Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Membres

Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).

Évolution de l'architecture et de l'expression du génome

Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.

Phylogénomique

Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.

Enseignement et vulgarisation

Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).

Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !

Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.

Publications

Affichage des publications 571 à 600 sur 1006 au total

Translational control of intron splicing in eukaryotes

Olivier Jaillon, Khaled Bouhouche, Jean-François Gout, Jean-Marc Aury, Benjamin Noel, Baptiste Saudemont...

Nature . 451 ( 7176 ) : 359-362

DOI: 10.1038/nature06495

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Biased Gene Conversion and its Impact on Human Genome Evolution

N. Galtier, L. Duret

incollection . -- : 273-277

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Polymorphism of the Staphylococcus aureus Panton-Valentine LeukocidinGenes and Its Possible Link with the Fitness of Community-Associated Methicillin-Resistant S. aureus

O. Dumitrescu, A. Tristan, H. Meugnier, M. Bes, Manolo Gouy, J. Etienne...

Journal of Infectious Diseases . 198 ( 5 ) : 792-794

DOI: 10.1086/590914

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Acquisition of a bacterial RumA-type tRNA(uracil-54 C5)methyltransferase by Archaea through an ancient horizontal gene transfer

J. Urbonavicius, S. Auxilien, H. Walbott, K. Trachana, B. Golinelli-Pimpaneau, Céline Brochier-Armanet...

Molecular Microbiology . 67 : 323-335

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Giant viruses giant chimeras: The multiple evolutionary histories of Mimivirus genes

D. Moreira, Céline Brochier-Armanet

BMC Evolutionary Biology . 8 : 1-7

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Acquisition of a bacterial RumA-type tRNA(uracil-54, C5)-methyltransferase by Archaea through an ancient horizontal gene transfer.

Jaunius Urbonavicius, Sylvie Auxilien, Hélène Walbott, Kalliopi Trachana, Béatrice Golinelli-Pimpaneau, Céline Brochier-Armanet...

Molecular Microbiology . 67 ( 2 ) : 323-35

DOI: 10.1111/j.1365-2958.2007.06047.x

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Exploring the FL-160-CRP gene family through sequence variability of the complement regulatory protein (CRP) expressed by the trypomastigote stage of Trypanosoma cruzi.

Françoise Mathieu-Daudé, Bénédicte Lafay, Olivia Touzet, Joël Lelièvre, Favio Parrado, Marie-France Bosseno...

Infection, Genetics and Evolution . 8 ( 3 ) : 258-66

DOI: 10.1016/j.meegid.2007.12.010

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Quantitative predictions for DNA two-dimensional display according to size and nucleotide sequence composition

Jean-François Mercier, Christine Kingsburry, Gary W. Slater, Bénédicte Lafay

Electrophoresis . 29 ( 6 ) : 1264 - 1272

DOI: 10.1002/elps.200700407

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Phylogenetic Mixture Models for Proteins

Quang Le Si, Nicolas Lartillot, Olivier Gascuel

Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 363 : 3965-3976

DOI: 10.1098/rstb.2008.0180

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Bayesian computation for statistical models with intractable normalizing constants

Yves Atchade, Nicolas Lartillot, Christian Robert

Pré-publication

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Improvement of Molecular Phylogenetic Inference and the Phylogeny of Bilateria

Nicolas Lartillot, Herve Philippe

Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990) . 363 ( 1496 ) : 1463-1472

DOI: 10.1098/rstb.2007.2236

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Uniformization for Sampling Realizations of Markov Processes: Applications to Bayesian Implementations of Codon Substitution Models

Nicolas Rodrigue, Herve Philippe, Nicolas Lartillot

Bioinformatics . 24 ( 1 ) : 56-62

DOI: 10.1093/bioinformatics/btm532

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Etude des patrons d`évolution asymétrique dans les séquences d`ADN

A. Necşulea

incollection . -- : 476-482

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Losing helena: The extinction of a drosophila line-like element

Rita Rebollo, Emmanuelle Lerat, Liliana Lopez Kleine, Christian Biémont, Cristina Vieira

BMC Genomics . 9 : 1-11

DOI: 10.1186/1471-2164-9-149

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Sequence variability and phylogenetic analyses of the Complement Regulatory Protein expressed by the trypomastigote stage of Trypanosoma cruzi identify a monophyletic group of CRP-like proteins

Françoise Mathieu-Daudé, Bénédicte Lafay, Olivia Touzet, Marie-France Bosseno, Favio Parrado, Ana Maria Rojas...

