COEVOL Coévolution Multi-Echelles

Les systèmes vivants sont fortement intégrés, avec une multitude de niveaux d'organisation, allant des échelles moléculaires et intracellulaires aux écosystèmes. Les organismes complexes sont eux-mêmes des consortiums de macro et micro-organismes, qui travaillent avec leur hôte pour construire un individu. Pourtant, chacun de ces organismes peut fonctionner et évoluer à court terme selon sa propre logique, éventuellement en conflit avec d'autres niveaux supérieurs ou inférieurs, ou avec d'autres échelles de temps. L'idée autrefois répandue parmi les évolutionnistes selon laquelle la sélection naturelle aboutit à des organismes parfaitement adaptés à leur environnement est maintenant gravement compromise. Non seulement parce que, comme l'explique la reine rouge à Alice, il faut courir sans relâche pour garder sa place dans un environnement changeant, ou parce que l'histoire évolutive passée et le hasard limitent les possibilités d'adaptation actuelle, mais aussi parce que différents niveaux de sélection ont des intérêts qui sont généralement difficiles à concilier.

La coévolution multi-échelles repose les questions classiques de la biologie évolutive
Un exemple particulièrement intéressant est la question de la source des variations héréditaires. Le phénotype des organismes dans une population est influencé non seulement par les variations de leurs génomes nucléaires et mitochondriaux, dont la dynamique fait l'objet de la génétique des populations, mais aussi de plus en plus manifestement par le consortium de microbes et d'éléments génétiques qui constituent son microbiome et son virome. L'hologénome désigne cet assemblage complexe de matériels génétiques, qui obéissent à différentes règles de transmission et à différentes stratégies évolutives. La capacité des symbiotes à manipuler les phénotypes hôtes ou à interférer les uns avec les autres influence la dynamique évolutive de tous les acteurs d'une manière qui est encore mal comprise. De plus, de nouvelles questions se posent, comme l'importance de la co-adaptation dans ces systèmes et leurs conséquences sur le maintien de systèmes biologiques cohésifs.

La symbiose: une réponse et une source de sélection divergente

En utilisant une variété d'approches combinant évolution expérimentale, données génomiques, fonctionnelles, phénotypiques et comportementales, nous visons à tester si la symbiose facilite la diversification et à caractériser les processus microévolutifs sous-jacents.

Réseaux écologiques de transfert horizontal de gènes

Nous développons des méthodes originales de détection des transferts de gènes et nous étudions les facteurs qui influencent les voies de transfert de gènes chez les microbes mais aussi chez les insectes.

L'interaction entre la symbiose, l'infection et l'immunité et ses conséquences évolutives

Nous essayons de comprendre l'interaction intime des hôtes avec des agents pathogènes, des symbiotes et des éléments transposables et comment elle affecte le phénotype étendu de l'hôte.

Hérédité transgénérationnel et changements d'environnement

Nous essayons de déchiffrer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation rapide à l'environnement et de tester l'hérédité transgénérationnel des traits de forme physique.

Conflits intragénomiques et démographie

Nous développons des modèles pour tester si les changements dans la démographie de l'hôte affectent la dynamique des éléments transposables.

Le déterminisme de la convergence phénotypique

Nous étudions les bases génomiques de l'évolution phénotypique convergente en particulier dans le cas de l'adaptation des animaux et des plantes à l'augmentation de la température et à la diminution de l'eau.

Réconcilier l'arbre de vie

Nous développons des méthodes phylogénétiques pour «réconcilier» les histoires de gènes / espèces ou d'hôtes / symbiotes. Et nous utilisons ces méthodes pour explorer la majeure partie des espèces éteintes ou non décrites et l'histoire de l'association des microbes symbiotiques avec leurs hôtes.

Intégrer les méthodes

Les méthodes que nous utilisons pour aborder les questions soulevées par la co-évolution multi-échelles vont de la théorie, de la modélisation et de la simulation à l'analyse de big data, en laboratoire (notamment sur les insectes), et dans une moindre mesure, aux activités de terrain.

Implication de la recherche, responsabilité des chercheurs et sciences citoyennes

De par nos recherches (dont certaines ont des conséquences immédiates sur la santé, l'agriculture et l'écologie) et nos préoccupations sur la responsabilité des scientifiques dans la société, nous nous engageons à promouvoir une recherche «implicative». La position implicative signifie que nous essayons de travailler sur le lien entre science et société, non seulement à travers une communication unidirectionnelle, appliquant ou expliquant notre science, mais aussi en favorisant des discussions précoces avec les citoyens sur des projets de recherche, qui peuvent influencer nos orientations de recherche.

Publications

Affichage des publications 481 à 510 sur 768 au total

Vertical inheritance and bursts of transposition have shaped the evolution of the BS non-LTR retrotransposon in Drosophila.

Adriana Granzotto, Fabrício R Lopes, Cristina Vieira, Claudia M A Carareto

Molecular Genetics and Genomics . 286 ( 1 ) : 57-66

DOI: 10.1007/s00438-011-0629-9

2011

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Comparative analysis of transposable elements in the melanogaster subgroup sequenced genomes.

Emmanuelle Lerat, Nelly Burlet, Christian Biémont, Cristina Vieira

Gene . 473 ( 2 ) : 100-9

DOI: 10.1016/j.gene.2010.11.009

2011

Article dans une revue

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Les Ressources

Jean-Paul Bravard, Ioan Negrutiu, Natalia del Fatti, Cristina Vieira

Actes du Colloque de l'Institut Universitaire de France . : 356 p.

