Statistics and Modelling for Health Sciences

Biostatistics Health Group

Subtil Fabien

Maître de conférences - praticien hospitalier

UCBL

Address: 162 avenue Lacassagne
69424 LYON cedex 03

Tel: 33 04 72 11 52 38

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Activité de recherche

Recherche actuelle

Identification de profils de trajectoires typiques dans les études cliniques ou épidémiologiques

Une trajectoire est constituée par les mesures longitudinales d’un biomarqueur chez un individu. L’identification de profils typiques de trajectoire permet de classer les individus, et d’avoir une meilleure connaissance de l’hétérogénéité naturelle entre les patients. Le lien entre les groupes de trajectoire et le pronostique peut ensuite être recherché, ainsi que des facteurs prédisposant à l’appartenance à un groupe donné.
Deux travaux principaux ont été menés dans cette thématique de recherche.

Application à la recherche de facteurs cliniques prédisant la réponse à un traitement antihypertenseur
Recherche des facteurs de réponse au traitement lorsque la réponse est évaluée par des mesures répétées de pression artérielle. Travail réalisé en partenariat avec le Pr Gueyffier de l’équipe EMET.

Adaptation des méthodes à des biomarqueurs binaires ou résultant d’un comptage
Participation aux tâches 3 (KmlCov) et 5 (KmlVar) de l’ANR IDOL (responsable : C. Genolini, Bordeaux ; financement obtenu en 2012).
Travail fondamental d’adaptation des méthodes usuelles de classification de trajectoires à des biomarqueurs binaires ou résultant d’un comptage.

 

 

Projets de recherche

Utilisation des trajectoires typiques pour établir le diagnostic précoce de maladies

Utilisation de la méthodologie d’identification de trajectoires typiques pour évaluer la capacité d’un biomarqueur longitudinal à établir un diagnostic précoce. L’application portera sur l’analyse des variations de β-HCG suite à un premier curetage de mole hydatiforme pour le diagnostic d’échec du curetage.

Prise en compte des conséquences cliniques dans le choix des tests diagnostiques

Le choix d’un test diagnostique (ou de son seuil) repose très fréquemment sur l’analyse de sa courbe ROC. Le succès de cet outil en a fait oublier la non prise en compte de la prévalence et des conséquences cliniques des erreurs de classement (maladie non détectée ou traitement à tort). Ces paramètres impactent pourtant grandement le bénéfice espéré en population de la stratégie diagnostique.
Le travail de recherche visera à adapter de façon simple les courbes ROC pour prendre en compte ces deux facteurs. L’objectif est que cet outil aussi populaire en recherche clinique soit désormais, par des modifications simples, utilisé de façon rationnelle en termes de prise de décision médicale.

Etablissement de seuils pour la médecine personnalisée

La médecine personnalisée repose sur des biomarqueurs qui orientent le choix de la stratégie de traitement. Aujourd’hui, les seuils de décision associés à ces biomarqueurs tiennent compte du caractère répondeur ou non du patient au traitement, mais rarement de la qualité de vie. La thématique de recherche portera sur les méthodes de prise en compte de l’état de santé futur d’un patient dans le choix du seuil optimal d’un biomarqueur prédictif, et sur l’intérêt de la prise en compte de ce paramètre.

 

 

Activités d'enseignement

Enseignements au sein du Master Santé Publique

- M2 UE " Modéle linéaire et linéaires généralisé " : TD.
- M2 UE " Inférence Fréquentiste et Bayésienne, Paramétrique et non Paramétrique " : cours et TD sur les méthodes d’estimations en situation de paramètres multiples.
- M2 UE " Modélisation diagnostique et pronostique. Propriétés prédictives des modèles " : cours/TD
- M2 UE " Modèles linéaires et linéaires généralisés à effets mixtes " : cours/TD
- M2 UE " Méthodes statistiques pour les essais cliniques " : cours/TD

 

Enseignements au sein de l’INSA de Lyon


- 4ème année, module " Modèle linéaire généralisé " : cours.
- 5ème année, module " Statistique bayésienne et applications " : cours et TD/TP.

