COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Les systèmes vivants sont fortement intégrés, avec une multitude de niveaux d'organisation, allant des échelles moléculaires et intracellulaires aux écosystèmes. Les organismes complexes sont eux-mêmes des consortiums de macro et micro-organismes, qui travaillent avec leur hôte pour construire un individu. Pourtant, chacun de ces organismes peut fonctionner et évoluer à court terme selon sa propre logique, éventuellement en conflit avec d'autres niveaux supérieurs ou inférieurs, ou avec d'autres échelles de temps. L'idée autrefois répandue parmi les évolutionnistes selon laquelle la sélection naturelle aboutit à des organismes parfaitement adaptés à leur environnement est maintenant gravement compromise. Non seulement parce que, comme l'explique la reine rouge à Alice, il faut courir sans relâche pour garder sa place dans un environnement changeant, ou parce que l'histoire évolutive passée et le hasard limitent les possibilités d'adaptation actuelle, mais aussi parce que différents niveaux de sélection ont des intérêts qui sont généralement difficiles à concilier.
La coévolution multi-échelles repose les questions classiques de la biologie évolutive
Un exemple particulièrement intéressant est la question de la source des variations héréditaires. Le phénotype des organismes dans une population est influencé non seulement par les variations de leurs génomes nucléaires et mitochondriaux, dont la dynamique fait l'objet de la génétique des populations, mais aussi de plus en plus manifestement par le consortium de microbes et d'éléments génétiques qui constituent son microbiome et son virome. L'hologénome désigne cet assemblage complexe de matériels génétiques, qui obéissent à différentes règles de transmission et à différentes stratégies évolutives. La capacité des symbiotes à manipuler les phénotypes hôtes ou à interférer les uns avec les autres influence la dynamique évolutive de tous les acteurs d'une manière qui est encore mal comprise. De plus, de nouvelles questions se posent, comme l'importance de la co-adaptation dans ces systèmes et leurs conséquences sur le maintien de systèmes biologiques cohésifs.
- La symbiose: une réponse et une source de sélection divergente
En utilisant une variété d'approches combinant évolution expérimentale, données génomiques, fonctionnelles, phénotypiques et comportementales, nous visons à tester si la symbiose facilite la diversification et à caractériser les processus microévolutifs sous-jacents.
- Réseaux écologiques de transfert horizontal de gènes
Nous développons des méthodes originales de détection des transferts de gènes et nous étudions les facteurs qui influencent les voies de transfert de gènes chez les microbes mais aussi chez les insectes.
- L'interaction entre la symbiose, l'infection et l'immunité et ses conséquences évolutives
Nous essayons de comprendre l'interaction intime des hôtes avec des agents pathogènes, des symbiotes et des éléments transposables et comment elle affecte le phénotype étendu de l'hôte.
- Hérédité transgénérationnel et changements d'environnement
Nous essayons de déchiffrer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation rapide à l'environnement et de tester l'hérédité transgénérationnel des traits de forme physique.
- Conflits intragénomiques et démographie
Nous développons des modèles pour tester si les changements dans la démographie de l'hôte affectent la dynamique des éléments transposables.
- Le déterminisme de la convergence phénotypique
Nous étudions les bases génomiques de l'évolution phénotypique convergente en particulier dans le cas de l'adaptation des animaux et des plantes à l'augmentation de la température et à la diminution de l'eau.
- Réconcilier l'arbre de vie
Nous développons des méthodes phylogénétiques pour «réconcilier» les histoires de gènes / espèces ou d'hôtes / symbiotes. Et nous utilisons ces méthodes pour explorer la majeure partie des espèces éteintes ou non décrites et l'histoire de l'association des microbes symbiotiques avec leurs hôtes.
- Intégrer les méthodes
Les méthodes que nous utilisons pour aborder les questions soulevées par la co-évolution multi-échelles vont de la théorie, de la modélisation et de la simulation à l'analyse de big data, en laboratoire (notamment sur les insectes), et dans une moindre mesure, aux activités de terrain.
- Implication de la recherche, responsabilité des chercheurs et sciences citoyennes
De par nos recherches (dont certaines ont des conséquences immédiates sur la santé, l'agriculture et l'écologie) et nos préoccupations sur la responsabilité des scientifiques dans la société, nous nous engageons à promouvoir une recherche «implicative». La position implicative signifie que nous essayons de travailler sur le lien entre science et société, non seulement à travers une communication unidirectionnelle, appliquant ou expliquant notre science, mais aussi en favorisant des discussions précoces avec les citoyens sur des projets de recherche, qui peuvent influencer nos orientations de recherche.
