Equipe Baobab
Membres
Doctorante
INRIA
Doctorant
UCBL
Doctorant
UCBL
Ingénieur de recherche
INRIA
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 15 52
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 15 52
Professeur des universités
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Technicienne
INRIA
Tél : 04 72 44 81 54
Directrice de recherche
INRIA
Tél : 33 04 72 44 82 38
Doctorante
UCBL
Baobab est une équipe de recherche française du Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive, et en même temps représente le noyau d'une équipe de recherche européenne Inria appelée Erable. Outre les membres de Baobab, Erable compte ainsi des membres dans trois institutions en Italie (Université Sapienza et Université Luiss de Rome, et Université de Pise) et deux institutions aux Pays-Bas (CWI et Université Libre d'Amsterdam).
Baobab a deux grands ensembles d'objectifs de recherche qui couvrent actuellement quatre axes:
- Objectifs :
- Le premier est lié aux domaines d'expertise originaux de l'équipe, à savoir la modélisation combinatoire et statistique et les algorithmes, bien que plus récemment l'équipe ait également été rejointe par des membres issus de la biologie, y compris expérimentale.
- Le deuxième ensemble d'objectifs concerne son principal intérêt en Sciences de la Vie qui est de mieux comprendre les interactions entre les systèmes vivants et leur environnement. Cela inclut les interactions étroites et souvent persistantes entre deux systèmes vivants (symbiose), les interactions entre les systèmes vivants et les virus, et les interactions entre les systèmes vivants et les composés chimiques.
- Axes :
- la (pan)génomique et la transcriptomique en général,
- le métabolisme et la régulation (post)transcriptionnelle,
- la (co)evolution,
- la santé, en général, des systèmes vivants et de l'environnement.
Un objectif à plus long terme de l'équipe est de devenir capable dans certains cas de suggérer les moyens de contrôler ou de rétablir l'équilibre dans une communauté en interaction en agissant sur son environnement ou sur ses joueurs, comment ils jouent et qui joue.
Deux étapes majeures sont constamment impliquées dans la recherche effectuée par l'équipe: une première de modélisation (c'est-à-dire de traduction) d'un problème des Sciences de la Vie en un problème mathématique, et une seconde d'analyse et de conception d'algorithmes. Les algorithmes développés sont ensuite appliqués aux questions d'intérêt en Sciences de la Vie à partir de données issues de la littérature ou de collaborateurs. Plus récemment, grâce au recrutement de jeunes chercheuses et chercheurs (doctorants et post-doctorants) en biologie, l'équipe a pu commencer à faire des expérimentations et produire des données ou valider par elle-même certains des résultats obtenus.
D'un point de vue méthodologique, la principale caractéristique de l'équipe est de considérer qu'une fois qu'un modèle est sélectionné, les algorithmes pour explorer ce modèle doivent, dans la mesure du possible, être exacts dans la réponse apportée et exhaustifs lorsqu'il en existe plusieurs pour une interprétation plus précise des résultats. Plus récemment, l'équipe s'est intéressée à l'exploration de l'interface entre les algorithmes exacts d'une part et les algorithmes probabilistes ou statistiques d'autre part, tels qu'utilisés dans les approches d'apprentissage automatique. Plus particulièrement, l'équipe s'intéresse à l'étude d'un domaine de recherche appelé « apprentissage automatique interpretable » qui s'est développé plus récemment et à ses relations potentielles avec des approches combinatoires exactes.
En plus d'être au cœur d'une équipe européenne, Baobab possède un certain nombre d'autres collaborations au niveau international.
L’équipe Baobab est également fortement impliquée dans l'enseignement à l'Université de Lyon et à l'Insa-Lyon, ainsi que dans d'autres institutions de recherche en Europe, directement ou à travers les membres d'Erable qui ne sont pas en France.
Pour plus d'informations, vous pouvez également visiter le site de l'équipe Inria Erable ici : http://team.inria.fr/erable/fr/.
Publications
Affichage des publications 181 à 210 sur 298 au total
Using the “CycADS” annotation management system to develop a BioCyc metabolic network database for sequenced arthropods genomes: first steps towards “ArthropodsCyc”
4. Annual Arthropod Genomics Symposium on “Arthropod Genomics: New Approaches and Outcomes” . : 45 p.
Poster
voir la publicationIdentifying SNPs without a reference genome by comparing raw reads
String Processing and Information Retrieval . 6393 : 147-158
Acte de congrès
voir la publicationCassis: detection of genomic rearrangement breakpoints.
