Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
Stagiaire
UCBL

Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76

Doctorante
UCBL
Enseignant-chercheur CPJ
UCBL

Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97

Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS

Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL

Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60

Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Doctorant
UCBL

Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44

Directeur de recherche
CNRS

Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42

Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83

Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS

Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82

Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96

Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL

Chercheur invité
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 571 à 600 sur 1098 au total
In the heartland of Eurasia: the multilocus genetic landscape of Central Asian populations
European Journal of Human Genetics .
Article dans une revue
voir la publicationMode de vie et diversité génétique dans les populations humaines d'Asie Centrale
Thèse
voir la publicationFrequency of the AGT Pro11Leu polymorphism in humans: Does diet matter?
Annals of Human Genetics . 74 ( 1 ) : 57-64
Article dans une revue
voir la publicationLooking for signatures of sex-specific demography and local adaptation on the X chromosome.
Genome Biology . 11 ( 1 ) : 203
Article dans une revue
voir la publicationEvolution Moléculaire
Biologie évolutive . 978-2-8041-0161-9 : 114-173
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationParamecium tetraurelia: The Renaissance of an Early Unicellular Model
Emerging Model Organisms . 2010(1) : 1-55
Article dans une revue
voir la publicationGene expression in a paleopolyploid: a transcriptome resource for the ciliate Paramecium tetraurelia.
BMC Genomics . 11 ( 1 ) : 547
Article dans une revue
voir la publicationConcepts et méthodes en phylogénie moléculaire
Springer . 978-2-287-99047-2
Ouvrage
voir la publicationConcepts et méchodes en phylogénie moléculaire
incollection . -- : 63-65
Article dans une revue
voir la publicationDetecting lateral gene transfers by statistical reconciliation of phylogenetic forests
BMC Bioinformatics . 11 ( 324 ) : 13
Article dans une revue
voir la publicationSpecies identification of staphylococci by amplification and sequencing of the gene compared to the gene and by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry
European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases . : 343-354
Article dans une revue
voir la publicationBiosynthesis of wyosine derivatives in tRNA: an ancient and highly diverse pathway in Archaea.
Molecular Biology and Evolution . 27 ( 9 ) : 2062-77
Article dans une revue
voir la publicationThe Pseudomonas aeruginosa patatin-like protein PlpD is the archetype of a novel Type V secretion system
Environmental Microbiology . 12 ( 6 ) : 1498-512
Article dans une revue
voir la publicationStatistical Potentials for Improved Structurally Constrained Evolutionary Models
Molecular Biology and Evolution . 27 ( 7 ) : 1546 - 1560
Article dans une revue
voir la publicationGenes devoid of full-length transposable element insertions are involved in development and in the regulation of transcription in human and closely related species.
Journal of Molecular Evolution . 71 ( 3 ) : 180-91
Article dans une revue
voir la publicationDetecting positive selection within genomes: the problem of biased gene conversion
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 365 ( 1552 ) : 2571-2580
Article dans une revue
voir la publicationParamecium tetraurelia: The Renaissance of an Early Unicellular Model
Emerging Model Organisms . 2010 : 1-55
Article dans une revue
voir la publicationSeaView Version 4: a Multiplatform Graphical User Interface for Sequence Alignment and Phylogenetic Tree Building
Molecular Biology and Evolution . 27 : 221-224
Article dans une revue
voir la publicationThe origin of eukaryotes and their relationship with the Archaea: are we at a phylogenomic impasse?
Nature Reviews Microbiology . 8 ( 10 ) : 743-753
DOI: 10.1038/nrmicro2426
Article dans une revue
voir la publicationDistinct gene set in two different lineages of ammoniaoxidizing archaea supports the phylum Thaumarchaeota
Trends Microbiol . 18(8) : 331-40
Article dans une revue
voir la publicationNitrosopumilus maritimus genome reveals unique mechanisms for nitrification and autotrophy in globally distributed marine crenarchaea
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 107 ( 19 ) : 8818-23
Article dans une revue
voir la publicationStructure, function, and evolution of the Thiomonas spp. genome.
PLoS Genetics . 6 ( 2 ) : e1000859
Article dans une revue
voir la publicationA Phylogenetic Model for Investigating Correlated Evolution of Substitution Rates and Continuous Phenotypic Characters
Molecular Biology and Evolution . 28 ( 1 ) : 729 - 744
Article dans une revue
voir la publicationA Dirichlet Process Covarion Mixture Model and Its Assessments Using Posterior Predictive Discrepancy Tests
Molecular Biology and Evolution . 27 ( 2 ) : 371-384
Article dans une revue
voir la publicationProposals for classification methods dedicated to biological data
International Journal of Biomedical Engineering and Technology (IJBET) . 3 ( 1/2 ) : 4-21
Article dans une revue
voir la publicationSpecialization of a Drosophila capping protein essential for the protection of sperm telomeres.
Current Biology . 20 ( 23 ) : 2090-9
Article dans une revue
voir la publicationCan Intra-Y Gene Conversion Oppose the Degeneration of the Human Y Chromosome? A Simulation Study
Genome Biology and Evolution . 2 : 347-357
Article dans une revue
voir la publicationStructure and evolution of Apetala3 a sex-linked gene in Silene latifolia
BMC Plant Biology . 10 : 1-10
Article dans une revue
voir la publicationChromosomal Redistribution of Male-Biased Genes in Mammalian Evolution with Two Bursts of Gene Gain on the X Chromosome
PLoS Biology . 8 ( 10 ) : 1-13
Article dans une revue
voir la publication