COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Equipe Génétique et Evolution des Interactions
Vieira-Heddi Cristina
Professeure des universités
UCBL
Actualités
Thématique générale
La thématique générale de mon travail concerne l’analyse de l’impact évolutif des ET sur les génomes, conduite avec une approche populationnelle, génétique et bioinformatique. Le projet de recherche développé plus récemment a intégré le rôle des mécanismes épigénétiques dans les régulations géniques mais aussi les aspects espèces envahissantes et adaptation rapide.
Eléments transposables et espèces envahissantes
Au cours des dernières années, nous avons montré que la dynamique d’invasion des ET était liée aux variations de taille de génome, et nous avons montré une association entre la taille du génome et la quantité d’ET, mais aussi une association entre cette variation et l’histoire de colonisation des espèces. Ces résultats posent la question de l’impact évolutif des ET dans les processus de colonisation. Ainsi, un projet sur le lien entre les ET et les espèces envahissantes a vu le jour, avec deux espèces modèles : Aedes albopictus et Drosophila suzukii. L’objectif est de faire la part entre les bases génétiques de l’adaptation et la plasticité phénotypique. Chez A. albopictus, espèce d’origine asiatique qui a envahie l’Europe et l’Amérique ces dernières années, nous avons démontré l’efficacité de l’utilisation des ET comme des marqueurs pour l’identification des régions du génome sous sélection et nous avons identifié plusieurs locus à haute fréquence dans les populations européennes. Ces locus ont pu être associés à des gènes candidats, comme les gènes impliqués dans la diapause dans les régions tempérées. D. suzukii est, quant à elle, une espèce de Drosophile capable de pondre des œufs dans des fruits sains et matures, ceci grâce à un ovipositeur extrêmement efficace. D. suzukii est aussi une espèce asiatique ayant envahie l’Europe et l’Amérique dès le début des années 2000. Elle est la cause d’importants dommages agronomiques et économiques puisque les fruits infectés (en particulier les fruits rouges) deviennent impropres à la commercialisation et consommation. Parmi les hypothèses proposées pour expliquer le succès de cette invasion, la plasticité phénotypique nous a particulièrement intéressé. La plasticité phénotypique peut expliquer la mise en place de phénotypes rapidement adaptés à différentes contraintes environnementales, sans pour autant avoir besoin de diversité génétique. Nous avons ainsi obtenu en 2016 un projet ANR (projet SWING, porteur Patricia Gibert, LBBE), ainsi qu‘un projet régional (Rovaltin, EpiRIP) qui devrait nous permettre de distinguer ces deux sources d’adaptation, mais aussi de tester l’hypothèse d’une invasion des génomes par les ET lors du processus d’invasion
Eléments transposables et stabilité des génomes
Les ET représentent une force évolutive remarquable, essentiellement par la rapidité de la transposition et par leur effet indirect sur les génomes hôtes (changement de l’épigénome). Les effets de l’environnement sur la mobilité des ET sont connus depuis longtemps, et les avancées scientifiques de ces dernières années ont permis de comprendre l’implication des processus épigénétiques. Je porte un intérêt particulier aux effets de divers facteurs de l'environnement sur les différentes composantes de cette régulation (financement de la Fondation pour la Recherche Médicale, 2014). Par ailleurs, nous savons que lors du croisement entre espèces différentes, ou souches différentes, on peut observer une mobilisation des ET. Par contre, nous ne connaissons pas dans quelle mesure les ET peuvent être impliqués dans les premières phases du processus de spéciation (ANR Exhyb). Ce volet de recherche est développé en collaboration avec les collègues brésiliennes et espagnoles. Nous avons pu montrer que le degré de mobilisation des ET lors des croisements interspécifiques n’est pas une généralité, et dépend du degré de divergence des protéines impliquées dans la biogènes des petits ARN.
Publications
Affichage des publications 1 à 30 sur 123 au total
Identification and quantification of transposable element transcripts using Long-Read RNA-seq in Drosophila germline tissues
Pré-publication
voir la publicationEfficient compartmentalization in insect bacteriomes protects symbiotic bacteria from host immune system
Pré-publication
voir la publicationContribution of variable TE content on phenotype and plasticity in Drosophila melanogaster
International congress of transposable elements .
Poster
voir la publicationContribution of TE to the phenotype and plasticity in Drosophila melanogaster
27th European Drosophila Conference .
Poster
voir la publicationFootprints of worldwide adaptation in structured populations of D. melanogaster through the expanded DEST 2.0 genomic resource
Pré-publication
voir la publicationEfficient compartmentalization in insect bacteriomes protects symbiotic bacteria from host immune system
8th International Symposium on Antimicrobial Peptides .
