Statistics and Modelling for Health Sciences
Subtil Fabien
Maître de conférences - praticien hospitalier
UCBL
Tel: 33 04 72 11 52 38
Activité de recherche
Recherche actuelle
Identification de profils de trajectoires typiques dans les études cliniques ou épidémiologiques
Une trajectoire est constituée par les mesures longitudinales d’un biomarqueur chez un individu. L’identification de profils typiques de trajectoire permet de classer les individus, et d’avoir une meilleure connaissance de l’hétérogénéité naturelle entre les patients. Le lien entre les groupes de trajectoire et le pronostique peut ensuite être recherché, ainsi que des facteurs prédisposant à l’appartenance à un groupe donné.
Deux travaux principaux ont été menés dans cette thématique de recherche.
Application à la recherche de facteurs cliniques prédisant la réponse à un traitement antihypertenseur
Recherche des facteurs de réponse au traitement lorsque la réponse est évaluée par des mesures répétées de pression artérielle. Travail réalisé en partenariat avec le Pr Gueyffier de l’équipe EMET.
Adaptation des méthodes à des biomarqueurs binaires ou résultant d’un comptage
Participation aux tâches 3 (KmlCov) et 5 (KmlVar) de l’ANR IDOL (responsable : C. Genolini, Bordeaux ; financement obtenu en 2012).
Travail fondamental d’adaptation des méthodes usuelles de classification de trajectoires à des biomarqueurs binaires ou résultant d’un comptage.
Projets de recherche
Utilisation des trajectoires typiques pour établir le diagnostic précoce de maladies
Utilisation de la méthodologie d’identification de trajectoires typiques pour évaluer la capacité d’un biomarqueur longitudinal à établir un diagnostic précoce. L’application portera sur l’analyse des variations de β-HCG suite à un premier curetage de mole hydatiforme pour le diagnostic d’échec du curetage.
Prise en compte des conséquences cliniques dans le choix des tests diagnostiques
Le choix d’un test diagnostique (ou de son seuil) repose très fréquemment sur l’analyse de sa courbe ROC. Le succès de cet outil en a fait oublier la non prise en compte de la prévalence et des conséquences cliniques des erreurs de classement (maladie non détectée ou traitement à tort). Ces paramètres impactent pourtant grandement le bénéfice espéré en population de la stratégie diagnostique.
Le travail de recherche visera à adapter de façon simple les courbes ROC pour prendre en compte ces deux facteurs. L’objectif est que cet outil aussi populaire en recherche clinique soit désormais, par des modifications simples, utilisé de façon rationnelle en termes de prise de décision médicale.
Etablissement de seuils pour la médecine personnalisée
La médecine personnalisée repose sur des biomarqueurs qui orientent le choix de la stratégie de traitement. Aujourd’hui, les seuils de décision associés à ces biomarqueurs tiennent compte du caractère répondeur ou non du patient au traitement, mais rarement de la qualité de vie. La thématique de recherche portera sur les méthodes de prise en compte de l’état de santé futur d’un patient dans le choix du seuil optimal d’un biomarqueur prédictif, et sur l’intérêt de la prise en compte de ce paramètre.
Activités d'enseignement
Enseignements au sein du Master Santé Publique
M2 UE " Modéle linéaire et linéaires généralisé " : TD. M2 UE " Inférence Fréquentiste et Bayésienne, Paramétrique et non Paramétrique " : cours et TD sur les méthodes d’estimations en situation de paramètres multiples. M2 UE " Modélisation diagnostique et pronostique. Propriétés prédictives des modèles " : cours/TD M2 UE " Modèles linéaires et linéaires généralisés à effets mixtes " : cours/TD M2 UE " Méthodes statistiques pour les essais cliniques " : cours/TD
Enseignements au sein de l’INSA de Lyon
4ème année, module " Modèle linéaire généralisé " : cours. 5ème année, module " Statistique bayésienne et applications " : cours et TD/TP.
Enseignements au sein de la Faculté de Médecine Lyon Sud Charles Mérieux
PASS, UE " Evaluation des méthodes d’analyse appliquées aux sciences de la vie et de la santé " : cours et ED.
PASS, UE " Projet d'études " . FGSM 2, UE " Biomédecine quantitative " : cours.
DFGSM1, UE "Formation générale à la recherche" : cours.
Conférences d’internat pour la préparation à l’ECN.
Formation LBBE
Formation continue sur l'inférence bayésienne
Publications
Display of 91 to 120 publications on 163 in total
Scope of health problems managed by general practitioners in Mali and France: awaiting practice transition in sub-Saharan Africa?
