Equipe Génomique Evolutive et Fonctionnelle

Membres

Au sein de l'équipe « Génomique évolutive fonctionnelle », l'un de nos principaux objectifs est de comprendre la base génomique de l'évolution phénotypique. Nous sommes particulièrement intéressés par les événements convergents d'évolution phénotypique. Nous étudions un large éventail de traits phénotypiques, y compris les traits morphologiques, sensoriels et physiologiques. Notre objectif est d'identifier les changements génomiques qui accompagnent l'évolution phénotypique. Nous cherchons également à caractériser les processus évolutifs qui sous-tendent les changements phénotypiques, en recherchant des exemples de sélection positive spécifique à une lignée ou de relâchement de la sélection purificatrice.

Nous étudions à la fois l'évolution des gènes codant pour les protéines et l'évolution de l'ADN non codant, en particulier les éléments régulateurs qui contrôlent l'expression des gènes. Nous visons à développer de nouvelles méthodes à cette fin et nous nous appuyons sur l'inférence statistique, y compris l'apprentissage profond.

Publications

Affichage des publications 91 à 120 sur 136 au total

Mechanisms and Evolutionary Patterns of Mammalian and Avian Dosage Compensation

Philippe Julien, David Brawand, Magali Soumillon, Anamaria Necsulea, Angélica Liechti, Frédéric Schütz...

PLoS Biology . 10 ( 5 ) : e1001328

DOI: 10.1371/journal.pbio.1001328

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Phylogenetic modeling of lateral gene transfer reconstructs the pattern and relative timing of speciations.

Gergely J Szöllosi, Bastien Boussau, Sophie S Abby, Eric Tannier, Vincent Daubin

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 109 ( 43 ) : 17513-17518

DOI: 10.1073/pnas.1202997109

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Accurate Estimation of Substitution Rates with Neighbor-Dependent Models in a Phylogenetic Context

Jean Bérard, Laurent Guéguen

Systematic Biology . 61 ( 3 ) : 510-521

DOI: 10.1093/sysbio/sys024

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Fast and robust characterization of time-heterogeneous sequence evolutionary processes using substitution mapping.

Jonathan Romiguier, Emeric Figuet, Nicolas Galtier, Emmanuel J.P. Douzery, Bastien Boussau, Julien y Dutheil...

PLoS ONE . 7 ( 3 ) : e33852

DOI: 10.1371/journal.pone.0033852

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Efficient selection of branch-specific models of sequence evolution.

Julien y Dutheil, Nicolas Galtier, Jonathan Romiguier, Emmanuel J.P. Douzery, Vincent Ranwez, Bastien Boussau

Molecular Biology and Evolution . 29 ( 7 ) : 1861-1874

DOI: 10.1093/molbev/mss059

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A Phylogenomic Approach to Vertebrate Phylogeny Supports a Turtle-Archosaur Affinity and a Possible Paraphyletic Lissamphibia

Jj. Fong, Jm. Brown, Mk. Fujita, Bastien Boussau

PLoS ONE . 7 : e48990

DOI: 10.1371/journal.pone.0048990

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Evolution of gene neighborhoods within reconciled phylogenies

Sèverine Bérard, Coralie Gallien, Bastien Boussau, Gergely J Szöllosi, Vincent Daubin, Eric Tannier

Bioinformatics . 28 ( 18 ) : i382-i388

DOI: 10.1093/bioinformatics/bts374

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The evolution of gene expression levels in mammalian organs

David Brawand, Magali Soumillon, Anamaria Necsulea, Philippe Julien, Gábor Csárdi, Patrick Harrigan...

Nature . 478 ( 7369 ) : 343-348

DOI: 10.1038/nature10532

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Genomic Species Are Ecological Species as Revealed by Comparative Genomics in Agrobacterium tumefaciens

Florent Lassalle, Tony Campillo, Ludovic Vial, Jessica Baude, Denis Costechareyre, David Chapulliot...

Genome Biology and Evolution . 3 ( 3 ) : 762-781

DOI: 10.1093/gbe/evr070

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Meiotic recombination favors the spreading of deleterious mutations in human populations

Anamaria Necsulea, L. Duret, Alexandra Popa, David N. Cooper, Peter Stentson, Dominique Mouchiroud...

