GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 271 à 300 sur 1402 au total
The bacterial MrpORP is a novel Mrp/NBP35 protein involved in iron-sulfur biogenesis
Scientific Reports . 9 ( 1 ) : 360-373
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voir la publicationDescription Osteo-Oto-Hepato-Enteric (O2HE) syndrome, a new recessive autosomal syndrome secondary to loss of function mutations in the UNC45A gene
European Journal of Human Genetics . 27 ( 1 ) : 795-796
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voir la publicationOn the Importance to Acknowledge Transposable Elements in Epigenomic Analyses
Genes . 10 ( 4 ) : 258
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voir la publicationDoes the Presence of Transposable Elements Impact the Epigenetic Environment of Human Duplicated Genes?
Genes . 10 ( 3 ) : 249
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voir la publicationHomme/femme, mâle/femelle : la détermination du sexe dans l’espèce humaine et le reste du vivant
Sexe & genre: De la biologie à la sociologie .
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationMetapopulation ecology links antibiotic resistance, consumption and patient transfers in a network of hospital wards.
DOI: 10.1101/771790
Pré-publication
voir la publicationP2857 Quantifying drivers of antimicrobial resistance in a large network of hospital wards: a meta-population approach.
29TH ECCMID .
Acte de congrès
voir la publicationGC-biased gene conversion conceals the prediction of the nearly neutral theory in avian genomes
Genome Biology . 20 ( 1 )
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voir la publicationEvolution of replication origins in vertebrate genomes: rapid turnover despite selective constraints
Nucleic Acids Research . 47 ( 10 ) : 5114-5125
DOI: 10.1093/nar/gkz182
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voir la publicationOn Bubble Generators in Directed Graphs
Algorithmica . : 1-19
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voir la publicationEfficient enumeration of solutions produced by closure operations
Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science . : 1-30
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voir la publicationThe phytopathogenic nature of Dickeya aquatica 174/2 and the dynamic early evolution of Dickeya pathogenicity
Environmental Microbiology . 21 ( 8 ) : 2809-2835
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voir la publicationNew insights into minor splicing-a transcriptomic analysis of cells derived from TALS patients
RNA . : 1-21
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voir la publicationAdvances in Analyzing Virus-Induced Alterations of Host Cell Splicing
Trends in Microbiology . 27 ( 3 ) : 268-281
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voir la publicationFrancisella tularensis: FupA mutation contributes tofluoroquinolone resistance by increasing vesicle secretion and biofilm formation
Emerging microbes & infections . 8 ( 1 ) : 808-822
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voir la publicationComparative genomics and proteogenomics highlight key molecular players involved in Frankia sporulation
Research in Microbiology . 170 ( 4-5 ) : 202-213
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voir la publicationEvolutionary placement of Methanonatronarchaeia
Nature Microbiology .
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voir la publicationGeneSpy, a user-friendly and flexible genomic context visualizer
Bioinformatics . 35 ( 2 ) : 329-331
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voir la publicationArticle 5. L’émergence des eucaryotes : une mosaïque d’ADN
101 secrets de l’ADN. CNRS Éditions, Paris, pp 39-41 . : 39-41
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationDynamic Interactions Between the Genome and an Endogenous Retrovirus: Tirant in Drosophila simulans Wild-Type Strains
G3 . 9 ( 3 ) : 855-865
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voir la publicationRepeat in genomes: how and why you should consider them in genome analyses
Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology . 2 : 210-220
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationEarly Sex-Chromosome Evolution in the Diploid Dioecious Plant Mercurialis annua
Genetics . 212 ( 3 ) : 815-835
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voir la publicationDetecting adaptive convergent amino acid evolution
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 374 ( 1777 ) : 1-11
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voir la publicationTranscriptome profiling of mouse samples using nanopore sequencing of cDNA and RNA molecules
Scientific Reports . 9 ( 1 ) : 14908
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voir la publicationEvolution of Young Sex Chromosomes in Two Dioecious Sister Plant Species with Distinct Sex Determination Systems
Genome Biology and Evolution . 11 ( 2 ) : 350-361
DOI: 10.1093/gbe/evz001
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voir la publicationMetabolic Games
Frontiers in Applied Mathematics and Statistics . 5 : 1-13
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voir la publicationGenomic imprinting mediates dosage compensation in a young plant XY system.
DOI: 10.1101/179044
Pré-publication
voir la publicationComplete human mtDNA genome sequences from Vietnam and the phylogeography of Mainland Southeast Asia
Scientific Reports . 8 ( 1 )
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voir la publicationGenetic structure and sex-biased gene flow in the history of southern African populations
American Journal of Physical Anthropology . 167 ( 3 ) : 656-671
DOI: 10.1002/ajpa.23694
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