Equipe Génomique Evolutive et Fonctionnelle

Membres

Au sein de l'équipe « Génomique évolutive fonctionnelle », l'un de nos principaux objectifs est de comprendre la base génomique de l'évolution phénotypique. Nous sommes particulièrement intéressés par les événements convergents d'évolution phénotypique. Nous étudions un large éventail de traits phénotypiques, y compris les traits morphologiques, sensoriels et physiologiques. Notre objectif est d'identifier les changements génomiques qui accompagnent l'évolution phénotypique. Nous cherchons également à caractériser les processus évolutifs qui sous-tendent les changements phénotypiques, en recherchant des exemples de sélection positive spécifique à une lignée ou de relâchement de la sélection purificatrice.

Nous étudions à la fois l'évolution des gènes codant pour les protéines et l'évolution de l'ADN non codant, en particulier les éléments régulateurs qui contrôlent l'expression des gènes. Nous visons à développer de nouvelles méthodes à cette fin et nous nous appuyons sur l'inférence statistique, y compris l'apprentissage profond.

Publications

Affichage des publications 61 à 90 sur 136 au total

Less effective selection leads to larger genomes

Tristan Lefébure, Claire Morvan, Florian Malard, Clémentine François, Lara Konecny-Dupré, Laurent Guéguen...

Genome Research . 27 : 1016-1028

DOI: 10.1101/gr.212589.116

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Dating with transfers

Adrián Davín, Gergely J Szöllosi, Eric Tannier, Bastien Boussau, Vincent Daubin

Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques .

Acte de congrès

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SENCA: A Multilayered Codon Model to Study the Origins and Dynamics of Codon Usage

F. Pouyet, M. Bailly-Bechet, Dominique Mouchiroud, Laurent Guéguen

Genome Biology and Evolution . 8 : 2427-41

DOI: 10.1093/gbe/evw165

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Gene Acquisitions from Bacteria at the Origins of Major Archaeal Clades Are Vastly Overestimated

Mathieu Groussin, Bastien Boussau, Gergely J Szollosi, Laura Eme, Manolo Gouy, Céline Brochier-Armanet...

Molecular Biology and Evolution . 33 ( 2 ) : 305 - 310

DOI: 10.1093/molbev/msv249

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Efficient gene tree correction guided by genome evolution

Emmanuel Noutahi, Magali Semeria, Manuel Lafond, Jonathan Seguin, Bastien Boussau, Laurent Guéguen...

PLoS ONE . 11 ( 8 ) : e0159559 (22 pages)

DOI: 10.1371/journal.pone.0159559

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Control of Hoxd gene transcription in the mammary bud by hijacking a preexisting regulatory landscape

R. Schep, A. Necsulea, E. Rodriguez-Carballo, I. Guerreiro, G. Andrey, T.H. Nguyen Huynh...

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 113 ( 48 ) : e7720-e7729

DOI: 10.1073/pnas.1617141113

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Breaking Good: Accounting for Fragility of Genomic Regions in Rearrangement Distance Estimation

Priscila Biller, Laurent Guéguen, Carole Knibbe, Eric Tannier

Genome Biology and Evolution . 8 ( 5 ) : 1427-1439

DOI: 10.1093/gbe/evw083

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A role for HOX13 proteins in the regulatory switch between TADs at the HoxD locus

L. Beccari, N. Yakushiji-Kaminatsui, J. M. Woltering, A. Necsulea, N. Lonfat, E. Rodriguez-Carballo...

Genes and Development . 30 : 1172-86

DOI: 10.1101/gad.281055.116

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RevBayes: Bayesian Phylogenetic Inference Using Graphical Models and an Interactive Model-Specification Language

S. Hohna, M. J. Landis, T. A. Heath, Bastien Boussau, Nicolas Lartillot, B. R. Moore...

Systematic Biology . 65 : 726-36

DOI: 10.1093/sysbio/syw021

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Response to Comment on "Statistical binning enables an accurate coalescent-based estimation of the avian tree

S. Mirarab, M. Bayzid, B. Boussau, T. Warnow

Science . 350 ( 6257 ) : 171-171

DOI: 10.1126/science.aaa7719

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The inference of gene trees with species trees

Gergely Szöllősi, Eric Tannier, Vincent Daubin, Bastien Boussau

Systematic Biology . 64 ( 1 ) : e42-e62

DOI: 10.1093/sysbio/syu048

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Weighted Statistical Binning: Enabling Statistically Consistent Genome-Scale Phylogenetic Analyses

Md Shamsuzzoha Bayzid, Siavash Mirarab, Bastien Boussau, Tandy Warnow

PLoS ONE . 10 ( 6 ) : e0129183

DOI: 10.1371/journal.pone.0129183

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Assessing Approaches for Inferring Species Trees from Multi-Copy Genes

