COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Equipe Génétique et Evolution des Interactions
Vieira-Heddi Cristina
Professeure des universités
UCBL
Actualités
Thématique générale
La thématique générale de mon travail concerne l’analyse de l’impact évolutif des ET sur les génomes, conduite avec une approche populationnelle, génétique et bioinformatique. Le projet de recherche développé plus récemment a intégré le rôle des mécanismes épigénétiques dans les régulations géniques mais aussi les aspects espèces envahissantes et adaptation rapide.
Eléments transposables et espèces envahissantes
Au cours des dernières années, nous avons montré que la dynamique d’invasion des ET était liée aux variations de taille de génome, et nous avons montré une association entre la taille du génome et la quantité d’ET, mais aussi une association entre cette variation et l’histoire de colonisation des espèces. Ces résultats posent la question de l’impact évolutif des ET dans les processus de colonisation. Ainsi, un projet sur le lien entre les ET et les espèces envahissantes a vu le jour, avec deux espèces modèles : Aedes albopictus et Drosophila suzukii. L’objectif est de faire la part entre les bases génétiques de l’adaptation et la plasticité phénotypique. Chez A. albopictus, espèce d’origine asiatique qui a envahie l’Europe et l’Amérique ces dernières années, nous avons démontré l’efficacité de l’utilisation des ET comme des marqueurs pour l’identification des régions du génome sous sélection et nous avons identifié plusieurs locus à haute fréquence dans les populations européennes. Ces locus ont pu être associés à des gènes candidats, comme les gènes impliqués dans la diapause dans les régions tempérées. D. suzukii est, quant à elle, une espèce de Drosophile capable de pondre des œufs dans des fruits sains et matures, ceci grâce à un ovipositeur extrêmement efficace. D. suzukii est aussi une espèce asiatique ayant envahie l’Europe et l’Amérique dès le début des années 2000. Elle est la cause d’importants dommages agronomiques et économiques puisque les fruits infectés (en particulier les fruits rouges) deviennent impropres à la commercialisation et consommation. Parmi les hypothèses proposées pour expliquer le succès de cette invasion, la plasticité phénotypique nous a particulièrement intéressé. La plasticité phénotypique peut expliquer la mise en place de phénotypes rapidement adaptés à différentes contraintes environnementales, sans pour autant avoir besoin de diversité génétique. Nous avons ainsi obtenu en 2016 un projet ANR (projet SWING, porteur Patricia Gibert, LBBE), ainsi qu‘un projet régional (Rovaltin, EpiRIP) qui devrait nous permettre de distinguer ces deux sources d’adaptation, mais aussi de tester l’hypothèse d’une invasion des génomes par les ET lors du processus d’invasion
Eléments transposables et stabilité des génomes
Les ET représentent une force évolutive remarquable, essentiellement par la rapidité de la transposition et par leur effet indirect sur les génomes hôtes (changement de l’épigénome). Les effets de l’environnement sur la mobilité des ET sont connus depuis longtemps, et les avancées scientifiques de ces dernières années ont permis de comprendre l’implication des processus épigénétiques. Je porte un intérêt particulier aux effets de divers facteurs de l'environnement sur les différentes composantes de cette régulation (financement de la Fondation pour la Recherche Médicale, 2014). Par ailleurs, nous savons que lors du croisement entre espèces différentes, ou souches différentes, on peut observer une mobilisation des ET. Par contre, nous ne connaissons pas dans quelle mesure les ET peuvent être impliqués dans les premières phases du processus de spéciation (ANR Exhyb). Ce volet de recherche est développé en collaboration avec les collègues brésiliennes et espagnoles. Nous avons pu montrer que le degré de mobilisation des ET lors des croisements interspécifiques n’est pas une généralité, et dépend du degré de divergence des protéines impliquées dans la biogènes des petits ARN.
