COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Les systèmes vivants sont fortement intégrés, avec une multitude de niveaux d'organisation, allant des échelles moléculaires et intracellulaires aux écosystèmes. Les organismes complexes sont eux-mêmes des consortiums de macro et micro-organismes, qui travaillent avec leur hôte pour construire un individu. Pourtant, chacun de ces organismes peut fonctionner et évoluer à court terme selon sa propre logique, éventuellement en conflit avec d'autres niveaux supérieurs ou inférieurs, ou avec d'autres échelles de temps. L'idée autrefois répandue parmi les évolutionnistes selon laquelle la sélection naturelle aboutit à des organismes parfaitement adaptés à leur environnement est maintenant gravement compromise. Non seulement parce que, comme l'explique la reine rouge à Alice, il faut courir sans relâche pour garder sa place dans un environnement changeant, ou parce que l'histoire évolutive passée et le hasard limitent les possibilités d'adaptation actuelle, mais aussi parce que différents niveaux de sélection ont des intérêts qui sont généralement difficiles à concilier.
La coévolution multi-échelles repose les questions classiques de la biologie évolutive
Un exemple particulièrement intéressant est la question de la source des variations héréditaires. Le phénotype des organismes dans une population est influencé non seulement par les variations de leurs génomes nucléaires et mitochondriaux, dont la dynamique fait l'objet de la génétique des populations, mais aussi de plus en plus manifestement par le consortium de microbes et d'éléments génétiques qui constituent son microbiome et son virome. L'hologénome désigne cet assemblage complexe de matériels génétiques, qui obéissent à différentes règles de transmission et à différentes stratégies évolutives. La capacité des symbiotes à manipuler les phénotypes hôtes ou à interférer les uns avec les autres influence la dynamique évolutive de tous les acteurs d'une manière qui est encore mal comprise. De plus, de nouvelles questions se posent, comme l'importance de la co-adaptation dans ces systèmes et leurs conséquences sur le maintien de systèmes biologiques cohésifs.
- La symbiose: une réponse et une source de sélection divergente
En utilisant une variété d'approches combinant évolution expérimentale, données génomiques, fonctionnelles, phénotypiques et comportementales, nous visons à tester si la symbiose facilite la diversification et à caractériser les processus microévolutifs sous-jacents.
- Réseaux écologiques de transfert horizontal de gènes
Nous développons des méthodes originales de détection des transferts de gènes et nous étudions les facteurs qui influencent les voies de transfert de gènes chez les microbes mais aussi chez les insectes.
- L'interaction entre la symbiose, l'infection et l'immunité et ses conséquences évolutives
Nous essayons de comprendre l'interaction intime des hôtes avec des agents pathogènes, des symbiotes et des éléments transposables et comment elle affecte le phénotype étendu de l'hôte.
- Hérédité transgénérationnel et changements d'environnement
Nous essayons de déchiffrer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation rapide à l'environnement et de tester l'hérédité transgénérationnel des traits de forme physique.
- Conflits intragénomiques et démographie
Nous développons des modèles pour tester si les changements dans la démographie de l'hôte affectent la dynamique des éléments transposables.
- Le déterminisme de la convergence phénotypique
Nous étudions les bases génomiques de l'évolution phénotypique convergente en particulier dans le cas de l'adaptation des animaux et des plantes à l'augmentation de la température et à la diminution de l'eau.
- Réconcilier l'arbre de vie
Nous développons des méthodes phylogénétiques pour «réconcilier» les histoires de gènes / espèces ou d'hôtes / symbiotes. Et nous utilisons ces méthodes pour explorer la majeure partie des espèces éteintes ou non décrites et l'histoire de l'association des microbes symbiotiques avec leurs hôtes.
- Intégrer les méthodes
Les méthodes que nous utilisons pour aborder les questions soulevées par la co-évolution multi-échelles vont de la théorie, de la modélisation et de la simulation à l'analyse de big data, en laboratoire (notamment sur les insectes), et dans une moindre mesure, aux activités de terrain.
- Implication de la recherche, responsabilité des chercheurs et sciences citoyennes
De par nos recherches (dont certaines ont des conséquences immédiates sur la santé, l'agriculture et l'écologie) et nos préoccupations sur la responsabilité des scientifiques dans la société, nous nous engageons à promouvoir une recherche «implicative». La position implicative signifie que nous essayons de travailler sur le lien entre science et société, non seulement à travers une communication unidirectionnelle, appliquant ou expliquant notre science, mais aussi en favorisant des discussions précoces avec les citoyens sur des projets de recherche, qui peuvent influencer nos orientations de recherche.
Publications
Affichage des publications 271 à 300 sur 747 au total
Additional heritable virus in the parasitic wasp Leptopilina boulardi: prevalence, transmission and phenotypic effects
Journal of General Virology . 97 : 523-535
DOI: 10.1099/jgv.0.000360
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voir la publicationSNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence
Nucleic Acids Research .
