GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 211 à 240 sur 1402 au total
Repeated horizontal gene transfers triggered parallel evolution of magnetotaxis in two evolutionary divergent lineages of magnetotactic bacteria
The International Society of Microbiologial Ecology Journal .
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voir la publicationTreerecs: an integrated phylogenetic tool, from sequences to reconciliations.
Bioinformatics . 36 ( 18 ) : 4822-4824
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voir la publicationInfluenza virus infection induces widespread alterations of host cell splicing
NAR Genomics and Bioinformatics . 2 ( 4 )
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voir la publicationThe TERB1-TERB2-MAJIN complex of mouse meiotic telomeres dates back to the common ancestor of metazoans
BMC Evolutionary Biology . 20 ( 1 )
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voir la publicationHepatitis B virus preS2Δ38–55 variants: A newly identified risk factor for hepatocellular carcinoma
JHEP Reports Innovation in Hepatology . 2 ( 5 ) : 100144
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voir la publicationEvolutionary relationships between Archaea and eukaryotes
Nature Ecology & Evolution . 4 : 20-21
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voir la publicationDetecting sex-linked genes using genotyped individuals sampled in natural populations
Pré-publication
voir la publicationThe Bayesian Approach to Molecular Phylogeny
Phylogenetics in the Genomic Era . : 1.4:1--1.4:17
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationPhyloBayes: Bayesian Phylogenetics Using Site-heterogeneous Models
Phylogenetics in the Genomic Era . : 1.5:1--1.5:16
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationAn efficient RNA-seq-based segregation analysis identifies the sex chromosomes of Cannabis sativa
Genome Research . 30 ( 2 ) : 164-172
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voir la publicationThe wild grape genome sequence provides insights into the transition from dioecy to hermaphroditism during grape domestication
Genome Biology . 21 ( 1 ) : 223
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voir la publicationAn Overview of Duplicated Gene Detection Methods: Why the Duplication Mechanism Has to Be Accounted for in Their Choice
Genes . 11 ( 9 ) : 1046
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voir la publicationEvolutionary stasis of the pseudoautosomal boundary in strepsirrhine primates
eLife . 9
DOI: 10.7554/eLife.63650
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voir la publicationSex differences in adult lifespan and aging rates of mortality across wild mammals
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 117 ( 15 ) : 8546-8553
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voir la publicationA Sample-to-Report Solution for Taxonomic Identification of Cultured Bacteria in the Clinical Setting Based on Nanopore Sequencing
Journal of Clinical Microbiology . 58 ( 6 ) : 1128
DOI: 10.1128/JCM.00060-20
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voir la publicationEvidence for Dosage Compensation in Coccinia grandis, a Plant with a Highly Heteromorphic XY System
Genes . 11 ( 7 ) : 787
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voir la publicationY chromosome makes fruit flies die younger
Peer Community In Evolutionary Biology . : 100105
Autre publication
voir la publicationPopulation genomics supports clonal reproduction and multiple independent gains and losses of parasitic abilities in the most devastating nematode pest
Evolutionary Applications . 13 : 442-457
DOI: 10.1111/eva.12881
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voir la publicationCapybara: equivalence ClAss enumeration of coPhylogenY event-BAsed ReconciliAtions
Bioinformatics . 36 ( 14 ) : 4197-4199
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voir la publicationAlgorithms for the quantitative Lock/Key model of cytoplasmic incompatibility
Algorithms for Molecular Biology . : 1-16
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voir la publicationFrom conservation to structure, studies of magnetosome associated cation diffusion facilitators (CDF) proteins in Proteobacteria
PLoS ONE . 15 ( 4 ) : e0231839
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voir la publicationIsotopic systematics point to wild origin of mummified birds in Ancient Egypt
Scientific Reports . 10 ( 1 )
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voir la publicationThe Gauls experienced the Roman Warm Period: Oxygen isotope study of the Gallic site of Thézy-Glimont, Picardie, France
Journal of Archaeological Science: Reports . 34 : 102595
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voir la publicationMetapopulation ecology links antibiotic resistance, consumption, and patient transfers in a network of hospital wards
eLife . 9
DOI: 10.7554/eLife.54795
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voir la publicationDickeya poaceiphila sp. nov., a plant-pathogenic bacterium isolated from sugar cane (Saccharum officinarum)
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 70 ( 8 ) : 4508-4514
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voir la publicationδ18O and δ13C of diagenetic land snail shells from the Pliocene (Zanclean) of Lanzarote, Canary Archipelago: Do they still record some climatic parameters?
Journal of African Earth Sciences . 162 : 103702
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voir la publicationClinical interpretation of variants identified in RNU4ATAC, a non-coding spliceosomal gene
PLoS ONE . 15 ( 7 ) : e0235655
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voir la publicationFitting diversification models on undated or partially dated trees
Peer Community In Evolutionary Biology . : 100088
Autre publication
voir la publicationStudying genetic antagonisms as drivers of genome evolution
Peer Community In Evolutionary Biology .
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voir la publicationSyndrome de Klinefelter, rôle du chromosome Y dans l’espérance de vie humaine ?
36ème Congrès de la Société Française d'Endocrinologie (SFE Marseille 2020) . 81 ( 4 ) : 194
Acte de congrès
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