Enseignements au sein de la Faculté de Médecine Lyon Sud Charles Mérieux

- PASS, UE " Evaluation des méthodes d’analyse appliquées aux sciences de la vie et de la santé " : cours et ED.

- PASS, UE " Projet d'études " .
- FGSM 2, UE " Biomédecine quantitative " : cours.

- DFGSM1, UE "Formation générale à la recherche" : cours.

- Conférences d’internat pour la préparation à l’ECN.

Formation LBBE

Formation continue sur l'inférence bayésienne

Publications

Display of 121 to 150 publications on 163 in total

On-Demand Sildenafil as a Treatment for Raynaud Phenomenon

Matthieu Roustit, Joris Giai, Olivier Gaget, Charles Khouri, Myriam Mouhib, Adrien Lotito...

Annals of Internal Medicine . 169 ( 10 ) : 694

DOI: 10.7326/M18-0517

Journal article

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Unequal intra-group variance in trajectory classification

Amna Klich, René Ecochard, Fabien Subtil

Statistics in Medicine . 37 ( 28 ) : 4155-4166

DOI: 10.1002/sim.7921

Journal article

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Geriatric analysis from PRODIGE 20 randomized phase II trial evaluating bevacizumab + chemotherapy versus chemotherapy alone in older patients with untreated metastatic colorectal cancer

T. Aparicio, O. Bouché, E. Francois, F. Retornaz, E. Barbier, J. Taieb...

European Journal of Cancer . 97 : 16-24

DOI: 10.1016/j.ejca.2018.03.030

Journal article

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An alternative classification to mixture modeling for longitudinal counts or binary measures

Fabien Subtil, Olayidé Boussari, Mathieu Bastard, Jean-François Etard, René Ecochard, Christophe Génolini

Statistical Methods in Medical Research . 26 ( 1 ) : 453-470

DOI: 10.1177/0962280214549040

Journal article

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A sudden death risk score specifically for hypertension

Hai-Ha Le, Fabien Subtil, Marc Cerou, Ivanny Marchant, Muaamar Al-Gobari, Mor Fall...

Journal of Hypertension . 35 ( 11 ) : 2178-2184

DOI: 10.1097/HJH.0000000000001451

Journal article

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Dynamics of Ebola RNA Persistence in Semen: A Report From the Postebogui Cohort in Guinea

Fabien Subtil, Charlotte Delaunay, Alpha Kabinet Keita, Mamadou Saliou Sow, Abdoulaye Touré, Sandrine Leroy...

Clinical Infectious Diseases . 64 ( 12 ) : 1788 - 1790

DOI: 10.1093/cid/cix210

Journal article

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Cementless lateralized stems in primary THA: Mid-term survival and risk factors for failure in 172 stems

Cyril Courtin, Anthony Viste, Fabien Subtil, Olivier Catin, Romain Desmarchelier, Michel-Henri Fessy

Orthopaedics & Traumatology: Surgery & Research . 103 ( 1 ) : pp. 15-19

DOI: 10.1016/j.otsr.2016.10.011

Journal article

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Vancomycin treatment is a risk factor for vancomycin-nonsusceptible Staphylococcus capitis sepsis in preterm neonates

Marine Butin, Jean-Philippe Rasigade, F. Subtil, Patricia Martins-Simões, C. Pralong, A.-M. Freydière...

Clinical Microbiology and Infection . 23 ( 11 ) : 839-844

DOI: 10.1016/j.cmi.2017.03.022

Journal article

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Ibrutinib in very elderly patients with relapsed/refractory chronic lymphocytic leukemia: A real-world experience of 71 patients treated in France: A study from the French Innovative Leukemia Organization (FILO) group

Sophie Michallet, Arnaud Campidelli, Helene Lequeu, Marie-Sarah Dilhuydy, Olivier Tournilhac, Luc-Matthieu Fornecker...

