Publications
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Analysis of RNA Transcripts by High-Throughput RNA Sequencing
Alternative pre-mRNA Splicing: Theory and Protocols . 9783527636778
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationTelling stories: Enumerating maximal directed acyclic graphs with a constrained set of sources and targets
Theoretical Computer Science . 457 : 1--9
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voir la publicationExploration of the core metabolism of symbiotic bacteria
BMC Genomics . 13 ( 1 ) : 438
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voir la publicationChiTaRS: a database of human, mouse and fruit fly chimeric transcripts and RNA-sequencing data.
Nucleic Acids Research . 41 ( D1 ) : D142-D151
DOI: 10.1093/nar/gks1041
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voir la publicationChimeras taking shape: potential functions of proteins encoded by chimeric RNA transcripts.
Genome Research . 22 ( 7 ) : 1231-1242
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voir la publicationEvidence for transcript networks composed of chimeric RNAs in human cells
PLoS ONE . 7 ( 1 ) : Non paginé
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voir la publicationEvidence for Transcript Networks Composed of Chimeric RNAs in Human Cells
PLoS ONE . 7 : 1-22
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voir la publicationRNA-seq without a reference genome: a comparison of the mapping and the assembly approaches
JOBIM .
Acte de congrès
voir la publicationkisSplice, détection d'évènements d'épissages alternatifs dans les données RNA-seq
: 12
Rapport
voir la publicationMetabolic network comparison of bacteria in the context of symbiosis
Otto Warburg International Summer School and Research Symposium on Evolutionary Genomics .
Acte de congrès
voir la publicationTelling Stories
ICALP 2011 satellite workshop: Graph Algorithms and Applications (GA) .
Acte de congrès
voir la publicationClose 3D proximity of evolutionary breakpoints argues for the notion of spatial synteny
BMC Genomics . 12 ( 1 ) : 303
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voir la publicationNGS without a reference genome, comparison and visualisation of non assembled data
Statistical Methods for Post-Genomic Data (SMPGD) .
Acte de congrès
voir la publicationAbsence of a core metabolic network common to symbiotic bacteria
6. Meeting GDRE-RA Comparative genomics . : 33 diapositives
Acte de congrès
voir la publicationEnumerating Chemical Organisations in Consistent Metabolic Networks: Complexity and Algorithms
Algorithms in Bioinformatics . 6293 : 226-237
Acte de congrès
voir la publicationIdentifying SNPs without a reference genome by comparing raw reads
String Processing and Information Retrieval . 6393 : 147-158
Acte de congrès
voir la publicationAssessing the exceptionality of coloured motifs in networks
EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology . 2009 : 9 pages on line
DOI: 10.1155/2009/616234
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voir la publicationIdentification de motifs dans les réseaux métaboliques
incollection . -- : D1-D5
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voir la publicationModes and Cuts in Metabolic Networks:Complexity and Algorithms
BioSystems . 95 - n°1 : 51-60
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voir la publicationExact Transcriptome Reconstruction from Short Sequence Reads
International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) . 5251 : 50-63
Acte de congrès
voir la publicationIdentification de motifs dans les réseaux métaboliques : définitions algorithmes et application au métabolisme d’Escherichia coli
Edilivre . 978-2-35607-642-7
Ouvrage
voir la publicationAn introduction to metabolic networks and their structural analysis.
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . 5 ( 4 ) : 594-617
DOI: 10.1109/TCBB.2008.79
Article dans une revue
voir la publicationMetabolic network visualization eliminating node redundance and preserving metabolic pathways
BMC Biology . 1 - n°29 : 1-19
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voir la publicationMotif search in graphs: application to metabolic networks.
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . 3 - n°4 : 360-368
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voir la publicationUncovering structure in biological networks
incollection . -- : 471-483
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voir la publicationMetabolic network visualization using constraint planar graph drawing Algorithm
Metabolic network visualization using constraint planar graph drawing Algorithm . : 489 - 496
Acte de congrès
voir la publicationMetabolic network visualization using constraint planar graph drawing algorithm
incollection . -- : 489-496
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voir la publicationUn Algorithme Contraint de Dessin de Graphe Planaire pour la Visualisation de Réseaux Métaboliques
Un Algorithme Contraint de Dessin de Graphe Planaire pour la Visualisation de Réseaux Métaboliques . : électronique
Acte de congrès
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