Equipe Ecologie Quantitative et Evolutive des Communautés
Membres
Doctorante
UCBL
Professeure des universités
VetAgro-Sup
Tél : 33 04 72 43 27 56
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 27 57
Doctorant
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorante
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Stagiaire
UCBL
Professeur des universités
UCBL
Tél : 33 04 72 43 27 56
Professeur des universités
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 27 56
Attaché temporaire à l'enseignement et à la recherche
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 02
Maître de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 02
Nos activités de recherche, centrées sur les interactions interspécifiques (écologie des communautés) visent à mieux comprendre les processus écologiques et évolutifs structurant les assemblages d’espèces et la biodiversité à différentes échelles temporelles et spatiales. Notre équipe aborde ces questions majeures à l’aide de modèles biologiques contrastés (communautés de grands mammifères africains, d’insectes, microbiote, plantes) sous 3 angles complémentaires :
- Nos travaux sont fortement ancrés dans le cadre conceptuel de la biologie évolutive en étudiant (i) la diversité des réponses adaptatives mises en œuvre par les organismes face aux pressions sélectives de leur environnement, (ii) leurs conséquences sur la démographie des populations et à terme (iii) la dynamique et la composition des communautés d’espèces.
- Notre recherche est étroitement liée à des questions sociétales de conservation et de gestion de la biodiversité en intégrant à la fois le fonctionnement des systèmes socio-écologiques et le contexte du changement climatique. Nous menons des études expérimentales, gérons et assurons le suivi à long terme de plusieurs réseaux d’observation de communautés.
- La problématique méthodologique occupe également une place centrale dans notre équipe, avec le développement de nouveaux outils de traitement statistique et de modélisation de données écologiques. Cette activité conduit à l’élaboration de méthodes et logiciels que nous développons et distribuons librement.
Les programmes de recherche de l’équipe:
Le fonctionnement des communautés des savanes africaines
Le programme de recherches interdisciplinaires à long terme mené dans la Zone Atelier Hwange, au Zimbabwe, s’intéresse au fonctionnement des communautés animales et végétales au sein du parc national de Hwange et aux interactions entre cette aire protégée et les humains vivant à sa périphérie. Les recherches s’articulent autour de trois axes : (1) Dynamique de la population d’éléphants et effets de celle-ci et de sa gestion sur le fonctionnement du socio-écosystème ; (2) Interactions au sein et entre niveaux trophiques et réponses de ces interactions aux actions de gestion (e.g. chasse sportive, gestion de l’eau) et aux changements climatiques ; (3) Ecologie humaine et mécanismes de coexistence humains-faune sauvage pour une conservation intégrée et un fonctionnement durable du socio-écosystème. Ces recherches sont complétées par des travaux plus récents dans le parc de Hluhluwe-iMfolozi et la réserve de Madikwe, en Afrique du Sud, qui portent sur le rôle des conditions environnementales sur le succès de chasse des grands carnivores africains. Nous travaillons en collaboration étroite avec l’IRL (International Research Lab) Rehabs.
Membres de l’équipe impliqués : Alice Bernard, Laura Lacomme, Aïssa Morin, Lisa Nicvert, Elie Pedarros, Yolan Richard, Marion Valeix*
La reproduction des plantes pérennes : comprendre ses mécanismes et ses conséquences à l'échelle des communautés
La reproduction des plantes pérennes est souvent caractérisée par des fructifications hautement fluctuantes dans le temps et synchronisées à l’échelle de la population (masting). Nos suivis interannuels menés sur les chênes tempérés (Quercus spp), combinés à des travaux de modélisation, visent à mieux comprendre les causes proximales et évolutives du masting et à proposer des scenarii sur le devenir de la régénération des chênaies dans le contexte du changement climatique (Programme ANR ‘FOREPRO’). Le masting a d’importants effets en cascade (dynamiques et assemblage des espèces de plantes pérennes, de consommateurs de graines -insectes, oiseaux, mammifères-, jusqu’à l’épidémiologie de certaines maladies humaines). La modélisation explicite du masting nous permettra alors d’évaluer certaines des conséquences écosystémiques du changement climatique dans les forêts de régions tempérées. Ce programme, piloté par notre équipe, se développe en collaboration avec deux autres équipes du département d’écologie évolutive (Ecoépidémiologie Evolutionniste, Biodémographie Evolutive), trois Universités (Montpellier-CNRS-, Bordeaux-INRAE-, Paris-Saclay) et l’Office National des Forêts.
