Siberchicot Aurélie
Ingénieure de recherche
UCBL
Université Claude Bernard Lyon 1 - Bâtiment Grégor Mendel - Étage 1 - Bureau 51 (11.051)
En tant qu' ingénieure logiciel, mon activité consiste à concevoir, développer, déployer et maintenir des outils d’analyse de données biologiques. Experte du langage et logiciel R, je suis responsable de nombreux packages R disponibles sur CRAN, Bioconductor, GitHub et GitLab et d’applications web développées avec le package shiny. Je suis ponctuellement mais régulièrement associée à des formations et à des modules d'enseignements, et partage, à ces occasions, mes connaissances et mon expérience concernant la reproductibilité de la recherche et les bonnes pratiques de développement.
- GitHub : aursiber
- ORCID : 0000-0002-7638-8318
- HAL : aurelie-siberchicot
- Google Scholar
Ecologie Evolutive
- ade4 (Multivariate data analysis and graphical display) : CRAN -- GitHub -- book
- ade4TkGUI (A Tcl/Tk GUI for some basic functions in the ade4 package) : CRAN -- GitHub
- adegraphics (Graphical functionalities for the representation of multivariate data) : CRAN -- GitHub -- article -- talk
- CINID (Package on the Curculionidae INstar IDentification) : CRAN -- article
- Interatrix (Compute Chi-Square Measures with Corrections) : CRAN -- article
- OnAge (Implements a likelihood ratio test of differential senescence onset between two groups) : CRAN -- web
- Analyse de données issues du International Tiger Studbook et du International and North American Regional Studbooks for Ruffed Lemurs -- article -- article
- AGEX (ANR-15-CE32-0002-01, 2015-2019) -- article
- Potenchêne (GIP-ECOFOR, 2014-2018) -- article
- CoCoReCo (JC09-470585, 2009-2012) -- article
- DLVitis (ANR-08-GENM-0002, 2008-2011) -- article -- CRAN
Ecotoxicologie
- GUTS-predict (General Unified Threshold Model of Survival) : shiny app
- rbioacc (Inference and Prediction of ToxicoKinetic (TK) Models) : CRAN -- GitHub -- article
Bioinformatique
- DRomics (Dose Response for Omics) : CRAN -- GitHub -- shiny app -- web -- article -- IFB cloud appliance
- kissDE (Retrieves Condition-Specific Variants in RNA-Seq Data) : Bioconductor -- GitHub
- LDcorSV (Linkage Disequilibrium Corrected by the Structure and the Relatedness) : CRAN -- article
- MareyMap (Estimation of Meiotic Recombination Rates Using Marey Maps) : CRAN -- GitHub -- web -- shiny app -- article
- phylter (Detect and Remove Outliers in Phylogenomics Datasets) : CRAN -- GitHub
Statistiques et analyse de données
- fitdistrplus (Help to Fit of a Parametric Distribution to Non-Censored or Censored Data) : CRAN -- GitHub -- web
- Mondrian (A Simple Graphical Representation of the Relative Occurrence and Co-Occurrence of Events) : CRAN -- GitHub -- shiny app
- nlsMicrobio (Nonlinear Regression in Predictive Microbiology) : CRAN -- GitHub
- nlstools (Tools for Nonlinear Regression Analysis) : CRAN -- GitHub
Services
- serveur shiny : http://lbbe-shiny.univ-lyon1.fr
- site web d’Enseignements de Statistique en Biologie : http://pbil.univ-lyon1.fr/R/
Comité d’organisation et de programme
- Preditox, École thématique Rovaltain, 2020, 2021 & 2023, Lyon (comité scientifique)
- 7èmes Rencontres R, Conférence, juillet 2018, Rennes (comité de programme)
- R pour le calcul, Action Nationale de Formation CNRS, octobre 2015, Aussois (co-organisatrice)
- 2èmes Rencontres R, Conférence, juin 2013, Lyon (comité d’organisation) -- article
Formations et enseignements
- Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique, FRB-Cesab et Gdr Ecostat
- UE Bases Informatiques, M1 Biodiversité, Écologie et Évolution, Université Lyon 1
- Les bases du langage R, École Doctorale Université Savoie Mont Blanc
- UE Visualisation de Données Biologiques, M2 Bio-informatique, Université Lyon 1
- Découverte et approfondissements du langage R, Groupe Lyon Calcul
- Développement de packages en R, ANF CNRS R pour le calcul
Jury
- Concours externe ENS (2021) - BAP A- IE - Ingénieur·e biologiste en traitement des données
- Concours externe INRA (2019) - Experte - BAP E - AI - Assistant·e statisticien·ne
- Concours externe INRA (2019) - BAP E - IE - Administrateur·trice des systèmes d’information
- Concours externe CNRS (2017) - Experte - BAP E - IE - Ingénieur·e en ingénierie logicielle - 2 postes
Encadrement