Family Practice . 37 ( 5 ) : 668-674
Journal article
see the publicationThe area between ROC curves, a non‐parametric method to evaluate a biomarker for patient treatment selection
Biometrical Journal . 62 ( 6 ) : 1476-1493
Journal article
see the publicationA Bayesian method to estimate the optimal threshold of a marker used to select patients' treatment
Statistical Methods in Medical Research . 29 ( 1 ) : 29-43
Journal article
see the publicationPrevalence of obesity among adult inpatients with COVID-19 in France
The Lancet. Diabetes & Endocrinology . 8 ( 7 ) : 562-564
Journal article
see the publicationCollaboration between academics, small pharmaceutical company and patient organizations in the development of a new formulation of cysteamine in nephropathic cystinosis: A successful story
Thérapie . 75 ( 2 ) : 169--173
Journal article
see the publicationMaintenance of Long-Term Undetectable Minimal Residual Disease after Combination of Ibrutinib with Abbreviated Chemotherapy in the Icll-07 Filo Trial
61st Annual Meeting and Exposition of the American Society of Hematology . 134 ( Suppl 1 ) : 3038
Poster
see the publicationObinutuzumab and ibrutinib induction therapy followed by a minimal residual disease-driven strategy in patients with chronic lymphocytic leukaemia (ICLL07 FILO): a single-arm, multicentre, phase 2 trial
The Lancet Haematology . 6 ( 9 ) : e470-e479
Journal article
see the publicationObinutuzumab and ibrutinib induction therapy followed by a minimal residual disease-driven strategy in patients with chronic lymphocytic leukaemia (ICLL07 FILO): a single-arm, multicentre, phase 2 trial
The Lancet Haematology . 6 ( 9 ) : e470-e479
Journal article
see the publicationTaux élevé de réponse complète (RC) avec maladie résiduelle (MRD) indétectable dans la moelle après une stratégie d’épargne de chimiothérapie guidée par la MRD en première ligne de traitement dans la leucémie lymphoïde chronique (LLC)
39e Congrès de la Société Française d’Hématologie . 25 ( S1 ) : 23
Conference paper
see the publicationPeripherally inserted central catheter with intracavitary electrocardiogram guidance: Malposition risk factors and indications for post-procedural control
Journal of Vascular Access . 20 ( 2 ) : 128-133
Journal article
see the publicationA simplified table using validated diagnostic criteria is effective to improve characterization of colorectal polyps: the CONECCT teaching program
Endoscopy International Open . 07 ( 10 ) : E1197-E1206
DOI: 10.1055/a-0962-9737
Journal article
see the publicationEndoscopic mucosal resection with anchoring of the snare tip: multicenter retrospective evaluation of effectiveness and safety
Endoscopy International Open . 07 : E1496 - E1502
DOI: 10.1055/a-0990-9068
Journal article
see the publicationBench Assessment of the Effect of a Collapsible Tube on the Efficiency of a Mechanical Insufflation-Exsufflation Device
Respiratory Care . 64 ( 7 ) : 752 - 759
Journal article
see the publicationCompositional and mechanical properties of growing cortical bone tissue: a study of the human fibula
Scientific Reports . 9 : 17629
Journal article
see the publicationA 40 months follow-up of Ebola virus disease survivors in Guinea (Postebogui) reveals long-term detection of Ebola viral Ribonucleic Acid in semen and breast milk
Open Forum Infectious Diseases . 6 ( 12 ) : ofz482
DOI: 10.1093/ofid/ofz482
Journal article
see the publicationBotulinum toxin for the treatment of hypercontractile esophagus: Results of a double‐blind randomized sham‐controlled study
Neurogastroenterology & Motility . 31 ( 5 ) : e13587
DOI: 10.1111/nmo.13587
Journal article
see the publicationMulticenter Evaluation of Clinical Efficacy and Safety of Per-Oral Endoscopic Myotomy in Children
Journal of Pediatric Gastroenterology and Nutrition .
Journal article
see the publicationUnequal intra‐group variance in trajectory classification
Statistics in Medicine . 37 ( 28 ) : 4155-4166
DOI: 10.1002/sim.7921
Journal article
see the publicationShort-Term Effects of the Prone Positioning Maneuver on Lung and Chest Wall Mechanics in Patients with Acute Respiratory Distress Syndrome
American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine . 197 ( 10 ) : 1355-1358
Journal article
see the publicationA Quadriparametric Model to Describe the Diversity of Waves Applied to Hormonal Data
Methods of Information in Medicine . 57 ( 03 ) : 101-110
DOI: 10.3414/ME17-01-0102
Journal article
see the publicationCharacteristics of chronic lymphocytic leukemia patients achieving 5+ years of remission after FC-based first-line treatment: Retrospective observations from the FILO group
American Journal of Hematology . 93 ( 1 ) : E24-E27
DOI: 10.1002/ajh.24951
Journal article
see the publicationTraitement focal par HIFU versus prostatectomie radicale robot-assistée pour cancer de la prostate localisé : résultats carcinologiques et fonctionnels à 1 an
Progrès en Urologie . 28 ( 12 ) : 603-610
Journal article
see the publicationAccuracy of Delivery and Effects on Absolute Humidity of Low Tidal Volume by ICU Ventilators
Respiratory Care . 63 ( 10 ) : 1253-1263
Journal article
see the publicationAnal sphincter function as assessed by 3D high definition anorectal manometry
Clinics and Research in Hepatology and Gastroenterology . 42 ( 4 ) : 378-381
Journal article
see the publicationReliability of Tidal Volume in Average Volume Assured Pressure Support Mode
Respiratory Care . 63 ( 9 ) : 1139-1146
Journal article
see the publicationA Quadriparametric Model to Describe the Diversity of Waves Applied to Hormonal Data
Methods of Information in Medicine . 57 ( 03 ) : 101-110
DOI: 10.3414/ME17-01-0102
Journal article
see the publicationHospital-acquired infections documented by repeated annual prevalence surveys over 15 years
Médecine et Maladies Infectieuses . 48 ( 2 ) : 136-140
Journal article
see the publicationEffect of Optimal Medical Therapy at Discharge in Patients With Reperfused ST-Segment Elevation Myocardial Infarction on 1-Year Mortality (from the Regional RESCUe Registry)
American Journal of Cardiology . 121 ( 4 ) : 403-409
Journal article
see the publicationUnequal intra-group variance in trajectory classification
Statistics in Medicine . 37 ( 28 ) : 4155-4166
DOI: 10.1002/sim.7921
Journal article
see the publicationLes patients scoliotiques ont-ils un besoin de traitement orthodontique augmenté ? Une étude comparative sur 104 cas
Orthodontie Française . 89 ( 4 ) : 355-363
Journal article
see the publication