2011

Acte de congrès

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Evolution Combinatoire, Algorithmique des Chromosomes

Eric Tannier

2011

HDR

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L'époque romantique contre la peine de mort

Eric Tannier

978-613-1-56487-1 : 176

2011

Ouvrage

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Medicago truncatula contains a second gene encoding a plastid located glutamine synthetase exclusively expressed in developing seeds

Ana Seabra, Cristina Vieira, Julie Vera Cullimore, Helena Carvalho

BMC Plant Biology . 10 ( 183 ) : 16 p.

DOI: 10.1186/1471-2229-10-183

2010

Article dans une revue

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Induction by Chlorpyrifos of the Confusion of Males in Discriminating Female Sexual Pheromones Used for Mate Finding by Two Sympatric Trichogramma Species (Hymenoptera: Trichogrammatidae)

Celine Dupont, R. Allemand, Jean-Marie Delpuech

Environmental Entomology . 39 ( 2 ) : 535-544

2010

Article dans une revue

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Lucien Leseigneur, Sylvain Charlat, Roland Allemand

Bulletin de la Société Entomologique de France . 115 : 381 - 385

2010

Article dans une revue

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La notion d'espèce en écologie microbienne

T. Campillo, Malek Shams, Sally Burr, Martha Helena Ramírez-Bahena, Florent Lassalle, Franck Bertolla...

1er Colloque National d'Ecologie Scientifique .

2010

Acte de congrès

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Toward an ecological concept for bacterial species in Agrobacterium

Tony Campillo, Florent Lassalle, M. Shams, Martha Helena Ramírez-Bahena, Jessica Baude, Celine Lavire...

12th International Conference on Plant Pathogenic Bacteria .

2010

Acte de congrès

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Identification de fonctions « spécifiques d'espèce » impliquées dans l'individualisation en écovar de l’espèce G8 du complexe Agrobacterium tumefaciens

Florent Lassalle, Daniel Muller, Denis Costechareyre, David Chapulliot, Celine Lavire, Laurent Guéguen...

Journées des Microbiologistes de l'INRA .

2010

Acte de congrès

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Eric Tannier

International Workshop on Comparative Genomics . 978-3-642-16180-3

2010

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Thierry Lefèvre, François Renaud, Marc-André Selosse, Frédéric Thomas, C. Bernstein, O. Broennimann...

Biologie évolutive . : 533-616

2010

Chapitre d'ouvrage

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COEVOL Coévolution Multi-Echelles

Equipe Génétique et Evolution des Interactions

Equipe Le Cocon

Publications

Vertical inheritance and bursts of transposition have shaped the evolution of the BS non-LTR retrotransposon in Drosophila.

Comparative analysis of transposable elements in the melanogaster subgroup sequenced genomes.

Les Ressources

Evolution Combinatoire, Algorithmique des Chromosomes

L'époque romantique contre la peine de mort

Medicago truncatula contains a second gene encoding a plastid located glutamine synthetase exclusively expressed in developing seeds

Induction by Chlorpyrifos of the Confusion of Males in Discriminating Female Sexual Pheromones Used for Mate Finding by Two Sympatric Trichogramma Species (Hymenoptera: Trichogrammatidae)

Decrease in Fecundity Induced by Interspecific Mating Between Two Trichogramma Parasitoid Species

Mod/Resc Parsimony Inference

Wolbachia Age-Sex-Specific Density in Aedes albopictus: A Host Evolutionary Response to Cytoplasmic Incompatibility?

Rapid spread of male-killing Wolbachia in the butterfly Hypolimnas bolina

Réhabilitation de Athous puncticollis Kiesenwetter, 1858, espèce distincte de A. vittatus Fabricius, 1792

La notion d'espèce en écologie microbienne

Toward an ecological concept for bacterial species in Agrobacterium

Identification de fonctions « spécifiques d'espèce » impliquées dans l'individualisation en écovar de l’espèce G8 du complexe Agrobacterium tumefaciens

Evolution Moléculaire

Detecting lateral gene transfers by statistical reconciliation of phylogenetic forests

Bayesian sampling of genomic rearrangement scenarios via double cut and join.

Ancestral grass karyotype reconstruction unravels new mechanisms of genome shuffling as a source of plant evolution.

Yeast ancestral genome reconstructions: the possibilities of computational methods II.

Palaeogenomics of plants: synteny-based modelling of extinct ancestors.

Comparative genomics : international workshop, RECOMB-CG 2010, Ottawa, Canada, October 9-11, 2010 : proceedings

Le génome aux ordres des mathématiciens

Do variable compensatory mechanisms explain the polymorphism of the dependence phenotype in the Asobara tabida-wolbachia association?

AN INTEGRATIVE TEST OF THE DEAD-END HYPOTHESIS OF SELFING EVOLUTION IN TRITICEAE (POACEAE)

Genes devoid of full-length transposable element insertions are involved in development and in the regulation of transcription in human and closely related species.

Prevalence of a virus inducing behavioural manipulation near species range border

The transmission efficiency of tomato yellow leaf curl virus by the whitefly Bemisia tabaci is correlated with the presence of a specific symbiotic bacterium species.

Endosymbiont metacommunities, mtDNA diversity and the evolution of the Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae) species complex.

Évolution des interactions entre espèces