Bioinformatics . 26 ( 15 ) : 1897-8
Article dans une revue
voir la publicationGenome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum
PLoS Biology . 8 ( 2 ) : e1000313
Article dans une revue
voir la publicationRepetition-free longest common subsequence
Discrete Applied Mathematics . 158 ( 12 ) : 1315-1324
Article dans une revue
voir la publicationCombination of measures distinguishes pre-miRNAs from other stem-loops in the genome of the newly sequenced Anopheles darlingi
BMC Genomics . 11 ( 1 ) : 529
Article dans une revue
voir la publicationMetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks.
Nucleic Acids Research . 38 ( Web Server issue ) : W132-7
DOI: 10.1093/nar/gkq312
Article dans une revue
voir la publicationGraph-based analysis of the metabolic exchanges between two co-resident intracellular symbionts, Baumannia cicadellinicola and Sulcia muelleri, with their insect host, Homalodisca coagulata.
PLoS Computational Biology . 6 ( 9 ) : epub ahead of print
Article dans une revue
voir la publicationSystemic analysis of the symbiotic function of Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid Acyrthosiphon pisum.
Comptes Rendus Biologies . 332 ( 11 ) : 1034-49
Article dans une revue
voir la publicationThe Acyrthosiphon pisum Cyc database (AcypiCyc) created using a novel BioCyc Annotation Database System (CycADS): a useful tool to explore and study the pea aphid metabolism
5th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 2, Barcelona, Espagne, juin 2009 .
Acte de congrès
voir la publicationFootprints of Inversions at Present and Past Pseudoautosomal Boundaries in Human Sex Chromosomes
Genome Biology and Evolution . 1(1) : 56-66
Article dans une revue
voir la publicationIdentification of expressed transposable element insertions in the sequenced genome of Drosophila melanogaster
Gene . 439 : 55-62
Article dans une revue
voir la publicationAnalysis of fine-scale mammalian evolutionary breakpoints provides new insight into their relation to genome organisation
BMC Genomics . 10 ( 1 ) : 335
Article dans une revue
voir la publicationMultiple alignment of biological networks: A flexible approach
Combinatorial Pattern Matching (CPM) . 5577 : 263-273
Acte de congrès
voir la publicationAssessing the exceptionality of coloured motifs in networks
EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology . 2009 : 9 pages on line
DOI: 10.1155/2009/616234
Article dans une revue
voir la publicationCurrent tools for the identification of miRNA genes and their targets
Nucleic Acids Research . 2009 : 2419-2433
Article dans une revue
voir la publicationLossless filter for multiple repeats with bounded edit distance
Algorithms for Molecular Biology . 4 ( 1 ) : 3
Article dans une revue
voir la publicationAn asymmetric approach to preserve common intervals while sorting by reversals
Algorithms for Molecular Biology . 4 ( 1 ) : 16
Article dans une revue
voir la publicationAcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) and CycADS (Cyc Annotation Database System): moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses
8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009) . : 1-1
Acte de congrès
voir la publicationAcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) : a model database to visualize and study the metabolic network underlying the pea aphid-Buchnera symbiosis
6. International Symbiosis Society (ISS) Congress .
Acte de congrès
voir la publicationAcypiCyc (Acyrthosiphon pisumCyc database) and CycADS (CycAnnotation Database System) : moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses
8. International Symposium on Aphids (8 ISA 2009) .
Acte de congrès
voir la publicationAcypiCyc (Acyrthosiphon pisumCyc database) and CycADS (CycAnnotation Database System) : moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses
Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons .
Acte de congrès
voir la publicationCycADS: an annotation management system for the development and update of BioCyc metabolic network databases
1st International Workshop on Information Systems for Insect Pests, Rennes, FRANCE .
Acte de congrès
voir la publicationEnumerating precursor sets of target metabolites in a metabolic network
WABI 2008 - 8th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics . 5251 : 233-244
Acte de congrès
voir la publicationEvolution des organismes bactériens
Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant" . : 12 diapos
Acte de congrès
voir la publicationBenchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
Actes des Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques . : 67-68
Acte de congrès
voir la publicationA small trip in the untranquil world of genomes a survey on the detection and analysis of genome rearrangement breakpoints
Theoretical Computer Science . 395 : 171-192
Article dans une revue
voir la publicationExploring the Solution Space of Sorting by Reversals, with Experiments and an Application to Evolution
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . 5 ( 3 ) : 348-356
DOI: 10.1109/TCBB.2008.16
Article dans une revue
voir la publicationBenchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
Proc. JOBIM . : 67-68
Article dans une revue
voir la publicationDevelopment of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) : from genome sequence to metabolic network analyses
Integrative Post-Genomics - IPG'08 .
Acte de congrès
voir la publication