination rates

C. Rezvoy, D. Charif, Laurent Guéguen, Gabriel Marais

Bioinformatics . 23 : 2188-2189

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Adaptation or biased gene conversion? Extending the null hypothesis of molecular evolution

Nicolas Galtier, L. Duret

Trends in Genetics . 23 ( 6 ) : 273-277

DOI: 10.1016/j.tig.2007.03.011

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Unexpected observations after mapping LongSAGE tags to the human genome.

Céline Keime, Marie Sémon, Dominique Mouchiroud, Laurent Duret, Olivier Gandrillon

BMC Bioinformatics . 8 : 154

DOI: 10.1186/1471-2105-8-154

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Integrating transcription factor binding site information with gene expression datasets

I.B. Jeffery, S.F. Madden, P.A. Mcgettigan, G. Perrière, A.C. Culhane, D.G. Higgins

Bioinformatics . 23 : 298-305

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An archaeal orthologue of the universal protein Kae1 is an iron metalloprotein which exhibits atypical DNA-binding properties and apurinic-endonuclease activity in vitro.

Arnaud Hecker, Nicolas Leulliot, Danièle Gadelle, Marc Graille, Anthony Justome, Pierre Dorlet...

Nucleic Acids Research . 35 ( 18 ) : 6042-51

DOI: 10.1093/nar/gkm554

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Early archives of genetically-restricted proviral DNA in the female genital tract after heterosexual transmission of HIV-1

Nicolas Chomont, Hakim Hocini, Gérard Grésenguet, Céline Brochier-Armanet, Hicham Bouhlal, Laurent Andréoletti...

AIDS. Official journal of the international AIDS Society . 21 : 153--162

DOI: 10.1097/QAD.0b013e328011f94b

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Phylogenomics of the archaeal flagellum: rare horizontal gene transfer in a unique motility structure

Elie Desmond-Le Quéméner, Céline Brochier-Armanet, Simonetta Gribaldo

BMC Evolutionary Biology . 7 : 53-70

DOI: 10.1186/1471-2148-7-106

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Identification and molecular characterization of new STLV-1 and STLV-3 strains in wild-caught nonhuman primates in Cameroon

Florian Liegeois, Bénédicte Lafay, William M. Switzer, Sabrina Locatelli, Eitel Mpoudi-Ngolé, Severin Loul...

Virology . 371 ( 2 ) : 405-417

DOI: 10.1016/j.virol.2007.09.037

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Evaluation of the models handling heterotachy in phylogenetic inference

Yan Zhou, Nicolas Rodrigue, Nicolas Lartillot, Herve Philippe

BMC Evolutionary Biology . 7 : 206-219

DOI: 10.1186/1471-2148-7-206

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Suppression of Long-Branch Attraction Artefacts in the Animal Phylogeny Using a Site-Heterogeneous Model

Nicolas Lartillot, Henner Brinkmann, Herve Philippe

BMC Evolutionary Biology . 7 ( Suppl 1 ) : S4

DOI: 10.1186/1471-2148-7-S1-S4

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A New Method for Assessing the Effect of Replication on DNA Base Composition Asymmetry

A. Necşulea, J.R. Lobry

incollection . 7 : 379-381

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Maintenance in the chicken genome of the retroviral-like cENS gene family specifically expressed in early embryos

Emmanuelle Lerat, Anne-Marie Birot, Jacques Samarut, Anne Mey

Journal of Molecular Evolution . 65 ( 3 ) : 215-227

DOI: 10.1007/s00239-007-9001-4

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Predictions for whole genome 2D display according to size and sequence composition

Bénédicte Lafay, Jean-François Mercier, Christine Kingsburry, Gary W. Slater

3rd SCOPE meeting on Microbial Environmental Genomics (MicroEnGenIII ) .

Acte de congrès

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Genetic diversity and phylogeographic clustering of SIVcpzPtt in wild chimpanzees in Cameroon.

Fran van Heuverswyn, Yingying Li, Elizabeth Bailes, Cecile Neel, Bénédicte Lafay, Brandon F Keele...

Virology . 368 ( 1 ) : 155-71

DOI: 10.1016/j.virol.2007.06.018

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Prevalence and genetic diversity of simian immunodeficiency virus infection in wild red colobus Monkeys (Piliocolobus badius badius) from the Taï Forest, Côte d'Ivoire

Sabrina Locatelli, Florian Liegeois, Bénédicte Lafay, Amy D Roeder, M. W. Bruford, Pierre Formenty...

2nd Congress of the European Federation of Primatology .

Acte de congrès

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Molecular characterization of a simian immunodeficiency virus lineage (SIVwrc) from western red colobus (Piliocolobus badius badius)

Florian Liegeois, Sabrina Locatelli, Bénédicte Lafay, Pierre Formenty, Valérie Courgnaud, Eric Delaporte...

14th International Workshop of HIV Dynamics & Evolution .

Acte de congrès

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Simian immunodeficiency virus infection in wildliving red colobus monkey (Piliocolobus badius badius) from the Taï forest, Côte D'Ivoire

Sabrina Locatelli, Florian Liegeois, Bénédicte Lafay, A.D. Roeder, M. W. Bruford, R. Noë...

14th International Workshop of HIV Dynamics & Evolution .

Acte de congrès

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Molecular diversity of legume root-nodule bacteria in Kakadu National Park, Northern Territory, Australia.

Bénédicte Lafay, Jeremy J Burdon

PLoS ONE . 2 ( 3 ) : e277

DOI: 10.1371/journal.pone.0000277

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