Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
Enseignant-chercheur CPJ
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Doctorant
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
Chercheur invité
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 331 à 360 sur 1006 au total
Probabilistic models of eukaryotic evolution: time for integration
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 370 ( 1678 ) : 20140338
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voir la publicationGenomic data do not support comb jellies as the sister group to all other animals
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 112 ( 50 ) : 15402-15407
Article dans une revue
voir la publicationToward more accurate ancestral protein genotype-phenotype reconstructions with the use of species tree-aware gene trees
Molecular Biology and Evolution . 32 : 13-22
Article dans une revue
voir la publicationOccurrence of a non deleterious gene conversion event in the BRCA1 gene
Genes, Chromosomes & Cancer . 54 : 646-52
DOI: 10.1002/gcc.22278
Article dans une revue
voir la publicationHuman genetic data reveal contrasting demographic patterns between sedentary and nomadic populations that predate the emergence of farming
European Journal of Human Genetics . 22 ( 10 ) : 1201-1207
Article dans une revue
voir la publicationEstimation of the RNU2 macrosatellite mutation rate by BRCA1 mutation tracing
Nucleic Acids Research . 42 ( 14 ) : 9121-30
DOI: 10.1093/nar/gku639
Article dans une revue
voir la publicationTracing Pastoralist Migrations to Southern Africa with Lactase Persistence Alleles
Current Biology - CB . 24 ( 8 ) : 875-879
Article dans une revue
voir la publicationAncient west Eurasian ancestry in southern and eastern Africa
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 111 ( 7 ) : 2632-2637
Article dans une revue
voir la publicationUnraveling the complex maternal history of southern African Khoisan populations
American Journal of Physical Anthropology . 153 ( 3 ) : 435-448
DOI: 10.1002/ajpa.22441
Article dans une revue
voir la publicationNew insights into the history of the C-14010 lactase persistence variant in Eastern and Southern Africa
American Journal of Physical Anthropology . 156 ( 4 ) : 661-664
DOI: 10.1002/ajpa.22675
Article dans une revue
voir la publicationMigration and Interaction in a Contact Zone: mtDNA Variation among Bantu-Speakers in Southern Africa
PLoS ONE . 9 ( 6 ) : e99117
Article dans une revue
voir la publicationA high‐density linkage map enables a second‐generation collared flycatcher genome assembly and reveals the patterns of avian recombination rate variation and chromosomal evolution
Molecular Ecology . 23 ( 16 ) : 4035-4058
DOI: 10.1111/mec.12810
Article dans une revue
voir la publicationWhy Time Matters: Codon Evolution and the Temporal Dynamics of dN/dS
Molecular Biology and Evolution . 31 ( 1 ) : 212-231
Article dans une revue
voir la publicationPreserving immune diversity through ancient inheritance and admixture
Current Opinion in Immunology . 30 : 79-84
Article dans une revue
voir la publicationDeterminants of Mutation Rate Variation in the Human Germline
Annual Review of Genomics and Human Genetics . 15 ( 1 ) : 47-70
Article dans une revue
voir la publicationTroX: a new method to learn about the genesis of aneuploidy from trisomic products of conception
Bioinformatics . 30 ( 14 ) : 2035-2042
Article dans une revue
voir la publicationMicrosatellite data show recent demographic expansions in sedentary but not in nomadic human populations in Africa and Eurasia
European Journal of Human Genetics . 22 ( 10 ) : 1201-1207
DOI: 10.1038/ejhg.2014.2
Article dans une revue
voir la publicationA call for benchmarking transposable element annotation methods.
Mobile DNA . 6 : 13
Article dans une revue
voir la publicationSubcellular Localization of ENS-1/ERNI in Chick Embryonic Stem Cells
PLoS ONE . 9 ( 3 ) : e92039
Article dans une revue
voir la publicationThe spatiotemporal program of DNA replication is associated with specific combinations of chromatin marks in human cells.
PLoS Genetics . 10 ( 5 ) : e1004282
Article dans une revue
voir la publicationThe Red Queen Model of Recombination Hotspots Evolution in the Light of Archaic and Modern Human Genomes
PLoS Genetics . 10 : e1004790
Article dans une revue
voir la publicationStrong heterogeneity in mutation rate causes misleading hallmarks of natural selection on indel mutations in the human genome
Molecular Biology and Evolution . 31 : 23-36
Article dans une revue
voir la publicationDiet of ancient Egyptians inferred from stable isotope systematics
Journal of Archaeological Science . 46 : 114-124
Article dans une revue
voir la publicationMUBII-TB-DB: a database of mutations associated with antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis.
BMC Bioinformatics . 15 ( 1 ) : 107
Article dans une revue
voir la publicationMycobacterium Species Related to M. leprae and M. lepromatosis from Cows with Bovine Nodular Thelitis
Emerging Infectious Diseases . 20 : 2111-4
Article dans une revue
voir la publicationPromiscuous Nickel Import in Human Pathogens: Structure, Thermodynamics, and Evolution of Extracytoplasmic Nickel-Binding Proteins
Structure . 22 ( 10 ) : 1421-1432
Article dans une revue
voir la publicationProtein SYCP2 Is an Ancient Component of the Metazoan Synaptonemal Complex
Cytogenetic and genome research . 144 : 299-305
DOI: 10.1159/000381080
Article dans une revue
voir la publicationPlant, animal, and fungal micronutrient queuosine is salvaged by members of the DUF2419 protein family
ACS Chemical Biology . 9 ( 8 ) : 1812-1825
DOI: 10.1021/cb500278k
Article dans une revue
voir la publicationAil and PagC-Related Proteins in the Entomopathogenic Bacteria of Photorhabdus Genus
PLoS ONE . 9 ( 10 ) : e110060
Article dans une revue
voir la publicationContribution of graphs to the analysis of bacterial genome architecture
BioNetVisA workshop, ECCB'14, the 13th European Conference on Computational Biology .
Acte de congrès
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