Xth European Multicolloquium of Parasitology .

Acte de congrès

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Pervasive positive selection on duplicated and nonduplicated vertebrate protein coding genes

A. Studer, Simon Penel, L. Duret, M. Robinson-Rechavi

Genome Research . 18 : 1393-1402

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Analysis of sequence variability in the macronuclear DNA of Paramecium tetraurelia: a somatic view of the germline.

L. Duret, Jean Cohen, Claire Jubin, Philippe Dessen, Jean-François Goût, Sylvain Mousset...

Genome Research . 18 ( 4 ) : 585-96

DOI: 10.1101/gr.074534.107

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The Impact of Recombination on Nucleotide Substitutions in the Human Genome

L. Duret, P.F. Arndt

PLoS Genetics . 4 : 1-19

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Neutral Theory: The Null Hypothesis of Molecular Evolution

L. Duret

Nature Education . 1 ( 1 ) : 803-806

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Analysis of sequence variability in the macronuclear DNA of Paramecium tetraurelia: A somatic view of the germline

L. Duret, J. Cohen, C. Jubin, P. Dessen, J.-F. Gout, Sylvain Mousset...

Genome Research . 18 : 585-596

DOI: 10.1101/gr.074534.107

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Démasquage des gènes spécifiques d'une espèce génomique du complexeAgrobacterium tumefaciens par AFLP et multicapteur à ADN

Perrine Portier, Denis Costechareyre, Daniel Muller, David Chapulliot, Christine Oger, Guy Perrière...

7. Colloque national du Bureau des Ressources Génétiques . 7

Acte de congrès

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Automatic Identification of Large Collections of Protein-Coding or rRNA Sequences

Anne-Muriel Arigon Chifolleau, Guy Perrière, Manolo Gouy

Biochimie . 90 ( 4 ) : 609-614

DOI: 10.1016/j.biochi.2007.08.006

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Bioinformatics in the complete genome sequence era

G. Perrière

Biochimie . 90 : 553-554

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Accounting for horizontal gene transfers explains conflicting hypotheses regarding the position of aquificales in the phylogeny of Bacteria

Bastien Boussau, Laurent Guéguen, Manolo Gouy

BMC Evolutionary Biology . 8 : 272-272

DOI: 10.1186/1471-2148-8-272

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A seven-gene multilocus genus-wide approach to the phylogeny of mycobacteria using supertrees

S. Mignard, Jean-Pierre Flandrois

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 58(part 6) : 1432-1441

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Mesophilic crenarchaeota: proposal for a third archaeal phylum, the Thaumarchaeota.

Céline Brochier-Armanet, Bastien Boussau, Simonetta Gribaldo, Patrick Forterre

Nature Reviews Microbiology . 6 ( 3 ) : 245-252

DOI: 10.1038/nrmicro1852

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A DNA topoisomerase IB in Thaumarchaeota testifies for the presence of this enzyme in the last common ancestor of Archaea and Eucarya.

Céline Brochier-Armanet, Simonetta Gribaldo, Patrick Forterre

Biol Direct . 3 : 54

DOI: 10.1186/1745-6150-3-54

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Les Archaea : évolution et diversité du troisième domaine du vivant

Simonetta Gribaldo, Patrick Forterre, Céline Brochier-Armanet

Bulletin - Société Française de Microbiologie . 23 ( 3 ) : 137-145

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