GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 361 à 390 sur 1402 au total
Microbiome intestinal ancien et problématiques médicales contemporaines
Médecine/Sciences . 33 : 984-990
Autre publication
voir la publicationOn the Evolution of Lactase Persistence in Humans
Annual Review of Genomics and Human Genetics . 18 ( 1 ) : 297-319
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voir la publicationSex-specific genetic diversity is shaped by cultural factors in Inner Asian human populations
American Journal of Physical Anthropology . 162 ( 4 ) : 627-640
DOI: 10.1002/ajpa.23151
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BioEssays . 39 ( 3 ) : 1600145
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Genome Biology and Evolution . 9 ( 10 ) : 2506-2509
DOI: 10.1093/gbe/evx178
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voir la publicationThe global impact of Wolbachia on mitochondrial diversity and evolution
Journal of Evolutionary Biology . 30 ( 12 ) : 2204-2210
DOI: 10.1111/jeb.13186
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voir la publicationThe Red Queen model of recombination hot-spot evolution: a theoretical investigation
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences .
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Phytochemistry Reviews . : 1-36
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Theoretical Computer Science . 658 : 391 - 398
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Palaeontology . : 1-15
DOI: 10.1111/pala.12311
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voir la publicationAnnotation and differential analysis of alternative splicing using de novo assembly of RNAseq data
DOI: 10.1101/074807
Pré-publication
voir la publicationThe growing tree of Archaea: new perspectives on their diversity, evolution and ecology
The International Society of Microbiologial Ecology Journal . 11 ( 11 ) : 2407-2425
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Current Biology . 27 ( 24 ) : 3864-3870.e4
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Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 114 ( 27 ) : 7067-7072
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Molecular Ecology . 26 ( 7 )
DOI: 10.1111/mec.13976
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voir la publicationTEtools facilitates big data expression analysis of transposable elements and reveals an antagonism between their activity and that of piRNA genes
Nucleic Acids Research . 45 : 13
DOI: 10.1093/nar/gkw953
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voir la publicationOn the rarity of dioecy in flowering plants
Molecular Ecology . 26 : 1225-1241
DOI: 10.1111/mec.14020
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voir la publicationIn vivo binding of PRDM9 reveals interactions with noncanonical genomic sites
Genome Research . 27 ( 4 ) : 580-590
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eLife . 6 : e27344
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Algorithms for Molecular Biology . 12 ( 1 ) : 2
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BMC Systems Biology . 11 : 1-9
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WG 2017 - 43rd International Workshop on Graph-Theoretic Concepts in Computer Science . 10520 : 18-31
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PLoS ONE . 12 : e0174250
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Isotopes in Environmental and Health Studies . 53 ( 3 ) : 223-242
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Scientific Reports . 7 : 45326
DOI: 10.1038/srep45326
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Metallomics . 9 ( 5 ) : 575-583
DOI: 10.1039/c7mt00063d
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Mobile DNA . 8 : 7
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Peer Community In Evolutionary Biology .
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Molecular Ecology . 26 ( 7 ) : 2063-2076
DOI: 10.1111/mec.13892
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Nature . 546 ( 7656 ) : 148-152
DOI: 10.1038/nature22380
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