Pôle informatique
Membres
Ingénieur d'études
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Ingénieur d'études
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 68
Ingénieur d'études
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
Technicien
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 04
Stagiaire
UCBL
Ingénieur d'études
CNRS
Tél : 33 04 72 43 29 04
Ingénieure de recherche
UCBL
Tél : 33 04 72 44 85 98
Ingénieur de recherche
CNRS
Tél : 33 06 82 87 93 59
Ingénieur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 26 23 44 70
info@listes-lbbe.univ-lyon1.fr
Le Pôle informatique (noté "PI" par la suite) est constitué de 9 ingénieurs (1T, 5IE, 3IR). Nos activités s'organisent selon 3 axes principaux : la gestion des infrastructures de calcul et de stockage (ressources partagées, et équipements individuels), le développement de logiciels et de services et l'analyse de données en biologie moléculaire et en écologie.
Gestion des infrastructures
-
Micro-informatique : le PI est chargé de la gestion des équipements micro-informatiques du laboratoire, depuis le choix de la solution la plus appropriée en concertation avec le futur utilisateur ou la future utilisatrice jusqu'à l'installation, la configuration et la maintenance des équipements.
- Système d'information du laboratoire : le PI fournit aux membres du laboratoire et de la communauté un certain nombre de services, dont plusieurs serveurs web, de nombreux serveurs de bases de données (relationnelles ou indexées) et plusieurs outils collaboratifs (Git, Redmine, Seafile...). Ces services sont hébergés sur des machines largement virtualisées.
- Calcul et stockage : depuis 2009, le PI gère un cluster avec près de 1200 cœurs de calcul disponibles. Il est relié à un système de stockage distribué haute performance de 600 To sous BeeGFS et à un stockage en mode objet basé sur iRods (~400 To utiles).
- Cloud et conteneurisation : le PI gère depuis 2017 le cloud "Girofle" (224 vcpu et 120 To) qui fait partie de la fédération de clouds Biosphère de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB). Nous commençons à faire converger notre infrastructure de virtualisation vers les technologies de conteneurisation (docker, singularity).
- Support aux utilisateurs : le PI fournit une assistance aux utilisateurs pour toutes les ressources et outils mis à la disposition des membres du laboratoire. Il forme et soutient les utilisateurs dans leur utilisation des ressources partagées grâce à des sessions de formation, des réunions d'information et des listes de diffusion.
Développement de logiciels et de méthodologies
Les membres du PI sont impliqués dans de nombreux projets de développement de logiciels en collaboration avec les chercheur du laboratoire, couvrant un large éventail de langages de programmation (R, Python, C++, OCaml, Javascript, SQL, shell). Cela va des codes numériques parallèles optimisés aux services web et aux bases de données dédiées (SQL ou no-SQL). Un effort particulier est également fait pour partager les bonnes pratiques de développement et pour rendre les codes logiciels reproductibles et disponibles selon les standards et les exigences de la communauté.
Analyse de données
Les membres du PI sont en première ligne face à l'avalanche de données et à leur diversité des données de cette décennie.
Une grande partie de notre activité est liée à la quantité de données provenant des technologies de séquençage. Nous développons et proposons des pipelines pour l'assemblage et l'annotation des données génomiques, l'analyse des données RNA-seq et RAD-seq. Plus récemment, le traitement informatique des images est devenu une question importante pour les futures études écologiques réalisées au laboratoire dans le cadre de l'écologie évolutive.
Animation, formation et expertise scientifique
Notre groupe a mis en place une série d'ateliers dédiés pour améliorer les compétences internes en ingénierie logicielle, informatique distribuée, programmation et analyse de données. Nous participons également à des actions d'enseignement (Université Lyon 1) et de formation (Formation permanente du CNRS).
Dans leurs domaines respectifs, les membres du PI suivent activement les développements technologiques et participent à des événements majeurs tels que JOBIM (bioinfo), les JRES (administration système), les JDEV (développement), les journées Aramis (administration système et réseau et développement logiciel) et les Rencontres R (programmation). Nous sommes également investis dans des réseaux métiers (Lyon Calcul, R Lyon) et des projets d'envergure nationale (projets IFB-NNCR et IFB-Core).
Nous travaillons en étroite collaboration avec la plateforme de bioinformatique du PRABI (Pôle Rhône-Alpes de BioInformatique), notamment pour la gestion de l'infrastructure de calcul et de stockage, la diffusion de la production logicielle de notre laboratoire, l'organisation de sessions d'enseignement et pour le partage d'expertise en analyse de données génomiques et transcriptomiques.
Poster du Pôle Informatique
Publications (des membres actuels du pôle)
Affichage des publications 61 à 90 sur 152 au total
Robust Fit of Toxicokinetic-Toxicodynamic Models Using Prior Knowledge Contained in the Design of Survival Toxicity Tests
Environmental Science and Technology . 51 : 4038-4045
Article dans une revue
voir la publicationAncestral Genome Estimation Reveals the History of Ecological Diversification in Agrobacterium
Genome Biology and Evolution . 9 ( 12 ) : 3413 - 3431
DOI: 10.1093/gbe/evx255
Article dans une revue
voir la publicationMaxTiC: Fast Ranking Of A Phylogenetic Tree By Maximum Time Consistency With Lateral Gene Transfers
DOI: 10.1101/127548
Autre publication
voir la publicationLes Ateliers Pratiques Numériques en SHS des laboratoires lyonnais
Forum Humanités Numériques et données ouvertes .
