GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 451 à 480 sur 1402 au total
On Maximal Chain Subgraphs and Covers of Bipartite Graphs
Combinatorial Algorithms - 27th International Workshop, IWOCA 2016 . 9843 : 137-150
Acte de congrès
voir la publicationMycoplasma non-coding RNA: identification of small RNAs and targets
BMC Genomics . 23 : 1289 - 26
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voir la publicationEvolution of sex-biased gene expression in a dioecious plant
Nature Plants . 2 : 16168
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voir la publicationNo Evidence That Nitrogen Limitation Influences the Elemental Composition of Isopod Transcriptomes and Proteomes
Molecular Biology and Evolution . 33 ( 10 ) : 2605–2620
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voir la publicationRecombination Rate Variation Modulates Gene Sequence Evolution Mainly via GC-Biased Gene Conversion, Not Hill–Robertson Interference, in an Avian System
Molecular Biology and Evolution . 33 ( 1 ) : 216-227
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voir la publicationGC‐biased gene conversion links the recombination landscape and demography to genomic base composition
BioEssays . 37 ( 12 ) : 1317-1326
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voir la publicationLinked selection and recombination rate variation drive the evolution of the genomic landscape of differentiation across the speciation continuum of Ficedula flycatchers
Genome Research . 25 ( 11 ) : 1656-1665
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voir la publicationEvolutionary Consequences of DNA Methylation on the GC Content in Vertebrate Genomes
G3 . 5 ( 3 ) : 441-447
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voir la publicationCell cycle progression is regulated by intertwined redox oscillators
Theoretical Biology and Medical Modelling . 12 ( 1 ) : 10
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voir la publicationVariation in Rural African Gut Microbiota Is Strongly Correlated with Colonization by Entamoeba and Subsistence
PLoS Genetics . 11 ( 11 ) : e1005658
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voir la publicationIdentifying new sex-linked genes through BAC sequencing in the dioecious plant Silene latifolia
BMC Genomics . 16 : 546
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voir la publicationGenome reduction and potential metabolic complementation of the dual endosymbionts in the whitefly Bemisia tabaci
BMC Genomics . 16 : 226
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voir la publicationTwo Host Clades, Two Bacterial Arsenals: Evolution through Gene Losses in Facultative Endosymbionts.
Genome Biology and Evolution . 7 ( 3 ) : 839-855
DOI: 10.1093/gbe/evv030
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voir la publicationMeDuSa: A multi-draft based scaffolder.
Bioinformatics . : pii: btv171 [Epub ahead of print]
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voir la publicationA polynomial delay algorithm for the enumeration of bubbles with length constraints in directed graphs
Algorithms for Molecular Biology . : 10
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voir la publicationMitochondrial respiration and genomic analysis provide insight into the influence of the symbiotic bacterium on host trypanosomatid oxygen consumption.
Parasitology . 142 ( 2 ) : 352-362
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voir la publicationPolynomial Delay Algorithm for Listing Minimal Edge Dominating Sets in Graphs
Algorithms and Data Structures (WADS) . 9214 : 446-457
Acte de congrès
voir la publicationAssessment of polycarbonate filter in a molecular analytical system for the microbiological quality monitoring of recycled waters onboard ISS
Life Sciences in Space Research . 6 : 29-35
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voir la publicationNontuberculous Mycobacteria: An Underestimated Cause of Bioprosthetic Valve Infective Endocarditis
Open Forum Infectious Diseases . 2 ( 2 )
DOI: 10.1093/ofid/ofv047
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voir la publicationAdaptation in toxic environments: arsenic Genomic Islands in the bacterial genus $Thiomonas$
PLoS ONE . 10 ( 9 ) : 0139011
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voir la publicationGC-Content evolution in bacterial genomes: The biased gene conversion hypothesis expands
PLoS Genetics . 11 ( 2 ) : 1-20
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voir la publicationQuantification of GC-biased gene conversion in the human genome
Genome Research . 25 ( 8 ) : 1215 - 1228
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voir la publicationOptimization of multiplexed RADseq libraries using low-cost adaptors
Genetica . 143 ( 2 ) : 139-143
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voir la publicationIncremental complexity of a bi-objective hypergraph transversal problem
Fundamentals of Computation Theory (FCT2015) . 9210 : 202-213
Acte de congrès
voir la publicationEUCALYPT: efficient tree reconciliation enumerator
Algorithms for Molecular Biology . 10 ( 1 ) : 11
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voir la publicationMirinho: An efficient and general plant and animal pre-miRNA predictor for genomic and deep sequencing data
BMC Bioinformatics . 16 ( 1 ) : 179
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voir la publicationCophylogeny Reconstruction via an Approximate Bayesian Computation
Systematic Biology . 64 ( 3 ) : 416-431
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voir la publicationAn average study of hypergraphs and their minimal transversals
Theoretical Computer Science . 596 : 124-141
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voir la publicationAnalyse de 32 souches de Legionella pneumophila de sévérités variables afin d'identifier les déterminants de la pathogénicité
JOBIM 2015 - 16èmes Journées Ouvertes en BIologie, Informatique et Mathématiques .
Poster
voir la publicationEvolutionary history of phosphatidylinositol- 3-kinases: ancestral origin in eukaryotes and complex duplication patterns
BMC Evolutionary Biology . 15 : 226
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