Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Membres

Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).

Évolution de l'architecture et de l'expression du génome

Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.

Phylogénomique

Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.

Enseignement et vulgarisation

Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).

Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !

Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.

Publications

Affichage des publications 751 à 780 sur 1098 au total

The origin and evolution of Archaea: a state of the art

Simonetta Gribaldo, Céline Brochier-Armanet

Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci . 361 : 1007-22

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A Bayesian Compound Stochastic Process for Modeling Nonstationary and Nonhomogeneous Sequence Evolution

Samuel Blanquart, Nicolas Lartillot

Molecular Biology and Evolution . 23 ( 11 ) : 2058-2071

DOI: 10.1093/molbev/msl091

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Assessing Site-Interdependent Phylogenetic Models of Sequence Evolution

Nicolas Rodrigue, Herve Philippe, Nicolas Lartillot

Molecular Biology and Evolution . 23 ( 9 ) : 1762-1775

DOI: 10.1093/molbev/msl041

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Synonymous codon usage and its potential link with optimal growth temperature in prokaryotes.

J.R. Lobry, A. Necşulea

Gene . 385 : 128-136

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Revisiting the directionnal mutation pressure theory : The analysis of a particular genomic structure in Leishmania major

A. Necşulea, J.R. Lobry

Gene . 385 : 28-40

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Trypanosoma cruzi: sequence analysis of the variable region of kinetoplast minicircles

Jenny Telleria, Bénédicte Lafay, Myrna Virreira, Christian Barnabé, Michel Tibayrenc, Michal Svoboda

Experimental Parasitology . 114 ( 4 ) : 279-88

DOI: 10.1016/j.exppara.2006.04.005

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Does lack of recombination enhance asymmetric evolution among duplicate genes? Insights from the Drosophila melanogaster genome

Yves Clément, Raquel Tavares, Gabriel Marais

Gene . 385 : 89-95

DOI: 10.1016/j.gene.2006.05.032

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Recent Origin and Cultural Reversion of a Hunter–Gatherer Group

Hiroki Oota, Brigitte Pakendorf, Günter Weiss, Arndt von Haeseler, Surin Pookajorn, Wannapa Settheetham-Ishida...

PLoS Biology . 3 ( 3 ) : e71

DOI: 10.1371/journal.pbio.0030071

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Tree pattern matching in phylogenetic trees: automatic search for orthologs or paralogs in homologous gene sequence databases.

Jean-François Dufayard, L. Duret, Simon Penel, Manolo Gouy, F. Rechenmann, G. Perrière

Bioinformatics . 21 ( 11 ) : 2596-603

DOI: 10.1093/bioinformatics/bti325

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Integr8 and Genome Reviews: integrated views of complete genomes and proteomes.

P. Kersey, L. Bower, L. Morris, A. Horne, R. Petryszak, C. Kanz...

Nucleic Acids Research . 33 ( Database issue ) : D297-302

DOI: 10.1093/nar/gki039

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Homology-dependent methylation in primate repetitive DNA.

J. Meunier, A. Khelifi, V. Navratil, L. Duret

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 102 ( 15 ) : 5471-6

DOI: 10.1073/pnas.0408986102

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Natural history of the ERVWE1 endogenous retroviral locus

B. Bonnaud, J. Beliaeff, O. Bouton, G. Oriol, L. Duret, Frédéric Mallet

Retrovirology . 2 : 1-7

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Relationship between gene expression and GC-content in mammals: statistical significance and biological relevance

M. Sémon, Dominique Mouchiroud, L. Duret

Human Molecular Genetics . 14 : 421-427

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HOPPSIGEN: a database of human and mouse processed pseudogenes.

A. Khelifi, L. Duret, Dominique Mouchiroud

Nucleic Acids Research . 33 ( Database issue ) : D59-66

DOI: 10.1093/nar/gki084

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Phylogenomics of Life-Or-Death Switches in Multicellular Animals: Bcl-2, BH3-Only, and BNip Families of Apoptotic Regulators

A. Aouacheria, F. Brunet, Manolo Gouy

Molecular Biology and Evolution . 22 ( 12 ) : 2395-2416

DOI: 10.1093/molbev/msi234

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[From prevalence to predictive values: considerations on the antimicrobial susceptibility testing dealing with change of susceptibility rates].

Jean-Pierre Flandrois, B Lamy, G. Carret, M Delignette-Muller

Annales de Biologie Clinique . 63 ( 5 ) : 493-502

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A multigene approach to phylogenetic analysis using the genus Mycobacterium as a model

G. Devulder, M. Perouse de Montclos, Jean-Pierre Flandrois

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 55 : 293-302

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[Luca: the last universal common ancestor]

Patrick Forterre, Simonetta Gribaldo, Céline Brochier

Médecine/Sciences . 21 ( 10 ) : 860-5

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Multigene Analyses of Bilaterian Animals Corroborate the Monophyly of Ecdysozoa, Lophotrochozoa and Protostomia

Herve Philippe, Nicolas Lartillot, Henner Brinkmann

Molecular Biology and Evolution . 22 ( 5 ) : 1246-1253

DOI: 10.1093/molbev/msi111

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Phylogenomics

Hervé Philippe, Frédéric Delsuc, Henner Brinkmann, Nicolas Lartillot

Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics . 36 : 541-562

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Evolutionary origins of genomic repertoires in bacteria

E. Lerat, Vincent Daubin, H. Ochman, N.A. Moran

PLoS Biology . 3 : 0807-0814

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Recognizing the pseudogenes in bacterial genomes

E. Lerat, H. Ochman

Nucleic Acids Research . 33 : 3125-3132

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Polymorphix: a sequence polymorphism database

E. Bazin, L. Duret, Simon Penel, N. Galtier

Nucleic Acids Research . 33 : 481-484

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Les trésors cachés du génome humain

L. Duret

Pour la science . -- : 16-21

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Bioinformatics with a French accent

L.D. Hurst, L. Duret

Genome Biology . 6 : 349.1-349.3

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Natural history of the ERVWE 1 endogenous retroviral locus.

Bertrand Bonnaud, Jean Beliaeff, Olivier Bouton, Guy Oriol, Laurent Duret, François Mallet

Retrovirology . 2:57 : 1 - 7

DOI: 10.1186/1742-4692-2-57

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Online synonymous codon usage analyses with the ade4 and seqinR packages

D. Charif, J. Thioulouse, J.R. Lobry, G. Perrière

Bioinformatics . 21 : 545-547

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