COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Les systèmes vivants sont fortement intégrés, avec une multitude de niveaux d'organisation, allant des échelles moléculaires et intracellulaires aux écosystèmes. Les organismes complexes sont eux-mêmes des consortiums de macro et micro-organismes, qui travaillent avec leur hôte pour construire un individu. Pourtant, chacun de ces organismes peut fonctionner et évoluer à court terme selon sa propre logique, éventuellement en conflit avec d'autres niveaux supérieurs ou inférieurs, ou avec d'autres échelles de temps. L'idée autrefois répandue parmi les évolutionnistes selon laquelle la sélection naturelle aboutit à des organismes parfaitement adaptés à leur environnement est maintenant gravement compromise. Non seulement parce que, comme l'explique la reine rouge à Alice, il faut courir sans relâche pour garder sa place dans un environnement changeant, ou parce que l'histoire évolutive passée et le hasard limitent les possibilités d'adaptation actuelle, mais aussi parce que différents niveaux de sélection ont des intérêts qui sont généralement difficiles à concilier.
La coévolution multi-échelles repose les questions classiques de la biologie évolutive
Un exemple particulièrement intéressant est la question de la source des variations héréditaires. Le phénotype des organismes dans une population est influencé non seulement par les variations de leurs génomes nucléaires et mitochondriaux, dont la dynamique fait l'objet de la génétique des populations, mais aussi de plus en plus manifestement par le consortium de microbes et d'éléments génétiques qui constituent son microbiome et son virome. L'hologénome désigne cet assemblage complexe de matériels génétiques, qui obéissent à différentes règles de transmission et à différentes stratégies évolutives. La capacité des symbiotes à manipuler les phénotypes hôtes ou à interférer les uns avec les autres influence la dynamique évolutive de tous les acteurs d'une manière qui est encore mal comprise. De plus, de nouvelles questions se posent, comme l'importance de la co-adaptation dans ces systèmes et leurs conséquences sur le maintien de systèmes biologiques cohésifs.
- La symbiose: une réponse et une source de sélection divergente
En utilisant une variété d'approches combinant évolution expérimentale, données génomiques, fonctionnelles, phénotypiques et comportementales, nous visons à tester si la symbiose facilite la diversification et à caractériser les processus microévolutifs sous-jacents.
- Réseaux écologiques de transfert horizontal de gènes
Nous développons des méthodes originales de détection des transferts de gènes et nous étudions les facteurs qui influencent les voies de transfert de gènes chez les microbes mais aussi chez les insectes.
- L'interaction entre la symbiose, l'infection et l'immunité et ses conséquences évolutives
Nous essayons de comprendre l'interaction intime des hôtes avec des agents pathogènes, des symbiotes et des éléments transposables et comment elle affecte le phénotype étendu de l'hôte.
- Hérédité transgénérationnel et changements d'environnement
Nous essayons de déchiffrer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation rapide à l'environnement et de tester l'hérédité transgénérationnel des traits de forme physique.
- Conflits intragénomiques et démographie
Nous développons des modèles pour tester si les changements dans la démographie de l'hôte affectent la dynamique des éléments transposables.
- Le déterminisme de la convergence phénotypique
Nous étudions les bases génomiques de l'évolution phénotypique convergente en particulier dans le cas de l'adaptation des animaux et des plantes à l'augmentation de la température et à la diminution de l'eau.
- Réconcilier l'arbre de vie
Nous développons des méthodes phylogénétiques pour «réconcilier» les histoires de gènes / espèces ou d'hôtes / symbiotes. Et nous utilisons ces méthodes pour explorer la majeure partie des espèces éteintes ou non décrites et l'histoire de l'association des microbes symbiotiques avec leurs hôtes.
- Intégrer les méthodes
Les méthodes que nous utilisons pour aborder les questions soulevées par la co-évolution multi-échelles vont de la théorie, de la modélisation et de la simulation à l'analyse de big data, en laboratoire (notamment sur les insectes), et dans une moindre mesure, aux activités de terrain.
- Implication de la recherche, responsabilité des chercheurs et sciences citoyennes
De par nos recherches (dont certaines ont des conséquences immédiates sur la santé, l'agriculture et l'écologie) et nos préoccupations sur la responsabilité des scientifiques dans la société, nous nous engageons à promouvoir une recherche «implicative». La position implicative signifie que nous essayons de travailler sur le lien entre science et société, non seulement à travers une communication unidirectionnelle, appliquant ou expliquant notre science, mais aussi en favorisant des discussions précoces avec les citoyens sur des projets de recherche, qui peuvent influencer nos orientations de recherche.
Publications
Affichage des publications 451 à 480 sur 747 au total
Endosymbionts of arthropods and nematodes: allies to fight infectious diseases?
