Pôle informatique

Membres

 

info@listes-lbbe.univ-lyon1.fr

 

 

Le Pôle informatique (noté "PI" par la suite) est constitué de 9 ingénieurs (1T, 5IE, 3IR). Nos activités s'organisent selon 3 axes principaux : la gestion des infrastructures de calcul et de stockage (ressources partagées, et équipements individuels), le développement de logiciels et de services et l'analyse de données en biologie moléculaire et en écologie.

Gestion des infrastructures

  • Micro-informatique : le PI est chargé de la gestion des équipements micro-informatiques du laboratoire, depuis le choix de la solution la plus appropriée en concertation avec le futur utilisateur ou la future utilisatrice jusqu'à l'installation, la configuration et la maintenance des équipements.

  • Système d'information du laboratoire : le PI fournit aux membres du laboratoire et de la communauté un certain nombre de services, dont plusieurs serveurs web, de nombreux serveurs de bases de données (relationnelles ou indexées) et plusieurs outils collaboratifs (Git, Redmine, Seafile...). Ces services sont hébergés sur des machines largement virtualisées.
  • Calcul et stockage : depuis 2009, le PI gère un cluster avec près de 1200 cœurs de calcul disponibles. Il est relié à un système de stockage distribué haute performance de 600 To sous BeeGFS et à un stockage en mode objet basé sur iRods (~400 To utiles).
  • Cloud et conteneurisation : le PI gère depuis 2017 le cloud  "Girofle" (224 vcpu et 120 To) qui fait partie de la fédération de clouds Biosphère de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB). Nous commençons à faire converger notre infrastructure de virtualisation vers les technologies de conteneurisation (docker, singularity).  
  • Support aux utilisateurs·trices : le PI fournit une assistance aux utilisateurs·trices pour toutes les ressources et outils mis à la disposition des membres du laboratoire. Il forme et soutient les utilisateurs·trices dans leur utilisation des ressources partagées grâce à des sessions de formation, des réunions d'information et des listes de diffusion.

Développement de logiciels et de méthodologies

Les membres du PI sont impliqués dans de nombreux projets de développement de logiciels en collaboration avec les chercheur·ses du laboratoire, couvrant un large éventail de langages de programmation  (R, Python, C++, OCaml, Javascript, SQL, shell). Cela va des codes numériques parallèles optimisés aux services web et aux bases de données dédiées (SQL ou no-SQL). Un effort particulier est également fait pour  partager les bonnes pratiques de développement et pour rendre les codes logiciels reproductibles et disponibles selon les standards et les exigences de la communauté.

Analyse de données

Les membres du PI sont en première ligne face à l'avalanche de données et à leur diversité des données de cette décennie.
Une grande partie de notre activité est liée à la quantité de données provenant des technologies de séquençage. Nous développons et proposons des pipelines pour l'assemblage et l'annotation des données génomiques, l'analyse des données RNA-seq et RAD-seq. Plus récemment, le traitement informatique des images est devenu une question importante pour les futures études écologiques réalisées au laboratoire dans le cadre de l'écologie évolutive.

Animation, formation et expertise scientifique

Notre groupe a mis en place une série d'ateliers dédiés pour améliorer les compétences internes en ingénierie logicielle, informatique distribuée, programmation et analyse de données. Nous participons également à des actions d'enseignement (Université Lyon 1) et de formation (Formation permanente du CNRS).
Dans leurs domaines respectifs, les membres du PI suivent activement les développements technologiques et participent à des événements majeurs tels que JOBIM (bioinfo), les JRES (administration système), les JDEV (développement), les journées Aramis (administration système et réseau et développement logiciel) et les Rencontres R (programmation). Nous sommes également investis dans des réseaux métiers (Lyon Calcul, R Lyon) et des projets d'envergure nationale (projets IFB-NNCR et IFB-Core).
Nous travaillons en étroite collaboration avec la plateforme de bioinformatique du PRABI (Pôle Rhône-Alpes de BioInformatique), notamment pour la gestion de l'infrastructure de calcul et de stockage, la diffusion de la production logicielle de notre laboratoire, l'organisation de sessions d'enseignement et pour le partage d'expertise en analyse de données génomiques et transcriptomiques.

Poster du Pôle Informatique

Publications (des membres actuels du pôle)

Affichage des publications 121 à 150 sur 152 au total

Qualitative, integrated modeling of lipid metabolism in hepatocytes

O Radulescu, A Siegel, Mathieu Le Borgne, Philippe Veber, E Pécou, Sandrine Lagarrigue...

7th International Conference on Systems Biology - Yokohama . : Inconnu

Poster

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Topology and static response of interaction networks in molecular biology

Ovidiu Radulescu, Sandrine Lagarrigue, Anne Siegel, Philippe Veber, Michel Le Borgne

Journal of the Royal Society Interface . 3 ( 6 ) : 185 - 196

DOI: 10.1098/rsif.2005.0092

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Lagrangian Approaches for a class of Matching Problems in Computational Biology

Nicola Yanev, Rumen Andonov, Philippe Veber, Stefan Balev

Rapport

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Qualitative analysis of the relation between DNA microarray data and behavioral models of regulation networks

Anne Siegel, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne, Philippe Veber, Julien Ouy, Sandrine Lagarrigue

BioSystems . 84 : 153-174

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Lagrangian Approaches for a class of Matching Problems in Computational Biology

Nicola Yanev, Rumen Andonov, Philippe Veber, Stefan Balev

: 18

Rapport

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ITTACA: a new database for integrated tumor transcriptome array and clinical data analysis

Adil El Filali, Séverine Lair, Catia Verbeke, Philippe La Rosa, François Radvanyi, Emmanuel Barillot

Nucleic Acids Research . 34 ( 90001 ) : D613-D616

DOI: 10.1093/nar/gkj022

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Path-Equivalent Removal of Epsilon-Transitions

Dominique Lavenier, Philippe Veber, Mathieu Giraud

11th International Conference on Implementation and Application of Automata (CIAA 2006) . : 23--33

DOI: 10.1007/11812128_4

Acte de congrès

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Tree pattern matching in phylogenetic trees: automatic search for orthologs or paralogs in homologous gene sequence databases.