Human Mutation . 32 ( 2 ) : 198-206

DOI: 10.1002/humu.21407

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La notion d'espèce en écologie microbienne

T. Campillo, Malek Shams, Sally Burr, Martha Helena Ramírez-Bahena, Florent Lassalle, Franck Bertolla...

1er Colloque National d'Ecologie Scientifique .

Acte de congrès

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Toward an ecological concept for bacterial species in Agrobacterium

Tony Campillo, Florent Lassalle, M. Shams, Martha Helena Ramírez-Bahena, Jessica Baude, Celine Lavire...

12th International Conference on Plant Pathogenic Bacteria .

Acte de congrès

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Identification de fonctions « spécifiques d'espèce » impliquées dans l'individualisation en écovar de l’espèce G8 du complexe Agrobacterium tumefaciens

Florent Lassalle, Daniel Muller, Denis Costechareyre, David Chapulliot, Celine Lavire, Laurent Guéguen...

Journées des Microbiologistes de l'INRA .

Acte de congrès

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Computing the likelihood of sequence segmentation under Markov modelling

Laurent Guéguen

Pré-publication

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A Mixture Model and a Hidden Markov Model to Simultaneously Detect Recombination Breakpoints and Reconstruct Phylogenies

Bastien Boussau, Laurent Guéguen, Manolo Gouy

Evolutionary Bioinformatics . 5 : 67-79

DOI: 10.4137/EBO.S2242

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Genomes as documents of evolutionary history

Bastien Boussau, Vincent Daubin

Trends in Ecology & Evolution . 1192 : 1-9

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Complete genome of the cellulolytic thermophile Acidothermus cellulolyticus 11B provides insights into its ecophysiological and evolutionary adaptations

Ravi D. Barabote, Gary Xie, David H. Leu, Philippe Normand, Anamaria Necsulea, Vincent Daubin...

Genome Research . ( 19 ) : 1033-1043

DOI: 10.1101/gr.084848.108

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Monoallelic expression and tissue specificity are associated with high crossover rates

A. Necşulea, M. Sémon, L. Duret, L.D. Hurst

Trends in Genetics . 25(12) : 519-522

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The relationship between DNA replication and human genome organization.

Anamaria Necsulea, Claire Guillet, Jean-Charles Cadoret, Marie-Noëlle Prioleau, L. Duret

Molecular Biology and Evolution . 26 ( 4 ) : 729-741

DOI: 10.1093/molbev/msn303

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The fate of the duplicated androgen receptor in fishes: a late neofunctionalization event ?

Véronique Douard, Frédéric Brunet, Bastien Boussau, Isabelle Ahrens-Fath, Virginie Vlaeminck-Guillem, Bernard Haendler...

BMC Evolutionary Biology . 8:336 : 1-19

DOI: 10.1186/1471-2148-8-336

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Etude des patrons d`évolution asymétrique dans les séquences d`ADN

A. Necşulea

incollection . -- : 476-482

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The heterochromatic copies of the LTR retrotransposons as a record of the genomic events that have shaped the Drosophila melanogaster genome

N. Mugnier, Laurent Guéguen, Cristina Vieira, C. Biémont

Gene . 411 : 87-93

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Mesophilic crenarchaeota: proposal for a third archaeal phylum, the Thaumarchaeota.

Céline Brochier-Armanet, Bastien Boussau, Simonetta Gribaldo, Patrick Forterre

Nature Reviews Microbiology . 6 ( 3 ) : 245-252

DOI: 10.1038/nrmicro1852

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Accounting for horizontal gene transfers explains conflicting hypotheses regarding the position of aquificales in the phylogeny of Bacteria

Bastien Boussau, Laurent Guéguen, Manolo Gouy

BMC Evolutionary Biology . 8 : 272-272

DOI: 10.1186/1471-2148-8-272

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Non-homogeneous models of sequence evolution in the Bio++ suite of libraries and programs

J. Dutheil, Bastien Boussau

BMC Evolutionary Biology . 8:255 : 31-42

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Etude des patrons d'évolution asymétrique dans les séquences d'ADN

Anamaria Necsulea

Thèse

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