Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Membres

Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).

Évolution de l'architecture et de l'expression du génome

Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.

Phylogénomique

Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.

Enseignement et vulgarisation

Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).

Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !

Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.

Publications

Affichage des publications 751 à 780 sur 1006 au total

Mitochondrial DNA evidence for admixed origins of central Siberian populations

Brigitte Pakendorf, Victor Wiebe, Larissa Tarskaia, Victor Spitsyn, Himla Soodyall, Alexander Rodewald...

American Journal of Physical Anthropology . 120 ( 3 ) : 211-224

DOI: 10.1002/ajpa.10145

Article dans une revue

voir la publication

Neutral effect of recombination on base composition in Drosophila

Gabriel Marais, Dominique Mouchiroud, L. Duret

Genetical Research . 81 : 79-89

Article dans une revue

voir la publication

Placenta-Specific INSL4 Expression Is Mediated by a Human Endogenous Retrovirus Element

I. Bièche, A. Laurent, I. Laurendeau, L. Duret, Y. Giovangrandi, J.L. Frendo...

Biology of Reproduction . 68 : 1422-1429.

Article dans une revue

voir la publication

Patterns of selection against transposons inferred from the distribution of Tc1 Tc3 and Tc5 insertions in the mut-7 line of the nematode Caenorhabditis elegans

C. Rizzon, E. Martin, Gabriel Marais, L. Duret, L. Segalat, C. Biémont

Genetics . 165 : 1127-1135

Article dans une revue

voir la publication

G+C3 structuring along the genome: a common feature in prokaryotes

Vincent Daubin, G. Perrière

Molecular Biology and Evolution . 20 : 471-483

Article dans une revue

voir la publication

The source of laterally transferred genes in bacterial genomes

Vincent Daubin, E. Lerat, G. Perrière

Genome Biology . 4 : R57.1-R57.12

Article dans une revue

voir la publication

RTKdb: database of Receptor Tyrosine Kinase

J. Grassot, G. Mouchiroud, G. Perrière

Nucleic Acids Research . 31 : 353-358

Article dans une revue

voir la publication

Quelques problèmes statistiques rencontrés dans l`estimation de la température minimale de croissance de Listeria monocytogenes

S. Charles-Bajard, Jean-Pierre Flandrois, R. Tomassone

Revue de Statistique Appliquée . LI : 59-71

Article dans une revue

voir la publication

MgtC as a horizontally-acquired virulence factor of intracellular bacterial pathogens: evidence from molecular phylogeny and comparative genomics.

Anne-Béatrice Blanc-Potard, Bénédicte Lafay

Journal of Molecular Evolution . 57 ( 4 ) : 479-86

DOI: 10.1007/s00239-003-2496-4

Article dans une revue

voir la publication

From gene trees to organismal phylogeny in prokaryotes: the case of the gamma-Proteobacteria

Emmanuelle Lerat, Vincent Daubin, Nancy Moran

PLoS Biology . 1 ( 1 ) : 101-109

DOI: 10.1371/journal.pbio.0000019

Article dans une revue

voir la publication

Sequence divergence within transposable element families in the Drosophila melanogaster genome

E. Lerat, C. Rizzon, C. Biémont

Genome Research . 13 : 1889-1896

Article dans une revue

voir la publication

Integrated databanks access and sequence/structure analysis services at the PBIL.

G. Perriere, C. Combet, Simon Penel, Christophe Blanchet, J. Thioulouse, C. Geourjon...

Nucleic Acids Research . 31 ( 13 ) : 3393-3399

DOI: 10.1093/nar/gkg530

Article dans une revue

voir la publication

Patterns of selection against transposons inferred from the distribution of Tc1, Tc3 and Tc5 insertions in the mut-7 line of the nematode Caenorhabditis elegans.

Carène Rizzon, Edwige Martin, Gabriel Marais, Laurent Duret, Laurent Ségalat, Christian Biémont

Genetics . 165 ( 3 ) : 1127-35

Article dans une revue

voir la publication

ROSO: a software to search optimized oligonucleotide probes for microarrays

Nancie Reymond, Hubert Charles, Guillaume Beslon, Laurent Duret, Jean-Michel Fayard

14. Rencontres Régionales de la Recherche .

Poster

voir la publication

Subcellular localization of 14-3-3 proteins in Toxoplasma gondii tachyzoites and evidence for a lipid raft-associated form

Jean-Pierre Rouault, Olga Assossou, Franã§oise Besson, Florence Persat, Christine Brisson, Laurent Duret...

