Publications
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Identification and quantification of transposable element transcripts using Long-Read RNA-seq in Drosophila germline tissues
Peer Community Journal . 4 ( e89 )
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voir la publicationDe novo analysis of splicing from RNA-seq data: models, algorithms and applications
Mutations in the non-coding RNU4ATAC gene affect the homeostasis and function of the Integrator complex
Nucleic Acids Research .
DOI: 10.1093/nar/gkac1182
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voir la publicationInfluenza virus infection induces widespread alterations of host cell splicing
NAR Genomics and Bioinformatics . 2 ( 4 )
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voir la publicationClinical interpretation of variants identified in RNU4ATAC, a non-coding spliceosomal gene
PLoS ONE . 15 ( 7 ) : e0235655
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voir la publicationNew insights into minor splicing-a transcriptomic analysis of cells derived from TALS patients
RNA . : 1-21
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voir la publicationAdvances in Analyzing Virus-Induced Alterations of Host Cell Splicing
Trends in Microbiology . 27 ( 3 ) : 268-281
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voir la publicationTranscriptome profiling of mouse samples using nanopore sequencing of cDNA and RNA molecules
Scientific Reports . 9 ( 1 ) : 14908
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voir la publicationComplementarity of assembly-first and mapping-first approaches for alternative splicing annotation and differential analysis from RNAseq data
Scientific Reports . 8 ( 1 )
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voir la publicationA fast and agnostic method for bacterial genome-wide association studies: bridging the gap between k-mers and genetic events
PLoS Genetics . 14 ( 11 ) : 1-28
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voir la publicationAnnotation and differential analysis of alternative splicing using de novo assembly of RNAseq data
DOI: 10.1101/074807
Pré-publication
voir la publicationPlaying hide and seek with repeats in local and global de novo transcriptome assembly of short RNA-seq reads
Algorithms for Molecular Biology . 12 ( 1 ) : 2
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voir la publicationIdentification of misexpressed genetic elements in hybrids between Drosophila-related species
Scientific Reports . 7 : 40618
DOI: 10.1038/srep40618
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voir la publicationColib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads
GigaScience . 5 ( 1 )
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voir la publicationSplicing misregulation of SCN5A contributes to cardiac-conduction delay and heart arrhythmia in myotonic dystrophy
Nature Communications . 7 : 11067
DOI: 10.1038/ncomms11067
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voir la publicationSNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence
Nucleic Acids Research .
DOI: 10.1093/nar/gkw655
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voir la publicationA polynomial delay algorithm for the enumeration of bubbles with length constraints in directed graphs
Algorithms for Molecular Biology . : 10
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voir la publicationReference-free detection of isolated SNPs
Nucleic Acids Research . 43 ( 2 ) : e11
DOI: 10.1093/nar/gku1187
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voir la publicationTelling metabolic stories to explore metabolomics data: a case study on the yeast response to cadmium exposure
Bioinformatics . 30 ( 1 ) : 61-70
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voir la publicationNavigating in a Sea of Repeats in RNA-seq without Drowning
WABI 2014 - 14th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics . 8701 : 82-96
Acte de congrès
voir la publicationTelling Stories Fast
12th International Symposium Experimental Algorithms (SEA) . 7933 : 200-211
Acte de congrès
voir la publicationA polynomial delay algorithm for the enumeration of bubbles with length constraints in directed graphs and its application to the detection of alternative splicing in RNA-seq data
Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) .
Acte de congrès
voir la publicationProcédé de fabrication de Gaz Naturel de Synthèse par couplage d'une méthanation avec une électrolyse de vapeur d'eau à haute température
XIVeme congrès SFGP . 104 : 2012214
Acte de congrès
voir la publicationNew developments in KisSplice: Combining local and global transcriptome assemblers to decipher splicing in RNA-seq data
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) .
Acte de congrès
voir la publicationShort and long-term genome stability analysis of prokaryotic genomes
BMC Genomics . 14 ( 1 ) : 309
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voir la publicationEfficient Bubble Enumeration in Directed Graphs
String Processing and Information Retrieval (SPIRE) . 7608 : 118-129
Acte de congrès
voir la publicationMinimum ratio cover of matrix columns by extreme rays of its induced cone
Proceedings of the Second international Symposium on Combinatorial Optimization (ISCO) . 7422 : 165--177
Acte de congrès
voir la publicationKISSPLICE: de-novo calling alternative splicing events from RNA-seq data
BMC Bioinformatics . 13 ( Suppl 6 ) : S5
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voir la publicationModelling and simulating generic RNA-Seq experiments with the flux simulator.
Nucleic Acids Research . 40 ( 20 ) : 10073-10083
DOI: 10.1093/nar/gks666
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voir la publicationAnalysis of RNA Transcripts by High-Throughput RNA Sequencing
Alternative pre-mRNA Splicing: Theory and Protocols . 9783527636778
Chapitre d'ouvrage
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