COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Les systèmes vivants sont fortement intégrés, avec une multitude de niveaux d'organisation, allant des échelles moléculaires et intracellulaires aux écosystèmes. Les organismes complexes sont eux-mêmes des consortiums de macro et micro-organismes, qui travaillent avec leur hôte pour construire un individu. Pourtant, chacun de ces organismes peut fonctionner et évoluer à court terme selon sa propre logique, éventuellement en conflit avec d'autres niveaux supérieurs ou inférieurs, ou avec d'autres échelles de temps. L'idée autrefois répandue parmi les évolutionnistes selon laquelle la sélection naturelle aboutit à des organismes parfaitement adaptés à leur environnement est maintenant gravement compromise. Non seulement parce que, comme l'explique la reine rouge à Alice, il faut courir sans relâche pour garder sa place dans un environnement changeant, ou parce que l'histoire évolutive passée et le hasard limitent les possibilités d'adaptation actuelle, mais aussi parce que différents niveaux de sélection ont des intérêts qui sont généralement difficiles à concilier.
La coévolution multi-échelles repose les questions classiques de la biologie évolutive
Un exemple particulièrement intéressant est la question de la source des variations héréditaires. Le phénotype des organismes dans une population est influencé non seulement par les variations de leurs génomes nucléaires et mitochondriaux, dont la dynamique fait l'objet de la génétique des populations, mais aussi de plus en plus manifestement par le consortium de microbes et d'éléments génétiques qui constituent son microbiome et son virome. L'hologénome désigne cet assemblage complexe de matériels génétiques, qui obéissent à différentes règles de transmission et à différentes stratégies évolutives. La capacité des symbiotes à manipuler les phénotypes hôtes ou à interférer les uns avec les autres influence la dynamique évolutive de tous les acteurs d'une manière qui est encore mal comprise. De plus, de nouvelles questions se posent, comme l'importance de la co-adaptation dans ces systèmes et leurs conséquences sur le maintien de systèmes biologiques cohésifs.
- La symbiose: une réponse et une source de sélection divergente
En utilisant une variété d'approches combinant évolution expérimentale, données génomiques, fonctionnelles, phénotypiques et comportementales, nous visons à tester si la symbiose facilite la diversification et à caractériser les processus microévolutifs sous-jacents.
- Réseaux écologiques de transfert horizontal de gènes
Nous développons des méthodes originales de détection des transferts de gènes et nous étudions les facteurs qui influencent les voies de transfert de gènes chez les microbes mais aussi chez les insectes.
- L'interaction entre la symbiose, l'infection et l'immunité et ses conséquences évolutives
Nous essayons de comprendre l'interaction intime des hôtes avec des agents pathogènes, des symbiotes et des éléments transposables et comment elle affecte le phénotype étendu de l'hôte.
- Hérédité transgénérationnel et changements d'environnement
Nous essayons de déchiffrer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation rapide à l'environnement et de tester l'hérédité transgénérationnel des traits de forme physique.
- Conflits intragénomiques et démographie
Nous développons des modèles pour tester si les changements dans la démographie de l'hôte affectent la dynamique des éléments transposables.
- Le déterminisme de la convergence phénotypique
Nous étudions les bases génomiques de l'évolution phénotypique convergente en particulier dans le cas de l'adaptation des animaux et des plantes à l'augmentation de la température et à la diminution de l'eau.
- Réconcilier l'arbre de vie
Nous développons des méthodes phylogénétiques pour «réconcilier» les histoires de gènes / espèces ou d'hôtes / symbiotes. Et nous utilisons ces méthodes pour explorer la majeure partie des espèces éteintes ou non décrites et l'histoire de l'association des microbes symbiotiques avec leurs hôtes.
- Intégrer les méthodes
Les méthodes que nous utilisons pour aborder les questions soulevées par la co-évolution multi-échelles vont de la théorie, de la modélisation et de la simulation à l'analyse de big data, en laboratoire (notamment sur les insectes), et dans une moindre mesure, aux activités de terrain.
- Implication de la recherche, responsabilité des chercheurs et sciences citoyennes
De par nos recherches (dont certaines ont des conséquences immédiates sur la santé, l'agriculture et l'écologie) et nos préoccupations sur la responsabilité des scientifiques dans la société, nous nous engageons à promouvoir une recherche «implicative». La position implicative signifie que nous essayons de travailler sur le lien entre science et société, non seulement à travers une communication unidirectionnelle, appliquant ou expliquant notre science, mais aussi en favorisant des discussions précoces avec les citoyens sur des projets de recherche, qui peuvent influencer nos orientations de recherche.
