COEVOL Multi-Scale Coevolution
Evolutionary Genetics of Interactions Group
Vieira-Heddi Cristina
Professeure des universités
UCBL
Actualités
Thématique générale
La thématique générale de mon travail concerne l’analyse de l’impact évolutif des ET sur les génomes, conduite avec une approche populationnelle, génétique et bioinformatique. Le projet de recherche développé plus récemment a intégré le rôle des mécanismes épigénétiques dans les régulations géniques mais aussi les aspects espèces envahissantes et adaptation rapide.
Eléments transposables et espèces envahissantes
Au cours des dernières années, nous avons montré que la dynamique d’invasion des ET était liée aux variations de taille de génome, et nous avons montré une association entre la taille du génome et la quantité d’ET, mais aussi une association entre cette variation et l’histoire de colonisation des espèces. Ces résultats posent la question de l’impact évolutif des ET dans les processus de colonisation. Ainsi, un projet sur le lien entre les ET et les espèces envahissantes a vu le jour, avec deux espèces modèles : Aedes albopictus et Drosophila suzukii. L’objectif est de faire la part entre les bases génétiques de l’adaptation et la plasticité phénotypique. Chez A. albopictus, espèce d’origine asiatique qui a envahie l’Europe et l’Amérique ces dernières années, nous avons démontré l’efficacité de l’utilisation des ET comme des marqueurs pour l’identification des régions du génome sous sélection et nous avons identifié plusieurs locus à haute fréquence dans les populations européennes. Ces locus ont pu être associés à des gènes candidats, comme les gènes impliqués dans la diapause dans les régions tempérées. D. suzukii est, quant à elle, une espèce de Drosophile capable de pondre des œufs dans des fruits sains et matures, ceci grâce à un ovipositeur extrêmement efficace. D. suzukii est aussi une espèce asiatique ayant envahie l’Europe et l’Amérique dès le début des années 2000. Elle est la cause d’importants dommages agronomiques et économiques puisque les fruits infectés (en particulier les fruits rouges) deviennent impropres à la commercialisation et consommation. Parmi les hypothèses proposées pour expliquer le succès de cette invasion, la plasticité phénotypique nous a particulièrement intéressé. La plasticité phénotypique peut expliquer la mise en place de phénotypes rapidement adaptés à différentes contraintes environnementales, sans pour autant avoir besoin de diversité génétique. Nous avons ainsi obtenu en 2016 un projet ANR (projet SWING, porteur Patricia Gibert, LBBE), ainsi qu‘un projet régional (Rovaltin, EpiRIP) qui devrait nous permettre de distinguer ces deux sources d’adaptation, mais aussi de tester l’hypothèse d’une invasion des génomes par les ET lors du processus d’invasion
Eléments transposables et stabilité des génomes
Les ET représentent une force évolutive remarquable, essentiellement par la rapidité de la transposition et par leur effet indirect sur les génomes hôtes (changement de l’épigénome). Les effets de l’environnement sur la mobilité des ET sont connus depuis longtemps, et les avancées scientifiques de ces dernières années ont permis de comprendre l’implication des processus épigénétiques. Je porte un intérêt particulier aux effets de divers facteurs de l'environnement sur les différentes composantes de cette régulation (financement de la Fondation pour la Recherche Médicale, 2014). Par ailleurs, nous savons que lors du croisement entre espèces différentes, ou souches différentes, on peut observer une mobilisation des ET. Par contre, nous ne connaissons pas dans quelle mesure les ET peuvent être impliqués dans les premières phases du processus de spéciation (ANR Exhyb). Ce volet de recherche est développé en collaboration avec les collègues brésiliennes et espagnoles. Nous avons pu montrer que le degré de mobilisation des ET lors des croisements interspécifiques n’est pas une généralité, et dépend du degré de divergence des protéines impliquées dans la biogènes des petits ARN.
Publications
Display of 1 to 30 publications on 127 in total
Contribution of variable TE content on phenotype and plasticity in Drosophila melanogaster.
Annual meeting of the Society of Molecular Biology and Evolution (SMBE) .
Conference paper
see the publicationContribution of variable TE content on phenotype and plasticity in Drosophila melanogaster.
Conférence Jacques Monod Life is plastic .
Conference paper
see the publicationIdentification and quantification of transposable element transcripts using Long-Read RNA-seq in Drosophila germline tissues
Preprint
see the publicationEfficient compartmentalization in insect bacteriomes protects symbiotic bacteria from host immune system
Preprint
see the publicationContribution of variable TE content on phenotype and plasticity in Drosophila melanogaster
International congress of transposable elements .
Poster
see the publicationContribution of TE to the phenotype and plasticity in Drosophila melanogaster
27th European Drosophila Conference .