Membres de l’équipe impliqués : Marie-Claude Bel-Venner*, Emilie Fleurot, Léa Keurinck, Jean Lobry, Samuel Venner
La propagation des gènes d’antibiorésistance chez les bactéries
L’antibiorésistance est reconnue comme l'une des plus grandes menaces actuelles pour la santé humaine, et les éléments génétiques mobiles (MGEs) qui circulent dans les populations et communautés bactériennes en sont les principaux véhicules. Pour comprendre la dynamique et la diversité des MGEs dans les pangénomes bactériens et l’émergence des gènes d’antibiorésistance, nous proposons de dépasser le cadre de la génomique conventionnelle en considérant les pangénomes comme des communautés écologiques complexes. Dans le programme Ab-One, nous mobilisons les concepts et outils développés en écologie des communautés en nous appuyant sur une approche intégrative (suivis de populations/communautés bactériennes évoluant dans des environnements contrastés -approches One-Health-, analyses pangénomiques, expérimentation en microbiologie moléculaire et cellulaire, modélisation mathématique). Ce programme est actuellement centré sur la dynamique des MGEs chez Acinetobacter baumannii, un micro-organisme antibiorésistant classé prioritaire par l'OMS. D’autres approches plus généralistes illustreront la pertinence de ce nouveau cadre conceptuel pour comprendre la dynamique et diversité des MGEs dans les pangénomes bactériens. Ce programme, co-piloté par notre équipe et une équipe du CIRI (Horigene) implique la participation de 9 organismes (6 lyonnais -LBBE, CIRI, MMSB, HCL, LEM, VetAgro Sup-, Institut Pasteur (Paris), LMGM (Toulouse), Robert Koch Institut (Allemagne)).
Membres de l’équipe impliqués : Stéphane Dray, Rémi Tuffet, Samuel Venner*
L’analyse statistique de données écologiques
L’étude de la structure et de la dynamique des assemblages d’espèces et la compréhension des processus qui en sont à l’origine nécessite la collecte de données dont la nature se complexifie avec les développements technologiques pour leur acquisition (e.g. GPS, loggers, imagerie satellite, données moléculaires). Les méthodes d'analyse de ces données offrent de nouvelles perspectives sur les processus écologiques à l'œuvre dans les communautés. Les méthodes d’analyse multivariée permettent ainsi d’analyser les structures spatiales, en intégrant des informations sur les espèces (traits fonctionnels, morphologie, phylogénie), la variation spatio-temporelle des relations espèces-environnement ou sur la diversité de la perception de la relation hommes-aires protégées. Nous modélisons aussi des données multi-’omiques’ de type dose-réponse au sein des communautés afin de mieux comprendre les chemins des effets adverses (Adverse Outcome Pathway) et mieux en apprécier les risques pour l’environnement. Ces innovations méthodologiques sont mises à la disposition de la communauté scientifique à travers le développement, la distribution et la maintenance de logiciels (librairies pour le langage R : ade4 , adegraphics , adephylo , ade4TkGUI , nlstools , fitdistrplus , DRomics , seqinr ).
Membres de l’équipe impliqués : Marie Laure Delignette-Muller, Stéphane Dray*, Jean Lobry, Jean Thioulouse.
