Equipe Génomique Evolutive et Fonctionnelle
Membres
Stagiaire
CNRS
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 26 23 44 74
Stagiaire
HCL
Doctorant
UCBL
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 13 44
Doctorant
UCBL
Doctorant
CNRS
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
Stagiaire
UCBL
Stagiaire
UCBL
Au sein de l'équipe « Génomique évolutive fonctionnelle », l'un de nos principaux objectifs est de comprendre la base génomique de l'évolution phénotypique. Nous sommes particulièrement intéressés par les événements convergents d'évolution phénotypique. Nous étudions un large éventail de traits phénotypiques, y compris les traits morphologiques, sensoriels et physiologiques. Notre objectif est d'identifier les changements génomiques qui accompagnent l'évolution phénotypique. Nous cherchons également à caractériser les processus évolutifs qui sous-tendent les changements phénotypiques, en recherchant des exemples de sélection positive spécifique à une lignée ou de relâchement de la sélection purificatrice.
Nous étudions à la fois l'évolution des gènes codant pour les protéines et l'évolution de l'ADN non codant, en particulier les éléments régulateurs qui contrôlent l'expression des gènes. Nous visons à développer de nouvelles méthodes à cette fin et nous nous appuyons sur l'inférence statistique, y compris l'apprentissage profond.
Publications
Affichage des publications 31 à 60 sur 136 au total
Long-range promoter–enhancer contacts are conserved during evolution and contribute to gene expression robustness
Genome Research . 32 ( 2 ) : 280-296
Article dans une revue
voir la publicationComparison of developmental genome expression in rodent molars reveals extensive developmental system drift
Pré-publication
voir la publicationA Codon Model for Associating Phenotypic Traits with Altered Selective Patterns of Sequence Evolution
Systematic Biology . 70 ( 3 ) : 608-622
Article dans une revue
voir la publicationPredicted effects of summer holidays and seasonality on the SARS-Cov-2 epidemic in France
medRxiv : the preprint server for health sciences .
Pré-publication
voir la publicationTreerecs: an integrated phylogenetic tool, from sequences to reconciliations.
Bioinformatics . 36 ( 18 ) : 4822-4824
Article dans une revue
voir la publicationReconciling Gene trees with Species Trees
Phylogenetics in the Genomic Era . : 3.2:1--3.2:23
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationAncestral Genome Organization as a Diagnosis Tool for Phylogenomics
Phylogenetics in the Genomic Era . : 2.5:1--2.5:19
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationDGINN, an automated and highly-flexible pipeline for the detection of genetic innovations on protein-coding genes
Nucleic Acids Research . 48 ( 18 ) : e103-e103
DOI: 10.1093/nar/gkaa680
Article dans une revue
voir la publicationPhylogenomics and Genome Annotation
Phylogenetics in the Genomic Era . : 4.1:1--4.1:26
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationQuand les branches de l’arbre du vivant s’entremêlent
Pour la science .
DOI: 10.3917/pls.506.0056
Article dans une revue
voir la publicationComparative Transcriptomics Analyses across Species, Organs, and Developmental Stages Reveal Functionally Constrained lncRNAs
Molecular Biology and Evolution .
Article dans une revue
voir la publicationTracing Human Ancestral Migrations Using Symbiotic Bacteria
Groupe des Méthodes Pluridisciplinaires Contribuant à l'Archéologie (GMPCA) .
Acte de congrès
voir la publicationGC-biased gene conversion conceals the prediction of the nearly neutral theory in avian genomes
Genome Biology . 20 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationCAARS: comparative assembly and annotation of RNA-Seq data
Bioinformatics . 35 ( 13 ) : 2199-2207
Article dans une revue
voir la publicationDetecting adaptive convergent amino acid evolution
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 374 ( 1777 ) : 1-11
Article dans une revue
voir la publicationGene transfers can date the tree of life
Nature Ecology & Evolution . 2 ( 5 ) : 904-909
Article dans une revue
voir la publicationUnbiased Estimate of Synonymous and Nonsynonymous Substitution Rates with Nonstationary Base Composition
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 3 ) : 734-742
Article dans une revue
voir la publicationRecPhyloXML: a format for reconciled gene trees
Bioinformatics . 34 ( 21 ) : 3646-3652
Article dans une revue
voir la publicationLife History Traits Impact the Nuclear Rate of Substitution but Not the Mitochondrial Rate in Isopods
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 12 ) : 2900-2912
Article dans une revue
voir la publicationBiodiversité, évolution et fonctionnement des écosystèmes
Les Cahiers des prospectives . hors série : 25-33.
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationMareyMap online: A user-friendly web application and database service for estimating recombination rates using physical and genetic maps
Genome Biology and Evolution . 9 ( 10 ) : 2506-2509
DOI: 10.1093/gbe/evx178
Article dans une revue
voir la publicationTranscriptomic signatures shaped by cell proportions shed light on comparative developmental biology
Genome Biology . 18 : 29
Article dans une revue
voir la publicationTranscriptional response to hepatitis C virus infection and interferon-alpha treatment in the human liver
EMBO Molecular Medicine . 9 : 816-834
Article dans une revue
voir la publicationAncestral Genome Estimation Reveals the History of Ecological Diversification in Agrobacterium
Genome Biology and Evolution . 9 ( 12 ) : 3413 - 3431
DOI: 10.1093/gbe/evx255
Article dans une revue
voir la publicationMaxTiC: Fast Ranking Of A Phylogenetic Tree By Maximum Time Consistency With Lateral Gene Transfers
DOI: 10.1101/127548
Autre publication
voir la publicationIntegrative modeling of gene and genome evolution roots the archaeal tree of life
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 114 ( 23 ) : E4602-E4611
Article dans une revue
voir la publicationThe fitness cost of mis-splicing is the main determinant of alternative splicing patterns
Genome Biology . 18 : 208
Article dans une revue
voir la publication