Jean-François Dufayard, L. Duret, Simon Penel, Manolo Gouy, F. Rechenmann, G. Perrière

Bioinformatics . 21 ( 11 ) : 2596-603

DOI: 10.1093/bioinformatics/bti325

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Integr8 and Genome Reviews: integrated views of complete genomes and proteomes.

P. Kersey, L. Bower, L. Morris, A. Horne, R. Petryszak, C. Kanz...

Nucleic Acids Research . 33 ( Database issue ) : D297-302

DOI: 10.1093/nar/gki039

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Complex Qualitative Models in Biology: a new approach

Philippe Veber, Michel Le Borgne, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, Ovidiu Radulescu

Complexus . 2 : 140-151

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Polymorphix: a sequence polymorphism database

E. Bazin, L. Duret, Simon Penel, N. Galtier

Nucleic Acids Research . 33 : 481-484

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Projet MERLIN 2005

Benoit Chassigneux, Stéphane Pouyllau, Julien Barnier, Armelle Toulemonde

Le Journal du CNRS .

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Data Documentation Initiative : traduction française de la version 1.2.2

Julien Barnier, Jean Noel Bouvier, Carine Lecerf, Christine Maury, Jean-Philippe Talec

Autre publication

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GenoFrag: software to design primers optimized for whole genome scanning by long-range PCR amplification.

Nouri Ben Zakour, Michel Gautier, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Marie-Françoise Cochet, Philippe Veber...

Nucleic Acids Research . 32 ( 1 ) : 17-24

DOI: 10.1093/nar/gkg928

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YodA from Escherichia coli is a metal-binding lipocalin-like protein

G. David, K. Blondeau, M. Schiltz, Simon Penel, A. Lewit-Bentley

Journal of Biological Chemistry . 278 : 43728-43735

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Length preferences and periodicity in beta-strands. Antiparallel edge beta-sheets are more likely to finish in non-hydrogen bonded rings

Simon Penel, R.G. Morrison, P.D. Dobson, R.J. Mortishire-Smith, A.J. Doig

Protein Engineering . 16 : 957-961

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Combinatorial approaches for segmentingbacterium genomes

Rumen Andonov, Nicola Yanev, Dominique Lavenier, Philippe Veber

Rapport

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Integrated databanks access and sequence/structure analysis services at the PBIL.

G. Perriere, C. Combet, Simon Penel, Christophe Blanchet, J. Thioulouse, C. Geourjon...

Nucleic Acids Research . 31 ( 13 ) : 3393-3399

DOI: 10.1093/nar/gkg530

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Cartographie génomique comparée chez les mammifères

G. Bronner, B. Spataro, Christian Gautier

Médecine/Sciences . 18 : 767-774

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Comparative genomic mapping in mammals

G. Bronner, B. Spataro, Christian Gautier

Médecine/Sciences . 18 : 767-774

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Modeling comparative mapping using objects and associations

G. Bronner, B. Spataro, M. Page, Christian Gautier, F. Rechenmann

Computers and Chemistry . 26 : 413-420

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Rotamer strain energy in protein helices - quantification of a major force opposing protein folding

Simon Penel, A.J. Doig

Journal of Molecular Biology . 305 : 961-968

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Effect of the N1 residue on the stability of the alpha-helix for all 20 amino acids

D.A.E. Cochran, Simon Penel, A.J. Doig

Protein Science . 10 : 463-470

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Stabilizing nonpolar/polar side-chain interactions in the alpha-helix

C.D. Andrew, Simon Penel, G.R. Jones, A.J. Doig

PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS . 45 : 449-455

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Structure stability and folding of the alpha-helix

A.J. Doig, C.D. Andrew, D.A. Cochran, E. Hughes, Simon Penel, J.K. Sun...

Biochemical Society Symposia . 68 : 95-110

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GeMME une interface modélisant la cartographie comparée des mammifères Application

B. Spataro

incollection . -- : 333-340

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Determination of alpha-helix N1 energies after addition of N1 N2 and N3 preferences to helix/coil theory

J.K. Sun, Simon Penel, A.J. Doig

Protein Science . 9 : 750-754

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Periodicity in alpha-helix lengths and C-capping preferences

Simon Penel, R.G. Morrison, R.J. Mortishire-Smith, A.J. Doig

Journal of Molecular Biology . 293 : 1211-1219

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Side-chain structures in the first turn of the alpha-helix

Simon Penel, E. Hughes, A.J. Doig

Journal of Molecular Biology . 287 : 127-143

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Detergent binding in trigonal crystals of OmpF porin from Escherichia coli

Simon Penel, E. Pebay-Peyroula, J. Rosenbusch, G. Rummel, T. Schirmer, P.A. Timmins

Biochimie . 80 : 543-551

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