Publications
Affichage des publications 511 à 540 sur 557 au total
Relation between the generation time and the lag time of bacterial growth kinetics
International Journal of Food Microbiology . 43 : 97-104
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voir la publicationIdentification of soil factors that relate to the structure of the plant parasitic nematode community
Applied Soil Ecology . 8 : 35-49
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voir la publicationEcology of larval mosquitoes with special reference to Anopheles arabiensis (Diptera: Culcidae) in market-garden wells in urban Dakar Senegal
Journal of Medical Entomology . 35 : 948-955
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voir la publicationADE-4 Software: a tool for multivariate analysis and graphical display
Océanis : Série de documents océanographiques . 24 ( 4 ) : 393-416
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationInfluence of genomic G+C content on average amino-acid composition of proteins from 59 bacterial species
Gene . 205 : 309-316
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voir la publicationRelationships between genomic G+C content RNA secondary structures and optimal growth temperature in prokaryotes
Journal of Molecular Evolution . 44 : 632-636
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voir la publicationFunctional data analysis of curve asymmetry with application to the color pattern of Hydropsyche contubernalis head capsule
Biometrics . 53 : 294-305
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voir la publicationADE-4: a multivariate analysis and graphical display software
Statistics and Computing . 7 : 75-83
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voir la publicationNetMul a World-Wide Web user interface for multivariate analysis sofware
Computational Statistics and Data Analysis . 21 : 369-372
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voir la publicationApplication of a modified disc diffusion technique to antimicrobial susceptibility testing of Vibrio anguillarum and Aeromonas salmonicida clinical isolates
Veterinary Microbiology . 51 : 137-149
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voir la publicationOrigin of replication of Mycoplasma genitalium
Science . 272 : 745-746
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voir la publicationAsymmetric substitution patterns in the two DNA strands of bacteria
Molecular Biology and Evolution . 13 : 660-665
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voir la publicationOn-line tools for sequence retrieval and multivariate statistics in molecular biology
Computer Applications in the Biosciences . 12 : 63-69
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voir la publicationCorrespondence discriminant analysis: a multivariate method for comparing classes of protein and nucleic acid sequences
Computer Applications in the Biosciences . 12 : 519-524
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voir la publicationA simple vectorial representation of DNA sequences for the detection of replication origins in bacteria
Biochimie . 78 : 323-326
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voir la publicationTowards Better Graphics for Multivariate Analysis: the Interactive Factor Map
Computational Statistics and Data Analysis . 11 : 11-21
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voir la publicationCo-inertia analysis of amino-acid physico-chemical properties and protein composition with the ADE package
Bioinformatics . 11 : 321-329
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voir la publicationProperties of a general model of DNA evolution under no-strand-bias conditions
Journal of Molecular Evolution . 40 : 326-330
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voir la publicationConvenient Model To Describe the Combined Effects of Temperature and pH on Microbial Growth
Applied and Environmental Microbiology . 61 : 610-616
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voir la publicationDE software: multivariate analysis and graphical display of environmental data
incollection . -- : 57-62
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voir la publicationMultivariate analysis of spatial patterns: a unified approach to local and global structures
Environmental and Ecological Statistics . 2 : 1-14
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voir la publicationHydrophobicity expressivity and aromaticity are the major trends of amino-acid usage in 999 Escherichia coli chromosome-encoded genes
Nucleic Acids Research . 22 : 3174-3180
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voir la publicationChemometrical evaluation of multispecies-multichemical data by means of graphical techniques combined with multivariate analyses
Ecotoxicology and Environmental Safety . 26 : 333-345
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voir la publicationEvaluation of the Precision of Systematic Sampling : Nugget Effect and Covariogram Modelling
Journal of Microscopy . 172 : 249-256
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voir la publicationEvaluation of the precision of systematic sampling nugget effect and covariogram modelling
Journal of Microscopy . 172 ( 3 ) : 249-256
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voir la publicationAn unexpected correlation between cardinal temperatures of microbial growth highlighted by a new model
Journal of Theoretical Biology . 162 : 447-463
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voir la publicationMonod's bacterial growth model revisited
Bulletin of Mathematical Biology . 54(1) : 117-122
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voir la publicationMaintenance requirements of Escherichia coli ATCC 25922 in the presence of sub-inhibitory concentrations of various antibiotics
Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 29 : 121-127
Article dans une revue
voir la publicationA method for reciprocal scaling of species tolerance and sample diversity
Ecology . 73 : 670-680
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voir la publicationMultivariate Analysis of the Input and Output Data in the Fugacity Model Level I
incollection . -- : 281-345
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voir la publication