FEMS Microbiology Letters . 224 ( 2 ) : 161-168

DOI: 10.1016/S0378-1097(03)00479-8

Article dans une revue

voir la publication

Subcellular localization of 14-3-3 proteins in Toxoplasma gondii tachyzoites and evidence for a lipid raft-associated form

O. Assossou, F. Besson, J.P. Rouault, F. Persat, C. Brisson, L. Duret...

FEMS Microbiology Letters . 224 : 161-168.

DOI: 10.1016/S0378-1097(03)00479-8

Article dans une revue

voir la publication

Patterns of selection against transposons inferred from the distribution of Tcl, Tc3 and Tc5 insertions in the mut-7 line of the nematode Caenorhabditis elegans.

C. Rizzon, E. Martin, G. Marais, L. Duret, L. Segalat, C. Biemont

Genetics . ( 165 ) : 1127-1135

Article dans une revue

voir la publication

Use of Correspondence Discriminant Analysis to predict the subcellular location of bacterial proteins

G. Perrière, J. Thioulouse

Computer Methods and Programs in Biomedicine . 70 : 99-105

Article dans une revue

voir la publication

Cross-platform comparison and visualisation of gene expression data using co-inertia analysis

A.C. Culhane, G. Perrière, D.G. Higgins

BMC Bioinformatics . 4 : 1-15

Article dans une revue

voir la publication

BIBI a bioinformatics bacterial identification tool

G. Devulder, G. Perrière, F. Baty, Jean-Pierre Flandrois

Journal of Clinical Microbiology . 41 : 1785-1787

Article dans une revue

voir la publication

RTKdb: database of Receptor Tyrosine Kinase.

Julien Grassot, Guy Mouchiroud, Guy Perrière

Nucleic Acids Research . 31 ( 1 ) : 353-8

Article dans une revue

voir la publication

A method to study the microscale 3-D spatial distribution of Bacteria in soil.

A. Dechesne, C. Pallud, D. Debouzie, Jean-Pierre Flandrois, J.P. Gaudet, G.L. Grundmann

Mycological Research . 107 : 1221-1230

Article dans une revue

voir la publication

Phylogenetic analysis of proteins homologous to the Salmonella MgtC virulence factor

Anne-Béatrice Blanc-Potard, Bénédicte Lafay

ASM Conference on Salmonella: Pathogenesis, Epidemiology, and Vaccine Development .

Acte de congrès

voir la publication

A novel method for characterizing the microscale 3D spatial distribution of bacteria in soil

A. Dechesne, C. Pallud, D. Debouzie, J. P. Flandrois, T. M. Vogel, J. P. Gaudet...

Soil Biology and Biochemistry . 35 ( 12 ) : 1537-1546

DOI: 10.1016/S0038-0717(03)00243-8

Article dans une revue

voir la publication

Y-chromosomal evidence for a strong reduction in male population size of Yakuts

Brigitte Pakendorf, Bharti Morar, Larissa A Tarskaia, Manfred Kayser, Himla Soodyall, Alexander Rodewald...

Human Genetics . 110 ( 2 ) : 198-200

DOI: 10.1007/s00439-001-0664-4

Article dans une revue

voir la publication

Expected Relationship Between the Silent Substitution Rate and the GC Content: Implications for the Evolution of Isochores

G. Piganeau, Dominique Mouchiroud, L. Duret, Christian Gautier

Journal of Molecular Evolution . 54 : 129-133.

Article dans une revue

voir la publication

Detecting genomic features under weak selective pressure: the example of codon usage in animals and plants

L. Duret

Bioinformatics . 18 : S91-S91

Article dans une revue

voir la publication

A phylogenomic approach to bacterial phylogeny: evidence of a core of genes sharing a common history

Vincent Daubin, Manolo Gouy, G. Perrière

Genome Research . 12 : 1080-1090

DOI: 10.1101/gr.187002

Article dans une revue

voir la publication

Between-group analysis of microarray data

A.C. Culhane, G. Perrière, E.C. Considine, T.G. Cotter, D.G. Higgins

Bioinformatics . 18 : 1600-1608

Article dans une revue

voir la publication

Use and misuse of correspondence analysis in codon usage studies

G. Perrière, J. Thioulouse

Nucleic Acids Research . 30 : 4548-4555

Article dans une revue

voir la publication