Médecine/Sciences . 27 ( 11 ) : 953-958
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voir la publicationSurvey of Wolbachia and Its Phage WO in the Uzifly texitExorista sorbillans (Diptera: Tachinidae)
Current Microbiology . 63 : 267-272
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voir la publicationIsolation and gene flow: inferring the speciation history of European house mice
Molecular ecology . 20 : 5248-5264
Article dans une revue
voir la publicationWolbachia detection: an assessment of standard PCR protocols.
Molecular Ecology Resources . 11 ( 3 ) : 567-72
Article dans une revue
voir la publicationTpms: a Tree Pattern-matching Utility for Querying Gene Trees Collections
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM) . : 111-112
Acte de congrès
voir la publicationMapping ancestral genomes with massive gene loss: a matrix sandwich problem.
Bioinformatics . 27 ( 13 ) : i257-65
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voir la publicationL'époque romantique contre la peine de mort
incollection . -- : 54-56
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voir la publicationReconstructing the architecture of the ancestral amniote genome.
Bioinformatics . 27 ( 19 ) : 2664-2671
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voir la publicationPreface : Satellite Workshop on Comparative Genomics Research in Computational Molecular Biology (RECOMB-CG 2010)
Journal of Computational Biology . 18(9) : 1-3
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voir la publicationVertical inheritance and bursts of transposition have shaped the evolution of the BS non-LTR retrotransposon in Drosophila.
Molecular Genetics and Genomics . 286 ( 1 ) : 57-66
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voir la publicationComparative analysis of transposable elements in the melanogaster subgroup sequenced genomes.
Gene . 473 ( 2 ) : 100-9
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voir la publicationLes Ressources
Actes du Colloque de l'Institut Universitaire de France . : 356 p.
Acte de congrès
voir la publicationMedicago truncatula contains a second gene encoding a plastid located glutamine synthetase exclusively expressed in developing seeds
BMC Plant Biology . 10 ( 183 ) : 16 p.
Article dans une revue
voir la publicationInduction by Chlorpyrifos of the Confusion of Males in Discriminating Female Sexual Pheromones Used for Mate Finding by Two Sympatric Trichogramma Species (Hymenoptera: Trichogrammatidae)
Environmental Entomology . 39 ( 2 ) : 535-544
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voir la publicationDecrease in Fecundity Induced by Interspecific Mating Between Two Trichogramma Parasitoid Species
Journal of Economic Entomology . 103 ( 2 ) : 308-313
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voir la publicationMod/Resc Parsimony Inference
Combinatorial Pattern Matching . 6129 : 202--213
Acte de congrès
voir la publicationWolbachia Age-Sex-Specific Density in Aedes albopictus: A Host Evolutionary Response to Cytoplasmic Incompatibility?
PLoS ONE . 5 ( 3 ) : e9700
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voir la publicationRapid spread of male-killing Wolbachia in the butterfly Hypolimnas bolina
Journal of Evolutionary Biology . 23 ( 1 ) : 231-235
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voir la publicationRéhabilitation de Athous puncticollis Kiesenwetter, 1858, espèce distincte de A. vittatus Fabricius, 1792
Bulletin de la Société Entomologique de France . 115 : 381 - 385
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voir la publicationLa notion d'espèce en écologie microbienne
1er Colloque National d'Ecologie Scientifique .
Acte de congrès
voir la publicationToward an ecological concept for bacterial species in Agrobacterium
12th International Conference on Plant Pathogenic Bacteria .
Acte de congrès
voir la publicationIdentification de fonctions « spécifiques d'espèce » impliquées dans l'individualisation en écovar de l’espèce G8 du complexe Agrobacterium tumefaciens
Journées des Microbiologistes de l'INRA .
Acte de congrès
voir la publicationEvolution Moléculaire
Biologie évolutive . 978-2-8041-0161-9 : 114-173
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationDetecting lateral gene transfers by statistical reconciliation of phylogenetic forests
BMC Bioinformatics . 11 ( 324 ) : 13
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voir la publicationBayesian sampling of genomic rearrangement scenarios via double cut and join.
Bioinformatics . 26 ( 24 ) : 3012-9
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voir la publicationAncestral grass karyotype reconstruction unravels new mechanisms of genome shuffling as a source of plant evolution.
Genome Research . 20 ( 11 ) : 1545-57
Article dans une revue
voir la publicationYeast ancestral genome reconstructions: the possibilities of computational methods II.
Journal of Computational Biology . 17 ( 9 ) : 1097-112
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voir la publicationPalaeogenomics of plants: synteny-based modelling of extinct ancestors.
Trends in Plant Science . 15 ( 9 ) : 479-87
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