COEVOL Multi-Scale Coevolution
Evolutionary Genetics of Interactions Group
Vieira-Heddi Cristina
Professeure des universités
UCBL
Actualités
Thématique générale
La thématique générale de mon travail concerne l’analyse de l’impact évolutif des ET sur les génomes, conduite avec une approche populationnelle, génétique et bioinformatique. Le projet de recherche développé plus récemment a intégré le rôle des mécanismes épigénétiques dans les régulations géniques mais aussi les aspects espèces envahissantes et adaptation rapide.
Eléments transposables et espèces envahissantes
Au cours des dernières années, nous avons montré que la dynamique d’invasion des ET était liée aux variations de taille de génome, et nous avons montré une association entre la taille du génome et la quantité d’ET, mais aussi une association entre cette variation et l’histoire de colonisation des espèces. Ces résultats posent la question de l’impact évolutif des ET dans les processus de colonisation. Ainsi, un projet sur le lien entre les ET et les espèces envahissantes a vu le jour, avec deux espèces modèles : Aedes albopictus et Drosophila suzukii. L’objectif est de faire la part entre les bases génétiques de l’adaptation et la plasticité phénotypique. Chez A. albopictus, espèce d’origine asiatique qui a envahie l’Europe et l’Amérique ces dernières années, nous avons démontré l’efficacité de l’utilisation des ET comme des marqueurs pour l’identification des régions du génome sous sélection et nous avons identifié plusieurs locus à haute fréquence dans les populations européennes. Ces locus ont pu être associés à des gènes candidats, comme les gènes impliqués dans la diapause dans les régions tempérées. D. suzukii est, quant à elle, une espèce de Drosophile capable de pondre des œufs dans des fruits sains et matures, ceci grâce à un ovipositeur extrêmement efficace. D. suzukii est aussi une espèce asiatique ayant envahie l’Europe et l’Amérique dès le début des années 2000. Elle est la cause d’importants dommages agronomiques et économiques puisque les fruits infectés (en particulier les fruits rouges) deviennent impropres à la commercialisation et consommation. Parmi les hypothèses proposées pour expliquer le succès de cette invasion, la plasticité phénotypique nous a particulièrement intéressé. La plasticité phénotypique peut expliquer la mise en place de phénotypes rapidement adaptés à différentes contraintes environnementales, sans pour autant avoir besoin de diversité génétique. Nous avons ainsi obtenu en 2016 un projet ANR (projet SWING, porteur Patricia Gibert, LBBE), ainsi qu‘un projet régional (Rovaltin, EpiRIP) qui devrait nous permettre de distinguer ces deux sources d’adaptation, mais aussi de tester l’hypothèse d’une invasion des génomes par les ET lors du processus d’invasion
Eléments transposables et stabilité des génomes
Les ET représentent une force évolutive remarquable, essentiellement par la rapidité de la transposition et par leur effet indirect sur les génomes hôtes (changement de l’épigénome). Les effets de l’environnement sur la mobilité des ET sont connus depuis longtemps, et les avancées scientifiques de ces dernières années ont permis de comprendre l’implication des processus épigénétiques. Je porte un intérêt particulier aux effets de divers facteurs de l'environnement sur les différentes composantes de cette régulation (financement de la Fondation pour la Recherche Médicale, 2014). Par ailleurs, nous savons que lors du croisement entre espèces différentes, ou souches différentes, on peut observer une mobilisation des ET. Par contre, nous ne connaissons pas dans quelle mesure les ET peuvent être impliqués dans les premières phases du processus de spéciation (ANR Exhyb). Ce volet de recherche est développé en collaboration avec les collègues brésiliennes et espagnoles. Nous avons pu montrer que le degré de mobilisation des ET lors des croisements interspécifiques n’est pas une généralité, et dépend du degré de divergence des protéines impliquées dans la biogènes des petits ARN.
Publications
Display of 31 to 60 publications on 123 in total
The Worldwide Invasion of Drosophila suzukii Is Accompanied by a Large Increase of Transposable Element Load and a Small Number of Putatively Adaptive Insertions
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 10 ) : 4252-4267
Journal article
see the publicationThe transposable element-rich genome of the cereal pest Sitophilus oryzae
BMC Biology . 19 ( 1 ) : 241
Journal article
see the publicationGenomic Analysis of European Drosophila melanogaster Populations Reveals Longitudinal Structure, Continent-Wide Selection, and Previously Unknown DNA Viruses
Molecular Biology and Evolution . 37 ( 9 ) : 2661-2678
Journal article
see the publicationHomology-Free Detection of Transposable Elements Unveils Their Dynamics in Three Ecologically Distinct Rhodnius Species
Genes . 11 ( 2 ) : 170
Journal article
see the publicationY chromosome makes fruit flies die younger
Peer Community In Evolutionary Biology . : 100105
Other publication
see the publicationSyndrome de Klinefelter, rôle du chromosome Y dans l’espérance de vie humaine ?
