Equipe Baobab
Membres
Doctorante
INRIA
Doctorant
UCBL
Doctorant
UCBL
Ingénieur de recherche
INRIA
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 15 52
Stagiaire
UCBL
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 15 52
Technicienne
INRIA
Tél : 04 72 44 81 54
Professeur des universités
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Directrice de recherche
INRIA
Tél : 33 04 72 44 82 38
Doctorante
UCBL
Baobab est une équipe de recherche française du Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive, et en même temps représente le noyau d'une équipe de recherche européenne Inria appelée Erable. Outre les membres de Baobab, Erable compte ainsi des membres dans trois institutions en Italie (Université Sapienza et Université Luiss de Rome, et Université de Pise) et deux institutions aux Pays-Bas (CWI et Université Libre d'Amsterdam).
Baobab a deux grands ensembles d'objectifs de recherche qui couvrent actuellement quatre axes:
- Objectifs :
- Le premier est lié aux domaines d'expertise originaux de l'équipe, à savoir la modélisation combinatoire et statistique et les algorithmes, bien que plus récemment l'équipe ait également été rejointe par des membres issus de la biologie, y compris expérimentale.
- Le deuxième ensemble d'objectifs concerne son principal intérêt en Sciences de la Vie qui est de mieux comprendre les interactions entre les systèmes vivants et leur environnement. Cela inclut les interactions étroites et souvent persistantes entre deux systèmes vivants (symbiose), les interactions entre les systèmes vivants et les virus, et les interactions entre les systèmes vivants et les composés chimiques.
- Axes :
- la (pan)génomique et la transcriptomique en général,
- le métabolisme et la régulation (post)transcriptionnelle,
- la (co)evolution,
- la santé, en général, des systèmes vivants et de l'environnement.
Un objectif à plus long terme de l'équipe est de devenir capable dans certains cas de suggérer les moyens de contrôler ou de rétablir l'équilibre dans une communauté en interaction en agissant sur son environnement ou sur ses joueurs, comment ils jouent et qui joue.
Deux étapes majeures sont constamment impliquées dans la recherche effectuée par l'équipe: une première de modélisation (c'est-à-dire de traduction) d'un problème des Sciences de la Vie en un problème mathématique, et une seconde d'analyse et de conception d'algorithmes. Les algorithmes développés sont ensuite appliqués aux questions d'intérêt en Sciences de la Vie à partir de données issues de la littérature ou de collaborateurs. Plus récemment, grâce au recrutement de jeunes chercheuses et chercheurs (doctorants et post-doctorants) en biologie, l'équipe a pu commencer à faire des expérimentations et produire des données ou valider par elle-même certains des résultats obtenus.
D'un point de vue méthodologique, la principale caractéristique de l'équipe est de considérer qu'une fois qu'un modèle est sélectionné, les algorithmes pour explorer ce modèle doivent, dans la mesure du possible, être exacts dans la réponse apportée et exhaustifs lorsqu'il en existe plusieurs pour une interprétation plus précise des résultats. Plus récemment, l'équipe s'est intéressée à l'exploration de l'interface entre les algorithmes exacts d'une part et les algorithmes probabilistes ou statistiques d'autre part, tels qu'utilisés dans les approches d'apprentissage automatique. Plus particulièrement, l'équipe s'intéresse à l'étude d'un domaine de recherche appelé « apprentissage automatique interpretable » qui s'est développé plus récemment et à ses relations potentielles avec des approches combinatoires exactes.
En plus d'être au cœur d'une équipe européenne, Baobab possède un certain nombre d'autres collaborations au niveau international.
L’équipe Baobab est également fortement impliquée dans l'enseignement à l'Université de Lyon et à l'Insa-Lyon, ainsi que dans d'autres institutions de recherche en Europe, directement ou à travers les membres d'Erable qui ne sont pas en France.
Pour plus d'informations, vous pouvez également visiter le site de l'équipe Inria Erable ici : http://team.inria.fr/erable/fr/.