Publications
Affichage des publications 361 à 390 sur 747 au total
Identification de complexes protéine-protéine par combinaison de classifieurs. Application à Escherichia coli
EGC 2013 - 13eme conférence Francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances . E.24 : 419-430
Acte de congrès
voir la publicationL'ADN, mémoire numérique du vivant
Pour la science . : 102-108
Article dans une revue
voir la publicationLateral Gene Transfer from the Dead.
Systematic Biology . 62 ( 3 ) : 386-397
Article dans une revue
voir la publicationContrasted evolutionary constraints on secreted and non-secreted proteomes of selected Actinobacteria
BMC Genomics . 14 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationLateral gene transfer, rearrangement, reconciliation
BMC Bioinformatics . 14 ( Suppl 15 ) : S4
Article dans une revue
voir la publicationThéorie des Codes : compression, cryptage, correction, 2e edition
9782100599110 : 384
Ouvrage
voir la publicationThe genome of the medieval Black Death agent (extended abstract)
Pré-publication
voir la publicationGene tree correction guided by orthology
BMC Bioinformatics . 14 ( Suppl 15 ) : S5
Article dans une revue
voir la publicationDuplication, Rearrangement and Reconciliation: A Follow-Up 13 Years Later
Models and Algorithms for Genome Evolution . 19 : 47-62
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationInitial symbiont contact orchestrates host-organ-wide transcriptional changes that prime tissue colonization.
Cell Host and Microbe . 14 ( 2 ) : 183-94
Article dans une revue
voir la publicationAnimals in a bacterial world, a new imperative for the life sciences.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 110 ( 9 ) : 3229-36
Article dans une revue
voir la publicationEfficient Exploration of the Space of Reconciled Gene Trees.
Systematic Biology . 62 ( 6 ) : 901-912
Article dans une revue
voir la publicationGenome-scale coestimation of species and gene trees.
Genome Research . 23 ( 2 ) : 323-330
Article dans une revue
voir la publicationEndosymbiont diversity among sibling weevil species competing for the same resource
BMC Evolutionary Biology . 13 : 28
Article dans une revue
voir la publicationDistribution of Bemisia tabaci (Homoptera: Aleyrodidae) biotypes and their associated symbiotic bacteria on host plants in West Africa
Insect conservation and diversity . 6 ( 3 ) : 411 - 421
Article dans une revue
voir la publicationInteractions et rétroactions : rôle de leur écologie et de leur évolution dans le fonctionnement des écosystèmes.
Prospectives de l’Institut Ecologie et Environnement du CNRS .
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationBiotype status and resistance to neonicotinoids and carbosulfan in Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae) in Burkina Faso, West Africa
International Journal of Pest Management . 59 ( 2 ) : 95-102
Article dans une revue
voir la publicationBio++ : Efficient Extensible Libraries and Tools for Computational Molecular Evolution
Molecular Biology and Evolution . 30 ( 8 ) : 1745 - 1750
Article dans une revue
voir la publicationMolecular characterization of genetic diversity within the Africa/Middle East/Asia Minor and Sub-Saharan African groups of the Bemisia tabaci species complex
International Journal of Pest Management . 59 ( 4 ) : 329 - 338
Article dans une revue
voir la publicationMaternally deposited germline piRNAs silence the tirant retrotransposon in somatic cells
EMBO Reports . 14 ( 5 ) : 458-64
Article dans une revue
voir la publicationDraft genome sequence of the male-killing Wolbachia strain wBol1 reveals recent horizontal gene transfers from diverse sources
BMC Genomics .
Article dans une revue
voir la publicationLineage selection and the maintenance of sex
PLoS ONE . 8 ( 6 ) : e66906
Article dans une revue
voir la publicationFPSAC: Fast Phylogenetic Scaffolding of Ancient Contigs
Bioinformatics . 29 ( 23 ) : 2987-2994
Article dans une revue
voir la publicationAn atlas of over 90,000 conserved noncoding sequences provides insight into crucifer regulatory regions
Nature Genetics . 45 ( 8 ) : 891 - 898
DOI: 10.1038/ng.2684
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voir la publicationThe first engagement of partners in the Euprymna scolopes - Vibrio fischeri symbiosis is a two-step process initiated by a few environmental symbiont cells
Environmental Microbiology . : n/a - n/a
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voir la publicationA Branch-Heterogeneous Model of Protein Evolution for Efficient Inference of Ancestral Sequences
Systematic Biology . 62 ( 4 ) : 523-538
Article dans une revue
voir la publicationTPMS: a set of utilities for querying collections of gene trees.
BMC Bioinformatics . 14 : 109
Article dans une revue
voir la publicationLong PCR : A sensitive PCR protocol for amplification of Wolbachia endosymbiont in Indian honey bees
Journal of Entomological Research . 36 : 119--122
Article dans une revue
voir la publicationNew national and regional bryophyte records, 31
Journal of Bryology . 34 ( 2 ) : 123-134
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