COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Les systèmes vivants sont fortement intégrés, avec une multitude de niveaux d'organisation, allant des échelles moléculaires et intracellulaires aux écosystèmes. Les organismes complexes sont eux-mêmes des consortiums de macro et micro-organismes, qui travaillent avec leur hôte pour construire un individu. Pourtant, chacun de ces organismes peut fonctionner et évoluer à court terme selon sa propre logique, éventuellement en conflit avec d'autres niveaux supérieurs ou inférieurs, ou avec d'autres échelles de temps. L'idée autrefois répandue parmi les évolutionnistes selon laquelle la sélection naturelle aboutit à des organismes parfaitement adaptés à leur environnement est maintenant gravement compromise. Non seulement parce que, comme l'explique la reine rouge à Alice, il faut courir sans relâche pour garder sa place dans un environnement changeant, ou parce que l'histoire évolutive passée et le hasard limitent les possibilités d'adaptation actuelle, mais aussi parce que différents niveaux de sélection ont des intérêts qui sont généralement difficiles à concilier.
La coévolution multi-échelles repose les questions classiques de la biologie évolutive
Un exemple particulièrement intéressant est la question de la source des variations héréditaires. Le phénotype des organismes dans une population est influencé non seulement par les variations de leurs génomes nucléaires et mitochondriaux, dont la dynamique fait l'objet de la génétique des populations, mais aussi de plus en plus manifestement par le consortium de microbes et d'éléments génétiques qui constituent son microbiome et son virome. L'hologénome désigne cet assemblage complexe de matériels génétiques, qui obéissent à différentes règles de transmission et à différentes stratégies évolutives. La capacité des symbiotes à manipuler les phénotypes hôtes ou à interférer les uns avec les autres influence la dynamique évolutive de tous les acteurs d'une manière qui est encore mal comprise. De plus, de nouvelles questions se posent, comme l'importance de la co-adaptation dans ces systèmes et leurs conséquences sur le maintien de systèmes biologiques cohésifs.
- La symbiose: une réponse et une source de sélection divergente
En utilisant une variété d'approches combinant évolution expérimentale, données génomiques, fonctionnelles, phénotypiques et comportementales, nous visons à tester si la symbiose facilite la diversification et à caractériser les processus microévolutifs sous-jacents.
- Réseaux écologiques de transfert horizontal de gènes
Nous développons des méthodes originales de détection des transferts de gènes et nous étudions les facteurs qui influencent les voies de transfert de gènes chez les microbes mais aussi chez les insectes.
- L'interaction entre la symbiose, l'infection et l'immunité et ses conséquences évolutives
Nous essayons de comprendre l'interaction intime des hôtes avec des agents pathogènes, des symbiotes et des éléments transposables et comment elle affecte le phénotype étendu de l'hôte.
- Hérédité transgénérationnel et changements d'environnement
Nous essayons de déchiffrer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation rapide à l'environnement et de tester l'hérédité transgénérationnel des traits de forme physique.
- Conflits intragénomiques et démographie
Nous développons des modèles pour tester si les changements dans la démographie de l'hôte affectent la dynamique des éléments transposables.
- Le déterminisme de la convergence phénotypique
Nous étudions les bases génomiques de l'évolution phénotypique convergente en particulier dans le cas de l'adaptation des animaux et des plantes à l'augmentation de la température et à la diminution de l'eau.
- Réconcilier l'arbre de vie
Nous développons des méthodes phylogénétiques pour «réconcilier» les histoires de gènes / espèces ou d'hôtes / symbiotes. Et nous utilisons ces méthodes pour explorer la majeure partie des espèces éteintes ou non décrites et l'histoire de l'association des microbes symbiotiques avec leurs hôtes.
- Intégrer les méthodes
Les méthodes que nous utilisons pour aborder les questions soulevées par la co-évolution multi-échelles vont de la théorie, de la modélisation et de la simulation à l'analyse de big data, en laboratoire (notamment sur les insectes), et dans une moindre mesure, aux activités de terrain.
- Implication de la recherche, responsabilité des chercheurs et sciences citoyennes
De par nos recherches (dont certaines ont des conséquences immédiates sur la santé, l'agriculture et l'écologie) et nos préoccupations sur la responsabilité des scientifiques dans la société, nous nous engageons à promouvoir une recherche «implicative». La position implicative signifie que nous essayons de travailler sur le lien entre science et société, non seulement à travers une communication unidirectionnelle, appliquant ou expliquant notre science, mais aussi en favorisant des discussions précoces avec les citoyens sur des projets de recherche, qui peuvent influencer nos orientations de recherche.
Publications
Affichage des publications 391 à 420 sur 747 au total
Level of protection and testing scheme
Escort 3: Linking non-target Arthropod testing and risk assessment with protection goals . : 16-24
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationPhylogenetic modeling of lateral gene transfer reconstructs the pattern and relative timing of speciations.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 109 ( 43 ) : 17513-17518
Article dans une revue
voir la publicationA snapshot of histone modifications within transposable elements in Drosophila wild type strains.
