COEVOL Multi-Scale Coevolution

Evolutionary Genetics of Interactions Group

Vieira-Heddi Cristina

Professeure des universités

UCBL

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69622 VILLEURBANNE cedex

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Actualités

 

 

Thématique générale

La thématique générale de mon travail concerne l’analyse de l’impact évolutif des ET sur les génomes, conduite avec une approche populationnelle, génétique et bioinformatique. Le projet de recherche développé plus récemment a intégré le rôle des mécanismes épigénétiques dans les régulations géniques mais aussi les aspects espèces envahissantes et adaptation rapide.

Eléments transposables et espèces envahissantes

Au cours des dernières années, nous avons montré que la dynamique d’invasion des ET était liée aux variations de taille de génome, et nous avons montré une association entre la taille du génome et la quantité d’ET, mais aussi une association entre cette variation et l’histoire de colonisation des espèces. Ces résultats posent la question de l’impact évolutif des ET dans les processus de colonisation. Ainsi, un projet sur le lien entre les ET et les espèces envahissantes a vu le jour, avec deux espèces modèles : Aedes albopictus et Drosophila suzukii. L’objectif est de faire la part entre les bases génétiques de l’adaptation et la plasticité phénotypique. Chez A. albopictus, espèce d’origine asiatique qui a envahie l’Europe et l’Amérique ces dernières années, nous avons démontré l’efficacité de l’utilisation des ET comme des marqueurs pour l’identification des régions du génome sous sélection et nous avons identifié plusieurs locus à haute fréquence dans les populations européennes. Ces locus ont pu être associés à des gènes candidats, comme les gènes impliqués dans la diapause dans les régions tempérées. D. suzukii est, quant à elle, une espèce de Drosophile capable de pondre des œufs dans des fruits sains et matures, ceci grâce à un ovipositeur extrêmement efficace. D. suzukii est aussi une espèce asiatique ayant envahie l’Europe et l’Amérique dès le début des années 2000. Elle est la cause d’importants dommages agronomiques et économiques puisque les fruits infectés (en particulier les fruits rouges) deviennent impropres à la commercialisation et consommation. Parmi les hypothèses proposées pour expliquer le succès de cette invasion, la plasticité phénotypique nous a particulièrement intéressé. La plasticité phénotypique peut expliquer la mise en place de phénotypes rapidement adaptés à différentes contraintes environnementales, sans pour autant avoir besoin de diversité génétique. Nous avons ainsi obtenu en 2016 un projet ANR (projet SWING, porteur Patricia Gibert, LBBE), ainsi qu‘un projet régional (Rovaltin, EpiRIP) qui devrait nous permettre de distinguer ces deux sources d’adaptation, mais aussi de tester l’hypothèse d’une invasion des génomes par les ET lors du processus d’invasion

 

Eléments transposables et stabilité des génomes

Les ET représentent une force évolutive remarquable, essentiellement par la rapidité de la transposition et par leur effet indirect sur les génomes hôtes (changement de l’épigénome). Les effets de l’environnement sur la mobilité des ET sont connus depuis longtemps, et les avancées scientifiques de ces dernières années ont permis de comprendre l’implication des processus épigénétiques. Je porte un intérêt particulier aux effets de divers facteurs de l'environnement sur les différentes composantes de cette régulation (financement de la Fondation pour la Recherche Médicale, 2014). Par ailleurs, nous savons que lors du croisement entre espèces différentes, ou souches différentes, on peut observer une mobilisation des ET. Par contre, nous ne connaissons pas dans quelle mesure les ET peuvent être impliqués dans les premières phases du processus de spéciation (ANR Exhyb). Ce volet de recherche est développé en collaboration avec les collègues brésiliennes et espagnoles. Nous avons pu montrer que le degré de mobilisation des ET lors des croisements interspécifiques n’est pas une généralité, et dépend du degré de divergence des protéines impliquées dans la biogènes des petits ARN.

 

Publications

Display of 91 to 120 publications on 123 in total

[Prophylaxis of thromboembolic disease in obstetrics after the French guidelines publication]

C. Chauleur, Cristina Vieira, P. Seffert

Gynécologie Obstétrique & Fertilité . 36 ( 1 ) : 23-34

DOI: 10.1016/j.gyobfe.2007.07.043

Journal article

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The heterochromatic copies of the LTR retrotransposons as a record of the genomic events that have shaped the Drosophila melanogaster genome

N. Mugnier, Laurent Guéguen, Cristina Vieira, C. Biémont

Gene . 411 : 87-93

Journal article

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Losing helena: The extinction of a drosophila line-like element

Rita Rebollo, Emmanuelle Lerat, Liliana Lopez Kleine, Christian Biémont, Cristina Vieira

BMC Genomics . 9 : 1-11

DOI: 10.1186/1471-2164-9-149

Journal article

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The evolution of retrotransposon regulatory regions and its consequences on the Drosophila melanogaster and Homo sapiens host genomes

Marie Fablet, Rita Rebollo, Christian Biémont, Cristina Vieira

Gene . 390 ( 1-2 ) : 84-91

DOI: 10.1016/j.gene.2006.08.005

Journal article

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Evolutionary Pathways of the tirant LTR Retrotransposon in the Drosophila melanogaster Subgroup of Species

M. Fablet, S. Souames, C. Biémont, Cristina Vieira

Journal of Molecular Evolution . 64 : 438-447

Journal article

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Mitspieler der Evolution

C. Biémont, Cristina Vieira

Spektrum der Wissenschaft . S44 : 44-49

Journal article

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Ongoing loss of the tirant transposable element in natural populations of Drosophila simulans

M. Fablet, J.F. Donald, C. Biémont, Cristina Vieira

Gene . 375 : 54-62

Journal article

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Junk DNA as an evolutionary force

C. Biémont, Cristina Vieira

Nature . 443 : 521-524

Journal article

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Is genome size influenced by colonization of new environments in dipteran species ?

