GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 391 à 420 sur 1402 au total
Identification of misexpressed genetic elements in hybrids between Drosophila-related species
Scientific Reports . 7 : 40618
DOI: 10.1038/srep40618
Article dans une revue
voir la publicationThe Evolution of Sex Chromosomes and Dosage Compensation in Plants
Genome Biology and Evolution . 9 : 627-645
DOI: 10.1093/gbe/evw282
Article dans une revue
voir la publicationToken Jumping in minor-closed classes
International symposium on fundamentals of computer theory (FCT 2017) . 10472 : 136-149
Acte de congrès
voir la publicationThe fitness cost of mis-splicing is the main determinant of alternative splicing patterns
Genome Biology . 18 : 208
Article dans une revue
voir la publicationLess effective selection leads to larger genomes
Genome Research . 27 : 1016-1028
Article dans une revue
voir la publicationHow Long Does Wolbachia Remain on Board?
Molecular Biology and Evolution . 34 ( 5 ) : 1183 - 1193
Article dans une revue
voir la publicationNew Insights into the Classification and Integration Specificity of Streptococcus Integrative Conjugative Elements through Extensive Genome Exploration
Frontiers in Microbiology . 6 ( 6 ) : 1483
Article dans une revue
voir la publicationA glimpse into an unexplored world: very high diversity of integrative and mobilizable elements in Streptococci
8th ASM conference on Streptococcal Genetics .
Poster
voir la publicationA genomic history of Aboriginal Australia
Nature . 538 ( 7624 ) : 207-214
DOI: 10.1038/nature18299
Article dans une revue
voir la publicationThe Complex Admixture History and Recent Southern Origins of Siberian Populations
Molecular Biology and Evolution . 33 ( 7 ) : 1777-1795
Article dans une revue
voir la publicationRefining the Y chromosome phylogeny with southern African sequences
Human Genetics . 135 ( 5 ) : 541 - 553
Article dans une revue
voir la publicationHigh-Resolution Mapping of Crossover and Non-crossover Recombination Events by Whole-Genome Re-sequencing of an Avian Pedigree
PLoS Genetics . 12 ( 5 ) : e1006044
Article dans une revue
voir la publicationDivergence in gene expression within and between two closely related flycatcher species
Molecular Ecology . 25 ( 9 ) : 2015-2028
DOI: 10.1111/mec.13596
Article dans une revue
voir la publicationThe non-equilibrium allele frequency spectrum in a Poisson random field framework
Theoretical Population Biology . 111 : 51-64
Article dans une revue
voir la publicationThe Redox Status of Cancer Cells Supports Mechanisms behind the Warburg Effect
Metabolites . 6 ( 4 ) : 12 p.
Article dans une revue
voir la publicationMinimality of Metabolic Flux Modes under Boolean Regulation Constraints
12th International Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics WCB’16 .
Acte de congrès
voir la publicationReprésentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie
IC2016 - Ingénierie des Connaissances .
Acte de congrès
voir la publicationReprésentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie
IC201: 27es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances .
Acte de congrès
voir la publicationHuman-Scale Metabolic Network of Central Carbon Metabolism: application to serine metabolism from glutamine in Cancer Cells
advances in Systems and Synthetic Biology .
Acte de congrès
voir la publicationDetection and interpretation of shared genetic influences on 42 human traits
Nature Genetics . 48 ( 7 ) : 709-717
DOI: 10.1038/ng.3570
Article dans une revue
voir la publicationDetection of Allelic Frequency Differences between the Sexes in Humans: A Signature of Sexually Antagonistic Selection
Genome Biology and Evolution . 8 ( 5 ) : 1489-1500
DOI: 10.1093/gbe/evw090
Article dans une revue
voir la publicationHow and how much does RAD-seq bias genetic diversity estimates?
BMC Evolutionary Biology . 16 : 240
Article dans une revue
voir la publicationMetabolic Investigation of the Mycoplasmas from the Swine Respiratory Tract
JOBIM 2016 .
Poster
voir la publicationA Combinatorial Algorithm for Microbial Consortia Synthetic Design
Scientific Reports .
DOI: 10.1038/srep29182
Article dans une revue
voir la publicationA Polynomial Delay Algorithm for Enumerating Minimal Dominating Sets in Chordal Graphs
WG 2015: Graph-Theoretic Concepts in Computer Science . : 138-153
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationAncestral Reconstruction: Theory and Practice
Encyclopedia of Evolutionary Biology . : 70–77
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationOxygen isotope fractionation between bird eggshell calcite and body water: application to fossil eggs from Lanzarote (Canary Islands)
The Science of Nature Naturwissenschaften . 103 ( 9-10 )
Article dans une revue
voir la publicationColib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads
GigaScience . 5 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationGenome-wide analysis identifies gain and loss/change of function within the small multigenic insecticidal Albumin 1 family of Medicago truncatula
BMC Plant Biology . 16 ( 1 ) : 63
Article dans une revue
voir la publicationNovel genomic island modifies DNA with 7-deazaguanine derivatives
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 113 : e1452-e1459
Article dans une revue
voir la publication