American Journal of Hematology . 92 ( 6 ) : E105 - E107

DOI: 10.1002/ajh.24715

Journal article

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CopyMean: A new method to predict monotone missing values in longitudinal studies

C. Genolini, A. Lacombe, R. Ecochard, F. Subtil

Computer Methods and Programs in Biomedicine . 132 : 29-44

DOI: 10.1016/j.cmpb.2016.04.010

Journal article

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A bench evaluation of fraction of oxygen in air delivery and tidal volume accuracy in home care ventilators available for hospital use

L. Baboi, Fabien Subtil, C. Guerin

Journal of Thoracic Disease . 8 ( 12 ) : 3639-3647

DOI: 10.21037/jtd.2016.12.64

Journal article

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Le médecin généraliste face à la prise en charge de « l’allergie au médicament » : un éclairage sur la pratique actuelle en région Rhône-Alpes, et perspectives d’amélioration

V.-A. Huynh, E. Lungoci, Audrey Nosbaum, Florence Hacard, F. Subtil, Jean-François Nicolas...

Revue francaise d'allergologie . 56 ( 5 ) : 401-406

DOI: 10.1016/j.reval.2016.02.007

Journal article

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kmlShape: An Efficient Method to Cluster Longitudinal Data (Time-Series) According to Their Shapes

Christophe Genolini, René Ecochard, Mamoun Benghezal, Driss Tarak, Sandrine Andrieu, Fabien Subtil

PLoS ONE . 11 ( 6 )

DOI: 10.1371/journal.pone.0150738

Journal article

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Early diagnosis of gestational trophoblastic neoplasia based on trajectory classification with compartment modeling

C. Burny, Muriel Rabilloud, F. Golfier, J. Massardier, T. Hajri, A. M. Schott...

BMC Medical Research Methodology . 16 : 3

DOI: 10.1186/s12874-015-0106-y

Journal article

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Impact du retard de croissance intra-utérin sur la concentration sérique maternelle du PlGF (Placental Growth Factor) : une étude cas-témoin

A. Margossian, C. Boisson-Gaudin, F. Subtil, R.-C. Rudigoz, G. Dubernard, F. Allias...

Gynécologie Obstétrique & Fertilité . 44 ( 1 ) : 23-28

DOI: 10.1016/j.gyobfe.2015.11.005

Journal article

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Performance of the 4-mg intravenous dexamethasone suppression test in differentiating Cushing disease from pseudo-Cushing syndrome

M. Nouvel, Muriel Rabilloud, V. Raverot, F. Subtil, J. Vouillarmet, Charles Thivolet...

Annales d'Endocrinologie = Annals of Endocrinology . 77 ( 1 ) : 30-6

DOI: 10.1016/j.ando.2015.11.001

Journal article

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The precision–recall curve overcame the optimism of the receiver operating characteristic curve in rare diseases

Brice Ozenne, Fabien Subtil, Delphine Maucort-Boulch

Journal of Clinical Epidemiology . 68 ( 8 ) : 855-859

DOI: 10.1016/j.jclinepi.2015.02.010

Journal article

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Can we identify response markers to antihypertensive drugs? First results from the Ideal Trial

F. Gueyffier, F. Subtil, T. Bejan-Angoulvant, Y. Zerbib, J. P. Baguet, J. M. Boivin...

Journal of human hypertension . 29 ( 1 ) : 22-27

DOI: 10.1038/jhh.2014.29

Journal article

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Impact of variability in adherence to HIV antiretroviral therapy on the immunovirological response and mortality

O. Boussari, F. Subtil, C. Genolini, M. Bastard, J. Iwaz, N. Fonton...

BMC Medical Research Methodology . 15 : 10

DOI: 10.1186/1471-2288-15-10

Journal article

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The precision–recall curve overcame the optimism of the receiver operating characteristic curve in rare diseases