Poster
voir la publicationThe transposable element-rich genome of the cereal pest Sitophilus oryzae
Pré-publication
voir la publicationEpigenetics and genotypic variation
On Epigenetics and Evolution . : 119-151
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationIdentification and quantification of transposable element transcripts using Long-Read RNA-seq in Drosophila germline tissues
Peer Community Journal . 4 ( e89 )
Article dans une revue
voir la publicationContribution of TE to the phenotype and plasticity in Drosophila melanogaster
CNET (24th congrès national des éléments transposables) .
Poster
voir la publicationThe for gene as one of the drivers of foraging variations in a parasitic wasp
Molecular Ecology . 32 ( 7 ) : 1760-1776
DOI: 10.1111/mec.16834
Article dans une revue
voir la publicationThe for gene as one of the drivers of foraging variations in a parasitic wasp
Molecular Ecology . 32 ( 7 ) : 1760-1776
DOI: 10.1111/mec.16834
Article dans une revue
voir la publicationThe for gene as one of the drivers of foraging variations in a parasitic wasp
Molecular Ecology . 32 ( 7 ) : 1760-1776
DOI: 10.1111/mec.16834
Article dans une revue
voir la publicationA comprehensive evolutionary scenario for the origin and neofunctionalization of the Drosophila speciation gene Odysseus (OdsH)
G3 . 14 ( 3 ) : jkad299
Article dans une revue
voir la publicationImpact of Heat Stress on Transposable Element Expression and Derived Small RNAs in Drosophila subobscura
Genome Biology and Evolution . 15 ( 11 ) : evad189
DOI: 10.1093/gbe/evad189
Article dans une revue
voir la publicationA quantitative, genome-wide analysis in Drosophila reveals transposable elements’ influence on gene expression is species-specific
Genome Biology and Evolution . 15 ( 9 ) : evad160
DOI: 10.1093/gbe/evad160
Article dans une revue
voir la publicationChimeraTE: a pipeline to detect chimeric transcripts derived from genes and transposable elements
Nucleic Acids Research . 51 ( 18 ) : 9764-9784
DOI: 10.1093/nar/gkad671
Article dans une revue
voir la publicationThe for gene as one of the drivers of foraging variations in a parasitic wasp
Molecular Ecology . 32 ( 7 ) : 1760-1776
DOI: 10.1111/mec.16834
Article dans une revue
voir la publicationSex differences in adult lifespan and aging rate across mammals: A test of the ‘Mother Curse hypothesis’
Mechanisms of Ageing and Development . 212 : 111799
Article dans une revue
voir la publicationThe assembly of the rice weevil Sitophilus oryzae is dominated by transposable elements and shades light on the evolution of endosymbiosis in a major crop pest.
Arthropod Genomics Symposium 2022 .
Acte de congrès
voir la publicationEfficient compartmentalization in insect bacteriomes protects symbiotic bacteria from host immune system
ISS Holobiont 2022 .
Poster
voir la publicationTransposable element regulation in the cereal weevil Sitophilus oryzae and its potential association with an endosymbiotic bacteria
CNET (23d congrès national des éléments transposables) .
Acte de congrès
voir la publicationEfficient compartmentalization in insect bacteriomes protects symbiotic bacteria from host immune system
Microbiome . 10 ( 1 ) : 156
Article dans une revue
voir la publicationHigh-throughput genomics and transcriptomics to decipher host-symbiont molecular dialogue in the cereal weevil Sitophilus oryzae and Sodalis pierantonius endosymbiotic association
ISS 2022 - 10th Congress of the International Symbiosis Society .
Poster
voir la publicationSex‐related differences in aging rate are associated with sex chromosome system in amphibians
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 76 ( 2 ) : 346-356
DOI: 10.1111/evo.14410
Article dans une revue
voir la publicationHigh Stability of the Epigenome in Drosophila Interspecific Hybrids
Genome Biology and Evolution . 14 ( 2 )
DOI: 10.1093/gbe/evac024
Article dans une revue
voir la publicationTransposable element dynamics in the host-bacteria association of the cereal weevil Sitophilus oryzae
Mobile DNA 2021 .
Poster
voir la publicationThe discovery, distribution and diversity of DNA viruses associated with Drosophila melanogaster in Europe
Virus Evolution . 7 ( 1 ) : veab031
DOI: 10.1093/ve/veab031
Article dans une revue
voir la publicationThe Worldwide Invasion of Drosophila suzukii Is Accompanied by a Large Increase of Transposable Element Load and a Small Number of Putatively Adaptive Insertions
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 10 ) : 4252-4267
Article dans une revue
voir la publicationPhenotypic and Transcriptomic Responses to Stress Differ According to Population Geography in an Invasive Species
Genome Biology and Evolution . 13 ( 9 ) : evab208
DOI: 10.1093/gbe/evab208
Article dans une revue
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