Poster
see the publicationFootprints of worldwide adaptation in structured populations of D. melanogaster through the expanded DEST 2.0 genomic resource
Preprint
see the publicationEfficient compartmentalization in insect bacteriomes protects symbiotic bacteria from host immune system
8th International Symposium on Antimicrobial Peptides .
Poster
see the publicationThe transposable element-rich genome of the cereal pest Sitophilus oryzae
Preprint
see the publicationEpigenetics and genotypic variation
On Epigenetics and Evolution . : 119-151
Book chapter
see the publicationIdentification and quantification of transposable element transcripts using Long-Read RNA-seq in Drosophila germline tissues
Peer Community Journal . 4 ( e89 )
Journal article
see the publicationContribution of TE to the phenotype and plasticity in Drosophila melanogaster
CNET (24th congrès national des éléments transposables) .
Poster
see the publicationThe for gene as one of the drivers of foraging variations in a parasitic wasp
Molecular Ecology . 32 ( 7 ) : 1760-1776
DOI: 10.1111/mec.16834
Journal article
see the publicationThe for gene as one of the drivers of foraging variations in a parasitic wasp
Molecular Ecology . 32 ( 7 ) : 1760-1776
DOI: 10.1111/mec.16834
Journal article
see the publicationThe for gene as one of the drivers of foraging variations in a parasitic wasp
Molecular Ecology . 32 ( 7 ) : 1760-1776
DOI: 10.1111/mec.16834
Journal article
see the publicationA comprehensive evolutionary scenario for the origin and neofunctionalization of the Drosophila speciation gene Odysseus (OdsH)
G3 . 14 ( 3 ) : jkad299
Journal article
see the publicationImpact of Heat Stress on Transposable Element Expression and Derived Small RNAs in Drosophila subobscura
Genome Biology and Evolution . 15 ( 11 ) : evad189
DOI: 10.1093/gbe/evad189
Journal article
see the publicationA quantitative, genome-wide analysis in Drosophila reveals transposable elements’ influence on gene expression is species-specific
Genome Biology and Evolution . 15 ( 9 ) : evad160
DOI: 10.1093/gbe/evad160
Journal article
see the publicationChimeraTE: a pipeline to detect chimeric transcripts derived from genes and transposable elements
Nucleic Acids Research . 51 ( 18 ) : 9764-9784
DOI: 10.1093/nar/gkad671
Journal article
see the publicationThe for gene as one of the drivers of foraging variations in a parasitic wasp
Molecular Ecology . 32 ( 7 ) : 1760-1776
DOI: 10.1111/mec.16834
Journal article
see the publicationSex differences in adult lifespan and aging rate across mammals: A test of the ‘Mother Curse hypothesis’
Mechanisms of Ageing and Development . 212 : 111799
Journal article
see the publicationThe assembly of the rice weevil Sitophilus oryzae is dominated by transposable elements and shades light on the evolution of endosymbiosis in a major crop pest.
Arthropod Genomics Symposium 2022 .
Conference paper
see the publicationEfficient compartmentalization in insect bacteriomes protects symbiotic bacteria from host immune system
ISS Holobiont 2022 .
Poster
see the publicationTransposable element regulation in the cereal weevil Sitophilus oryzae and its potential association with an endosymbiotic bacteria
CNET (23d congrès national des éléments transposables) .
Conference paper
see the publicationEfficient compartmentalization in insect bacteriomes protects symbiotic bacteria from host immune system
Microbiome . 10 ( 1 ) : 156
Journal article
see the publicationHigh-throughput genomics and transcriptomics to decipher host-symbiont molecular dialogue in the cereal weevil Sitophilus oryzae and Sodalis pierantonius endosymbiotic association
ISS 2022 - 10th Congress of the International Symbiosis Society .
Poster
see the publicationSex‐related differences in aging rate are associated with sex chromosome system in amphibians
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 76 ( 2 ) : 346-356
DOI: 10.1111/evo.14410
Journal article
see the publicationHigh Stability of the Epigenome in Drosophila Interspecific Hybrids
Genome Biology and Evolution . 14 ( 2 )
DOI: 10.1093/gbe/evac024
Journal article
see the publicationComparative transcriptomics between Drosophila mojavensis and D. arizonae reveals transgressive gene expression and underexpression of spermatogenesis-related genes in hybrid testes
Scientific Reports . 11 ( 1 ) : 9844
Journal article
see the publicationOxidative and radiation stress induces transposable element transcription in Drosophila melanogaster
Journal of Evolutionary Biology . 34 ( 4 ) : 628-638
DOI: 10.1111/jeb.13762
Journal article
see the publication