Ruchi Chaudhary, Bastien Boussau, J. Gordon Burleigh, David Fernández-Baca

Systematic Biology . 64 ( 2 ) : 325-339

DOI: 10.1093/sysbio/syu128

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Assessing Recent Selection and Functionality at Long Noncoding RNA Loci in the Mouse Genome

R. A. Wiberg, D. L. Halligan, R. W. Ness, A. Necsulea, H. Kaessmann, P. D. Keightley

Genome Biology and Evolution . 7 : 2432-44

DOI: 10.1093/gbe/evv155

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Probabilistic modeling of the evolution of gene synteny within reconciled phylogenies

Magali Semeria, Eric Tannier, Laurent Guéguen

BMC Bioinformatics . 16 ( Suppl 14 ) : S5

DOI: 10.1186/1471-2105-16-S14-S5

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Genome-scale phylogenetic analysis finds extensive gene transfer among fungi

G.J. Szollosi, Adrián Arellano Davin, Eric Tannier, Vincent Daubin, Bastien Boussau

Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990) . 370 : 20140335 (11 pages)

DOI: 10.1098/rstb.2014.0335

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Probabilistic Graphical Model Representation in Phylogenetics

S. Höhna, Ta. Heath, Bastien Boussau

Systematic Biology . 63 ( 5 ) : 753-771

DOI: 10.1093/sysbio/syu039

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Whole-genome analyses resolve early branches in the tree of life of modern birds.

Erich Jarvis, Siavash Mirarab, Andre Aberer, Bo Li, Peter Houde, Cai Li...

Science . 346 ( 6215 ) : 1320-31

DOI: 10.1126/science.1253451

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Evidence for GC-biased gene conversion as a driver of between-lineage differences in avian base composition

Claudia C. Weber, Bastien Boussau, Jonathan Romiguier, Erich D. Jarvis, H. Ellegren

Genome Biology . 15 : 549

DOI: 10.1186/s13059-014-0549-1

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Statistical binning enables an accurate coalescent-based estimation of the avian tree

Siavash Mirarab, Md. Shamsuzzoha Bayzid, Bastien Boussau, Tandy Warnow

Science . 346 ( 6215 ) : 1250463

DOI: 10.1126/science.1250463

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Strepsiptera, Phylogenomics and the Long Branch Attraction Problem

Bastien Boussau, Z. Walton, Ja. Delgado, F. Collantes, L. Beani, Ij. Stewart...

PLoS ONE . 9 : e107709

DOI: 10.6084/m9.figshare.1040412

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The molecular signal for the adaptation to cold temperature during early life on Earth

Mathieu Groussin, Bastien Boussau, Sandrine Charles, Samuel Blanquart, Manolo Gouy

Biology Letters . 9 ( 5 ) : 20130608

DOI: 10.1098/rsbl.2013.0608

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Duplication, Rearrangement and Reconciliation: A Follow-Up 13 Years Later

Cedric Chauve, Nadia El-Mabrouk, Laurent Gueguen, Magali Semeria, Eric Tannier

Models and Algorithms for Genome Evolution . 19 : 47-62

Chapitre d'ouvrage

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Efficient Exploration of the Space of Reconciled Gene Trees.

Gergely J Szöllosi, Wojciech Rosikiewicz, Bastien Boussau, Eric Tannier, Vincent Daubin

Systematic Biology . 62 ( 6 ) : 901-912

DOI: 10.1093/sysbio/syt054

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Genome-scale coestimation of species and gene trees.

Bastien Boussau, Gergely J Szöllosi, L. Duret, Manolo Gouy, Eric Tannier, Vincent Daubin

Genome Research . 23 ( 2 ) : 323-330

DOI: 10.1101/gr.141978.112

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Bio++ : Efficient Extensible Libraries and Tools for Computational Molecular Evolution

Laurent Gueguen, Sylvain Gaillard, Bastien Boussau, Manolo Gouy, Mathieu Groussin, Nicolas C. Rochette...

Molecular Biology and Evolution . 30 ( 8 ) : 1745 - 1750

DOI: 10.1093/molbev/mst097

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Cellular Source and Mechanisms of High Transcriptome Complexity in the Mammalian Testis

M. Soumillon, A. Necsulea, M. Weier, D. Brawand, X. Zhang, H. Gu...

Cell Reports . 3 ( 6 ) : 2179-2190

DOI: 10.1016/j.celrep.2013.05.031

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A Branch-Heterogeneous Model of Protein Evolution for Efficient Inference of Ancestral Sequences

M. Groussin, Bastien Boussau, Manolo Gouy

Systematic Biology . 62 ( 4 ) : 523-538

DOI: 10.1093/sysbio/syt016

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