Brice Ozenne, Fabien Subtil, Delphine Maucort-Boulch

Journal of Clinical Epidemiology . 68 : 855-9

Journal article

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An enhancement of ROC curves made them clinically relevant for diagnostic-test comparison and optimal-threshold determination

Fabien Subtil, Muriel Rabilloud

Journal of Clinical Epidemiology . 68 : 752-9

DOI: 10.1016/j.jclinepi.2015.01.003

Journal article

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Spatially regularized mixture model for lesion segmentation with application to stroke patients

B. Ozenne, Fabien Subtil, L. Ostergaard, Delphine Maucort-Boulch

Biostatistics . 16 ( 3 ) : 580-595

DOI: 10.1093/biostatistics/kxv004

Journal article

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An 18F-FDG-PET maximum standardized uptake value > 10 represents a novel valid marker for discerning Richter’s Syndrome

Anne-Sophie Michallet, Pierre Sesques, Kari Rabe, Emmanuel Itti, Jérémy Tordot, Christelle Tychyj-Pinel...

Leukemia & lymphoma . 57 ( 6 ) : 1474-1477

DOI: 10.3109/10428194.2015.1099643

Journal article

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Sequential combination of gemcitabine, vinorelbine, pegylated liposomal doxorubicin and Brentuximab as a bridge regimen to transplant in relapsed or refractory Hodgkin lymphoma

As. Michallet, Y. Guillermin, B. Deau, L. Lebras, S. Harel, S. Amorin...

Haematologica . 100 ( 7 ) : e269-e271

DOI: 10.3324/haematol.2015.124784

Journal article

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Oxaliplatin, fluorouracil, and leucovorin with or without cetuximab in patients with resected stage III colon cancer (PETACC-8): an open-label, randomised phase 3 trial

Julien Taieb, Josep Tabernero, Enrico Mini, Fabien Subtil, Gunnar Folprecht, Jean-Luc van Laethem...

Lancet Oncology . 15 ( 8 ) : 862-873

DOI: 10.1016/S1470-2045(14)70227-X

Journal article

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Estimating the optimal threshold for a diagnostic biomarker in case of complex biomarker distributions

Fabien Subtil, Muriel Rabilloud

BMC Medical Informatics and Decision Making . 14 : 53

DOI: 10.1186/1472-6947-14-53

Journal article

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Gemcitabine plus cisplatin versus chemoradiotherapy in locally advanced biliary tract cancer: Federation Francophone de Cancerologie Digestive 9902 phase II randomised study

J. M. Phelip, V. Vendrely, F. Rostain, Fabien Subtil, J. L. Jouve, M. Gasmi...

European Journal of Cancer . 50 : 2975-82

Journal article

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Can we identify response markers to antihypertensive drugs? First results from the Ideal Trial.

Gueyffier F., Subtil F., Bejan-Angoulvant T., Yves Zerbib, Baguet Jp, Boivin Jm...

Journal of Human Hypertension . : doi: 10.1038/jhh.2014.29

Journal article

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Oxaliplatin, fluorouracil, and leucovorin with or without cetuximab in patients with resected stage III colon cancer (PETACC-8): an open-label, randomised phase 3 trial

J. Taieb, J. Tabernero, E. Mini, Fabien Subtil, G. Folprecht, Jl. van Laethem...

Lancet Oncology . 15 : 862-873

Journal article

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Modeling the seasonality of Anopheles gambiae s.s. biting rates in a South Benin sanitary zone

O. Boussari, Fabien Subtil, N. Moiroux, A. Djenontin, J. Iwaz, V. Corbel...

Transactions of The Royal Society of Tropical Medicine and Hygiene . 108 : 237-43

DOI: 10.1093/trstmh/tru027

Journal article

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