Publications
Affichage des publications 31 à 60 sur 308 au total
A General Framework for Enumerating Equivalence Classes of Solutions
ESA 2021 - 29th Annual European Symposium on Algorithms . : 1-14
Acte de congrès
voir la publicationDichloroacetate and Pyruvate Metabolism: Pyruvate Dehydrogenase Kinases as Targets Worth Investigating for Effective Therapy of Toxoplasmosis
MSphere . 6 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationA family of tree-based generators for bubbles in directed graphs
Journal of Graph Algorithms and Applications . 25 ( 1 ) : 549-562
DOI: 10.7155/jgaa.00572
Article dans une revue
voir la publicationA comprehensive evaluation of binning methods to recover human gut microbial species from a non-redundant reference gene catalog
NAR Genomics and Bioinformatics . 3 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationMaking Sense of a Cophylogeny Output: Efficient Listing of Representative Reconciliations
WABI 2021 - 21st International Workshop on Algorithms in Bioinformatics . : 1-18
Acte de congrès
voir la publicationAnswer Set Programming for Computing Constraints-Based Elementary Flux Modes: Application to Escherichia coli Core Metabolism
Processes . 8 ( 12 ) : 1649
DOI: 10.3390/pr8121649
Article dans une revue
voir la publicationCancer and Alzheimer’s disease: intracellular pH scales the metabolic disorders
Biogerontology . 21 ( 6 ) : 683-694
Article dans une revue
voir la publicationThermodynamic Approaches in Flux Analysis
Metabolic Flux Analysis in Eukaryotic Cells . : 359-367
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationEfficient hybrid de novo assembly of human genomes with WENGAN
Nature Biotechnology . 39 : 422–430
Article dans une revue
voir la publicationMOMO - multi-objective metabolic mixed integer optimization: application to yeast strain engineering
BMC Bioinformatics . 21 ( 1 ) : 1-13
Article dans une revue
voir la publicationA Family of Tree-Based Generators for Bubbles in Directed Graphs
IWOCA 2020 - 31st International Workshop on Combinatorial Algorithms . 12126 : 17-29
Acte de congrès
voir la publicationMOOMIN – Mathematical explOration of ’Omics data on a MetabolIc Network
Bioinformatics . 36 ( 2 ) : 514-523
Article dans une revue
voir la publicationMycoplasma hyopneumoniae J elicits an antioxidant response and decreases the expression of ciliary genes in infected swine epithelial cells
Scientific Reports . 10 ( 13707 )
Article dans une revue
voir la publicationInfluenza virus infection induces widespread alterations of host cell splicing
NAR Genomics and Bioinformatics . 2 ( 4 )
Article dans une revue
voir la publicationCapybara: equivalence ClAss enumeration of coPhylogenY event-BAsed ReconciliAtions
Bioinformatics . 36 ( 14 ) : 4197-4199
Article dans une revue
voir la publicationAlgorithms for the quantitative Lock/Key model of cytoplasmic incompatibility
Algorithms for Molecular Biology . : 1-16
Article dans une revue
voir la publicationClinical interpretation of variants identified in RNU4ATAC, a non-coding spliceosomal gene
PLoS ONE . 15 ( 7 ) : e0235655
Article dans une revue
voir la publicationA kinetic metabolic study of lipid production in Chlorella protothecoides under heterotrophic condition
Microbial Cell Factories . 18 ( 1 ) : 113
Article dans une revue
voir la publicationMetabolic therapies inhibit tumor growth in vivo and in silico
Scientific Reports . 9 ( 1 ) : 3153
Article dans une revue
voir la publicationModulating mitochondria horsepower for biotechnological applications
Metabolic Pathway Analysis 2019 .
Acte de congrès
voir la publicationUsing a hybrid approach to model central carbon metabolism across the cell cycle
International Workshop on Hybrid Systems Biology . 11705
Acte de congrès
voir la publicationExploring the Robustness of the Parsimonious Reconciliation Method in Host-Symbiont Cophylogeny
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . : 1-11
Article dans une revue
voir la publicationA Distance-based block searching algorithm
Third International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB-95) . 3 : 322-331
Acte de congrès
voir la publicationThe Perfect Matching Reconfiguration Problem
MFCS 2019 - 44th International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science . : 1-14
Acte de congrès
voir la publicationOn Bubble Generators in Directed Graphs
Algorithmica . : 1-19
Article dans une revue
voir la publicationEfficient enumeration of solutions produced by closure operations
Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science . : 1-30
Article dans une revue
voir la publicationNew insights into minor splicing-a transcriptomic analysis of cells derived from TALS patients
RNA . : 1-21
Article dans une revue
voir la publicationAdvances in Analyzing Virus-Induced Alterations of Host Cell Splicing
Trends in Microbiology . 27 ( 3 ) : 268-281
Article dans une revue
voir la publicationTranscriptome profiling of mouse samples using nanopore sequencing of cDNA and RNA molecules
Scientific Reports . 9 ( 1 ) : 14908
Article dans une revue
voir la publicationMetabolic Games
Frontiers in Applied Mathematics and Statistics . 5 : 1-13
Article dans une revue
voir la publication