Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Membres

Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).

Évolution de l'architecture et de l'expression du génome

Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.

Phylogénomique

Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.

Enseignement et vulgarisation

Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).

Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !

Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.

Publications

Affichage des publications 691 à 720 sur 1006 au total

Multigene Analyses of Bilaterian Animals Corroborate the Monophyly of Ecdysozoa, Lophotrochozoa and Protostomia

Herve Philippe, Nicolas Lartillot, Henner Brinkmann

Molecular Biology and Evolution . 22 ( 5 ) : 1246-1253

DOI: 10.1093/molbev/msi111

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Phylogenomics

Hervé Philippe, Frédéric Delsuc, Henner Brinkmann, Nicolas Lartillot

Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics . 36 : 541-562

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Evolutionary origins of genomic repertoires in bacteria

E. Lerat, Vincent Daubin, H. Ochman, N.A. Moran

PLoS Biology . 3 : 0807-0814

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Recognizing the pseudogenes in bacterial genomes

E. Lerat, H. Ochman

Nucleic Acids Research . 33 : 3125-3132

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Polymorphix: a sequence polymorphism database

E. Bazin, L. Duret, Simon Penel, N. Galtier

Nucleic Acids Research . 33 : 481-484

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Les trésors cachés du génome humain

L. Duret

Pour la science . -- : 16-21

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Bioinformatics with a French accent

L.D. Hurst, L. Duret

Genome Biology . 6 : 349.1-349.3

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Natural history of the ERVWE 1 endogenous retroviral locus.

Bertrand Bonnaud, Jean Beliaeff, Olivier Bouton, Guy Oriol, Laurent Duret, François Mallet

Retrovirology . 2:57 : 1 - 7

DOI: 10.1186/1742-4692-2-57

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Online synonymous codon usage analyses with the ade4 and seqinR packages

D. Charif, J. Thioulouse, J.R. Lobry, G. Perrière

Bioinformatics . 21 : 545-547

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MADE4: an R package for multivariate analysis of gene expression data

A.C. Culhane, J. Thioulouse, G. Perrière, D.G. Higgins

Bioinformatics . 21 : 2789-2790

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Horizontal transfer of two operons coding for hydrogenases between bacteria and archaea.

A. Calteau, Manolo Gouy, G. Perrière

Journal of Molecular Evolution . 60 ( 5 ) : 557-65

DOI: 10.1007/s00239-004-0094-8

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Optimized between-group classification: a new jackknife-based gene selection procedure for genome-wide expression data

F. Baty, M.P. Bihl, G. Perrière, A.C. Culhane, M.H. Brutsche

BMC Bioinformatics . 6 : 1-12

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Type I Polyketide Synthases May Have Evolved Through Horizontal Gene Transfer

Aurélien Ginolhac, Cyrille Jarrin, Patrick Robe, Guy Perrière, Timothy M. Vogel, Pascal Simonet...

Journal of Molecular Evolution . ( 60 ) : 716-725

DOI: 10.1007/s00239-004-0161-1

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In silico whole-genome scanning of cancer-associated nonsynonymous SNPs and molecular characterization of a dynein light chain tumour variant

A. Aouacheria, V. Navratil, W. Wen, M. Jiang, Dominique Mouchiroud, Christian Gautier...

Oncogene . 24 : 6133-6142

DOI: 10.1038/sj.onc.1208745

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Molecular phylogeny of Myricaceae: a reexamination of host-symbiont specificity

V. Huguet, Manolo Gouy, P. Normand, J.F. Zimpfer, M.P. Fernandez

Molecular Phylogenetics and Evolution . 34 ( 3 ) : 557-568

DOI: 10.1016/j.ympev.2004.11.018

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Phylogeography and taxonomic status of Niphargus virei (subterranean amphipod).

T. Lefébure, Christophe Jean Douady, M. Gouy, P. Trontelj, J. Briolay, Janine Gibert

Proceedings on Symposium on World Subterranean Biodiversity . : 73-74

Acte de congrès

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Clinical and environmental isolates of Legionella pneumophila serogroup 1 cannot be distinguished by sequence analysis of two surface protein genes and three housekeeping genes

H. Aurell, Pierre Farge, H. Meugnier, Manolo Gouy, F. Forey, G. Lina...

Applied and Environmental Microbiology . 71 : 282-289

DOI: 10.1128/AEM.71.1.282-289.2005

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De la prévalence aux valeurs prédictives: L`antibiogramme face à l`évolution de la résistance aux antibiotiques

B. Lamy, G. Carret, Jean-Pierre Flandrois, Marie Laure Delignette-Muller

Annales de Biologie Clinique . 63 : 493-502

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Site Interdependence Attributed to Tertiary Structure in Amino Acid Sequence Evolution

N. Rodrigue, Nicolas Lartillot, D. Bryant, H. Philippe

Gene . 347 ( 2 ) : 207-217

DOI: 10.1016/j.gene.2004.12.011

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A bunch of fun-guys: the whole-genome view of yeast evolution

H. Ochman, Vincent Daubin, E. Lerat

Trends in Genetics . 21 : 1-3

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Examining bacterial species under the specter of gene transfer and exchange

H. Ochman, E. Lerat, Vincent Daubin

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 102 : 6595-6599

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Quantitative prediction for two-dimensional bacterial genomic displays

Jean-François Mercier, Gary W. Slater, Bénédicte Lafay

Joint 15th IUPAB and 5th EBSA International Biophysics Congress .

Acte de congrès

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Molecular polymorphism in Drosophila melanogaster and D. simulans: what have we learned from recent studies?

Sylvain Mousset, N. Derome

Genetica . 120 : 79-86

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The role of natural selection in genetic differentiation of worldwide populations of Drosophila ananassae

J.F. Baines, A. Das, Sylvain Mousset, W. Stephan

Genetics . 168 : 1987-1998

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A test of neutrality and constant population size based on the mismatch distribution

Sylvain Mousset, N. Derome, M. Veuille

Molecular Biology and Evolution . 21 : 724-731

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Identitag, a relational database for SAGE tag identification and interspecies comparison of SAGE libraries.

Céline Keime, Francesca Damiola, Dominique Mouchiroud, Laurent Duret, Olivier Gandrillon

BMC Bioinformatics . 5 : 143

DOI: 10.1186/1471-2105-5-143

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The endogenous retroviral locus ERVWE1 is a bona fide gene involved in hominoid placental physiology

Frédéric Mallet, O. Bouton, S. Prudhomme, V. Cheynet, G. Oriol, B. Bonnaud...

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 101 : 1731-1736

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Evidence that functional transcription units cover at least half of the human genome

M. Sémon, L. Duret

Trends in Genetics . 20 : 229-232

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The Decline of Isochores in Mammals: An Assessment of the GC Content Variation Along the Mammalian Phylogeny

E. Belle, L. Duret, N. Galtier, A. Eyre-Walker

Journal of Molecular Evolution . 58 : 653-660

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Identitag a relational database for SAGE tag identification and interspecies comparison of SAGE libraries

C. Keime, F. Damiola, Dominique Mouchiroud, L. Duret, Olivier Gandrillon

BMC Bioinformatics . 5 : 1-12

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