GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
Peres Sabine
Professeur des universités
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Systems biology - Biological networks modelling
Metabolic Pathway Analysis
- Constraint-based modelling
- Logic programming
- Thermodynamics
Cancer metabolism
- Metabolic rerouting
- Dynamic modelling
- Metabolic therapies
Publications
Affichage des publications 1 à 30 sur 44 au total
Computing Thermodynamically Consistent Elementary Flux Modes with Answer Set Programming
CMSB 2024 - 22nd International Conference Computational Methods in Systems Biology . LNCS-14971 : 80-88
Acte de congrès
voir la publicationLogic programming-based Minimal Cut Sets reveal consortium-level therapeutic targets for chronic wound infections
npj Systems Biology and Applications . 10 ( 1 ) : 34
Article dans une revue
voir la publicationMinimal Cut Sets of a Consortium Model of P. aeruginosa and S. aureus Reveal New Cross-Feeding Interactions
Metabolic Pathway Analysis 2023 .
Acte de congrès
voir la publicationHybrid modelling to Solve Optimal Concentrations of Metabolites and Enzymes in Constraint-based modelling
BIOSTEC 2023 .
Acte de congrès
voir la publicationMod ́elisation m ́etabolique pour identifier de nouvelles strat ́egies de contrˆole des organismes vivants
Meetochondrie .
Acte de congrès
voir la publicationGeometric programming to Solve Optimal Concentrations of Metabolites and Enzymes in Constraint-based modelling
International Conference on System Biology .
Acte de congrès
voir la publicationSpecial Issue on “Frontiers in Connecting Steady-State and Dynamic Approaches for Modelling Cell Metabolic Behavior”
Processes . 10 ( 8 ) : 1612
DOI: 10.3390/pr10081612
Article dans une revue
voir la publicationHybrid metabolic modeling to identify new control strategies of living organisms
Hybrid models and methods in systems medicine .
Acte de congrès
voir la publicationAnswer set programming to compute constraint elementary flux modes
Computational Methods in System Biology .
Acte de congrès
voir la publicationAnswer set programming to compute constraint elementary flux modes.
Metabolic Pathway Analysis .
Acte de congrès
voir la publicationFine-tuning mitochondrial activity in Yarrowia lipolytica for citrate overproduction
Scientific Reports . 11 ( 1 ) : 878
Article dans une revue
voir la publicationCombining Kinetic and Constraint-Based Modelling to Better Understand Metabolism Dynamics
Processes . 9 ( 10 ) : 1701
DOI: 10.3390/pr9101701
Article dans une revue
voir la publicationAnswer Set Programming for Computing Constraints-Based Elementary Flux Modes: Application to Escherichia coli Core Metabolism
Processes . 8 ( 12 ) : 1649
DOI: 10.3390/pr8121649
Article dans une revue
voir la publicationCancer and Alzheimer’s disease: intracellular pH scales the metabolic disorders
Biogerontology . 21 ( 6 ) : 683-694
Article dans une revue
voir la publicationThermodynamic Approaches in Flux Analysis
Metabolic Flux Analysis in Eukaryotic Cells . : 359-367
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationA kinetic metabolic study of lipid production in Chlorella protothecoides under heterotrophic condition
Microbial Cell Factories . 18 ( 1 ) : 113
Article dans une revue
voir la publicationMetabolic therapies inhibit tumor growth in vivo and in silico
Scientific Reports . 9 ( 1 ) : 3153
Article dans une revue
voir la publicationModulating mitochondria horsepower for biotechnological applications
Metabolic Pathway Analysis 2019 .
Acte de congrès
voir la publicationUsing a hybrid approach to model central carbon metabolism across the cell cycle
International Workshop on Hybrid Systems Biology . 11705
Acte de congrès
voir la publicationThermodynamic constraints for identifying elementary flux modes
Biochemical Society Transactions . 46 ( 3 ) : 641-647
DOI: 10.1042/BST20170260
Article dans une revue
voir la publicationIdentifying Biomarkers of Wharton’s Jelly Mesenchymal Stromal Cells Using a Dynamic Metabolic Model: The Cell Passage Effect
Metabolites . 8 ( 1 ) : 18
Article dans une revue
voir la publicationMetabolic view of tumor growth: a kinetic model to screen potential therapeutic targets
Computational systems biology for cancer .
Acte de congrès
voir la publicationComputing EFMs consistent with equilibrium constants
Metabolic Pathway Analysis MPA 2017 .
Acte de congrès
voir la publicationHSM a reduced model of Central Carbon Metabolism: a dynamical approach
advances in Systems and Synthetic Biology .
Acte de congrès
voir la publicationHow important is thermodynamics for identifying elementary flux modes?
PLoS ONE . 12 ( 2 ) : e0171440
Article dans une revue
voir la publicationA dynamic metabolic flux analysis of ABE (acetone-butanol-ethanol) fermentation by Clostridium acetobutylicum ATCC 824, with riboflavin as a by-product
Biotechnology and Bioengineering . 114 ( 12 ) : 2907 - 2919
DOI: 10.1002/bit.26393
Article dans une revue
voir la publicationThe Redox Status of Cancer Cells Supports Mechanisms behind the Warburg Effect
Metabolites . 6 ( 4 ) : 12 p.
Article dans une revue
voir la publicationMinimality of Metabolic Flux Modes under Boolean Regulation Constraints
12th International Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics WCB’16 .
Acte de congrès
voir la publicationReprésentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie
IC2016 - Ingénierie des Connaissances .
Acte de congrès
voir la publicationReprésentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie
IC201: 27es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances .
Acte de congrès
voir la publication