Publications
Affichage des publications 91 à 120 sur 123 au total
[Prophylaxis of thromboembolic disease in obstetrics after the French guidelines publication]
Gynécologie Obstétrique & Fertilité . 36 ( 1 ) : 23-34
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voir la publicationThe heterochromatic copies of the LTR retrotransposons as a record of the genomic events that have shaped the Drosophila melanogaster genome
Gene . 411 : 87-93
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voir la publicationLosing helena: The extinction of a drosophila line-like element
BMC Genomics . 9 : 1-11
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voir la publicationThe evolution of retrotransposon regulatory regions and its consequences on the Drosophila melanogaster and Homo sapiens host genomes
Gene . 390 ( 1-2 ) : 84-91
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voir la publicationEvolutionary Pathways of the tirant LTR Retrotransposon in the Drosophila melanogaster Subgroup of Species
Journal of Molecular Evolution . 64 : 438-447
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voir la publicationMitspieler der Evolution
Spektrum der Wissenschaft . S44 : 44-49
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voir la publicationOngoing loss of the tirant transposable element in natural populations of Drosophila simulans
Gene . 375 : 54-62
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voir la publicationIs genome size influenced by colonization of new environments in dipteran species ?
Molecular Ecology . 14 : 869-878
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voir la publicationNew regulatory regions of Drosophila 412 retrotransposable element generated by recombination
Molecular Biology and Evolution . 22 : 747-757
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voir la publicationWhat transposable elements tell us about genome organization and evolution: the case of Drosophila
Cytogenetics and Genome Researchearch . 110 : 25-34
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voir la publicationTransposable element dynamics in two sibling species: Drosophila melanogaster and Drosophila simulans
Genetica . 120 : 115-123
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voir la publicationL`influence des éléments transposables sur la taille des génomes
Journal de la Société de Biologie . 198 : 413-417
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voir la publicationVariation of the genome size estimate with environmental conditions in Drosophila melanogaster.
Cytometry Part A . 55 ( 1 ) : 43-9
DOI: 10.1002/cyto.a.10061
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voir la publicationVariation of the genome size estimate with environmental conditions in Drosophila melanogaster
Cytometry - Part A . 55A : 43-49
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voir la publicationWORLDWIDE DISTRIBUTION OF TRANSPOSABLE ELEMENT COPY NUMBER IN NATURAL POPULATIONS OF DROSOPHILA SIMULANS
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 57 ( 1 ) : 159-167
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voir la publicationWorldwide distribution of transposable element copy number in natural populations of Drosophila simulans
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 57 : 159-167
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voir la publicationEvolution of genome size in Drosophila. is the invader`s genome being invaded by transposable elements?
Molecular Biology and Evolution . 19 : 1154-1161
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voir la publicationTransposable elements and genome evolution of invasive species: the case of Drosophila
Genetics Selection Evolution . 33 : S107-S120
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voir la publicationGenotype-environment interaction for quantitative trait loci affecting life span in Drosophila melanogaster
Genetics . 154 : 213-227
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voir la publicationHigh copy numbers of multiple transposable element families in an Australian population of Drosophila simulans
Genetical Research . 76 : 117-119
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voir la publicationDeficiency mapping of quantitative trait loci affecting longevity in Drosophila melanogaster
Genetics . 156 : 1129-1146
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voir la publicationTransposable elements and genome evolution: the case of Drosophila simulans
Genetica . 107 : 113-120
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voir la publicationWake up of transposable elements following Drosophila simulans worldwide colonization
Molecular Biology and Evolution . 16 ( 9 ) : 1251-1255
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voir la publicationAccumulation of transposable elements in the heterochromatin and on the Y chromosome of Drosophila simulans and Drosophila melanogaster
Journal of Molecular Evolution . 46 : 661-668
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voir la publicationA temperature cline in copy number for 412 but not roo/B104 retrotransposons in populations of Drosophila simulans
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 265 ( 1402 ) : 1161-1165
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voir la publicationTransposable element distribution in Drosophila
Genetics . 147 : 1997-1999
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voir la publicationTransposition rate of the 412 retrotransposable element is independent of copy number in natural populations of Drosophila simulans
Molecular Biology and Evolution . 14 : 185-188
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voir la publicationMaintenance of transposable element copy number in natural populations of Drosophila melanogaster and D-simulans
Genetica . 100 : 161-166
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voir la publicationChromosomal distribution of the 412 retrotransposon in natural populations of Drosophila simulans
Heredity . 79 : 128-134
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