Equipe Ecologie Quantitative et Evolutive des Communautés
Thioulouse Jean
Directeur de recherche
CNRS
Batiment Mendel, 1er étage. Bureau 11.048
Page biblio: Vous pouvez visiter ma page biblio ici :https://jthome.thioulouse.fr/ref/
Recherche reproductible: Liste d'articles avec reproductibilité des calculs:
https://jthome.thioulouse.fr/Reproducible_Research/
https://pbil.univ-lyon1.fr/members/thioulouse/RRBibJT/
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=fr&user=1sjOJvSAAAAJO
ORCID ID: https://orcid.org/0000-0001-7664-05980
IdHAL: https://cv.archives-ouvertes.fr/jean-thioulouse
ResearchGate: https://www.researchgate.net/profile/Jean-Thioulouse
Livre ade4: Multivariate Analysis of Ecological Data with ade4
https://link.springer.com/book/10.1007/978-1-4939-8850-1
https://www.amazon.fr/Multivariate-Analysis-Ecological-Data-Ade4/dp/1493988484/
Reproductibilité de l'article Evol. Biol. 2021:
Overcoming the Spurious Groups Problem in Between-Group PCA
Activités de recherche
Mon activité de recherche est centrée sur l’innovation dans le domaine de la méthodologie statistique en biologie. Ces dernières années, je me suis plus particulièrement intéressé aux méthodes d’analyse statistique de la diversité bactérienne et de la diversité des macro−invertébrés aquatiques dans diverses conditions. J’ai cependant poursuivi des développements méthodologiques en informatiques, conduisant à la diffusion de logiciels, ainsi que des activités de consultation et de formation
Le package R ade4 :ade4
Le package R adegraphics :adegraphics
Le package R ade4TkGUI :ade4TkGUI
Publications
Affichage des publications 91 à 120 sur 167 au total
Biological effects of native and exotic plant residues on plant growth microbial biomass and N availability under controlled conditions
European Journal of Soil Biology . 42 : 238-246
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voir la publicationLavandula species as accompanying plants in Cupressus replanting strategies : Effect on plant growth mycorrhizal soil infectivity and soil microbial catabolic diversity
Applied Soil Ecology . -- : 190-199
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voir la publicationIdentification of Genomic Species in Agrobacterium Biovar 1 by AFLP Genomic Markers
Applied and Environmental Microbiology . 72 ( 11 ) : 7123-7131
DOI: 10.1128/AEM.00018-06
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voir la publicationFluorescent pseudomonads occuring in Macrotermes subhyalinus mound structures decrease Cd toxicity and improve its accumulation in sorghum plants
Science of the Total Environment . 370 : 391-400
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voir la publicationPotential of a 16S rRNA-Based Taxonomic Microarray for Analyzing the Rhizosphere Effects of Maize on Agrobacterium spp. and Bacterial Communities
Applied and Environmental Microbiology . 72 ( 6 ) : 4302-4312
DOI: 10.1128/AEM.02686-05
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voir la publicationLavendula species as accompanying plants in Cupressus replanting strategies: Effect on plant growth, mycorrhizal soil infectivity and soil microbial catabolic diversity
Applied Soil Ecology . 34 ( 2-3 ) : 190-199
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voir la publicationRelationships between plant-parasitic nematode community fallow duration and soil factors in the Sudano-Sahelian area of Senegal
Agriculture, Ecosystems & Environment . 108 : 302-317
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voir la publicationThe mycorrhizal fungus Glomus intraradices and rock phosphate amendment influence plant growth and microbial activity in the rhizosphere of Acacia holosericea
Soil Biology and Biochemistry . 37 : 1460-1468
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voir la publicationSoil bacterial diversity responses to root colonization by an ectomycorrhizal fungus are not root-growth dependent
Microbial ecology . 50 : 350-359
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voir la publicationOnline synonymous codon usage analyses with the ade4 and seqinR packages
Bioinformatics . 21 : 545-547
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voir la publicationFunctional diversity of soil microbial community, rock phosphate dissolution and growth of Acacia seyal as influenced by grass-litter and soil-feeding termite nest structure amendments
Geoderma . 124 : 349-361
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voir la publicationMADE4: an R package for multivariate analysis of gene expression data
Bioinformatics . 21 : 2789-2790
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voir la publicationSimultaneous analysis of a sequence of paired ecological tables with the STATICO method
Ecology . 85 : 272-283
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voir la publicationThe ade4 package - I : One-table methods
R News . 4 : 5-10
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voir la publicationUne nouvelle analyse multi-temporelle d`images satellitales les residus de l`Analyse en Composantes Principales. Un cas d`etude: une serie d`images Landsat Thematic Mapper de la Camargue France.
International Journal of Remote Sensing . 25 : 1925-1938
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voir la publicationRelationship of nematode communities to human demographics and environment in agricultural fields and fallow lands in Senegal.
Journal of Tropical Ecology . 19 : 279-290
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voir la publicationProcustean co-inertia analysis for the linking of multivariate datasets
Ecoscience . 10 : 110-119
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voir la publicationCo-inertia analysis and the linking of ecological tables
Ecology . 84 ( 11 ) : 3078-3089
DOI: 10.1890/03-0178
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voir la publicationComparing and classifying one-dimensional spatial patterns: an application to laser altimeter profiles
Remote Sensing of Environment . 85 ( 4 ) : 453-462
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voir la publicationRelationship between spatial and genetic distance in Agrobacterium spp. in 1 cubic centimeter of soil.
Applied and Environmental Microbiology . 69 : 1482-1487
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voir la publicationUse of Correspondence Discriminant Analysis to predict the subcellular location of bacterial proteins
Computer Methods and Programs in Biomedicine . 70 : 99-105
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voir la publicationComparing and classifying one-dimensional spatial patterns: an application to laser altimeter profiles.
Remote Sensing of Environment . 85 : 453-462
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voir la publicationIntegrated databanks access and sequence/structure analysis services at the PBIL.
Nucleic Acids Research . 31 ( 13 ) : 3393-3399
DOI: 10.1093/nar/gkg530
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voir la publicationRelationships between Staphylococcus aureus genetic background, virulence factors, agr groups (alleles), and human disease
Infection and Immunity . 70 ( 2 ) : 631-641
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voir la publicationRelationships between Staphylococcus aureus genetic background virulence factors agr groups (alleles) and human disease.
Infection and Immunity . 70 : 631-641
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voir la publicationInteractions between ectomycorrhizal symbiosis and fluorescent pseudomonads on Acacia holosericea: isolation of mycorrhiza helper bacteria (MHB) from a Soudano-Sahelian soil
FEMS Microbiology Ecology . 41 : 37-46
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voir la publicationUse and misuse of correspondence analysis in codon usage studies
Nucleic Acids Research . 30 : 4548-4555
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voir la publicationA mathematical method for determining genome divergence and species delineation using AFLP
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 52 : 573-586
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International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 52 : 573-586
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voir la publicationThe diet of feral cats (Felis catus L.) at five sites on the Grande Terre, Kerguelen archipelago
Polar Biology . 25 : 833-837
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