DOI: 10.1093/nar/gkw655
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voir la publicationInfluence of oxidative homeostasis on bacterial density and cost of infection in Drosophila–Wolbachia symbioses
Journal of Evolutionary Biology . 29 : 1211-1222
DOI: 10.1111/jeb.12863
Article dans une revue
voir la publicationGene Acquisitions from Bacteria at the Origins of Major Archaeal Clades Are Vastly Overestimated
Molecular Biology and Evolution . 33 ( 2 ) : 305 - 310
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voir la publicationEfficient gene tree correction guided by genome evolution
PLoS ONE . 11 ( 8 ) : e0159559 (22 pages)
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voir la publicationWolbachia -mediated protection against viruses in the invasive pest Drosophila suzukii
Insect Molecular Biology . 25 ( 5 ) : 595-603
DOI: 10.1111/imb.12245
Article dans une revue
voir la publicationWolbachia in European Populations of the Invasive Pest Drosophila suzukii: Regional Variation in Infection Frequencies
PLoS ONE . 11 ( 1 ) : e0147766
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voir la publicationThe draft genome sequence of the rice weevil Sitophilus oryzae as a model to explore the host-symbiont interactions in a nascent stage of endosymbiosis
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM) .
Poster
voir la publicationLifemap: Exploring the Entire Tree of Life
PLoS Biology . 14 ( 12 )
Article dans une revue
voir la publicationRiboDB database: a comprehensive resource for prokaryotic systematics
Molecular Biology and Evolution . 33 ( 8 ) : 2170--2172
Article dans une revue
voir la publicationIn silico experimental evolution provides independent and challenging benchmarks for comparative genomics
Journées ouvertes Biologie Informatique Mathématiques . : 79-82
Acte de congrès
voir la publicationComparative Genomics on Artificial Life
Computability in Europe . 9709 : 35-44
Acte de congrès
voir la publicationBreaking Good: Accounting for Fragility of Genomic Regions in Rearrangement Distance Estimation
Genome Biology and Evolution . 8 ( 5 ) : 1427-1439
DOI: 10.1093/gbe/evw083
Article dans une revue
voir la publicationSorting Signed Permutations by Reversal (Reversal Sequence)
Encyclopedia of Algorithms . 978-1-4939-2863-7 : 2028-2032
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationGenome rearrangements with indels in intergenes restrict the scenario space
BMC Bioinformatics . 17 ( Suppl 14 ) : 426 (7 pages)
Article dans une revue
voir la publicationStrong phylogenetic inertia on genome size and transposable element content among 26 species of flies
Biology Letters . 12 ( 8 )
Article dans une revue
voir la publicationDrosophila Females Undergo Genome Expansion after Interspecific Hybridization
Genome Biology and Evolution . 8 ( 3 ) : 556-561
DOI: 10.1093/gbe/evw024
Article dans une revue
voir la publicationRevBayes: Bayesian Phylogenetic Inference Using Graphical Models and an Interactive Model-Specification Language
Systematic Biology . 65 : 726-36
Article dans une revue
voir la publicationIs genome size of Lepidoptera linked to host plant range?
Entomologia Experimentalis et Applicata . 159 ( 3 ) : 354-361
DOI: 10.1111/eea.12446
Article dans une revue
voir la publicationThe transposable element environment of human genes is associated with histone and expression changes in cancer
BMC Genomics . 17 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationThe sublethal effects of endosulfan on the circadian rhythms and locomotor activity of two sympatric parasitoid species
Chemosphere . 132 : 200-5
Article dans une revue
voir la publicationCompetitive outcome of multiple infections in a behavior-manipulating virus/wasp interaction
Ecology and Evolution . 5 ( 24 ) : S934-S945
DOI: 10.1002/ece3.1749
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voir la publicationGenome reduction and potential metabolic complementation of the dual endosymbionts in the whitefly Bemisia tabaci
BMC Genomics . 16 : 226
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voir la publicationThe Recent Evolution of a Maternally-Inherited Endosymbiont of Ticks Led to the Emergence of the Q Fever Pathogen, Coxiella burnetii
PLoS Pathogens . 11 ( 5 )
Article dans une revue
voir la publicationTwo Host Clades, Two Bacterial Arsenals: Evolution through Gene Losses in Facultative Endosymbionts.
Genome Biology and Evolution . 7 ( 3 ) : 839-855
DOI: 10.1093/gbe/evv030
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voir la publicationResponse to Comment on "Statistical binning enables an accurate coalescent-based estimation of the avian tree
Science . 350 ( 6257 ) : 171-171
Article dans une revue
voir la publicationThe inference of gene trees with species trees
Systematic Biology . 64 ( 1 ) : e42-e62
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voir la publicationThe Aculeata of French Polynesia. III. Sphecidae, with the record of three new species for the Society Islands (Hymenoptera)
Bulletin de la Société Entomologique de France . 120 ( 2 ) : 157-163
Article dans une revue
voir la publicationReconstruction of an ancestral Yersinia pestis genome and comparison with an ancient sequence
BMC Genomics . 16 ( Suppl 10 ) : S9
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voir la publicationMoments of genome evolution by Double Cut-and-Join
BMC Bioinformatics . 16 ( Suppl 14 ) : S7
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