Poster
voir la publicationFruiting Strategies of Perennial Plants: A Resource Budget Model to Couple Mast Seeding to Pollination Efficiency and Resource Allocation Strategies
The American Naturalist . 188 ( 1 ) : 66-75
DOI: 10.1086/686684
Article dans une revue
voir la publicationQuantitative Molecular Detection of 19 Major Pathogens in the Interdental Biofilm of Periodontally Healthy Young Adults
Frontiers in Microbiology . 7 : 840 - 840
Article dans une revue
voir la publicationRiboDB database: a comprehensive resource for prokaryotic systematics
Molecular Biology and Evolution . 33 ( 8 ) : 2170--2172
Article dans une revue
voir la publicationSNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence
Nucleic Acids Research .
DOI: 10.1093/nar/gkw655
Article dans une revue
voir la publicationNo Evidence That Nitrogen Limitation Influences the Elemental Composition of Isopod Transcriptomes and Proteomes
Molecular Biology and Evolution . 33 ( 10 ) : 2605–2620
Article dans une revue
voir la publicationL'enseignement et la formation au logiciel R : un retour d'expérience
Séminaire "R à l'usage des sciences sociales" (RUSS) .
Acte de congrès
voir la publicationRAR/RXR binding dynamics distinguish pluripotency from differentiation associated cis-regulatory elements
Nucleic Acids Research . 43 ( 10 ) : 4833--4854
DOI: 10.1093/nar/gkv370
Article dans une revue
voir la publicationUnknown age in health disorders: A method to account for its cumulative effect and an application to feline viruses interactions.
Epidemics . 11 : 48-55
Article dans une revue
voir la publicationOptimization of multiplexed RADseq libraries using low-cost adaptors
Genetica . 143 ( 2 ) : 139-143
Article dans une revue
voir la publicationGénérer des documents avec RMarkdown
Rencontre du groupe des utilisateurs de R sur Lyon .
Acte de congrès
voir la publicationFrom bicycle sharing system movements to users: a typology of Vélo’v cyclists in Lyon based on large-scale behavioural dataset
Journal of Transport Geography . 41 : 280-291
Article dans une revue
voir la publicationDetermining the instar of a weevil larva (Coleoptera: Curculionidae) using a parsimonious method
European Journal of Entomology . 111 ( 4 ) : 567-573
Article dans une revue
voir la publicationHost plant specialization matters in the epidemiology of Wolbachia across phytophagous wasps (Hymenoptera: Torymidae)
8. International Wolbachia Conference . : np
Poster
voir la publicationStatistical handling of reproduction data for exposure-response modeling
Environmental Science and Technology . 48 : 7544-51
DOI: 10.1021/es502009r
Article dans une revue
voir la publicationEpidemiology of asexuality induced by the endosymbiotic Wolbachia across phytophagous wasp species: host plant specialization matters.
Molecular Ecology Notes . 23 ( 9 ) : 2362-2375
DOI: 10.1111/mec.12737
Article dans une revue
voir la publicationIndexation et recodages avec R et questionr
Séminaire "R à l'usage des sciences sociales" (RUS) .
Acte de congrès
voir la publicationApplications Web avec Shiny
Première rencontre du groupe des utilisateurs de R sur Lyon .
Acte de congrès
voir la publicationL'ADN, mémoire numérique du vivant
Pour la science . : 102-108
Article dans une revue
voir la publicationThe rhizome of the multidrug-resistant Enterobacter aerogenes genome reveals how new "killer bugs" are created because of a sympatric lifestyle.
Molecular Biology and Evolution . 30 ( 2 ) : 369-83
Article dans une revue
voir la publicationConference Report: Deuxièmes Rencontres R
The R Journal . 5/2 : 164--165
Article dans une revue
voir la publicationGenome Sequence of Coxiella burnetii 109, a Doxycycline-Resistant Clinical Isolate
Journal of Bacteriology . 194 ( 24 ) : 6939-6939
DOI: 10.1128/JB.01856-12
Article dans une revue
voir la publicationBioNLP Shared Task - The Bacteria Track
BMC Bioinformatics . 13 : np
Article dans une revue
voir la publicationNovel measures of linkage disequilibrium that correct the bias due to population structure and relatedness
Heredity . 108 ( 3 ) : 285-291
DOI: 10.1038/hdy.2011.73
Article dans une revue
voir la publicationAn evaluation of the effects of Lactobacillus ingluviei on body weight, the intestinal microbiome and metabolism in mice
Microbial Pathogenesis . 52 ( 1 ) : 61-68
Article dans une revue
voir la publicationThe Gene Expression Analysis of Blood Reveals S100A11 and AQP9 as Potential Biomarkers of Infective Endocarditis
PLoS ONE . 7 ( 2 ) : e31490
Article dans une revue
voir la publication