- Cassandra Bompard, stage M2, Développement d'un package R de visualisation (2023)
- Eliane Schermer, stage M2 et thèse, Modélisation en écologie (2015-2019)
- Luka Matsuda, stage L3, Bioinformatique, Statistique et Modélisation (2018)
- Adrien Bessy, stage M2, Bioinformatique (2015)
Publications
Affichage des publications 1 à 21 sur 21 au total
DRomics, a workflow to exploit dose-response omics data in ecotoxicology
Peer Community Journal . 3 : e90
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voir la publicationPhylteR: Efficient Identification of Outlier Sequences in Phylogenomic Datasets
Molecular Biology and Evolution . 40 ( 11 ) : msad234
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voir la publicationrbioacc: An R-package to analyze toxicokinetic data
Ecotoxicology and Environmental Safety . 242 : 113875
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voir la publicationTaking full advantage of modelling to better assess environmental risk due to xenobiotics
Environmental Science and Pollution Research .
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voir la publicationLifespan decreases with proportion of sons in males but not females of zoo‐housed tigers and lemurs
Journal of Evolutionary Biology .
DOI: 10.1111/jeb.13793
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voir la publicationSex‐specific actuarial and reproductive senescence in zoo‐housed tiger ( Panthera tigris ): The importance of sub‐species for conservation
Zoo Biology .
DOI: 10.1002/zoo.21610
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voir la publicationPollen limitation as a main driver of fruiting dynamics in oak populations
Ecology Letters . 22 ( 1 ) : 98-107
DOI: 10.1111/ele.13171
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voir la publicationDRomics: A Turnkey Tool to Support the Use of the Dose–Response Framework for Omics Data in Ecological Risk Assessment
Environmental Science and Technology . 52 ( 24 ) : 14461-14468
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voir la publicationMaternal reproductive senescence shapes the fitness consequences of the parental age difference in ruffed lemurs
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 285 ( 1886 ) : 20181479
Article dans une revue
voir la publicationMareyMap online: A user-friendly web application and database service for estimating recombination rates using physical and genetic maps
Genome Biology and Evolution . 9 ( 10 ) : 2506-2509
DOI: 10.1093/gbe/evx178
Article dans une revue
voir la publicationadegraphics: An S4 Lattice-Based Package for the Representation of Multivariate Data
The R Journal . 9 ( 2 ) : 198-212
DOI: 10.32614/RJ-2017-042
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voir la publicationFruiting Strategies of Perennial Plants: A Resource Budget Model to Couple Mast Seeding to Pollination Efficiency and Resource Allocation Strategies
The American Naturalist . 188 ( 1 ) : 66-75
DOI: 10.1086/686684
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voir la publicationUnknown age in health disorders: A method to account for its cumulative effect and an application to feline viruses interactions.
Epidemics . 11 : 48-55
Article dans une revue
voir la publicationDetermining the instar of a weevil larva (Coleoptera: Curculionidae) using a parsimonious method
European Journal of Entomology . 111 ( 4 ) : 567-573
Article dans une revue
voir la publicationConference Report: Deuxièmes Rencontres R
The R Journal . 5/2 : 164--165
Article dans une revue
voir la publicationNovel measures of linkage disequilibrium that correct the bias due to population structure and relatedness
Heredity . 108 ( 3 ) : 285-291
DOI: 10.1038/hdy.2011.73
Article dans une revue
voir la publicationGenetic structure and linkage disequilibrium in 4 Vitis species
Plant and Animal Genomes Conference . : np
Acte de congrès
voir la publicationGenetic structure and linkage disequilibrium in 4 Vitis species
Grapevine breeding and genetics .
Poster
voir la publicationGenetic structure and linkage disequilibrium in four Vitis species
10. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics .
Acte de congrès
voir la publicationGenetic structure and linkage disequilibrium in 4 species of the Vitis genus
Génoplante .
Poster
voir la publication