Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
Enseignant-chercheur CPJ
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Doctorant
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
Chercheur invité
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 391 à 420 sur 1006 au total
Twisted Signatures of GC-Biased Gene Conversion Embedded in an Evolutionary Stable Karyotype
Molecular Biology and Evolution . 30 ( 7 ) : 1700-1712
Article dans une revue
voir la publicationHuman Genetic Data Reveal Contrasting Demographic Patterns between Sedentary and Nomadic Populations That Predate the Emergence of Farming
Molecular Biology and Evolution . 30 ( 12 ) : 2629 - 2644
Article dans une revue
voir la publicationAncestry runs deeper than blood: The evolutionary history of ABO points to cryptic variation of functional importance
BioEssays . : n/a-n/a
Article dans une revue
voir la publicationMultiple Instances of Ancient Balancing Selection Shared Between Humans and Chimpanzees
Science . 339 ( 6127 ) : 1578-1582
Article dans une revue
voir la publicationPositive selection of protective variants for type 2 diabetes from the Neolithic onward: a case study in Central Asia
European Journal of Human Genetics . 21 ( 10 ) : 1146-1151
Article dans une revue
voir la publicationThe complex binding of PRDM9
Genome Biology . 14 ( 4 ) : 112
Article dans une revue
voir la publicationIs RAD-seq suitable for phylogenetic inference? An in silico assessment and optimization
Ecology and Evolution . 3 ( 4 ) : 846-852
DOI: 10.1002/ece3.512
Article dans une revue
voir la publicationGénomes, protéomes et transcriptomes à foison
Pour la science . 433 : 38--39
Article dans une revue
voir la publicationThe molecular signal for the adaptation to cold temperature during early life on Earth
Biology Letters . 9 ( 5 ) : 20130608
Article dans une revue
voir la publicationMycobacterium bourgelatii sp. nov., a rapidly growing, non-chromogenic species isolated from the lymph nodes of cattle.
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 63 ( Pt 12 ) : 4669-74
Article dans une revue
voir la publicationCandida albicans and non- Candida albicans fungemia in an institutional hospital during a decade
Medical Mycology . 51 ( 1 ) : 33-37
Article dans une revue
voir la publicationDiminution of 2,3,5-triphenyltetrazolium chloride toxicity on Listeria monocytogenes growth by iron source addition to the culture medium
Food Microbiology . 38 : 1--5
Article dans une revue
voir la publicationMesotoga infera sp. nov., a mesophilic member of the order Thermotogales, isolated from an underground gas storage aquifer.
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 63 ( Pt 8 ) : 3003-8
Article dans une revue
voir la publicationMetagenomics of Kamchatkan hot spring filaments reveal two new major (hyper)thermophilic lineages related to Thaumarchaeota
Research in Microbiology . 164 : 425--38
Article dans une revue
voir la publicationUtilization of Machine-Learning Methodologies in Order to Understand Complex Evolutionary and Functional Links among Bacterial Genomes
IFCS2013 Book of abstracts . : p. 203
Acte de congrès
voir la publicationTracing the origin of megaplasmids and secondary chromosomes in bacterial genomes
SBME . : A049 363
Acte de congrès
voir la publicationVisualization and analysis of an interconnected network of genomic elements
AdO'13: Apprentissage et données Omiques - Atelier de la conférence d'apprentissage Francophone CAp'13 - PFIA 2013 8ème Plate-Forme Intelligence Artificielle . : AdO-13_paper_6
Acte de congrès
voir la publicationLateral Gene Transfer from the Dead.
Systematic Biology . 62 ( 3 ) : 386-397
Article dans une revue
voir la publicationReconstructing the Phylogenetic History of Long-Term Effective Population Size and Life-History Traits Using Patterns of Amino Acid Replacement in Mitochondrial Genomes of Mammals and Birds
Genome Biology and Evolution . 5 ( 7 ) : 1273 - 1290
DOI: 10.1093/gbe/evt083
Article dans une revue
voir la publicationTranscriptome Characterisation of the Ant Formica exsecta with New Insights into the Evolution of Desaturase Genes in Social Hymenoptera
PLoS ONE . 8 ( 7 ) : e68200
Article dans une revue
voir la publicationGenome-scale coestimation of species and gene trees.
Genome Research . 23 ( 2 ) : 323-330
Article dans une revue
voir la publicationNickel import in bacteria, structural study of extracytoplasmic nickel-binding proteins
16. International Conference on Biological Inorganic Chemistry (ICBIC) . 19 : 1
Acte de congrès
voir la publicationXACT, a long non-coding transcript coating the active X chromosome in human pluripotent cells
Epigenetics and Chromatin: Interactions and processes . 6 ( Suppl 1 ) : O33
Acte de congrès
voir la publicationBio++ : Efficient Extensible Libraries and Tools for Computational Molecular Evolution
Molecular Biology and Evolution . 30 ( 8 ) : 1745 - 1750
Article dans une revue
voir la publicationExperimental assessment of the accuracy of genomic selection in sugarcane
TAG Theoretical and Applied Genetics . 126 ( 10 ) : 2575-2586
Article dans une revue
voir la publicationEgyptian mummies record increasing aridity in the Nile valley from 5500 to 1500yr before present
Earth and Planetary Science Letters . 375 : 92-100
Article dans une revue
voir la publicationPhylogenies of Central Element Proteins Reveal the Dynamic Evolutionary History of the Mammalian Synaptonemal Complex: Ancient and Recent Components
GENETICS . 195 : 781--793
Article dans une revue
voir la publicationLUCA, ancêtre de tous les êtres vivants
Les Dossiers de la Recherche . 2 : 29--31
Article dans une revue
voir la publication