C. Nardon, G. Deceliere, C. Loevenbruck, M. Weiss, Cristina Vieira, C. Biémont

Molecular Ecology . 14 : 869-878

Journal article

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New regulatory regions of Drosophila 412 retrotransposable element generated by recombination

N. Mugnier, C. Biémont, Cristina Vieira

Molecular Biology and Evolution . 22 : 747-757

Journal article

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What transposable elements tell us about genome organization and evolution: the case of Drosophila

C. Biémont, Cristina Vieira

Cytogenetics and Genome Researchearch . 110 : 25-34

Journal article

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Transposable element dynamics in two sibling species: Drosophila melanogaster and Drosophila simulans

Cristina Vieira, C. Biémont

Genetica . 120 : 115-123

Journal article

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L`influence des éléments transposables sur la taille des génomes

C. Biémont, Cristina Vieira

Journal de la Société de Biologie . 198 : 413-417

Journal article

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Variation of the genome size estimate with environmental conditions in Drosophila melanogaster.

Christiane Nardon, Michèle Weiss, Cristina Vieira, Christian Biémont

Cytometry Part A . 55 ( 1 ) : 43-9

DOI: 10.1002/cyto.a.10061

Journal article

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Variation of the genome size estimate with environmental conditions in Drosophila melanogaster

C. Nardon, M. Weiss, Cristina Vieira, C. Biémont

Cytometry - Part A . 55A : 43-49

Journal article

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WORLDWIDE DISTRIBUTION OF TRANSPOSABLE ELEMENT COPY NUMBER IN NATURAL POPULATIONS OF DROSOPHILA SIMULANS

Christian Biémont, Christiane Nardon, Grégory Deceliere, David Lepetit, Catherine Lœvenbruck, Cristina Vieira

Evolution - International Journal of Organic Evolution . 57 ( 1 ) : 159-167

DOI: 10.1111/j.0014-3820.2003.tb00225.x

Journal article

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Worldwide distribution of transposable element copy number in natural populations of Drosophila simulans

C. Biémont, C. Nardon, G. Deceliere, D. Lepetit, C. Loevenbruck, Cristina Vieira

Evolution - International Journal of Organic Evolution . 57 : 159-167

Journal article

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Evolution of genome size in Drosophila. is the invader`s genome being invaded by transposable elements?

Cristina Vieira, C. Nardon, C. Arpin, D. Lepetit, C. Biémont

Molecular Biology and Evolution . 19 : 1154-1161

Journal article

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Transposable elements and genome evolution of invasive species: the case of Drosophila

C. Biémont, Cristina Vieira, N. Borie

Genetics Selection Evolution . 33 : S107-S120

Journal article

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High copy numbers of multiple transposable element families in an Australian population of Drosophila simulans

Cristina Vieira, G. Piganeau, C. Biemont

Genetical Research . 76 : 117-119

Journal article

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Genotype-environment interaction for quantitative trait loci affecting life span in Drosophila melanogaster

Cristina Vieira, E.G. Pasyukova, Z.B. Zeng, J.B. Hackett, R.F. Lyman, T.F.C. Mackay

Genetics . 154 : 213-227

Journal article

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Deficiency mapping of quantitative trait loci affecting longevity in Drosophila melanogaster

E.G. Pasyukova, Cristina Vieira, T.F.C. Mackay

Genetics . 156 : 1129-1146

Journal article

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Transposable elements and genome evolution: the case of Drosophila simulans

Christian Biémont, Cristina Vieira, Nathalie Borie, David Lepetit

Genetica . 107 : 113-120

DOI: 10.1023/A:1003937603230

Journal article

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A temperature cline in copy number for 412 but not roo/B104 retrotransposons in populations of Drosophila simulans

Cristina Vieira, P. Aubry, D. Lepetit, C. Biémont

Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 265 ( 1402 ) : 1161-1165

DOI: 10.1098/rspb.1998.0413

Journal article

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Accumulation of transposable elements in the heterochromatin and on the Y chromosome of Drosophila simulans and Drosophila melanogaster

N. Junakovic, A. Terrinoni, C. Di Franco, Cristina Vieira, C. Loevenbruck

Journal of Molecular Evolution . 46 : 661-668

Journal article

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Transposable element distribution in Drosophila

C. Biémont, A. Tsitrone, Cristina Vieira, C. Hoogland

Genetics . 147 : 1997-1999

Journal article

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Transposition rate of the 412 retrotransposable element is independent of copy number in natural populations of Drosophila simulans

Cristina Vieira, C. Biemont

Molecular Biology and Evolution . 14 : 185-188

Journal article

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Maintenance of transposable element copy number in natural populations of Drosophila melanogaster and D-simulans

C. Biémont, Cristina Vieira, C. Hoogland, G. Cizeron, C. Loevenbruck, C. Arnault...

Genetica . 100 : 161-166

Journal article

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Chromosomal distribution of the 412 retrotransposon in natural populations of Drosophila simulans

C. Hoogland, Cristina Vieira, C. Biemont

Heredity . 79 : 128-134

Journal article

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