36ème Congrès de la Société Française d'Endocrinologie (SFE Marseille 2020) . 81 ( 4 ) : 194
Conference paper
see the publicationDrosophila suzukii oxidative stress response involves Jheh gene cluster but not transposable elements
Preprint
see the publicationBiological Invasion: The Influence of the Hidden Side of the (Epi)Genome
Functional Ecology . 34 ( 2 ) : 385-400
Journal article
see the publicationA transposon story : from TE content to TE dynamic invasion of Drosophila genomes using the single-molecule sequencing technology from Oxford Nanopore
Cells . 9 ( 8 ) : 1776
DOI: 10.3390/cells9081776
Journal article
see the publicationTransposable element dynamics and regulation in a major crop pest: Sitophilus oryzae.
Congrès national sur les éléments transposables .
Poster
see the publicationDiscovering the link between insect symbiosis and transposable elements.
Crossroads between transposons and gene regulation .
Poster
see the publicationTransposable element dynamics in Sitophilus oryzae
Auvergne Rhône-Alpes Regional Workshop on Microbiome .
Poster
see the publicationOn the Importance to Acknowledge Transposable Elements in Epigenomic Analyses
Genes . 10 ( 4 ) : 258
Journal article
see the publicationDynamic Interactions Between the Genome and an Endogenous Retrovirus: Tirant in Drosophila simulans Wild-Type Strains
G3 . 9 ( 3 ) : 855-865
Journal article
see the publicationStress affects the epigenetic marks added by natural transposable element insertions in Drosophila melanogaster
Scientific Reports . 8 ( 1 ) : 1-10
Journal article
see the publicationPopulation specific dynamics and selection patterns of transposable element insertions in European natural populations
Molecular Ecology . : 1-17
DOI: 10.1111/mec.14963
Journal article
see the publicationSex gap in aging and longevity: can sex chromosomes play a role?
Biology of Sex Differences . 9 ( 1 ) : 1-14
Journal article
see the publicationAn attempt to select non-genetic variation in resistance to starvation and reduced chill coma recovery time in Drosophila melanogaster
Journal of Experimental Biology . 221 ( 23 ) : jeb186254
DOI: 10.1242/jeb.186254
Journal article
see the publicationTransposable Element Dynamics in an Invasive Species
Congrès National des Éléments Transposables (CNET 2018) .
Conference paper
see the publicationEvaluating the essentiality of the primary endosymbiont of the rice weevil Sitophilus oryzae through genome analysis
VI Meeting of the Spanish Society for Evolutionary Biology (SESBE) .
Poster
see the publicationGenetic exchange in eukaryotes through horizontal transfer: connected by the mobilome
Mobile DNA . 9 ( 1 ) : 1-16
Journal article
see the publicationTEtools facilitates big data expression analysis of transposable elements and reveals an antagonism between their activity and that of piRNA genes
Nucleic Acids Research . 45 : 13
DOI: 10.1093/nar/gkw953
Journal article
see the publicationHigh-Throughput Sequencing of Transposable Element Insertions Suggests Adaptive Evolution of the Invasive Asian Tiger Mosquito Towards Temperate Environments
Molecular Ecology . 26 ( 15 ) : 1-14
DOI: 10.1111/mec.14184
Journal article
see the publicationSelf and Nonself from a Genomic Perspective: Transposable Elements
Evolutionary Biology: Self/Nonself Evolution, Species and Complex Traits Evolution, Methods and Concepts . 2 ( 5 ) : 111-128
Book chapter
see the publicationTransposable Element Misregulation Is Linked to the Divergence between Parental piRNA Pathways in Drosophila Hybrids
Genome Biology and Evolution . 9 ( 6 ) : 1450 - 1470
DOI: 10.1093/gbe/evx091
Journal article
see the publicationIdentification of misexpressed genetic elements in hybrids between Drosophila-related species
Scientific Reports . 7 : 40618
DOI: 10.1038/srep40618
Journal article
see the publicationLess effective selection leads to larger genomes
Genome Research . 27 : 1016-1028
Journal article
see the publicationPopulation genetics of the Asian tiger mosquito Aedes albopictus, an invasive vector of human diseases
Heredity . 117 ( 3 ) : 125-34
DOI: 10.1038/hdy.2016.35
Journal article
see the publicationSNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence
Nucleic Acids Research .
DOI: 10.1093/nar/gkw655
Journal article
see the publication