PLoS ONE . 7 ( 9 ) : 1-7
Article dans une revue
voir la publicationAn inherited virus influences the coexistence of parasitoid species through behaviour manipulation.
Ecology Letters . 15 ( 6 ) : 603-10
Article dans une revue
voir la publicationInfluence of the virus LbFV and of Wolbachia in a host-parasitoid interaction.
PLoS ONE . 7 ( 4 ) : 1-10
Article dans une revue
voir la publicationHeritable variation in an extended phenotype: the case of a parasitoid manipulated by a virus.
Journal of Evolutionary Biology . 25 ( 1 ) : 54-65
Article dans une revue
voir la publicationAn inherited Virus manipulating the behavior of its parasitoid host : epidemiology and evolutionary consequences
Parasitoid Viruses. Symbionts and Pathogens . 978-0-12-384858-1 : 203-214
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationPopulation genetic structure and secondary endosymbionts of Q Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae) from Greece
Bulletin of Entomological Research . 102 : 353-365
Article dans une revue
voir la publicationA comparative analysis of the amounts and dynamics of transposable elements in natural populations of Drosophila melanogaster and Drosophila simulans.
Journal of Environmental Radioactivity . 113 : 83-86
Article dans une revue
voir la publicationLes transferts horizontaux de gènes et l’arbre de la vie
Médecine/Sciences . 28 ( 8-9 ) : 695 - 698
Article dans une revue
voir la publicationModeling Gene Family Evolution and Reconciling Phylogenetic Discord
Methods in Molecular Biology . 856 : 29-51
Article dans une revue
voir la publicationPreserving Inversion Phylogeny Reconstruction
WABI 2012 - 12th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics . : 1-13
Acte de congrès
voir la publicationModulation of Symbiont Lipid A Signaling by Host Alkaline Phosphatases in the Squid-Vibrio Symbiosis
mBio . 3 ( 3 )
Article dans une revue
voir la publicationPhylo-MCOA: a fast and efficient method to detect outlier genes and species in phylogenomics using multiple co-inertia analysis
Molecular Biology and Evolution . 29 ( 6 ) : 1587--1598
Article dans une revue
voir la publicationAccurate Estimation of Substitution Rates with Neighbor-Dependent Models in a Phylogenetic Context
Systematic Biology . 61 ( 3 ) : 510-521
Article dans une revue
voir la publicationEffects of deltamethrin on the specific discrimination of sex pheromones in two sympatric Trichogramma species
Ecotoxicology and Environmental Safety . 84 : 32--38
Article dans une revue
voir la publicationComplete Genome Sequence of "Candidatus Portiera aleyrodidarum" BT-QVLC, an Obligate Symbiont That Supplies Amino Acids and Carotenoids to Bemisia tabaci.
Journal of Bacteriology . 194 ( 23 ) : 6654-6655
DOI: 10.1128/JB.01793-12
Article dans une revue
voir la publicationEvolution and control of host-microbe symbiosis in arthropods: an RNAseq-based transcriptomic analysis
7. International Wolbachia conference . 978-2-911320-44-6
Acte de congrès
voir la publicationMaking (good) use of Wolbachia: what the models say.
Current Opinion in Microbiology . 15 ( 3 ) : 263-8
Article dans une revue
voir la publicationFast and robust characterization of time-heterogeneous sequence evolutionary processes using substitution mapping.
PLoS ONE . 7 ( 3 ) : e33852
Article dans une revue
voir la publicationWhat genomes have to say about the evolution of the Earth
Gondwana Research . 21 : 483-494
Article dans une revue
voir la publicationEfficient selection of branch-specific models of sequence evolution.
Molecular Biology and Evolution . 29 ( 7 ) : 1861-1874
Article dans une revue
voir la publicationA Phylogenomic Approach to Vertebrate Phylogeny Supports a Turtle-Archosaur Affinity and a Possible Paraphyletic Lissamphibia
PLoS ONE . 7 : e48990
Article dans une revue
voir la publicationEvidence of diversity and recombination in Arsenophonus symbionts of the Bemisia tabaci species complex
BMC Microbiology . 12(Suppl 1) : 1-15
Article dans une revue
voir la publicationtirant, a newly discovered active endogenous retrovirus in Drosophila simulans.
Journal of Virology . 86 ( 7 ) : 3675-3681
DOI: 10.1128/JVI.07146-11
Article dans une revue
voir la publicationMod/Resc Parsimony Inference: Theory and application
Information and Computation . 213 : 23-32
Article dans une revue
voir la publicationEfficient Prediction of Co-Complexed Proteins Based on Coevolution
PLoS ONE . 7 ( 11 ) : 1-13
Article dans une revue
voir la publicationLinkage to the mating-type locus across the genus microbotryum: insights into nonrecombining chromosomes
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 66 ( 11 ) : 3519-3533
Article dans une revue
voir la publicationEvolution of Prokaryotic Pangenomes
Horizontal Gene Transfer in Microorganisms . 978-1-908230-10-2 : 23-32
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationApproximating the number of Double Cut-and-Join scenarios
Theoretical Computer Science . 439 : 30-40
Article dans une revue
voir la publication