Publications
Affichage des publications 511 à 540 sur 747 au total
Footprints of Inversions at Present and Past Pseudoautosomal Boundaries in Human Sex Chromosomes
Genome Biology and Evolution . 1(1) : 56-66
Article dans une revue
voir la publicationAnalysis of fine-scale mammalian evolutionary breakpoints provides new insight into their relation to genome organisation
BMC Genomics . 10 ( 1 ) : 335
Article dans une revue
voir la publicationYeast Ancestral Genome Reconstructions: The Possibilities of Computational Methods
RECOMB International Workshop on Comparative Genomics . 5817 : 1-12
Acte de congrès
voir la publicationComputation of Perfect DCJ Rearrangement Scenarios with Linear and Circular Chromosomes
Journal of Computational Biology . 16 ( 10 ) : 1287-1309
Article dans une revue
voir la publicationIdentification of expressed transposable element insertions in the sequenced genome of Drosophila melanogaster
Gene . 439 : 55-62
Article dans une revue
voir la publicationMaintenance of adaptive differentiation by Wolbachia induced bidirectional cytoplasmic incompatibility: the importance of sib-mating and genetic systems.
BMC Evolutionary Biology . 9 : 185
Article dans une revue
voir la publicationHybrid sterility and inviability in the parasitic fungal species complex Microbotryum
Journal of Evolutionary Biology . 22 ( 4 ) : 683--698
Article dans une revue
voir la publicationA Virus-Shaping Reproductive Strategy in a Drosophila Parasitoid
incollection . 70 : 334-359
Article dans une revue
voir la publicationMolecular Detection Penetrance and Transmission of an Inherited Virus Responsible for Behavioral Manipulation of an Insect Parasitoid
Applied and Environmental Microbiology . 75 ( 3 ) : 703-710
DOI: 10.1128/AEM.01778-08
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voir la publicationWolbachia interferes with ferritin expression and iron metabolism in insects.
PLoS Pathogens . 5 ( 10 ) : e1000630
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voir la publicationImmunity and symbiosis.
Molecular Microbiology . 73 ( 5 ) : 751-9
Article dans une revue
voir la publicationInteractions between vertically transmitted symbionts: cooperation or conflict ?
Trends in Microbiology . 17 : 95-99
Article dans une revue
voir la publicationEvolution des interactions symbiotiques chez les insectes : A quel niveau de sélection se vouer ?
incollection . -- : 33-35
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voir la publicationEviter les tricheurs: mode de transmission et stabilité des symbioses
Biofutur . 299 : 33-35
Article dans une revue
voir la publicationDrosophila-parasitoid communities as model systems for host-Wolbachia interactions.
Advances in Parasitology . 70 : 299-331
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voir la publicationInfecciones múltiples regulación y evolución de poblaciones simbióticas
incollection . -- : 197-226
Article dans une revue
voir la publicationDrosophila–Parasitoid Communities as Model Systems for Host–Wolbachia Interactions
incollection . 70 : 229-331
Article dans une revue
voir la publicationPhylogenetic Relationships Deduced from Whole Genome Comparisons
Encyclopedia of Life Sciences . : 1-8
Interactions between Coexisting Intracellular Genomes: Mitochondrial Density and Wolbachia Infection
Applied and Environmental Microbiology . 75(7) : 1916-1921
Article dans une revue
voir la publicationGenomic environment influences the dynamics of the tirant LTR retrotransposon in Drosophila.
FASEB Journal . 23 ( 5 ) : 1482-9
DOI: 10.1096/fj.08-123513
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voir la publicationEvolutionary Origin and Functions of Retrogene Introns
Molecular Biology and Evolution . 26(9) : 2147-2156
Article dans une revue
voir la publicationHow sympatric is speciation in the Howea palms of Lord Howe Island ?
Molecular Ecology . 18 : 3629-3638
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voir la publicationManipulation de la sex ratio
incollection . -- : 1901-1908
Article dans une revue
voir la publicationThe joint evolutionary histories of Wolbachia and mitochondria in Hypolimnas bolina
BMC Evolutionary Biology . 9(64) : 1-9
Article dans une revue
voir la publicationAssessing risks of Wolbachia DNA cross-specimen contamination following mass collection and ethanol storage
Molecular Ecology Resources . 9(1) : 46-50
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voir la publicationContribution à la connaissance des araignées des îles de la Société (Polynésie française)
Revue arachnologique, série 2 . 17(5) : 63-81
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voir la publicationPhylogenetic determinants of potential host shifts in fungal pathogens
Journal of Evolutionary Biology . 22 ( 12 ) : 2532--2541
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voir la publicationPrediction of Contiguous Regions in the Amniote Ancestral Genome
ISBRA 2009, 5th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications, . 5542
Acte de congrès
voir la publicationMultichromosomal median and halving problems under different genomic distances
BMC Bioinformatics . 10 ( 1 ) : 120
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